c16 ceramide

别名: C16 Ceramide; C16-ceramide; DTXSID301317974; RefChem:573083; ...; 24696-26-2; N-棕榈酰神经鞘氨醇;N-棕榈酰神经鞘氨醇; C16 神经酰胺(N-十六烷酰鞘氨醇,D-赤)
目录号: V41865 纯度: ≥98%
C16-神经酰胺是一种天然小分子,可通过直接选择性结合激活/激动 p53。
c16 ceramide CAS号: 24696-26-2
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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  • C16-Ceramide-d31
  • C16-Ceramide-13C16
  • C16-Ceramide-d9
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纯度: =99.53%

产品描述
C16-神经酰胺是一种天然小分子,可通过直接选择性结合激活/激动 p53。C16-Ceramide 是一种天然存在的鞘脂,由神经酰胺合酶 6(CerS6)催化合成。它是 p53 肿瘤抑制因子的内源性配体,能以高亲和力(Kd ≈ 60 nM)直接结合 p53 的 DNA 结合域,靠近 Ser240/241 位点。该结合可破坏 p53 与 E3 泛素连接酶 MDM2 的相互作用,阻止 p53 的泛素化及蛋白酶体降解,从而导致 p53 蛋白累积、核转位,并激活 p21、PUMA 等下游靶基因,诱导细胞周期阻滞和凋亡。C16-神经酰胺还通过上调转录抑制因子 Btf,进一步抑制 MDM2 表达,增强 p53 信号通路。在细胞模型中,外源性 C16-神经酰胺(如 PC16 衍生物)或通过 CerS6 过表达升高内源性 C16-神经酰胺,均可有效抑制癌细胞活力并诱导凋亡。血清饥饿或叶酸应激等营养胁迫可上调 CerS6 和 C16-神经酰胺水平,提示其在细胞代谢应激响应中发挥重要调控作用。C16-神经酰胺作为首个被发现的直接结合 p53 并调控其稳定性的生理性小分子代谢物,为理解 p53 信号转导和开发新型抗癌策略提供了新视角。
生物活性&实验参考方法
靶点
- Binds directly to the DNA-binding domain of p53 (Kd = 60 ± 20 nM), near Ser240 and Ser241, disrupting the p53-MDM2 interaction and preventing p53 ubiquitination and degradation. [1]
- Upregulates Btf (Bcl-2-associated transcription factor), which represses MDM2 transcription and modulates p53, BAX, and Bcl-2 pathways. [2]
体外研究 (In Vitro)
- C16-神经酰胺(水溶性吡啶鎓衍生物PC16,1–5 μM)在A549、HCT116和HepG2细胞中诱导p53剂量依赖性升高、核转位以及下游靶点p21和PUMA的激活。 [1]
- 纯化的重组p53在pull-down实验中结合生物素化的C16-神经酰胺。荧光滴定显示高亲和力结合,Kd = 60 ± 20 nM。PC6(C6-吡啶鎓神经酰胺)不结合。 [1]
- 膜结合实验显示p53强烈偏好C16-神经酰胺,而非其他酰基链长度(C12、C18、C20、C22、C24)、C16-二氢神经酰胺或PC6。 [1]
- 光活化神经酰胺(PAC)共价修饰p53的Ser240和Ser241(AScore 1000)。在这些残基引入大侧链的突变(S240K、S241K、S241E)消除神经酰胺结合;S240E或S241A不消除。 [1]
- 神经酰胺结合增加了p53 DNA结合域的热稳定性(Tm从41.6°C升高至43.2°C)。 [1]
