5-O-TBDMS-N4-Benzoyl-2-deoxycytidine

别名: N-苯甲酰基-5 -O-叔-丁基二甲基甲硅烷-2 -脱氧胞啶;N-苯甲酰基-5'-O-叔-丁基二甲基甲硅烷-2'-脱氧胞啶;N-苯甲酰基-5'-O-叔-丁基二甲基甲硅烷-2'-脱氧胞啶, 98+

目录号: V52975 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷是一种修饰的核苷，可用于制备/合成脱氧核糖核酸或核糖核酸。

5-O-TBDMS-N4-Benzoyl-2-deoxycytidine CAS号: 51549-36-1
产品类别: Nucleoside Antimetabolite/Analog

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

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Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

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Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

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Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

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J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷是一种修饰核苷，可用于脱氧核糖核酸（DNA）或核糖核酸（RNA）的制备/合成。
5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷（CAS号：51549-36-1）是一种修饰的2'-脱氧胞苷核苷，带有两个正交保护基：5'-羟基上的叔丁基二甲基硅基（TBDMS）醚和外环N4氨基上的苯甲酰基（Bz）酰胺。其分子式为C22H31N3O5Si，分子量为445.58。该化合物是一种用于合成脱氧核糖核酸（DNA）或核酸的修饰核苷。它用于构建修饰的DNA链，应用于基因调控研究、诊断和核酸疗法。

生物活性&实验参考方法

靶点	5-O-TBDMS-N4-Benzoyl-2-deoxycytidine does not have a specific biological target itself but serves as a protected cytidine building block for DNA synthesis. When incorporated into DNA oligonucleotides, the resulting sequences can target various biological molecules including mRNA (for antisense applications), DNA (for PCR and sequencing), or proteins (for aptamer applications). The TBDMS group provides 5'-hydroxyl protection, while the benzoyl group protects the N4 position of cytosine during synthesis.
体外研究 (In Vitro)	通过5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷作为DNA合成构建单元的实用性，评估其体外活性。通过监测偶联效率，评价其在固相合成过程中掺入不断增长的寡核苷酸链的效率。采用高效液相色谱（HPLC）分析评估化合物的纯度（>98%）及其在自动化DNA合成中的适用性。利用热熔解（Tm）分析评估所得DNA寡核苷酸与互补序列的杂交能力。
体内研究 (In Vivo)	针对 5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷的体内研究通常是使用以该结构单元合成的 DNA 寡核苷酸进行，而不是直接使用受保护的核苷本身。这些寡核苷酸会在动物模型中评估其药代动力学特性、生物分布以及在反义疗法或核酸疗法等应用中的治疗效果。保护基团（TBDMS 和苯甲酰基）会在 DNA 合成和脱保护过程中被去除。
酶活实验	在DNA寡核苷酸合成中，5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷被转化为相应的亚磷酰胺，并使用标准固相合成方案将其掺入DNA寡核苷酸中。在每个合成循环中监测偶联效率。合成后，寡核苷酸从固相载体上切割下来，并使用合适的试剂进行脱保护。TBDMS和苯甲酰基保护基在标准脱保护条件下去除。最终的DNA寡核苷酸通过高效液相色谱（HPLC）或聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）纯化，并通过质谱进行表征。
细胞实验	在细胞研究中，培养的细胞用以5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷为构建单元合成的DNA寡核苷酸处理。细胞与寡核苷酸孵育24-72小时后，使用荧光标记的寡核苷酸，通过荧光显微镜或流式细胞术评估细胞摄取情况。对于反义应用，基因敲低效率通过qRT-PCR或Western blot进行评估。对于适体应用，与靶蛋白的结合通过表面等离子共振或ELISA进行评估。细胞毒性使用MTT或CellTiter-Glo检测进行评估。
动物实验	为了在体内评估DNA寡核苷酸，可通过多种途径将寡核苷酸给药于小鼠或大鼠。利用基于杂交的检测方法或液相色谱-质谱联用（LC-MS）测定血浆和组织中寡核苷酸的浓度，从而确定包括半衰期、清除率和组织分布在内的药代动力学参数。对于治疗应用，则在合适的疾病模型中评估其疗效，并监测疾病生物标志物或生存期随时间的变化。
药代性质 (ADME/PK)	本文对含有5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷的DNA寡核苷酸（而非受保护的核苷本身）的药代动力学性质进行了表征。该化合物的分子式为C22H31N3O5Si，分子量为445.58，纯度为98%以上，外观为白色至类白色固体。建议在4℃避光保存。TBDMS和苯甲酰基保护基团提供了正交保护，便于选择性脱保护。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷是一种仅供实验室使用的研究化合物，未获准用于人体治疗。作为一种修饰的核苷，它用于DNA寡核苷酸合成，应用于基因调控、诊断和核酸疗法等多种研究领域。操作此化合物时应遵循标准的实验室安全操作规程。建议在4°C下避光保存。
其他信息	5-O-TBDMS-N4-苯甲酰基-2-脱氧胞苷是一种修饰的2'-脱氧胞苷核苷，分子式为C22H31N3O5Si，分子量为445.58。其5'-羟基被TBDMS保护，N4氨基被苯甲酰基保护。该化合物用于合成修饰的DNA链，以进行基因调控、诊断和核酸疗法。本品仅供研究使用，尚未获准用于临床。建议纯度为98%以上，并于4℃避光保存。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C22H31N3O5SI
分子量	445.58
精确质量	445.203
CAS号	51549-36-1
PubChem CID	14018201
外观&性状	White to off-white solid powder
LogP	3.238
tPSA	102.68
氢键供体(HBD)数目	2
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	7
重原子数目	31
分子复杂度/Complexity	740
定义原子立体中心数目	3
SMILES	CC(C)(C)[Si](C)(C)OC[C@@H]1[C@H](C[C@@H](O1)N2C=CC(=NC2=O)NC(=O)C3=CC=CC=C3)O
InChi Key	CCPOWNJNXQQIFV-YQVWRLOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C22H31N3O5Si/c1-22(2,3)31(4,5)29-14-17-16(26)13-19(30-17)25-12-11-18(24-21(25)28)23-20(27)15-9-7-6-8-10-15/h6-12,16-17,19,26H,13-14H2,1-5H3,(H,23,24,27,28)/t16-,17+,19+/m0/s1
化学名	N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : 250 mg/mL (561.07 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : 250 mg/mL (561.07 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.2443 mL	11.2213 mL	22.4427 mL
	5 mM	0.4489 mL	2.2443 mL	4.4885 mL
	10 mM	0.2244 mL	1.1221 mL	2.2443 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。