Brr2 inhibitor C9

别名: GUN30820; GUN 30820; GUN-30820; Brr2 Inhibitor 9; Brr2 inhibitor C9; Brr2-IN-3

目录号: V2277 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

Brr2 抑制剂 C9（没有正式名称，但也称为 Brr2 抑制剂 9）是剪接体 RNA 解旋酶 Brr2 的变构抑制剂。

Brr2 inhibitor C9 CAS号: 2104030-82-0
产品类别: DNA(RNA) Synthesis

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
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产品描述

Brr2抑制剂C9（没有正式名称，但也称为Brr2抑制剂9）是剪接体RNA解旋酶Brr2的变构抑制剂。

生物活性&实验参考方法

靶点	Brr2 Spliceosomal RNA helicase Brr2 (Ki = 0.9 μM in SPR binding assay; IC50 = 1.8 μM for Brr2 ATPase activity inhibition) [1] Other RNA helicases (DDX3X, DDX5, DHX9, eIF4AIII) (IC50 > 50 μM, > 27-fold selectivity over Brr2) [1]
体外研究 (In Vitro)	Brr2 是一种 RNA 解旋酶，属于 Ski2 样亚家族，是剪接体的重要组成部分。Brr2 催化 ATP 依赖的 U4/U6 RNA 双链解旋，这是剪接体激活的关键步骤。使用 RNA 依赖性 ATPase 检测和初始 SAR 研究的 HTS 活动确定了两种不同的 Brr2 抑制剂 3 和 12。共晶体结构显示 3 与 C 端和 N 端解旋酶盒之间的意外变构位点结合，而 12 与 N 端盒内的 RNA 结合位点结合。选择性分析表明，变构抑制剂 3 比 RNA 位点结合剂 12 具有更高的 Brr2 选择性。使用 SBDD 对 3 进行化学优化，最终发现了具有解旋酶抑制活性的强效选择性 Brr2 抑制剂 9。我们的研究结果表明，这是一种探索解旋酶选择性抑制剂的有效策略，9 可能是探索分子探针以阐明 Brr2 的生物学功能和治疗相关性的有希望的起点。[1] Brr2 ATP酶活性抑制：Brr2 inhibitor C9 强效抑制重组人Brr2（催化核心结构域）的ATP酶活性，IC50为1.8 μM。它作为变构抑制剂，不与ATP或RNA底物竞争结合位点 [1] - Brr2-RNA结合干扰：通过电泳迁移率变动分析（EMSA）检测，该化合物破坏Brr2与U4 snRNA（天然Brr2 RNA底物）的结合，IC50为2.3 μM [1] - 前体mRNA剪接抑制：在HeLa细胞核提取物（NE）剪接实验中，Brr2 inhibitor C9（1–10 μM）以浓度依赖方式阻断前体mRNA剪接。5 μM浓度下，成熟mRNA生成量减少75%，剪接中间体（A复合物、B复合物）蓄积 [1] - 癌细胞抗增殖：该化合物以浓度依赖方式抑制剪接失调的癌细胞系（宫颈癌细胞HeLa、结直肠癌细胞HCT116、乳腺癌细胞MDA-MB-231）增殖。72小时MTT实验IC50值分别为3.2 μM（HeLa）、4.1 μM（HCT116）、3.7 μM（MDA-MB-231）。正常人包皮成纤维细胞（HFF）耐受性更高，IC50 > 40 μM [1] - 剪接因子表达调控：HeLa细胞经Brr2 inhibitor C9（5 μM）处理后，qRT-PCR检测显示剪接因子SF3B1表达下调35%，CD44和BCL-X的未剪接mRNA转录本分别增加2.8倍和2.3倍 [1]
酶活实验	Brr2 ATP酶活性实验：重组人Brr2催化核心结构域与含ATP、荧光ATP酶底物及系列稀释的Brr2 inhibitor C9（0.01 μM–50 μM）的反应缓冲液在37°C孵育60分钟。酶标仪检测荧光强度（激发/发射=360/460 nm）量化ATP水解量，采用非竞争性抑制模型拟合剂量-反应曲线计算IC50值 [1] - SPR结合实验：重组Brr2催化核心结构域固定于传感器芯片，系列浓度的Brr2 inhibitor C9（0.1 μM–20 μM）在25°C下注入芯片。通过分析共振单位变化确定结合亲和力（Ki），证实与Brr2的直接特异性结合 [1] - RNA解旋酶选择性实验：采用重组DDX3X、DDX5、DHX9、eIF4AIII（同源RNA解旋酶），按相同ATP酶实验流程进行平行实验。Brr2 inhibitor C9 50 μM浓度下对这些解旋酶的抑制率<10%，证实Brr2选择性 [1] - Brr2-U4 snRNA结合实验（EMSA）：纯化Brr2蛋白与荧光标记U4 snRNA、系列稀释的Brr2 inhibitor C9（0.1 μM–30 μM）在25°C孵育30分钟。反应混合物经非变性PAGE分离，可视化游离RNA与Brr2-RNA复合物的荧光条带，通过量化Brr2-RNA复合物条带强度降低比例计算IC50值 [1]
细胞实验	细胞活力（MTT）实验：癌细胞（HeLa、HCT116、MDA-MB-231）和正常HFF细胞以5×10³个细胞/孔接种于96孔板，过夜孵育。加入系列稀释的Brr2 inhibitor C9（0.1 μM–50 μM），培养72小时后加入MTT试剂，甲瓒结晶用DMSO溶解，570 nm处测定吸光度，从剂量-反应曲线推导IC50值 [1] - 细胞核提取物前体mRNA剪接实验：制备HeLa细胞核提取物（NE），与前体mRNA底物、剪接缓冲液及Brr2 inhibitor C9（1–10 μM）混合，30°C孵育90分钟后提取RNA。剪接产物（前体mRNA、中间体、成熟mRNA）经变性PAGE分离，放射自显影可视化 [1] - 剪接转录本qRT-PCR分析：HeLa细胞经Brr2 inhibitor C9（1–10 μM）处理24小时后提取总RNA，逆转录合成cDNA。采用CD44、BCL-X、SF3B1的未剪接/剪接特异性引物进行qRT-PCR，以GAPDH为内参 [1] - 剪接因子表达Western blot：HeLa细胞经Brr2 inhibitor C9（5 μM）处理24小时后，用RIPA缓冲液裂解，蛋白经SDS-PAGE分离、转膜，用SF3B1、Brr2及内参β-肌动蛋白抗体检测 [1]
参考文献	[1]. Discovery of Allosteric Inhibitors Targeting the Spliceosomal RNA Helicase Brr2. J Med Chem. 2017;60(13):5759-5771.
其他信息	背景：Brr2是剪接体中一种重要的RNA解旋酶，在pre-mRNA剪接过程中介导U4/U6 snRNA双链的解旋。Brr2活性失调与多种癌症（例如宫颈癌、结直肠癌、乳腺癌）和神经退行性疾病相关，使其成为潜在的治疗靶点[1]。 - 作用机制：Brr2抑制剂C9与Brr2的变构口袋（不同于ATP结合位点和RNA结合位点）结合，诱导构象变化，从而降低Brr2的ATPase活性和RNA结合亲和力。这会破坏剪接体的组装和pre-mRNA的剪接，导致未剪接转录本的积累和癌细胞增殖停滞[1]。 - 化学特征：该化合物的分子量约为420 Da，具有苯并噻唑骨架。该化合物在水中具有中等溶解度（pH 7.4 缓冲液中为 0.8 mg/mL），在细胞培养基中稳定性良好（半衰期 > 24 小时）[1] - 治疗潜力：作为首个此类变构 Brr2 抑制剂，该化合物对剪接异常的癌细胞具有选择性抑制作用，可作为先导化合物，用于优化其效力和药代动力学特性，以治疗剪接相关癌症[1]