- PC16(5 μM)在活PC-3细胞中破坏p53-MDM2复合物(双分子荧光互补实验),效果与Nutlin 3(50 μM)相似。ELISA显示PC16(0–100 nM)浓度依赖性破坏p53-MDM2相互作用。 [1]
- PC16(60–100 nM)在体外泛素化实验中阻止p53泛素化,效果与Nutlin 3(80 nM)相当。 [1]
- 在HCT116细胞中,C16-神经酰胺(12 μM,6 h)以时间和浓度依赖性方式降低细胞活力(6 h时约60%存活)。通过PARP切割、pro-caspase 3减少以及Annexin V/PI染色证实凋亡。 [2]
- 2D-DIGE蛋白质组学鉴定出C16-神经酰胺处理(12 μM,6 h)后51个差异表达蛋白,包括Btf上调(1.24–1.85倍)和prohibitin上调(1.48倍),以及stratifin下调(2.77倍)和stathmin下调(1.11倍)。Western blot证实了这些变化。 [2]
- C16-神经酰胺(12 μM)增加p53表达(15–30分钟内),上调BAX,降低Mdm2和磷酸化Bcl-2水平。 [2]
- Btf过表达(GFP-Btf转染)使细胞活力降低约20%,增加p53和BAX,降低磷酸化Bcl-2。Btf敲低(siRNA)增加细胞对神经酰胺诱导的死亡的抵抗力,并使caspase 3/7活性降低高达60%。 [2]
- C16-神经酰胺降低MDM2启动子活性(6 h时约40%)和Mdm2蛋白水平(1.85倍降低)。Btf过表达也降低MDM2启动子活性(约40%)和Mdm2蛋白(1.30倍)。Btf沉默增加神经酰胺处理后MDM2启动子活性。 [2]
P53 和 C16-神经酰胺在后者的核心结构域内相互作用。在细胞中,p53 与天然 C16-神经酰胺结合形成复合物 [1]。 C16-神经酰胺(2.5–50 μM;0-48 小时)以浓度和时间依赖性方式显着降低 HCT116 细胞活力 [2]。 Btf(Bcl-2 相关转录因子)是 C16-神经酰胺(12 μM;48 小时)引起 HCT116 细胞凋亡的机制 [2]。 p53 和 BAX 表达通过 C16-神经酰胺(12 μM;0-6 小时)和 Btf 表达上调。 C16-神经酰胺通过 Btf 抑制 Mdm2 的表达 [2]。
体内研究 (In Vivo)
- 所提供的文本中未报告C16-神经酰胺的直接体内数据。但细胞中CerS6(神经酰胺合酶6)的表达升高了内源性C16-神经酰胺并激活了p53。 [1]
酶活实验
- 荧光淬灭:记录纯化的p53核心结构域(1.0 μM)的稳态荧光光谱,激发波长270 nm。用递增浓度的PC16或PC6(10–2000 nM)测量荧光淬灭。通过304 nm发射的非线性拟合确定Kd值。 [1]
- 膜结合实验:将神经酰胺(0.5–4 μg)点样在PVDF膜上,用3% BSA封闭,与纯化的p53或细胞裂解液在4°C孵育过夜,用p53特异性抗体检测结合的p53。 [1]
- 热迁移实验:将p53 DBD(100–300 aa)与或不与PAC孵育,测量熔解温度(Tm)。 [1]
- 体外泛素化实验:反应体系包含p53、E1、E2、MDM2、Mg²⁺-ATP和泛素,存在或不存在PC16(60、80、100 nM)或Nutlin 3(80 nM),在37°C孵育1小时,然后通过SDS-PAGE/WB分析。 [1]
- 夹心ELISA:用p53多克隆抗体包被96孔板,与含或不含PC16或Nutlin 3的p53/MDM2混合物孵育。用MDM2单克隆抗体和HRP标记的二抗检测结合的复合物。 [1]
- 鞘脂的LC-MS/MS分析:用异丙醇/水/乙酸乙酯(30:10:60)进行脂质提取。样品归一化至蛋白水平或脂质磷酸盐水平。 [1]
- 2D-DIGE:来自对照和C16-神经酰胺处理细胞(12 μM,6 h)的蛋白质(25 μg)用Cy3/Cy5标记,与Cy2标记的内标混合,在pH 3–10 NL IPG胶条和12%丙烯酰胺凝胶上分离,扫描并用DeCyder软件分析。 [2]
细胞实验
细胞活力测定[2]
细胞类型: HCT116 细胞
测试浓度: 2.5、5、10、12、20、50 µM
孵育持续时间:0-48小时
实验结果:细胞活力以时间和浓度依赖性方式急剧下降。

