Validamycin A (Jinggangmycin A)

别名: Validamycin; jinggangmycin; VALIDAMYCIN A; 37248-47-8; Valimon; 井岗霉素;有效霉素;井冈霉素;百里达斯;稻纹散;井冈霉素A;井冈霉素A标准品;有效霉素(井冈霉素) 标准品;5)-3-羟甲基-4,5,6-三羟基-2-环己烯基] [O-Β-D-吡喃葡萄糖基-(1→3)]-1S-(1,2,4
目录号: V35147 纯度: ≥60%
Validamycin A 是一种杀菌剂和农用抗生素,最初从吸水链霉菌中提取。柠檬纽斯
Validamycin A (Jinggangmycin A) CAS号: 37248-47-8
产品类别: Fungal
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
Validamycin A 是一种杀菌剂和农用抗生素,最初从吸水链霉菌中提取。柠檬纽斯。井冈霉素 A 可抑制黄曲霉生长,其 MIC 为 1 μg/mL。 Validamycin A 对立枯丝核菌的海藻酶(海藻糖酶)具有高度抑制作用,IC50 为 72 μM。 Validamycin A 是一种可逆的酪氨酸酶抑制剂(拮抗剂),Ki 为 5.893 mM。
Validamycin A (井冈霉素A) 是由吸水链霉菌柠檬变种(Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus)产生的一种假三糖抗生素,广泛用作农用杀菌剂,防治由立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)引起的水稻纹枯病。该药作为一种前药,被真菌细胞摄取后在细胞内经β-葡萄糖苷酶水解为validoxylamine A,后者是海藻糖酶的强效竞争性抑制剂(Kᵢ = 1.9 nM)。海藻糖酶抑制导致海藻糖积累、能量代谢紊乱和菌丝异常分支,最终抑制真菌生长。Validamycin A还能以混合型方式抑制酪氨酸酶(IC₅₀ = 19.23 mM),并与两性霉素B对耐两性霉素B的黄曲霉临床分离株表现出协同抗真菌活性。该药对人细胞毒性低,在浓度高达1 mg/mL时对人支气管上皮细胞未观察到显著细胞毒性。[1,2,3]
生物活性&实验参考方法
靶点
Trehalase, tyrosinase. Validamycin A inhibits trehalase from Rhizoctonia solani with an IC₅₀ of 7.2 × 10⁻⁵ M (72 μM), and its aglycone validoxylamine A inhibits trehalase competitively with a Kᵢ of 1.9 × 10⁻⁹ M (1.9 nM). It inhibits mushroom tyrosinase with an IC₅₀ of 19.23 ± 0.26 mM, and a mixed-type inhibition constant Kᵢ of 5.893 ± 0.038 mM. [1,2,3]
Antibiotic[1], IC50: 72 μM (trehalase)[2], Ki: 5.893 mM (tyrosinase)[3]
体外研究 (In Vitro)
对立枯丝核菌海藻糖酶的抑制:Validamycin A对立枯丝核菌海藻糖酶表现出强效抑制活性,IC₅₀为7.2 × 10⁻⁵ M。其苷元validoxylamine A的抑制活性更强,Kᵢ为1.9 × 10⁻⁹ M。Validamycin A对来自立枯丝核菌的纤维素酶、果胶酶、几丁质酶、α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶和β-葡萄糖苷酶均无显著抑制作用。[2]
对酪氨酸酶的抑制:Validamycin A以剂量依赖性、可逆的方式抑制蘑菇酪氨酸酶,IC₅₀为19.23 ± 0.26 mM。抑制类型为混合型抑制,Kᵢ为5.893 ± 0.038 mM,α值为2.096 ± 0.546。失活动力学符合一级反应动力学,分为快相和慢相两个阶段,快相速率常数范围为1.54 × 10⁻³至3.60 × 10⁻³ s⁻¹,慢相速率常数范围为0.45 × 10⁻³至1.45 × 10⁻³ s⁻¹。[3]
