5-Hydroxymethyluracil 中文名称: 5-羟甲基尿嘧啶

别名: 5-羟甲基尿嘧啶;5-羟甲基脲嘧啶;5-(羟甲基)尿嘧啶;5-(羟甲基)脲嘧啶

目录号: V30530 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

5-羟甲基尿嘧啶是DNA氧化损伤的产物。

5-Hydroxymethyluracil CAS号: 4433-40-3
产品类别: New2

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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5-Hydroxymethyluracil-d3

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器
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产品描述

5-羟甲基尿嘧啶是DNA氧化损伤的产物。 5-羟甲基尿嘧啶可用作潜在的表观遗传标记，以增强或抑制细菌 RNA 聚合酶的转录。

生物活性&实验参考方法

靶点	- 5-Hydroxymethyluracil targets bacterial RNA polymerase (regulates transcription as a potential epigenetic mark [2]
体外研究 (In Vitro)	- 细菌转录调控（大肠杆菌RNA聚合酶）：5-羟甲基尿嘧啶（掺入DNA模板）在体外对转录表现出双向调控作用。在lacUV5启动子下，较未修饰DNA的转录效率提升约30%（通过放射性核苷酸掺入和凝胶电泳检测）；在rrnB P1启动子下，相同实验条件下转录效率抑制约25%。该效应依赖于启动子类型及5-羟甲基尿嘧啶在DNA模板中的插入位置[2]
酶活实验	- 细菌RNA聚合酶转录实验：将重组大肠杆菌RNA聚合酶（全酶）与含5-羟甲基尿嘧啶的DNA模板（位于lacUV5或rrnB P1启动子特定位置）在转录缓冲液（含Tris-HCl、MgCl₂、DTT及核糖核苷酸）中混合。将酶-模板混合物加入预热（37°C）的缓冲液中启动反应，孵育15分钟。加入放射性标记UTP监测转录本合成，用终止缓冲液终止反应后，通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离转录本，磷屏成像定量条带强度以计算转录效率[2] - DNA中5-羟甲基尿嘧啶的气相色谱-质谱（GC-MS）检测：DNA样本用98%甲酸在175°C水解30分钟以释放碱基，水解产物在氮气下干燥后，用BSTFA（N,O-双(三甲基硅基)三氟乙酰胺）在80°C衍生化30分钟。衍生化样本通过GC-MS分析（色谱柱：DB-5毛细管柱；电离方式：电子轰击电离）。利用标准溶液制作校准曲线对5-羟甲基尿嘧啶定量，检测限约为0.1 pmol[1]
参考文献	[1]. Quantitation of 5-(hydroxymethyl)uracil in DNA by gas chromatography with mass spectral detection. Chem Res Toxicol. 1991 Nov-Dec;4(6):687-91. [2]. 5-(Hydroxymethyl)uracil and -cytosine as potential epigenetic marks enhancing or inhibiting transcription with bacterial RNA polymerase. Chem Commun (Camb). 2017 Dec 12;53(99):13253-13255.
其他信息	5-羟甲基尿嘧啶是一种伯醇，是尿嘧啶在5位上带有羟甲基取代基的化合物。它在人体中发挥着代谢作用。它既是伯醇，也是嘧啶酮。它在功能上与尿嘧啶相关。已有报道称，5-羟甲基尿嘧啶存在于牛（Bos taurus）、眼虫（Euglena gracilis）和海葵科（Zoanthidae）中，并有相关数据。 - 5-羟甲基尿嘧啶是一种由尿嘧啶衍生的修饰核碱基，天然存在于某些生物（例如噬菌体、一些真核生物）的DNA中，并与DNA损伤修复或表观遗传调控相关[1,2] - 文献[1]建立了一种灵敏的GC-MS方法，用于定量DNA中的5-羟甲基尿嘧啶，能够准确检测其内源水平，这对于研究其在DNA代谢中的作用至关重要[1] - 文献[2]证明5-羟甲基尿嘧啶可作为一种潜在的表观遗传标记：它通过改变DNA结构来调节细菌RNA聚合酶介导的转录，表明其参与调控。原核生物中的基因表达[2]

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C5H6N2O3
分子量	142.11274
精确质量	142.037
CAS号	4433-40-3
相关CAS号	5-Hydroxymethyluracil-d3;352438-73-4
PubChem CID	78168
外观&性状	White to off-white solid powder
密度	1.4±0.1 g/cm3
沸点	530.4ºC at 760mmHg
熔点	>300 °C(lit.)
闪点	274.6ºC
折射率	1.528
LogP	-0.5
tPSA	86.47
氢键供体(HBD)数目	3
氢键受体(HBA)数目	3
可旋转键数目(RBC)	1
重原子数目	10
分子复杂度/Complexity	209
定义原子立体中心数目	0
InChi Key	JDBGXEHEIRGOBU-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C5H6N2O3/c8-2-3-1-6-5(10)7-4(3)9/h1,8H,2H2,(H2,6,7,9,10)
化学名	5-(hydroxymethyl)-1H-pyrimidine-2,4-dione
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~50 mg/mL (~351.84 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~50 mg/mL (~351.84 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (17.59 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	7.0368 mL	35.1840 mL	70.3680 mL
	5 mM	1.4074 mL	7.0368 mL	14.0736 mL
	10 mM	0.7037 mL	3.5184 mL	7.0368 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。