5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine (5'-O-DMT-dU) 中文名称: 保护-2'-脱氧尿苷

别名: 5'-O-DMT-dU; 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine 保护-2'-脱氧尿苷;保护-2'-脱氧尿甙;5'-O-[双(4-甲氧基苯基)苄基]-2'-脱氧尿苷;5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基甲基)-2'-脱氧尿苷;5-O-(双(4-甲氧基苯基)苄基)-2-脱氧尿苷;5-O-[双(4-甲氧基苯基)苄基]-2-脱氧尿苷;5-甲基嘧啶-2-羧酸;DMT保护性脱氧尿苷;保护-2’-脱氧尿苷;保护-2''-脱氧尿苷;保护-2-脱氧尿苷

目录号: V53037 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷(5'-O-DMT-dU)是一种新型的大肠杆菌dUTP核苷酸水解酶(dUTPase)抑制剂，Ki值在1000 μM以上。 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷合成核苷亚磷酰胺块，用于机器辅助 DNA 合成。

5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine (5'-O-DMT-dU) CAS号: 23669-79-6
产品类别: DNA(RNA) Synthesis

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

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Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

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Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

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Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

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J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷 (5'-O-DMT-dU) 是一种新型的大肠杆菌 dUTP 核苷酸水解酶 (dUTPase) 抑制剂，Ki 值大于 1000 μM。5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷可合成核苷亚磷酰胺模块，该模块用于机器辅助 DNA 合成。
5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧尿苷 (5'-O-DMT-dU) (CAS# 23669-79-6) 是一种 DNA 核苷构建模块，用于寡核苷酸的固相合成。该化合物的5'-羟基上带有4,4'-二甲氧基三苯甲基（DMT）保护基，脱氧核糖上含有天然尿嘧啶碱基（取代胸腺嘧啶）。5'-O-DMT-dU是合成含脱氧尿苷的DNA寡核苷酸的关键中间体，可用于多种研究应用，包括PCR、定点诱变和DNA损伤研究。

