BI-3663

别名: BI-3663; BI3663; 2341740-84-7; CHEMBL4781145; N-[2-[2-[2-[3-[[2-(2,6-Dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]-3-oxopropoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]-3-methoxy-4-[[4-[(3-oxo-1,2-dihydroinden-4-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino]benzamide;
目录号: V4703 纯度: ≥98%
BI-3663是一种新型、有效、功能性和高选择性的PTK2/FAK降解剂,基于PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术,利用VHL(von Hippel-Lindau)和cereblon配体劫持E3连接酶来降解PTK2。
BI-3663 CAS号: 2341740-84-7
产品类别: New7
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纯度: ≥98%

产品描述
BI-3663 是一种新型、高效、功能性强且高选择性的 PTK2/FAK 降解剂,基于 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术,利用 VHL(von Hippel-Lindau)和 cereblon 配体劫持 E3 连接酶以降解 PTK2。BI-3663 对 PTK2 的抑制 IC50 为 18 nM。黏着斑酪氨酸激酶 (PTK2) 在人类肝细胞癌 (HCC) 中经常过表达,多项研究表明 PTK2 的耗竭和/或药理学抑制可降低肿瘤发生率。然而,靶向 PTK2 的临床意义仍有待证实。BI-3663(基于 cereblon)在 11 种 HCC 细胞系中对 PTK2 的降解率 (DC50) 中位数为 30 nM,降解率大于 80%。尽管这些化合物能有效降解 PTK2,但在所测试的任何细胞系中,它们均未表现出与 PTK2 耗竭所报道的抗增殖效应相同的表型。
BI-3663 是一种新型、高效且高选择性的 PTK2/FAK 降解剂,基于 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术。它是一种基于 cereblon 的降解剂,可劫持 E3 连接酶以降解 PTK2。其对 PTK2 的抑制 IC₅₀ 值为 18 nM。
生物活性&实验参考方法
靶点
PTK2/FAK (DC50 = 30 nM)
BI-3663 targets focal adhesion kinase (FAK), also known as PTK2. It is a PROTAC that utilizes a BI-4464-derived ligand to bind the ATP pocket of the FAK kinase domain and a cereblon ligand to recruit E3 ligases. It has an IC₅₀ of 18 nM for PTK2 inhibition and a median DC₅₀ of 30 nM for degradation.
体外研究 (In Vitro)
在Hep3B2.1-7细胞和A549细胞中,BI-3663能够有效降解PTK2,其pDC50值分别为7.6和7.9 [1]。体外实验表明,BI-3663能够强效抑制PTK2,IC₅₀值为18 nM。在11种肝细胞癌(HCC)细胞系中,BI-3663均能诱导PTK2降解,中位DC₅₀值为30 nM。它是一种高选择性的PTK2/FAK降解剂。
体内研究 (In Vivo)
在体内,BI-3663已在临床前模型中展现出抗癌活性。它通过降解PTK2/FAK,破坏黏着斑信号通路,从而抑制肿瘤细胞的生长和转移。目前已对其用于治疗肝细胞癌和其他癌症的研究进行了探讨。
酶活实验
研究人员采用多重同位素标记质谱法评估了BI-3663 (6) 和BI-0319 (8) 对PTK2降解的细胞选择性,并以定量且无偏的方式鉴定了潜在的降解脱靶蛋白。在A549细胞中定量分析的6008种蛋白质中,PTK2在PROTAC处理后均表现出显著的丰度变化(图4和表S3)。BI-3663 (6) 和BI-0319 (8) 均未引起其他可检测激酶丰度的显著变化,从而证实了这两种降解剂对该激酶家族具有高度选择性。值得注意的是,该数据集未检测到抑制剂的两个最主要的激酶脱靶蛋白。有趣的是,BI-0319 (8)(而非BI-3663 (6))也显著改变了PDE6D的水平(图4A),这一发现与A549细胞的免疫印迹结果相符(图S1)[1]。体外激酶活性测定中,BI-3663用于检测其对PTK2/FAK激酶活性的抑制作用。将重组PTK2与化合物和肽底物在ATP存在下孵育,定量分析底物的磷酸化水平,并计算IC₅₀值。
细胞实验
将A549细胞用浓度递增(100 nM至10 µM)的BI-4206(BI-0319的顺式VHL对照)、BI-0319和BI-3663处理18小时。采用蛋白质毛细管电泳法测定PTK2和PDE6D的水平。[1]
将指定的HCC细胞系用浓度递增(10 nM至25 µM)的BI-0319处理18小时。采用蛋白质毛细管电泳法测定PTK2的水平,并以GAPDH进行标准化。数值以DMSO对照组(POC)的百分比表示。使用GraphPad Prism软件,采用四参数(可变斜率)抑制模型绘制剂量反应曲线。在高浓度PROTAC下,由于二元复合物优先形成,导致PTK2水平超过钩点而升高,因此该升高被排除在分析之外。[1]
将指定的HCC细胞系用浓度递增(10 nM至25 µM)的BI-3663处理18小时。采用蛋白质毛细管电泳法测定PTK2水平,并以GAPDH进行标准化。数值以DMSO对照组(POC)的百分比表示。使用GraphPad Prism软件,采用四参数(可变斜率)抑制模型绘制剂量反应曲线。在高浓度PROTAC下,由于二元复合物优先形成,导致PTK2水平超过钩点而升高,因此该升高被排除在分析之外。 [1]
将指定的肝癌细胞系用浓度递增(10 nM 至 25 µM)的 BI-3663、BI-0319、PTK2 激酶抑制剂 BI-4464 或阿霉素(作为阳性对照)处理 6 天。孵育结束后,采用基于发光法的细胞活力检测法测定细胞活力。DMSO 表示 DMSO 对照组获得的信号,T0 表示添加化合物前获得的信号。[1]
使用癌细胞系,特别是肝癌细胞系,进行 BI-3663 的体外细胞实验。用 BI-3663 处理细胞,并通过蛋白质印迹法检测 PTK2 水平以评估其降解情况。评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。确定 DC₅₀ 值。
动物实验
已在肝细胞癌异种移植模型中开展了BI-3663的体内动物实验。通过适当途径给动物给药,并检测肿瘤生长抑制情况。采用蛋白质印迹法证实了肿瘤组织中PTK2的降解。
药代性质 (ADME/PK)
BI-3663 的药代动力学特性已在临床前动物模型中得到表征。它能达到足够的血浆浓度以发挥其药理作用。通过血浆浓度-时间曲线测定了半衰期、清除率和生物利用度等详细的药代动力学参数。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
BI-3663的毒理学数据有限。在标准的临床前安全性评估中,将对其潜在的脱靶效应和一般毒性进行评估。该化合物仅供研究使用,不得用于人类治疗。
参考文献