对真菌生长和形态的影响:在“树枝状试验法”中,Validamycin A在低至0.01 μg/mL的浓度下即可引起立枯丝核菌菌丝异常分支。在富营养培养基上不显著抑制生长,但在水琼脂上特异性诱导菌丝异常分支并停止菌落发育。[2]
对黄曲霉的影响:Validamycin A在1 μg/mL浓度下显著增加黄曲霉分生孢子中海藻糖水平,延迟分生孢子萌发(特别是在10和12小时),并降低真菌黏附性。Validamycin A对黄曲霉ATCC204304的最低抑菌浓度(MIC)为1 μg/mL。[1]
与两性霉素B的联合作用:在棋盘格实验中,validamycin A与两性霉素B对黄曲霉ATCC204304表现出相加效应(FICI = 0.625)。在两性霉素B耐药(MIC > 4 μg/mL)的黄曲霉临床分离株中,两者联合表现出协同效应,FICI值为0.25–0.28,对应的validamycin A和两性霉素B浓度分别为0.125 μg/mL和2 μg/mL。[1]
对立枯丝核菌海藻糖代谢的影响:Validamycin A在0.1 μg/mL浓度下显著抑制立枯丝核菌菌丝内海藻糖的降解,表明其在体内抑制海藻糖酶活性。[2]
立枯丝核菌细胞摄取与代谢:Validamycin A可被立枯丝核菌菌丝摄取,并在细胞内被β-葡萄糖苷酶水解为具有更高抑制活性的validoxylamine A。Validamycin A(β-D-葡萄糖苷)比其苷元(validoxylamine A)或α-D-葡萄糖苷(validamycin D)更容易被摄取。[2]
井冈霉素 A(0.5–1 μg/mL;18 小时)可阻止 A 生长。分生孢子萌发并抑制黄霉菌[1]。对于人支气管上皮细胞,井冈霉素A没有细胞毒性[1]。 HIS85、HIS244、GLU256、HIS259 和 ASN260 属于有效霉素 A 直接结合的酪氨酸酶活性位点中的残基 [1]。
酶活实验
海藻糖酶抑制实验(立枯丝核菌):通过比色法测定从海藻糖释放的D-葡萄糖来检测海藻糖酶活性。反应混合物包含125 μL酶溶液、50 μL 0.4 M海藻糖、200 μL抑制剂溶液或水,以及125 μL 0.2 M磷酸盐缓冲液(pH 6.0)。在37°C孵育15分钟后,使用葡萄糖氧化酶法测定释放的葡萄糖。[2]
酪氨酸酶抑制实验:通过监测L-DOPA氧化为多巴色素时475 nm处吸光度的增加,用分光光度法测定酪氨酸酶活性。测定混合物包含2 mM L-DOPA、1.0 μg/mL酪氨酸酶和不同浓度的validamycin A,溶于50 mM磷酸钠缓冲液(pH 7.0),在25°C下进行。[3]
抑制动力学分析:使用Lineweaver-Burk双倒数图确定抑制类型。绘制斜率与y截距相对于抑制剂浓度的二级图,通过线性拟合计算混合型抑制的Kᵢ和α值。[3]
失活动力学:通过将酶与不同浓度的validamycin A(3.125–50 mM)共孵育进行酪氨酸酶抑制的时间进程研究。在不同时间间隔收集等分试样,测量残留活性。半对数图显示双相一级失活动力学,从斜率确定速率常数。[3]
荧光光谱分析:在280 nm激发后测量酪氨酸酶的内源色氨酸荧光(发射波长300–400 nm),以监测validamycin A结合引起的三级结构变化。使用ANS结合荧光(激发390 nm,发射400–600 nm)评估表面疏水性的变化。从荧光猝灭数据计算结合常数(K = 0.06 ± 0.012 mM⁻¹)和结合位点数(n = 1.06 ± 0.37)。[3]
计算对接与分子动力学模拟:使用AutoDock Vina进行对接,CHARMM结合CGENFF参数进行分子动力学模拟,研究validamycin A与酪氨酸酶的结合模式。选择最低能量簇、最大簇和活性位点附近的簇进行10 ns模拟。鉴定出五个残基(HIS85、HIS244、GLU256、HIS259和ASN260)与validamycin A相互作用,距离小于4 Å。[3]
细胞实验
黄曲霉活力测定(XTT):将黄曲霉分生孢子(10³个)接种于含或不含validamycin A的不同培养基的96孔板中,在37°C孵育18小时。加入XTT溶液(0.5 mg/mL溶于PBS),孵育15分钟,离心后测定上清液在490 nm的吸光度,评估真菌活力。[1]
真菌黏附性测定(结晶紫):将黄曲霉分生孢子(10⁵个/mL)接种于含或不含validamycin A(1 μg/mL)的沙氏葡萄糖肉汤的96孔板中,在37°C孵育24小时。轻轻洗涤后,用0.1%结晶紫染色,乙醇脱色,测定600 nm吸光度。[1]