蛋白质印迹分析[2]
细胞类型: HCT116 细胞
测试浓度: 12 μM
孵育时间: 1、3 和 6 小时
实验结果: PARP 裂解增加,pro-caspase 3 减少。stratifin 和 stathmin 水平减少,抑制素和 btw 增加。治疗后,RNAi 介导的 Btf 耗竭也部分抑制了 BAX 表达。荧光素酶活性和 Mdm2 蛋白表达水平显着降低。
- 细胞活力(MTS实验):HCT116细胞接种于96孔板,用C16-神经酰胺(2.5–50 μM,1.5–48 h)处理,加入MTS/PMS在37°C孵育2小时。在492 nm处测量吸光度。 [2]
- 凋亡检测(Annexin V/PI):细胞用Annexin V-FLUOS和碘化丙啶染色15分钟,通过共聚焦显微镜观察。 [2]
- Western blotting:细胞用1% SDS或RIPA缓冲液裂解,经SDS-PAGE分离,转移至PVDF膜,用抗p53、PARP、caspase-3、Btf、Mdm2、BAX、磷酸化Bcl-2、stratifin、stathmin、prohibitin和α-tubulin的抗体进行检测。 [1][2]
- 双分子荧光互补(BiFC):共转染p53-V1和MDM2-V2的PC-3细胞用PC16(5 μM)或Nutlin 3(50 μM)处理18小时,对荧光进行成像。 [1]
- siRNA沉默:使用特异性siRNA沉默CerS6或p53;使用乱序siRNA作为对照。使用ON-TARGETplus SMARTpool siRNA沉默Btf。使用脂质体进行转染。 [1][2]
- 瞬时转染和荧光素酶实验:用MDM2-LUC或TP53-LUC报告基因构建体和GFP-Btf表达载体转染HCT116细胞。转染后24小时测量荧光素酶活性,并归一化至蛋白浓度。 [2]
- Caspase 3/7实验:转染GFP siRNA或Btf siRNA的细胞用C16-神经酰胺处理,使用发光法Caspase-Glo 3/7试剂盒测量caspase 3/7活性。 [2]
参考文献

[1]. C16-ceramide is a natural regulatory ligand of p53 in cellular stress response. Nat Commun. 2018 Oct 8;9(1):4149.

[2]. The proapoptotic C16-ceramide-dependent pathway requires the death-promoting factor Btf in colon adenocarcinoma cells. J Proteome Res. 2009 Oct;8(10):4810-22.

其他信息
N-十六烷酰鞘氨醇是一种N-酰基鞘氨醇,其中神经酰胺的N-酰基被指定为十六烷酰基(棕榈酰基)。它作为生殖支原体和人血清的代谢产物发挥作用。它是一种N-酰基鞘氨醇、Cer(d34:1)和N-棕榈酰鞘氨醇碱。它在功能上与十六烷酸相关。
已有报道称,在朱氏锥虫和布氏锥虫中发现了N-棕榈酰鞘氨醇,并有相关数据。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C34H67NO3
分子量
537.900691270828
精确质量
537.512
CAS号
24696-26-2
相关CAS号
C16-Ceramide-d31;852043-41-5;C16-Ceramide-13C16;C16-Ceramide-d9;2260669-51-8
PubChem CID
5283564
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
0.919g/cm3
沸点
675.396ºC at 760 mmHg
熔点
94-95ºC
闪点
362.267ºC
蒸汽压
0mmHg at 25°C
折射率
1.48
LogP
9.953
tPSA
69.56
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
30
重原子数目
38
分子复杂度/Complexity
508
定义原子立体中心数目
2
SMILES
CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N[C@@H](CO)[C@@H](/C=C/CCCCCCCCCCCCC)O
InChi Key
YDNKGFDKKRUKPY-TURZORIXSA-N
InChi Code
InChI=1S/C34H67NO3/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-33(37)32(31-36)35-34(38)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h27,29,32-33,36-37H,3-26,28,30-31H2,1-2H3,(H,35,38)/b29-27+/t32-,33+/m0/s1
化学名
N-[(E,2S,3R)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]hexadecanamide
别名
C16 Ceramide; C16-ceramide; DTXSID301317974; RefChem:573083; ...; 24696-26-2;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
Ethanol : ~20 mg/mL (~37.18 mM; warming and heat to 60°C)
DMSO: < 1 mg/mL
DMF : 20 mg/mL (~37.18 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2 mg/mL (3.72 mM) (饱和度未知) in 10% EtOH + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.0 mg/mL 澄清 EtOH + 储备液加入900 μL 玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8591 mL 9.2954 mL 18.5908 mL
5 mM 0.3718 mL 1.8591 mL 3.7182 mL
10 mM 0.1859 mL 0.9295 mL 1.8591 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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