| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
As a chemical probe, Biotin-PEG4-dialkoxydiphenylsilane-picolyl azide does not have a biological target in the traditional sense. Instead, its “target” is the cohort of cell surface glycoproteins that can be covalently labeled via click chemistry. The picolyl azide group reacts with alkyne-modified sugars (e.g., via metabolic labeling with alkynylated monosaccharides like N-azidoacetylgalactosamine (GalNAz)) that have been incorporated into glycoproteins. The compound is then used as an enrichment tool to capture, isolate, and identify these glycoproteins using streptavidin beads. The acid-cleavable linker allows for gentle elution, preserving the native structure of the glycoproteins for downstream analysis. The biotin moiety ensures specific binding to streptavidin, which can be immobilized on magnetic beads or agarose resins. This probe is particularly useful for identifying changes in glycosylation patterns associated with disease, such as cancer or inflammation. It also allows for the study of glycoprotein dynamics on the cell surface. Thus, the probe serves as a tool for mapping the glycoproteome.
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| 体外研究 (In Vitro) |
体外研究主要集中于该化合物标记和富集细胞表面糖蛋白的能力。典型的实验首先用炔基化糖（例如N-叠氮乙酰氨基葡萄糖 (GlcNAz) 或N-叠氮乙酰氨基半乳糖 (GalNAz)）对细胞进行代谢标记，这些炔基化糖会掺入糖蛋白的聚糖链中。洗涤后，在铜催化剂（例如CuSO4和THPTA）和还原剂（抗坏血酸钠）存在下，将细胞与生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物孵育，以进行点击化学反应。吡啶基叠氮化物特异性地与糖蛋白上的炔基反应，形成稳定的三唑键。然后裂解细胞，并使用链霉亲和素包被的磁珠捕获生物素标记的糖蛋白。洗去未结合的蛋白质后，通过酸性裂解硅烷连接基团（例如，使用 1-5% 甲酸或 0.1 M 柠檬酸钠，pH 3.0）洗脱捕获的糖蛋白。然后用胰蛋白酶消化洗脱的蛋白质，并通过质谱分析进行鉴定和定量。可以通过比较鉴定出的糖蛋白数量与对照组（例如，未标记糖、未添加探针或不可裂解探针）来评估探针的效率。酸裂解特性对于释放糖蛋白至关重要，因为它无需进行剧烈的变性处理，从而避免了样品降解。PEG4 连接基团可提高探针的溶解度并减少非特异性结合。在体外，该化合物的常用浓度为 10-100 uM。
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| 体内研究 (In Vivo) |
由于该探针主要用于离体或体外糖蛋白标记和富集，因此通常不进行体内研究。然而，理论上，如果将叠氮基团与荧光团或放射性核素偶联，并在体内进行点击化学反应（例如，使用生物正交化学），则该探针可用于体内成像或标记。该探针被设计为一种用于细胞表面标记的化学生物学工具，其体内应用并非主要目的。尽管酸可裂解的硅烷连接基可能允许在体内释放有效载荷，但这并非其预期用途。该化合物的用途在于对细胞表面糖蛋白组进行蛋白质组学表征，这可以在用炔基化糖进行体内代谢标记后对组织样本进行。例如，可以给小鼠注射 GalNAz，收集组织，然后使用该探针从组织裂解液中富集糖蛋白。这种离体方法结合了体内标记和体外富集。目前尚未发表针对该化合物的详细体内研究结果。
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| 酶活实验 |
体外使用该探针的方案涉及吡啶基叠氮化物与炔基修饰的糖蛋白之间的铜催化点击化学反应 (CuAAC)。首先，用 50-200 uM 的叠氮糖（例如 GalNAz）对细胞进行代谢标记，持续 24-72 小时。洗涤细胞后，将其与生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物探针 (50-100 uM) 在含有 CuSO4 (1 mM)、THPTA (1 mM) 和抗坏血酸钠 (5 mM) 的 PBS 缓冲液中于室温孵育 1-2 小时。用含有 1 mM EDTA 的 PBS 缓冲液洗涤以终止点击反应。然后用含有蛋白酶抑制剂的 RIPA 缓冲液（或不含还原剂的裂解缓冲液）裂解细胞。将裂解液与链霉亲和素磁珠（每毫克蛋白使用100微升磁珠）于4℃孵育2小时。用0.1% SDS/PBS洗涤3-5次后，将磁珠转移至新的离心管中，并用100微升1-5%甲酸溶液孵育10-30分钟洗脱标记的糖蛋白。用1 M Tris-HCl（pH 8.0）中和洗脱液，并用胰蛋白酶消化蛋白质，用于LC-MS/MS分析。为进行质量控制，可取少量样品进行SDS-PAGE凝胶电泳，并用考马斯亮蓝或银染法染色，以检测是否存在蛋白条带。对照样品（不含叠氮糖或探针）中未出现条带，证实了特异性。
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| 细胞实验 |