黄曲霉分生孢子海藻糖测定:在含或不含validamycin A(1 μg/mL)的SDA上培养5天后收集黄曲霉分生孢子(2 × 10⁸个)。煮沸分生孢子,离心,使用葡萄糖氧化酶法测定上清液中的海藻糖含量。[1]
萌发实验:将黄曲霉分生孢子(1 × 10⁸个)接种于含或不含validamycin A(1 μg/mL)的沙氏葡萄糖肉汤中,在37°C下振荡培养(200 rpm)。在不同时间点,显微镜下计数100个分生孢子,计算萌发百分比。[1]
细胞毒性实验(LDH):将BEAS-2B人支气管上皮细胞(1 × 10⁴个)与不同浓度的validamycin A(1 μg/mL至1 mg/mL)共孵育24小时。在450 nm处测定LDH释放,计算相对于高对照和低对照的细胞毒性百分比。在高达1 mg/mL的浓度下未观察到显著细胞毒性。[1]
细胞增殖测定[1]
细胞类型: 黄曲霉 ATCC204304
测试浓度: 0.5 μg/mL、1 μg/mL
孵化时间:18小时
实验结果:抑制黄曲霉的生长。
药代性质 (ADME/PK)
Cellular uptake and metabolism in R. solani: Validamycin A was taken up by R. solani mycelia, and validoxylamine A (the active metabolite) was detected intracellularly within 2 hours, indicating hydrolysis by β-glucosidase. Validamycin A (β-D-glucoside) was more efficiently taken up than validoxylamine A (aglycone) or validamycin D (α-D-glucoside). [2]
Metabolism / Metabolites
In animals, cleavage to glucose and an amine residue.
Biological Half-Life
Less than or equal to 5 hr
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
Cytotoxicity to human bronchial epithelial cells: In BEAS-2B cells, validamycin A at concentrations ranging from 1 μg/mL to 1 mg/mL showed no significant cytotoxicity (LDH release) compared to controls. [1]
Insecticidal activity via tyrosinase inhibition: Validamycin A was proposed as a potential insect growth regulator due to its tyrosinase inhibitory activity, which could interfere with melanization and cuticle hardening in insects. [3]
Toxicity Data
LC50 (rat) > 5,000 mg/m3
Non-Human Toxicity Values
LD50 Rat oral > 20,000 mg/kg
LD50 Mice oral > 20,000 mg/kg
LD50 Rat percutaneous > 5000 mg/kg
参考文献

[1]. The Inhibitory Effect of Validamycin A on Aspergillus flavus. Int J Microbiol. 2020: 3972415.

[2]. Effect of validamycins on glycohydrolases of Rhizoctonia solani. J Antibiot (Tokyo). 1987 Apr;40(4):526-32.

[3]. The effect of validamycin A on tyrosinase: inhibition kinetics and computational simulation. Int J Biol Macromol. 2013 Apr;55:15-23.

