5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC

别名: N-苯甲酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-5-甲基胞苷

目录号: V53172 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是可用于制备/合成脱氧核糖核酸或核糖核酸的修饰核苷。

5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC CAS号: 104579-03-5
产品类别: Nucleoside Antimetabolite/Analog

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

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Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

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ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是一种修饰核苷，可用于脱氧核糖核酸 (DNA) 或核糖核酸 (RNA) 的制备/合成。
5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是一种完全保护的 5-甲基-2'-脱氧胞苷衍生物，是固相寡核苷酸合成中制备 5-甲基-dC 亚磷酰胺结构单元的关键合成中间体。它包含一个 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基) (DMT) 保护基、一个位于外环胺上的 N4-苯甲酰基 (Bz) 保护基以及胞嘧啶碱基上的 5-甲基修饰。这种修饰核苷广泛应用于表观遗传学、基因调控以及治疗性核酸开发等领域的研究。

生物活性&实验参考方法

靶点	5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC does not have a specific biological target as it is a synthetic building block for oligonucleotide synthesis. Its role is to serve as a protected 5-methyl-2'-deoxycytidine monomer for the synthesis of modified oligonucleotides. The 5-methyl modification on the cytosine base is an important epigenetic mark (5-methylcytosine, 5mC) that can be incorporated into synthetic DNA for research purposes.
体外研究 (In Vitro)	由于 5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是一种合成中间体，因此体外活性测定不适用于它。该化合物的用途在于可通过固相合成将其引入寡核苷酸中。该化合物可用于制备含有 5-甲基胞嘧啶的修饰寡核苷酸，从而用于表观遗传学、基因调控和核酸相互作用的研究。
体内研究 (In Vivo)	5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 仅供研究使用，并非治疗药物，因此不适用体内活性测试。该化合物不适用于活体生物。
酶活实验	由于 5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是一种合成中间体，因此不进行体外酶/受体结合试验。其表征通常涉及高效液相色谱 (HPLC)、核磁共振 (NMR) 和质谱等化学分析方法，以确认其结构和纯度。
细胞实验	体外细胞试验不适用于 5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC。该化合物仅用于化学合成反应，以生产修饰的寡核苷酸，这些寡核苷酸随后可用于细胞试验，以研究 5-甲基胞嘧啶修饰对基因表达和核酸相互作用的影响。
动物实验	5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 不适用于体内动物实验。该化合物是一种用于寡核苷酸合成的研究用化学品，不适用于体内给药。
药代性质 (ADME/PK)	由于 5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 是一种合成中间体而非治疗药物，因此其药代动力学数据不适用。该化合物不适用于全身给药。其分子量为 635.70，分子式为 C38H37N3O7。纯度通常大于 98%。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC 不适用于人类治疗用途，且由于其为研究用化学品，因此不提供毒理学数据。处理该化合物时应遵循标准的实验室安全预防措施。
其他信息	5'-O-DMT-N4-Bz-5-Me-dC（CAS号：104579-03-5）的分子式为C38H37N3O7，分子量为635.70。它是一种完全保护的5-甲基-2'-脱氧胞苷衍生物，用作固相寡核苷酸合成中5-甲基-dC亚磷酰胺结构单元的关键合成中间体。该化合物用于表观遗传学和基因调控研究。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C38H37N3O7
分子量	647.72
精确质量	647.263
CAS号	104579-03-5
PubChem CID	11331209
外观&性状	White to off-white solid powder
密度	1.26±0.1 g/cm3(Predicted)
LogP	5.551
tPSA	121.14
氢键供体(HBD)数目	2
氢键受体(HBA)数目	7
可旋转键数目(RBC)	11
重原子数目	48
分子复杂度/Complexity	1120
定义原子立体中心数目	3
SMILES	CC1=CN(C(=O)N=C1NC(=O)C2=CC=CC=C2)[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)COC(C4=CC=CC=C4)(C5=CC=C(C=C5)OC)C6=CC=C(C=C6)OC)O
InChi Key	YWHPQMVQHSPNRU-LBFZIJHGSA-N
InChi Code	InChI=1S/C38H37N3O7/c1-25-23-41(37(44)40-35(25)39-36(43)26-10-6-4-7-11-26)34-22-32(42)33(48-34)24-47-38(27-12-8-5-9-13-27,28-14-18-30(45-2)19-15-28)29-16-20-31(46-3)21-17-29/h4-21,23,32-34,42H,22,24H2,1-3H3,(H,39,40,43,44)/t32-,33+,34+/m0/s1
化学名	N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : 41.67 mg/mL (64.33 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : 41.67 mg/mL (64.33 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.21 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	1.5439 mL	7.7194 mL	15.4388 mL
	5 mM	0.3088 mL	1.5439 mL	3.0878 mL
	10 mM	0.1544 mL	0.7719 mL	1.5439 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。