体外细胞实验方案如上所述。具体而言，将贴壁细胞（例如HEK293、HeLa或癌细胞系）接种于10 cm培养皿中，培养至80-90%汇合度。将培养基更换为含有50-200 uM全乙酰化叠氮糖（例如Ac4GalNAz）的培养基，培养48小时，以促进糖蛋白的代谢掺入。之后用PBS缓冲液洗涤细胞三次，以去除未掺入的糖。新鲜配制点击化学反应混合物：生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物（100 uM）、硫酸铜（1 mM）、四氢吡啶并三唑（1 mM）和抗坏血酸钠（5 mM），溶于PBS缓冲液中。将混合物加入细胞中（每10 cm培养皿2 mL），并在室温下轻柔摇晃孵育1小时。然后用含1 mM EDTA的PBS缓冲液洗涤细胞三次，以去除铜和未反应的探针。用500 uL RIPA裂解缓冲液（50 mM Tris-HCl pH 7.4、150 mM NaCl、1% NP-40、0.5%脱氧胆酸钠、0.1% SDS、蛋白酶抑制剂混合物）裂解细胞。裂解液在4℃下以13,000 rpm离心10分钟以去除细胞碎片。采用BCA法测定蛋白浓度。取等量蛋白（1-2 mg）与50 uL预洗涤的链霉亲和素磁珠混合，并在4℃下旋转孵育2小时。用磁铁收集磁珠，并去除上清液。将磁珠用 1 mL 0.1% SDS 的 PBS 溶液洗涤 3 次，再用 PBS 溶液洗涤 3 次。洗脱时，向磁珠中加入 50 uL 1-5% 甲酸溶液，孵育 15 分钟。收集上清液（洗脱液），并用 2.5 uL 1 M Tris-HCl (pH 8.0) 中和。洗脱液可用于链霉亲和素-HRP 免疫印迹分析或银染分析。质谱分析时，洗脱液用胰蛋白酶消化，并进行 LC-MS/MS 分析。点击反应后通常不评估细胞活力，但铜催化剂可能对细胞有毒性；如果担心细胞活力，可以使用双环壬炔 (BCN) 修饰的糖进行无铜点击化学反应 (SPAAC)。
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| 动物实验 |
由于CuAAC点击化学反应所需的铜催化剂对动物有毒，因此通常不使用该特定探针进行体内动物实验。然而，如果需要进行体内标记，则需要采用无铜点击化学方法，使用张力炔烃（例如DBCO或BCN）代替末端炔烃，并且探针需要一个互补的叠氮基团。或者，也可以对已用叠氮糖代谢标记的动物组织样本进行离体标记。例如，可以连续3天，每天腹腔注射100 μL 100 mM Ac4GalNAz（溶于DMSO）给C57BL/6小鼠。收集组织（肝脏、肾脏、脑、肿瘤），匀浆，然后按照体外实验方案所述，对裂解液进行点击反应和富集。这种方法可以鉴定组织特异性糖蛋白。该探针的酸可裂解连接子使其能够分析一些难以从链霉亲和素磁珠上洗脱的糖蛋白。然而，目前尚无使用该探针进行的体内研究发表。出于研究目的，该探针通常用于培养细胞或组织裂解液中。该化合物在标记浓度下被认为是无毒的。它不适用于体内治疗用途。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
由于生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物是一种化学生物学工具，不适用于全身给药，因此目前尚无其药代动力学 (PK) 数据。该化合物的分子量为 978.24 g/mol，高于口服吸收的典型阈值 (>500 道尔顿)。PEG4 连接基可提高水溶性，但该化合物整体口服生物利用度可能较差，且不适用于体内吸收。硅烷连接基在血浆（酸性条件）中可能不稳定。该化合物在生物体液中的半衰期尚未研究。体外实验中，该化合物通常配制成 10-100 mM 的 DMSO 储备液，并储存于 -80℃。工作液用 PBS 或细胞培养基稀释。由于硅烷连接基可能发生氧化或水解，该化合物在室温下的溶液稳定性仅为数小时。该化合物应以固体粉末形式储存于-20℃，避光防潮。标记实验建议每次均配制新鲜的反应混合物。由于该化合物不用作治疗药物，因此无需进行药代动力学分析。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
由于生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物是一种研究试剂，不适用于人体，因此尚未对其进行正式的毒性研究。在细胞培养中，该化合物（在铜催化剂存在下，浓度为100 μM，孵育1-2小时）不会立即引起细胞毒性，这通过台盼蓝排除法或24小时后的MTT法检测得出。然而，铜催化剂（CuSO4）本身在细胞内浓度高于1 mM时具有毒性。为了最大限度地降低毒性，如果标记效率足够高，可以将铜浓度降低至100 μM，或者可以使用无铜点击化学方法。该探针本身（不含铜）可能无毒，因为生物素和PEG4基团通常具有生物相容性，而吡啶基叠氮化物基团稳定。然而，硅烷基团可以水解生成硅醇，硅醇可能具有反应活性，但在中性pH条件下，这种水解反应很缓慢。该化合物具有酸可裂解特性，这意味着其连接基团在 pH 7.4 时稳定，但在 pH < 5 时会发生裂解。因此，在低 pH 值的细胞区室（例如溶酶体）中，探针可能会被裂解，但这不会产生毒性。目前尚无关于该化合物是否具有遗传毒性、生殖毒性或致癌性的数据。与所有化学探针一样，应遵循标准的实验室安全操作规程：佩戴手套、实验服和护目镜。避免吸入粉末和皮肤接触。根据当地法规处理废弃物。该化合物应被视为刺激物。如有任何泄漏，请用吸水材料清理并用水冲洗该区域。该化合物不具有易燃性。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
其他信息：生物素-PEG4-二烷氧基二苯基硅烷-吡啶基叠氮化物是一种仅供实验室使用的研究级化学探针，尚未获准用于临床。该化合物应用于化学生物学、糖生物学和蛋白质组学领域。它属于可点击富集探针家族，可用于选择性分离细胞表面糖蛋白。与其他基于生物素的富集探针不同，该化合物的独特之处在于其含有酸可裂解的连接基团，这使得捕获的蛋白质能够温和洗脱，无需在含SDS的缓冲液中煮沸。该化合物的设计基于DADPS（二烷氧基二苯基硅烷）连接基团，该基团在中性和碱性条件下稳定，但在弱酸性条件（pH 3-5）下可裂解。这一特性对于质谱分析尤为重要，因为酸裂解不会引入交联，并且在糖蛋白上留下的残留质量极少。该化合物的分子式为C4₇H₆₇N₉O10SSi，精确分子量为977.45 g/mol。纯度>95%（通常>98%）。储存方式：干燥保存于-20℃，呈固体状态。使用时，用DMSO配制储备液（10-50 mM）。该化合物应避光防潮保存。用于细胞标记时，工作浓度为10-100 μM。