2'-Deoxy-5-formylcytidine 中文名称: 2'-脱氧-5-甲酰基胞苷

别名: 2'-脱氧-5-甲酰基胞苷

目录号: V50290 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

2'-Deoxy-5-formylcytidine 是 DNA 中有效的内部三重态光敏剂。

2'-Deoxy-5-formylcytidine CAS号: 137017-45-9
产品类别: New3

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

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Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

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Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

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J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Nature 2021,597(7874):119-125.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

2'-脱氧-5-甲酰胞苷是DNA中一种强效的内部三线态光敏剂。2'-脱氧-5-甲酰胞苷可作为DNA光损伤的新热点。
2'-脱氧-5-甲酰胞苷（CAS号：137017-45-9）是一种胞苷衍生的修饰核苷，其胞嘧啶环的5位上连接着一个甲酰基。它是活性DNA去甲基化途径中的关键中间体，由TET（Ten-Eleven Translocation）酶氧化5-甲基胞嘧啶生成。这种表观遗传标记在基因表达调控中起着至关重要的作用。

生物活性&实验参考方法

靶点	It does not have a specific biological target as a drug but is an effective internal triplet photosensitizer in DNA. It can serve as a new hotspot for DNA photodamage. It is also used as a biochemical tool for studying DNA methylation dynamics and epigenetic editing, and mutagenic effects during DNA synthesis.
体外研究 (In Vitro)	2'-脱氧-5-甲酰胞苷是一种有效的DNA内部三线态光敏剂。它能造成DNA光损伤，并作为突变热点。它具有诱变性，能诱导5-fC>T转换突变以及5-fC>A和5-fC>G颠换突变，尤其是在甲基化的CpG区域，这已在无细胞体系中得到证实。
体内研究 (In Vivo)	这种化合物是一种表观遗传DNA碱基，天然存在于胚胎干细胞DNA中，可通过紫外线或γ射线介导的氧化作用产生。在动物模型中，人们已对其进行研究，以追踪DNA去甲基化和氧化损伤。例如，可以测量其在组织中的含量来评估氧化应激或TET酶的活性。它可用作DNA损伤和去甲基化的生物标志物。
酶活实验	在无细胞光敏化测定中，将2'-脱氧-5-甲酰胞苷掺入合成的DNA寡核苷酸（特定位点）。然后，在含有光敏剂的缓冲液中，用UVB或UVA光（例如，300-365 nm）照射该DNA，照射时间不等（0-60分钟）。通过酶解和HPLC-MS/MS分析来检测环丁烷嘧啶二聚体（CPD）或6-4光产物的生成。通过激光闪光光解法检测三重态的生成，以确认其作为三重态光敏剂的作用。
细胞实验	在细胞分析中，胚胎干细胞（例如小鼠胚胎干细胞）用诱导氧化应激的试剂处理，或仅在标准条件下培养。提取基因组DNA，水解成核苷，并加入同位素标记的内标（例如5-甲酰-2'-脱氧胞苷-13C,15N2）。然后使用液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)定量5-甲酰-dC的含量。或者，用紫外光照射细胞，并分析DNA中的光损伤产物。
动物实验	在体内表观遗传学研究中，动物（例如小鼠）暴露于紫外线或γ射线辐射。采集组织（例如皮肤），提取DNA。然后用酶水解DNA，得到单个核苷。将水解后的样品加入稳定同位素标记的内标，并通过液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行分析。测定2'-脱氧-5-甲酰胞苷的浓度，作为DNA氧化和去甲基化的生物标志物。
药代性质 (ADME/PK)	该修饰核苷（分子量：255.23）为固体，可溶于水或二甲基亚砜（DMSO）。粉末形式在-20℃下可稳定保存长达3年，溶液形式在-80℃下可稳定保存长达6个月。它是一种用于表观遗传学研究的化学工具，尤其适用于研究涉及TET酶的活性DNA去甲基化通路。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	作为一种天然存在于细胞中的低浓度DNA修饰，其急性毒性并非主要问题。然而，它在体外试验中具有致突变性，因为它可以引起颠换突变。处理潜在致突变化学品时应遵循标准的实验室安全预防措施。本品不可用于人体。
参考文献	[1]. Ultrafast Intersystem Crossing in Epigenetic DNA Nucleoside 2'-Deoxy-5-formylcytidine. J Phys Chem B. 2019;123(27):5782-5790.
其他信息	第一份资料中的结构 2'-脱氧-5-甲酰胞苷是DNA中一种含量较少的核苷酸，由核苷5-甲基-2'-脱氧胞苷经紫外线或γ射线氧化产生。它是一种表观遗传碱基，常用于表观遗传学研究和癌症研究，以研究DNA甲基化动态和DNA光损伤。该产品以固体试剂的形式提供，适用于实验室检测和机制研究。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C10H13N3O5
分子量	255.2273
精确质量	255.086
CAS号	137017-45-9
PubChem CID	15081828
外观&性状	White to off-white solid powder
LogP	-1.5
tPSA	127.67
氢键供体(HBD)数目	3
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	3
重原子数目	18
分子复杂度/Complexity	433
定义原子立体中心数目	3
SMILES	C1[C@@H]([C@H](O[C@H]1N2C=C(C(=NC2=O)N)C=O)CO)O
InChi Key	QBADNGFALQJSIH-XLPZGREQSA-N
InChi Code	InChI=1S/C10H13N3O5/c11-9-5(3-14)2-13(10(17)12-9)8-1-6(16)7(4-15)18-8/h2-3,6-8,15-16H,1,4H2,(H2,11,12,17)/t6-,7+,8+/m0/s1
化学名	4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidine-5-carbaldehyde
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~100 mg/mL (~391.80 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~100 mg/mL (~391.80 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	3.9180 mL	19.5902 mL	39.1803 mL
	5 mM	0.7836 mL	3.9180 mL	7.8361 mL
	10 mM	0.3918 mL	1.9590 mL	3.9180 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。