生物活性&实验参考方法

靶点	E. coli dUTPase ( Ki > 1000 μM ) 5'-O-DMT-dU does not have a specific biological target itself but serves as a protected deoxyuridine building block for DNA synthesis. When incorporated into DNA oligonucleotides, the resulting sequences can be used for various applications including PCR (where dU allows for uracil-DNA glycosylase treatment to prevent carryover contamination), site-directed mutagenesis, and studies of DNA repair and damage. The DMT group provides 5'-hydroxyl protection for controlled chain elongation.
体外研究 (In Vitro)	通过评估 5'-O-DMT-dU 作为 DNA 合成构建单元的体外活性来评价其活性。通过监测三苯甲基阳离子释放量来评估固相合成过程中 5'-O-DMT-dU 掺入不断增长的寡核苷酸链中的效率。采用高效液相色谱 (HPLC) 分析评估化合物的纯度及其对自动化 DNA 合成的适用性。最后，评估所得含 dU 的 DNA 寡核苷酸与互补序列杂交的能力。
体内研究 (In Vivo)	针对 5'-O-DMT-dU 的体内研究通常是使用以该结构单元合成的 DNA 寡核苷酸进行，而不是直接使用受保护的核苷本身。这些寡核苷酸会在动物模型中评估其药代动力学特性和治疗效果，例如在反义疗法或核酸疗法中的应用。DMT 保护基团会在 DNA 合成过程中被去除。
酶活实验	在DNA寡核苷酸合成中，5'-O-DMT-dU被转化为相应的亚磷酰胺，并使用标准的固相合成方案将其掺入DNA寡核苷酸中。在每个合成循环中，通过三苯甲基阳离子释放量来监测偶联效率。合成后，寡核苷酸从固相载体上切割下来，并使用合适的试剂进行脱保护。最终的DNA寡核苷酸通过高效液相色谱（HPLC）或聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）纯化，并通过质谱分析进行表征。
细胞实验	在细胞研究中，培养的细胞用以5'-O-DMT-dU为构建单元合成的DNA寡核苷酸处理。细胞与寡核苷酸孵育24-72小时后，使用荧光显微镜或流式细胞术，通过荧光标记的寡核苷酸评估细胞摄取情况。对于反义应用，基因敲低效率通过qRT-PCR或Western blot进行评估。对于PCR应用，寡核苷酸用作标准PCR方案中的引物或探针。细胞毒性使用MTT或CellTiter-Glo检测进行评估。
动物实验	为了在体内评估DNA寡核苷酸，可通过多种途径将寡核苷酸给药于小鼠或大鼠。利用基于杂交的检测方法或液相色谱-质谱联用（LC-MS）测定血浆和组织中寡核苷酸的浓度，从而确定包括半衰期、清除率和组织分布在内的药代动力学参数。对于治疗应用，则在合适的疾病模型中评估其疗效，并监测疾病生物标志物或生存期随时间的变化。
药代性质 (ADME/PK)	本文对含有5'-O-DMT-dU结构单元的DNA寡核苷酸（而非受保护的核苷本身）的药代动力学性质进行了表征。该化合物通常以固体形式处理，并在惰性气体保护下于-20°C保存以保持稳定性。脱氧尿苷修饰在合成和脱保护过程中均保持稳定。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	5'-O-DMT-dU 是一种仅供实验室使用的研究化合物，未获准用于人体治疗。作为一种受保护的脱氧尿苷结构单元，它用于 DNA 寡核苷酸合成，并应用于多种研究领域，包括 PCR、诱变和 DNA 修复研究。处理该化合物时应遵循标准的实验室安全操作规程。
参考文献	[1]. Kinetic properties and inhibition of the dimeric dUTPase-dUDPase from Leishmania major. Protein Sci. 2001 Jul;10(7):1426-33. [2]. Versatile strategy for oligonucleotide derivatization. Introduction of lanthanide(III) chelates to oligonucleotides. Org Lett. 2001 Aug 9;3(16):2473-6.
其他信息	5'-O-DMT-dU 是一种用于 DNA 合成的受保护脱氧尿苷结构单元，其 5'-羟基受到 DMT 保护。它用于合成含有脱氧尿苷的 DNA 寡核苷酸，这些寡核苷酸可用于 PCR、诱变和 DNA 修复研究。该化合物仅供研究使用，尚未获准用于临床应用。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C30H30N2O7
分子量	530.57
精确质量	530.205
CAS号	23669-79-6
PubChem CID	90230
外观&性状	White to light yellow solid powder
密度	1.294 g/cm3
折射率	1.61
LogP	3.21
tPSA	112.01
氢键供体(HBD)数目	2
氢键受体(HBA)数目	7
可旋转键数目(RBC)	9
重原子数目	39
分子复杂度/Complexity	835
定义原子立体中心数目	3
SMILES	COC1=CC=C(C=C1)C(C2=CC=CC=C2)(C3=CC=C(C=C3)OC)OC[C@@H]4[C@H](C[C@@H](O4)N5C=CC(=O)NC5=O)O
InChi Key	BYGKUWPLEGHFKX-ZRRKCSAHSA-N
InChi Code	InChI=1S/C30H30N2O7/c1-36-23-12-8-21(9-13-23)30(20-6-4-3-5-7-20,22-10-14-24(37-2)15-11-22)38-19-26-25(33)18-28(39-26)32-17-16-27(34)31-29(32)35/h3-17,25-26,28,33H,18-19H2,1-2H3,(H,31,34,35)/t25-,26+,28+/m0/s1
化学名	1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
别名	5'-O-DMT-dU; 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~100 mg/mL (~188.5 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~100 mg/mL (~188.5 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.71 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	1.8848 mL	9.4238 mL	18.8477 mL
	5 mM	0.3770 mL	1.8848 mL	3.7695 mL
	10 mM	0.1885 mL	0.9424 mL	1.8848 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。