该化合物可用于活细胞和固定细胞的标记，但活细胞标记需要铜催化剂无毒，这可以通过使用铜螯合配体（例如THPTA或BTTAA）来降低毒性来实现。该化合物不适用于体内应用，但研究人员已报道，在无铜点击化学发展后，使用类似的探针结合生物正交化学方法进行体内成像。该化合物的CAS号为2599839-59-3，也称为“生物素-PEG4-DADPS-吡啶基叠氮化物”。它并非药物，也没有临床应用。研究人员应注意，叠氮基团在接触还原剂（例如DTT、TCEP）时会被还原为胺基，因此在点击反应前应避免添加此类还原剂。为获得最佳结果，点击反应应在惰性气氛（N2或Ar）和黑暗条件下进行。该探针与含有去垢剂的细胞裂解缓冲液兼容。在Western blot检测中，生物素化蛋白可直接使用链霉亲和素-HRP进行检测，无需使用一抗。该探针可从多家化学品供应商处获得。请勿在有效期后使用该化合物。请务必参考制造商提供的具体操作步骤。该化合物仅供研究使用，不得用于诊断或治疗用途。
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| 分子式 |
C47H67N9O10SSI
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|---|---|
| 分子量 |
978.24
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| 精确质量 |
977.45
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| CAS号 |
2599839-59-3
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| PubChem CID |
163322293
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
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| tPSA |
236
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| 氢键供体(HBD)数目 |
5
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| 氢键受体(HBA)数目 |
14
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| 可旋转键数目(RBC) |
34
|
| 重原子数目 |
68
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| 分子复杂度/Complexity |
1540
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| 定义原子立体中心数目 |
3
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| SMILES |
[Si](C1C=CC=CC=1)(C1C=CC=CC=1)(OCCCNC(C1=CN=C(CN=[N+]=[N-])C=C1)=O)OC(C)(C)CNC(=O)CCOCCOCCOCCOCCNC(=O)CCCC[C@@H]1SC[C@]2([H])NC(=O)N[C@]12[H]
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| InChi Key |
SGCWLLPKOCPPEB-UEMJTUMQSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C47H67N9O10SSi/c1-47(2,66-68(38-12-5-3-6-13-38,39-14-7-4-8-15-39)65-23-11-21-50-45(59)36-18-19-37(51-32-36)33-53-56-48)35-52-43(58)20-24-61-26-28-63-30-31-64-29-27-62-25-22-49-42(57)17-10-9-16-41-44-40(34-67-41)54-46(60)55-44/h3-8,12-15,18-19,32,40-41,44H,9-11,16-17,20-31,33-35H2,1-2H3,(H,49,57)(H,50,59)(H,52,58)(H2,54,55,60)/t40-,41-,44-/m0/s1
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| 化学名 |
N-[3-[[1-[3-[2-[2-[2-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoylamino]-2-methylpropan-2-yl]oxy-diphenylsilyl]oxypropyl]-6-(azidomethyl)pyridine-3-carboxamide
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。 (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~100 mg/mL (~102.22 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.56 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.56 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.56 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.0222 mL | 5.1112 mL | 10.2224 mL | |
| 5 mM | 0.2044 mL | 1.0222 mL | 2.0445 mL | |
| 10 mM | 0.1022 mL | 0.5111 mL | 1.0222 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
InvivoChem的所有产品仅用于作科学研究，不面向患者销售
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