其他信息
Source and structure: Validamycin A is a pseudo-trisaccharide antibiotic produced by Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus, consisting of a valienamine-validamine disaccharide (validoxylamine A) linked to a D-glucose residue via a β-glycosidic bond. It is widely used as an agricultural antibiotic against rice sheath blight caused by Rhizoctonia solani. [2,3]
Mechanism of action in fungi: Validamycin A acts as a prodrug that is taken up by fungal cells and hydrolyzed to validoxylamine A, a potent competitive inhibitor of trehalase. Trehalase inhibition leads to accumulation of trehalose, disruption of energy metabolism, and abnormal hyphal branching, ultimately inhibiting fungal growth. [2]
Mechanism of tyrosinase inhibition: Validamycin A binds to tyrosinase at the active site, interacting with residues HIS85, HIS244, GLU256, HIS259, and ASN260, which are involved in copper coordination. The mixed-type inhibition suggests binding to both free enzyme and enzyme-substrate complex. [3]
Synergistic antifungal activity: The combination of validamycin A with amphotericin B showed synergistic effects against amphotericin B-resistant clinical isolates of A. flavus, suggesting a potential role as an adjunctive therapy for fungal infections. [1]
Clinical relevance: Validamycin A has low toxicity to humans and is already extensively used in agriculture, making it an attractive candidate for repurposing as an antifungal agent or insect growth regulator. [1,3]
Validamycin A is a member of the class of validamycins that is (1R,2S,3S,4S,6R)-4-amino-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3-triol in which the hydroxy group at position 1 has been converted to its beta-D-glucoside and in which one of the hydrogens attached to the nitrogen is replaced by a (1R,4R,5R,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl group. It is the major validamycin produced by Streptomyces hygroscopicus. It has a role as an EC 2.4.1.231 [alpha,alpha-trehalose phosphorylase (configuration-retaining)] inhibitor, an EC 2.4.1.64 (alpha,alpha-trehalose phosphorylase) inhibitor, an EC 3.2.1.28 (alpha,alpha-trehalase) inhibitor and an antifungal agrochemical. It is a member of validamycins, a secondary amino compound, a polyol and an antibiotic fungicide. It is a conjugate base of a validamycin A(1+).
Validamycin A has been reported in Streptomyces anthocyanicus, Streptomyces hygroscopicus, and Streptomyces lividans with data available.
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H35NO13
分子量
497.49
精确质量
497.21
元素分析
C, 48.29; H, 7.09; N, 2.82; O, 41.81
CAS号
37248-47-8
PubChem CID
443629
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.7±0.1 g/cm3
沸点
813.7±65.0 °C at 760 mmHg
熔点
130-135ºC
闪点
445.9±34.3 °C
蒸汽压
0.0±6.6 mmHg at 25°C
折射率
1.689
LogP
-5.43
tPSA
253.02
氢键供体(HBD)数目
12
氢键受体(HBA)数目
14
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
34
分子复杂度/Complexity
697
定义原子立体中心数目
14
SMILES
C1[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]([C@H]1N[C@H]2C=C([C@H]([C@@H]([C@H]2O)O)O)CO)O)O)O[C@H]3[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O)O)O)CO
InChi Key
JARYYMUOCXVXNK-CSLFJTBJSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H35NO13/c22-3-6-1-8(12(26)15(29)11(6)25)21-9-2-7(4-23)19(17(31)13(9)27)34-20-18(32)16(30)14(28)10(5-24)33-20/h1,7-32H,2-5H2/t7-,8+,9+,10-,11-,12+,13+,14-,15+,16+,17-,18-,19-,20+/m1/s1
化学名
(2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(1R,2R,3S,4S,6R)-2,3-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-[[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino]cyclohexyl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol
别名
Validamycin; jinggangmycin; VALIDAMYCIN A; 37248-47-8; Valimon;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O : 125 mg/mL (251.26 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 100 mg/mL (201.01 mM) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0101 mL 10.0505 mL 20.1009 mL
5 mM 0.4020 mL 2.0101 mL 4.0202 mL
10 mM 0.2010 mL 1.0050 mL 2.0101 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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