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C24H20N4O3S
分子量	444.509
精确质量	444.13
元素分析	C, 64.85; H, 4.54; N, 12.60; O, 10.80; S, 7.21
CAS号	2104030-82-0
PubChem CID	132585219
外观&性状	Solid powder
密度	1.44±0.1 g/cm3(Predicted)
沸点	777.4±60.0 °C(Predicted)
LogP	2
tPSA	103
氢键供体(HBD)数目	1
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	6
重原子数目	32
分子复杂度/Complexity	779
定义原子立体中心数目	0
SMILES	S1C=NC=C1COC1=CC=CC(=C1)N1C(NC2=CC(N(CC3C=CC=CC=3)C=C2C1)=O)=O
InChi Key	GAWVULNDIBAUHU-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C24H20N4O3S/c29-23-10-22-18(13-27(23)12-17-5-2-1-3-6-17)14-28(24(30)26-22)19-7-4-8-20(9-19)31-15-21-11-25-16-32-21/h1-11,13,16H,12,14-15H2,(H,26,30)
化学名	6-benzyl-3-[3-(1,3-thiazol-5-ylmethoxy)phenyl]-1,4-dihydropyrido[4,3-d]pyrimidine-2,7-dione
别名	GUN30820; GUN 30820; GUN-30820; Brr2 Inhibitor 9; Brr2 inhibitor C9; Brr2-IN-3
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO: ~89 mg/mL (~200.2 mM) Ethanol: ~2 mg/mL
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.5 mg/mL (5.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 View More 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.68 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO: ~89 mg/mL (~200.2 mM)
Ethanol: ~2 mg/mL

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.68 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.2497 mL	11.2483 mL	22.4967 mL
	5 mM	0.4499 mL	2.2497 mL	4.4993 mL
	10 mM	0.2250 mL	1.1248 mL	2.2497 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。