| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
SpCas9 ( IC50 = 22 μM )
BRD0539 targets Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9), the CRISPR-associated endonuclease used in genome editing applications. The compound inhibits SpCas9 by disrupting the interaction between SpCas9 and the protospacer adjacent motif (PAM), which is required for DNA binding and cleavage. BRD0539 is cell-permeable and reversibly inhibits SpCas9. It does not interfere with the SpCas9:gRNA interaction. |
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| 体外研究 (In Vitro) |
BRD0539 以剂量依赖的方式抑制 DNA 结合状态的形成。BRD0539 可减弱 4PAM DNA 引起的破坏作用[1]。BRD0539 不会破坏 SpCas9 与 gRNA 之间的相互作用[1]。进一步证明 BRD0539 特异性的是，虽然它能够在 eGFP 破坏实验中抑制 SpCas9，但在相同的实验中却无法抑制结构不同的 CRISPR 相关核酸酶 FnCpf1[1]。体外研究表明，在 DNA 切割实验中，BRD0539 对 SpCas9 的抑制 IC50 值为 22 μM。该化合物以剂量依赖的方式阻断 DNA 结合状态的形成。它破坏 SpCas9 与 PAM 之间的相互作用。BRD0539 在人血浆中稳定，且不干扰 SpCas9 与 gRNA 的相互作用。该化合物可渗透细胞。
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| 体内研究 (In Vivo) |
目前尚未公布BRD0539的详细体内活性数据。该化合物主要在体外被表征为一种调节CRISPR-Cas9活性的研究工具。其细胞渗透性和无毒性表明，它可能具有在基因组编辑研究中进行体内应用的潜力。需要进一步研究以评估其在动物模型中的疗效。
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| 酶活实验 |
BRD0539 对 SpCas9 的抑制活性可通过体外 DNA 切割实验进行评估。在典型的实验中，将重组 SpCas9 蛋白与向导 RNA、含有靶序列和 PAM 的 DNA 底物以及不同浓度的 BRD0539 进行孵育。通过凝胶电泳分析 DNA 底物的切割情况，并计算 IC50 值。BRD0539 对 SpCas9 的抑制 IC50 值为 22 μM。该化合物破坏 SpCas9-PAM 相互作用的能力可通过结合实验进行评估。
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| 细胞实验 |
本eGFP破坏实验利用2×10⁵ U2OS.eGFP细胞逆转BRD0539介导的SpCas9抑制。将SpCas9:gRNA复合物核转染至PEST细胞。在96孔板中，每孔接种约22,000个转染细胞，每个处理设置四个复孔，并分别加入15 μM BRD0539或DMSO。对于AcrIIA4可逆性实验，将预先制备的SpCas9:gRNA（10 pmol）与AcrIIA4（5×）孵育10分钟后，按照先前描述的方法核转染至U2OS.eGFP.PEST细胞。在指定时间点（2-24 小时），将培养基更换为不含 BRD0539/AcrIIA4 的新培养基，并让细胞培养至核转染后 24 小时。
使用基于细胞的基因组编辑检测方法评估 BRD0539 的细胞活性。将 SpCas9 和向导 RNA 转染到细胞中，并用不同浓度的 BRD0539 处理。通过测序或使用报告基因检测来测量基因组编辑效率。评估该化合物对 SpCas9 活性的影响。使用 MTT 检测评估细胞毒性，以确认该化合物的无毒特性。 |
| 动物实验 |
目前尚未发表关于BRD0539的详细体内动物模型数据。该化合物主要在体外被表征为一种抑制CRISPR-Cas9的研究工具。未来的研究可能会利用动物模型来评估BRD0539在体内调控基因组编辑的活性。该化合物具有良好的细胞渗透性和无毒性，表明其具有潜在的体内应用价值。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
目前尚未公布BRD0539的详细药代动力学数据。该化合物的分子量约为435.5 g/mol，分子式为C25H25FN2O3S。它在人血浆中稳定。需要进一步研究以表征其吸收、分布、代谢和排泄特性，包括口服生物利用度、血浆蛋白结合率、清除率和半衰期。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
BRD0539 是一种无毒的 CRISPR-Cas9 抑制剂。目前尚未公布详细的毒性数据。该化合物可透过细胞膜，且在基于细胞的实验中未观察到细胞毒性。若要评估其安全性，用于潜在的治疗开发，则需要进行全面的毒理学研究。该化合物仅供研究使用。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
BRD0539（CAS号：1403838-79-8）是一种细胞渗透性且无毒的链球菌Cas9（SpCas9）抑制剂，在体外DNA切割实验中，其表观IC50值为22 μM。该化合物通过破坏SpCas9与PAM的相互作用来可逆地抑制SpCas9。它在人血浆中稳定，且不干扰SpCas9与gRNA的相互作用。其分子式为C25H25FN2O3S。BRD0539被用作调控CRISPR-Cas9活性的研究工具。
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| 分子式 |
C25H25FN2O3S
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|---|---|
| 精确质量 |
452.16
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| 元素分析 |
C, 66.35; H, 5.57; F, 4.20; N, 6.19; O, 10.61; S, 7.08
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| CAS号 |
1403838-79-8
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| PubChem CID |
54666326
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| 外观&性状 |
Off-white to light yellow solid powder
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| LogP |
4.2
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| tPSA |
78
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
6
|
| 可旋转键数目(RBC) |
4
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| 重原子数目 |
32
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| 分子复杂度/Complexity |
751
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| 定义原子立体中心数目 |
3
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| SMILES |
CC1=CC=C(C=C1)S(=O)(=O)N2CC[C@H]3[C@@H]2C4=C(C=CC(=C4)C5=CC=CC=C5F)N[C@H]3CO
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| InChi Key |
CZOIXFMISSBIJL-DCEDVJGZSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C25H25FN2O3S/c1-16-6-9-18(10-7-16)32(30,31)28-13-12-20-24(15-29)27-23-11-8-17(14-21(23)25(20)28)19-4-2-3-5-22(19)26/h2-11,14,20,24-25,27,29H,12-13,15H2,1H3/t20-,24+,25-/m1/s1
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| 化学名 |
[(3aR,4R,9bR)-8-(2-fluorophenyl)-1-(4-methylphenyl)sulfonyl-2,3,3a,4,5,9b-hexahydropyrrolo[3,2-c]quinolin-4-yl]methanol
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| 别名 |
BRD0539; BRD 0539; BRD-0539
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : 91~100 mg/mL (201.1~221 mM)
Ethanol : ~31 mg/mL (~68.5 mM) |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.52 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.52 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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