| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| 500mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
UBA5(IC50= 430 μM);PaCa2 cells(IC50= 90 μM);Panc1 cells(IC50= 30 μM)
DKM 2-93 covalently binds to UBA5 (Ubiquitin-like modifier activating enzyme 5, a cysteine-dependent enzyme) in pancreatic cancer cells [1] |
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| 体外研究 (In Vitro) |
体外活性：DKM 2-93 是泛素样修饰剂激活酶 5 (UBA5) 的共价选择性抑制剂。 DKM 2-93 是一种共价配体，通过共价修饰 UBA5 的催化半胱氨酸，从而抑制其作为将泛素样蛋白 UFM1 激活为 UFMylate 蛋白的蛋白活性，从而损害胰腺癌细胞的存活和体内肿瘤生长。 UBA5 是一种新型胰腺癌治疗靶点，DKM 2-93 是 UBA5 相对选择性的先导抑制剂。激酶测定：DKM 2-93 通过共价修饰 UBA5 的催化半胱氨酸，从而抑制其作为将泛素样蛋白 UFM1 激活为 UFMylate 蛋白的蛋白活性，从而损害胰腺癌细胞的存活。 DKM 2-93 抑制 PaCa2 和 Panc1 细胞存活，IC50 分别为 90 和 30 μM。泛素样修饰剂激活酶 5 (UBA5) 是一种新型胰腺癌治疗靶点。细胞测定：DKM 2-93 抑制 PaCa2 和 Panc1 细胞存活，IC50 分别为 90 和 30 μM。泛素样修饰剂激活酶 5 (UBA5) 是一种新型胰腺癌治疗靶点。
1. 化学蛋白质组学分析（isoTOP-ABPP）证实DKM 2-93是一种共价配体，可选择性结合胰腺导管腺癌（PDAC）细胞系（PANC-1、MiaPaCa-2、AsPC-1）和非恶性胰腺导管上皮细胞（HPDE）中的UBA5；竞争性ABPP实验验证DKM 2-93与UBA5的结合呈浓度依赖性且可逆（无针对其他半胱氨酸蛋白酶/酶的脱靶结合） [1] 2. 小干扰RNA（siRNA）介导的PDAC细胞（PANC-1、MiaPaCa-2）UBA5敲低可显著降低细胞活力（CCK-8实验，Student’s t检验p<0.01），而在DKM 2-93处理的PDAC细胞中过表达UBA5可恢复细胞活力（Student’s t检验p<0.05） [1] 3. DKM 2-93处理（10/20/40 μM，72小时）可浓度依赖性降低PDAC细胞系（PANC-1、MiaPaCa-2、AsPC-1）的活力（CCK-8实验，单因素方差分析p<0.01/p<0.001），而对HPDE细胞活力无显著影响（p>0.05） [1] 4. DKM 2-93（20 μM，48小时）可诱导PDAC细胞凋亡（Annexin V-FITC/PI染色，流式细胞术，Student’s t检验p<0.01）并抑制克隆形成（克隆形成实验，Student’s t检验p<0.01） [1] 5. Western blot分析显示，DKM 2-93（10/20 μM，24/48小时）可下调PDAC细胞中UBA5蛋白表达，降低UFM1（泛素折叠修饰因子1）结合水平，并上调裂解的caspase-3/caspase-9（凋亡标志物，Student’s t检验p<0.01） [1] |
| 体内研究 (In Vivo) |
在免疫缺陷小鼠的肿瘤异种移植研究中，每日 DKM 2-93 治疗可显着损害 PaCa2 细胞的体内肿瘤生长，而不会导致任何体重减轻或明显的毒性。
1. 皮下异种移植模型：将PANC-1细胞（5×10⁶个）注射至6–8周龄BALB/c裸鼠胁腹；当肿瘤体积达~100 mm³时，腹腔注射（IP）DKM 2-93（10/20 mg/kg，每两天一次，持续21天，溶媒为10% DMSO + 90%玉米油）；每3天测量肿瘤体积，处死时记录肿瘤重量（每组n=6只小鼠）；20 mg/kg剂量的DKM 2-93可显著降低肿瘤体积（双因素方差分析p<0.01）和肿瘤重量（Student’s t检验p<0.01），且不影响小鼠体重 [1] 2. 异种移植肿瘤的免疫组化（IHC）结果显示，20 mg/kg剂量的DKM 2-93可降低UBA5蛋白表达（H评分定量，Student’s t检验p<0.01），减少Ki-67（增殖标志物，Student’s t检验p<0.01），并增加裂解的caspase-3（凋亡标志物，Student’s t检验p<0.01） [1] |
| 酶活实验 |
1. isoTOP-ABPP（同位素标记的活性依赖型蛋白质谱）实验：将PDAC/HPDE细胞裂解液与DKM 2-93（0–50 μM）或溶媒（DMSO）在37℃孵育1小时；裂解液用叠氮功能化ABPP探针标记，通过铜催化叠氮-炔环加成（CuAAC）与生物素-炔共轭，经链霉亲和素磁珠富集后进行LC-MS/MS分析，鉴定共价结合的蛋白；谱计数和倍数变化分析证实UBA5为主要靶点 [1]
2. 竞争性ABPP实验：PDAC细胞裂解液与递增浓度的DKM 2-93（0–100 μM）在37℃预孵育1小时，随后用荧光ABPP探针标记；凝胶内荧光扫描定量探针对UBA5的结合，从剂量-反应曲线计算IC₅₀ [1] 3. UFM1结合实验：将重组UBA5、UFC1（UFM1结合酶1）、UFL1（UFM1连接酶1）与UFM1、ATP在存在/不存在DKM 2-93（0–40 μM）的条件下于37℃孵育2小时；通过Western blot检测UFM1与底物蛋白的结合，采用光密度分析量化抑制效果（单因素方差分析p<0.01） [1] |
| 细胞实验 |
将 PaCa2 和 Panc1 细胞暴露于 0-1000 μM DKM 2-93 48 小时。 Hoescht 染色用于测量细胞活力[1]。
1. PDAC细胞存活率测定: PANC-1/MiaPaCa-2/AsPC-1/HPDE细胞被接种在96孔板中（每孔5×10³细胞），并过夜培养；细胞分别被处理于DKM 2-93（0/10/20/40 μM）或溶剂（DMSO）中72小时；随后加入CCK-8试剂，测量450 nm处的吸光度，细胞存活率被计算为与溶剂对照组的百分比（每个组n=6重复，采用单因素方差分析进行统计分析）[1] 2. siRNA敲低/过表达实验：使用转染试剂将UBA5 siRNA（50 nM）或UBA5过表达质粒（2 μg/mL）转染PDAC细胞，共转染48小时；转染后的细胞接受DKM 2-93（20 μM）处理72小时；细胞存活率通过CCK-8实验测量（每个组n=6重复，统计分析采用学生t检验）[1] 3. 凋亡检测：将PDAC细胞（1×10⁵个细胞/孔）接种于6孔板中，分别处理于DKM 2-93（20 μM）或溶剂中，共48小时；随后收集细胞，用Annexin V-FITC和PI染色，并使用流式细胞仪进行分析（每个样本10,000个细胞，采用学生t检验进行统计分析）[1] 4. 克隆形成试验：PDAC细胞（5×10²个细胞/孔）被接种在6孔板中，分别接受DKM 2-93（10/20 μM）或溶剂处理14天；克隆用甲醇固定，用结晶紫染色，然后计数（每个组n=3重复，采用学生t检验进行统计分析）[1] 5. Western blot分析: PDAC细胞被处理于DKM 2-93 （10/20 μM）中24/48小时；提取总蛋白，进行定量，然后通过SDS-PAGE进行分离，转移至膜上，并使用针对UBA5、UFM1、裂解型caspase-3/caspase-9和β-肌动蛋白（作为内对照）的抗体进行探针检测；进行条带密度分析，并计算相对蛋白水平（n=3个独立实验，使用学生t检验进行统计分析）[1] |
