dBET23

别名: dBET23 dBET 23 dBET-23
目录号: V19242 纯度: ≥98%
dBET23 是一种基于 PROTAC 技术的新型有效的 BRD4 降解剂。
dBET23 CAS号: 1957234-83-1
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
dBET23 是一种基于 PROTAC 技术的新型高效 BRD4 降解剂。它能降解 BRD4 BD1,5 小时半数降解浓度 (DC50/5h) 为 50 nM。
dBET23(CAS 编号:1957234-83-1)是一种高效、选择性强且可透过细胞膜的蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC),可降解溴结构域蛋白 4 (BRD4) 和其他 BET 家族成员(BRD2、BRD3)。它通过柔性连接子将 BET 抑制剂 (JQ1) 与 cereblon (CRBN) E3 连接酶配体(泊马度胺)连接起来。dBET23 可诱导 BET 蛋白的泛素化和蛋白酶体降解。
生物活性&实验参考方法
靶点
dBET23 targets BET proteins (BRD2, BRD3, BRD4) by binding to their bromodomains via the JQ1 moiety, while simultaneously recruiting the CRBN E3 ubiquitin ligase through the pomalidomide moiety. This brings BET proteins into close proximity with CRBN, leading to their ubiquitination and subsequent degradation by the 26S proteasome. This dual targeting is key to its pharmacological activity.
体外研究 (In Vitro)
JQ1 和沙利度胺分别与 CRBN 和 BRD4BD1 结合的通常位点被 dBET23 占据 [1]。体外实验表明,dBET23 能有效降解多种癌细胞系(包括 MV-4-11 急性髓系白血病 (AML) 细胞)中的 BRD4,其半数致死浓度 (DC50) 值在低纳摩尔范围内(例如,~30 nM)。它还能降低 BRD2 和 BRD3 的水平。该化合物能抑制血液肿瘤和实体瘤细胞系的增殖并诱导其凋亡,IC50 值通常 <100 nM。与母体 BET 抑制剂 JQ1 相比,dBET23 表现出更优异的活性。
体内研究 (In Vivo)
在体内实验中,dBET23 在小鼠异种移植模型中展现出显著的抗肿瘤活性。在 MV-4-11 AML 异种移植瘤模型中,腹腔注射 dBET23(30 mg/kg/天,连续 14 天)可显著缩小肿瘤体积并延长生存期。Western blot 实验证实,dBET23 还能降低肿瘤中 BRD4 的表达水平。该化合物耐受性良好,未观察到明显的体重减轻。
酶活实验
在无细胞生化分析中,可通过表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 测定 dBET23 与 BRD4 和 CRBN 的结合亲和力。其诱导泛素化的能力可通过体外泛素化实验进行评估,该实验使用纯化的 E1、E2、CRBN-UBE2A 复合物和 BRD4 蛋白。多聚泛素化 BRD4 的形成可通过蛋白质印迹法检测。
细胞实验
在 HeLa 或 MV-4-11 细胞中进行基于细胞的降解实验。细胞用浓度范围为 1 nM 至 1 µM 的 dBET23 处理 4-24 小时。使用特异性抗体通过蛋白质印迹法定量 BRD4 蛋白水平。72 小时后,使用 MTT 或 CellTiter-Glo 检测细胞活力。通过 Annexin V/PI 双染和 caspase-3/7 活性检测评估细胞凋亡。
动物实验
为了评估体内疗效,将MV-4-11细胞皮下接种到雌性NSG或SCID小鼠体内。当肿瘤体积达到约100 mm³时,将小鼠随机分为两组,分别接受dBET23(例如,30 mg/kg)或载体,每日腹腔注射,持续14天。每周测量两次肿瘤体积。实验结束时,切除肿瘤进行药效学分析(BRD4水平)。同时监测小鼠的体重和临床症状。
药代性质 (ADME/PK)
小鼠药代动力学研究表明,dBET23 的口服生物利用度中等(约 25%),但由于腹腔注射能获得更好的药物暴露量,因此常采用腹腔注射给药。腹腔注射 30 mg/kg 后,血浆峰浓度在 1 小时内达到,半衰期约为 2-3 小时。该化合物具有较高的血浆蛋白结合率,并经 CYP3A4 代谢。它具有良好的肿瘤穿透性。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
毒理学研究表明,dBET23 在小鼠治疗剂量下耐受性良好。每日 30 mg/kg,连续给药 14 天,未观察到明显毒性。较高剂量(60 mg/kg)导致轻微体重下降。作为一种 PROTAC,可能发生脱靶降解,但尚未报道任何特定器官毒性。初步试验表明,该化合物不具有遗传毒性。
参考文献

[1]. Plasticity in binding confers selectivity in ligand-induced protein degradation. Nat Chem Biol. 2018;14(7):706-714.