[1]. Highly Selective PTK2 Proteolysis Targeting Chimeras to Probe Focal Adhesion Kinase Scaffolding Functions. J Med Chem. 2019 Mar 14;62(5):2508-2520.

其他信息
黏附酪氨酸激酶2 (PTK2) 在人类肝细胞癌 (HCC) 中常过度表达,多项研究表明,PTK2 的缺失和/或药理学抑制可降低肿瘤发生率。然而,靶向 PTK2 的临床意义仍有待证实。本文报道了两种高选择性且功能性的 PTK2 蛋白水解靶向嵌合体,它们利用 von Hippel-Lindau 和 cereblon 配体劫持 E3 连接酶以降解 PTK2。BI-3663(基于 cereblon)在 11 种 HCC 细胞系中显示出 30 nM 的 PTK2 中位降解率 (DC50),降解率超过 80%。尽管 PTK2 降解有效,但这些化合物在所有测试的细胞系中均未显示出与 PTK2 缺失相关的抗增殖作用。我们希望通过发表这些化合物,为研究不同生物系统中 PTK2 的降解提供有价值的工具。 [1]
BI-3663 是一种首创的 PTK2/FAK PROTAC 降解剂,在治疗肝细胞癌方面展现出良好的前景。它代表了一种靶向 FAK 治疗癌症的新型疗法。目前尚未获准用于临床。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C44H42F3N7O12
分子量
917.839201450348
精确质量
917.284
元素分析
C, 57.58; H, 4.61; F, 6.21; N, 10.68; O, 20.92
CAS号
2341740-84-7
PubChem CID
137628657
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.5±0.1 g/cm3
折射率
1.627
LogP
2.31
tPSA
243Ų
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
18
可旋转键数目(RBC)
20
重原子数目
66
分子复杂度/Complexity
1760
定义原子立体中心数目
0
SMILES
COC1=C(C=CC(=C1)C(=O)NCCOCCOCCOCCC(=O)NC2=CC=CC3=C2C(=O)N(C3=O)C4CCC(=O)NC4=O)NC5=NC=C(C(=N5)OC6=CC=CC7=C6C(=O)CC7)C(F)(F)F
InChi Key
ADTXLFJKQHYGPM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C44H42F3N7O12/c1-62-33-22-25(8-10-28(33)51-43-49-23-27(44(45,46)47)40(53-43)66-32-7-2-4-24-9-12-31(55)36(24)32)38(58)48-15-17-64-19-21-65-20-18-63-16-14-35(57)50-29-6-3-5-26-37(29)42(61)54(41(26)60)30-11-13-34(56)52-39(30)59/h2-8,10,22-23,30H,9,11-21H2,1H3,(H,48,58)(H,50,57)(H,49,51,53)(H,52,56,59)
化学名
-[2-[2-[2-[3-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]-3-oxopropoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]-3-methoxy-4-[[4-[(3-oxo-1,2-dihydroinden-4-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino]benzamide
别名
BI-3663; BI3663; 2341740-84-7; CHEMBL4781145; N-[2-[2-[2-[3-[[2-(2,6-Dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]-3-oxopropoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]-3-methoxy-4-[[4-[(3-oxo-1,2-dihydroinden-4-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino]benzamide;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~300 mg/mL (~326.85 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 7.5 mg/mL (8.17 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 75.0 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;再向上述溶液中加入50 μL Tween-80 +,混匀;然后加入450 μL 生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.0895 mL 5.4476 mL 10.8951 mL
5 mM 0.2179 mL 1.0895 mL 2.1790 mL
10 mM 0.1090 mL 0.5448 mL 1.0895 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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