CDK7-IN-3

别名: SY 5609SY-5609 SY5609 7-(二甲基膦基)-3-[2-[[(3S)-6,6-二甲基-3-哌啶基]氨基]-5-(三氟甲基)-4-嘧啶基]-1H-吲哚-6-腈

目录号: V41397 纯度: =99.89%

COA 产品数据产品说明书 SDS

SY-5609 (SY5609; CDK7-IN-3) 是一种新型、选择性、非共价、口服生物可利用的 CDK7 抑制剂 (KD = 0.059 nM)，具有抗癌活性。

CDK7-IN-3 CAS号: 2417302-07-7
产品类别: New3

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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产品描述

SY-5609（SY5609；CDK7-IN-3）是一种新型、选择性、非共价、口服生物可利用的 CDK7 抑制剂（KD = 0.059 nM），具有抗癌活性。 SY-5609 对 CDK7 的选择性高于 CDK2 (Ki=2600 nM)、CDK9 (Ki=960 nM)、CDK12 (Ki=870 nM)。 CDK7 已成为肿瘤学中令人兴奋的靶点，因为它在癌细胞中失调的两个重要过程中发挥作用：细胞周期和转录。 SY-5609 在细胞中表现出对 CDK7 的有效抑制作用，并且当剂量低至 2 mg/kg 时，在小鼠异种移植模型中表现出强大的功效。

生物活性&实验参考方法

体外研究 (In Vitro)	SY-5609（0.01-10000 nM；72 小时）对卵巢 (OVA) 和三阴性乳腺癌 (TNBC) 细胞具有很强的抗增殖作用 [1]。 SY-5609（100–500 nM；48–72 小时）诱导细胞凋亡 [1]。在 HCC70 细胞中，SY-5609（100–500 nM；48 小时）会导致 G2/M 细胞周期停滞 [1]。通过 CAK 功能丧失，SY-5609（25–500 nM；6-48 小时）可抑制 CDK2 Thr160 处的磷酸化 [1]。在 HCC70 细胞系中，SY-5609（化合物 101；126.4 pM-4 µM；72 小时）的 EC50 为 5.6 nM [2]。
体内研究 (In Vivo)	SY-5609（2 mg/kg/天；口服；持续 21 天）在整个 21 天的给药期内导致肿瘤消退 [1]。小鼠每日口服2 mg/kg SY-5609，血浆暴露量为261.28 ng·h/mL，Cmax为50.67 ng/mL（103 nM），消除半衰期为3.33 h[1]。
细胞实验	细胞增殖检测[1] 细胞类型： HCC70、MDA-MB453、COV504、A2780、OVCAR3、CAOV3 细胞测试浓度： 0.01-10000 nM 孵育时间：72小时实验结果：表现出强烈的抗增殖作用，IC50为1-6 nM。细胞凋亡分析[1] 细胞类型： HCC70、MDA-MB-468、CAOV3 和 OVCAR3 细胞测试浓度： 100 、 250、500 nM 孵育时间： 48 和 72 小时实验结果：诱导细胞凋亡。细胞周期分析[1] 细胞类型： HCC70 细胞测试浓度： 100、250、500 nM 孵育持续时间：48小时实验结果：诱导G2/M细胞周期停滞。蛋白质印迹分析[1] 细胞类型： HCC70 细胞测试浓度： 25、50、100、250、500 nM 孵育持续时间：6、24、48小时实验结果：通过丧失 CAK 功能抑制 CDK2 Thr160 磷酸化 24和48小时。
动物实验	动物/疾病模型： 6至8周龄HCC70细胞系Balb/c裸鼠雌性[1] 剂量： 2 mg/kg 给药途径：口服；每日一次；21天实验结果： 21天给药期内肿瘤诱导逐渐消退，且耐受性良好。直至第28天均未观察到肿瘤复发。
参考文献	[1]. Discovery of SY-5609: A Selective, Noncovalent Inhibitor of CDK7. J Med Chem. 2021 Nov 2. [2]. Inhibitors of cyclin-dependent kinase 7 (cdk7). WO2020093011A1.
其他信息	CDK7抑制剂SY-5609是一种口服生物利用度高的选择性细胞周期蛋白依赖性激酶7 (CDK7)抑制剂，具有潜在的抗肿瘤活性。口服后，SY-5609选择性地靶向、结合并抑制CDK7的活性，从而抑制CDK7介导的信号传导。具体而言，抑制CDK7可阻止RNA聚合酶II羧基末端结构域(CTD)的磷酸化，从而阻止重要促癌基因的转录。此外，它还能阻止细胞周期激酶CDK1、2、4和6的磷酸化，从而干扰不受控制的细胞周期进程。综上所述，这可能诱导细胞凋亡、导致细胞周期阻滞、抑制DNA损伤修复，并抑制某些依赖CDK7介导的转录调控和信号传导的癌症中的肿瘤细胞增殖。 CDK7 是一种丝氨酸/苏氨酸激酶，它在控制细胞周期进程、转录调控中发挥作用，并通过 RNA 聚合酶 II 的磷酸化促进 c-Myc 和 β-catenin 等关键癌基因的表达。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C23H26F3N6OP
分子量	490.4611
精确质量	490.185
CAS号	2417302-07-7
PubChem CID	146662729
外观&性状	White to light yellow solid powder
LogP	2.7
tPSA	107
氢键供体(HBD)数目	3
氢键受体(HBA)数目	9
可旋转键数目(RBC)	4
重原子数目	34
分子复杂度/Complexity	838
定义原子立体中心数目	1
SMILES	P(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])(C1=C(C#N)C([H])=C([H])C2=C1N([H])C([H])=C2C1C(C(F)(F)F)=C([H])N=C(N=1)N([H])[C@]1([H])C([H])([H])N([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C1([H])[H])=O
InChi Key	JDJOUBVVSQDIRC-AWEZNQCLSA-N
InChi Code	InChI=1S/C23H26F3N6OP/c1-22(2)8-7-14(10-30-22)31-21-29-12-17(23(24,25)26)18(32-21)16-11-28-19-15(16)6-5-13(9-27)20(19)34(3,4)33/h5-6,11-12,14,28,30H,7-8,10H2,1-4H3,(H,29,31,32)/t14-/m0/s1
化学名	7-dimethylphosphoryl-3-[2-[[(3S)-6,6-dimethylpiperidin-3-yl]amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl]-1H-indole-6-carbonitrile
别名	SY 5609SY-5609 SY5609
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~40 mg/mL (~81.56 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: 4 mg/mL (8.16 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 40.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 4 mg/mL (8.16 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 40.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 View More 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.10 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~40 mg/mL (~81.56 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: 4 mg/mL (8.16 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 40.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 4 mg/mL (8.16 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 40.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.10 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.0389 mL	10.1945 mL	20.3890 mL
	5 mM	0.4078 mL	2.0389 mL	4.0778 mL
	10 mM	0.2039 mL	1.0195 mL	2.0389 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。