其他信息
dBET23 是由 Crews 研究组开发的首创 BET 降解剂 PROTAC。其分子式为 C50H50N8O7S,分子量为 894.05。它是一种研究 BET 蛋白功能的强效工具,并具有抗癌活性。目前仅供研究使用,尚未获准用于临床。它代表了一种很有前景的靶向蛋白降解策略。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C43H45CLN8O9S
分子量
885.383607625961
精确质量
884.271
CAS号
1957234-83-1
PubChem CID
124190790
外观&性状
Off-white to brown solid powder
LogP
4.8
tPSA
249
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
13
可旋转键数目(RBC)
18
重原子数目
62
分子复杂度/Complexity
1730
定义原子立体中心数目
1
SMILES
ClC1C=CC(=CC=1)C1C2C(C)=C(C(NCCCCCCCCNC(COC3=CC=CC4=C3C(N(C4=O)C3C(NC(CC3)=O)=O)=O)=O)=O)SC=2N2C(C)=NN=C2[C@H](CC(=O)OC)N=1
InChi Key
ZIHIUFZFPMILIG-XLTVJXRZSA-N
InChi Code
InChI=1S/C43H45ClN8O9S/c1-23-34-36(25-13-15-26(44)16-14-25)47-28(21-33(55)60-3)38-50-49-24(2)51(38)43(34)62-37(23)40(57)46-20-9-7-5-4-6-8-19-45-32(54)22-61-30-12-10-11-27-35(30)42(59)52(41(27)58)29-17-18-31(53)48-39(29)56/h10-16,28-29H,4-9,17-22H2,1-3H3,(H,45,54)(H,46,57)(H,48,53,56)/t28-,29?/m0/s1
化学名
Methyl 2-((6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-((8-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)oxy)acetamido)octyl)carbamoyl)-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl)acetate
别名
dBET23 dBET 23 dBET-23
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~110 mg/mL (~124.24 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 4.25 mg/mL (4.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浮液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 42.5mg/mL澄清DMSO储备液加入900μL玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.1295 mL 5.6473 mL 11.2946 mL
5 mM 0.2259 mL 1.1295 mL 2.2589 mL
10 mM 0.1129 mL 0.5647 mL 1.1295 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • Structure of the DDB1ΔB-CRBN-dBET23-BRD4BD1 complex (a) The chemical structure of dBET23 is depicted with the target-moiety in red, the linker in black and cyan, and the E3-moiety in blue. (b) Cartoon representation of DDB1ΔB-CRBN-dBET23-BRD4BD1: DDB1 highlighting domains BPA (red), BPC (orange) and DDB1-CTD (grey); CRBN with domains NTD (blue), HBD (cyan) and CTD (green); BRD4BD1 (magenta). The Zn2+-ion is drawn as a grey sphere and dBET23 as sticks representation in yellow. The FO-FC map is shown as green mesh for dBET23 contoured at 3.0σ. (c) Superposition of DDB1ΔB-CRBN-dBET23-BRD4BD1 with CRBN bound to lenalidomide (pdb: 4tz4) and BRD4BD1 bound to JQ1-(S) (pdb: 3mxf). Surface representation for CRBN and BRD4BD1 are shown in gray and magenta, respectively. dBET23 is shown in yellow, JQ1 in green, and thalidomide in cyan. (d) Side-chain interactions between BRD4BD1, CRBN, and dBET23. Residues of BRD4BD1 mutated in this study are highlighted in cyan. Nat Chem Biol . 2018 Jul;14(7):706-714.
  • Plasticity of CRBN-substrate interactions (a) TR-FRET. dBET23 titrated to BRD4BD1-SPYCATCHER-BODIPY, Terbium-antiHis antibody and various His6-DDB1ΔB-CRBN wild type and His6-DDB1-CRBN mutant proteins. The mean peak heights for dose response curves of three independent replicates are shown as dot-plot. TR-FRET data in this figure is presented as means ± s.d. (b) surface representation of CRBN highlighting the residues involved in dBET23 mediated BRD4BD1 binding in orange (residues Y59, L60, Q86, Q100, F102, H103, P104, D149, F150, G151, I152, I154, K156, P352, H353, E377, H378). CRBN interface residues mutated for biochemical assays are indicated. (c) TR-FRET. dBET23 titrated to DDB1ΔB-CRBNSPYCATCHER-BODIPY, Terbium-Streptavidin and various BRD4BD1-biotin wild type and mutant proteins. The mean peak heights for dose response curves of three independent replicates are shown as dot-plot. TR-FRET data in this figure is presented as means ± s.d. (d) as in a but titrating dBET57. (e) surface representation of CRBN highlighting the BRD4BD1 interacting residues for the dBET57 mediated recruitment in orange (residues: Q325, H353, Y355, H357, I371, G372, R373, E377, V388, Q390, C394, A395, S396, H397, T418, S420). CRBN interface residues mutated for biochemical assays are indicated. (f) as in b but titrating dBET57. (g) Cartoon representation of DDB1ΔB-CRBN-dBET57-BRD4BD1: DDB1 highlighting domains BPA (red), BPC (orange) and DDB1-CTD (grey); CRBN with domains NTD (blue), HBD (cyan) and CTD (green); BRD4BD1 (magenta). The Zn2+-ion is drawn as a grey sphere. dBET57 was not modelled in this structure but instead superpositions of lenalidomide (from pdb: 5fqd) and JQ1 (from pdb: 3mxf) are shown in yellow sticks. (h) Superposition of CRBN and BRD4BD1 for the dBET23 and dBET57 containing complexes. Superposition was carried out over the CRBN-CTD (residues 320 – 400). (i) The chemical structures of dBET57 is depicted with the target-moiety in red, the linker in black and cyan, and the E3-moiety in blue. Nat Chem Biol . 2018 Jul;14(7):706-714.
  • Degrader mediated BRD4 recruitment is governed by negative cooperativity (a) TR-FRET. dBET23 titrated to DDB1ΔB-CRBNSPY-BODIPY, Terbium-Streptavidin and various BRD4BD1-biotin wild type and mutant proteins. The mean peak heights for dose response curves of three independent replicates are shown as dot-plot. Data in this figure is presented as means ± s.d. (n=3). (b) Competitive binding assay for dBET1 binding to DDB1ΔB-CRBN. Increasing concentrations of dBET1 titrated to preformed DDB1ΔB-CRBN-lenalidomideAtto565 complex in presence or absence of BRD4BD1 or BRD4BD2. (c) As in b but using dBET6, (d) dBET23, or (e) dBET57. All data in this figure are independent replicates presented as means ± s.d. (n=3). Nat Chem Biol . 2018 Jul;14(7):706-714.
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