| 动物实验 |
Mice
To begin the tumor xenograft study, mice are given subcutaneous injections of PaCa2 cells. Three days later, the mice are given either vehicle or DKM 2-93 (50 mg/kg ip, once daily) as a treatment[1]. 1. Subcutaneous xenograft model (PANC-1 cells): 6–8 week-old BALB/c nude mice were housed under specific pathogen-free (SPF) conditions; PANC-1 cells (5×10⁶ in 0.1 mL PBS + Matrigel (1:1 v/v)) were injected subcutaneously into the right flank of each mouse; tumor volume was measured every 3 days using calipers (volume = length × width² / 2); when tumors reached ~100 mm³, mice were randomized into 3 groups (vehicle, 10 mg/kg DKM 2-93, 20 mg/kg DKM 2-93, n=6 per group); DKM 2-93 was dissolved in 10% DMSO + 90% corn oil and administered intraperitoneally (IP) every other day for 21 days; mouse body weight was recorded every 3 days; at study endpoint (day 21), mice were euthanized, tumors were excised, weighed, and fixed in 4% paraformaldehyde for IHC analysis [1] 2. IHC staining of xenograft tumors: Fixed tumor tissues were embedded in paraffin, sectioned (4 μm), deparaffinized, and antigen-retrieved; sections were incubated with primary antibodies against UBA5, Ki-67, and cleaved caspase-3 overnight at 4°C, followed by secondary antibody incubation; DAB staining was performed, and sections were counterstained with hematoxylin; H-score (UBA5) or percentage of positive cells (Ki-67/cleaved caspase-3) was quantified by two independent pathologists (blinded to treatment groups) [1] |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
1. DKM 2-93 showed no significant toxicity in BALB/c nude mice at therapeutic doses (10/20 mg/kg IP every other day for 21 days): no changes in body weight (p>0.05 by two-way ANOVA), no gross pathological changes in major organs (liver, kidney, heart, spleen) at necropsy, and no elevation of serum alanine transaminase (ALT)/aspartate transaminase (AST) (liver toxicity markers) or blood urea nitrogen (BUN)/creatinine (kidney toxicity markers) (p>0.05 by Student’s t test) [1]
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
1. DKM 2-93 is a first-in-class covalent inhibitor of UBA5, a key enzyme in the UFM1 conjugation pathway; UBA5 is overexpressed in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and is essential for PDAC cell survival and proliferation [1]
2. The UFM1 conjugation pathway (UBA5-UFC1-UFL1) regulates endoplasmic reticulum (ER) stress and protein homeostasis; DKM 2-93 disrupts this pathway by covalently binding to the catalytic cysteine of UBA5, leading to ER stress, apoptosis, and reduced PDAC cell viability [1] 3. Chemoproteomic screening (isoTOP-ABPP) is a powerful tool for identifying selective covalent ligands and their protein targets in cancer cells, enabling the discovery of novel oncogenic targets like UBA5 [1] 4. DKM 2-93 demonstrates selective anti-tumor activity against PDAC (minimal toxicity to non-malignant HPDE cells) and is a promising lead compound for pancreatic cancer therapy [1] |
| 分子式 |
C11H14CLNO3
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|---|---|---|
| 分子量 |
243.07
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| 精确质量 |
243.066
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| 元素分析 |
C, 54.22; H, 5.79; Cl, 14.55; N, 5.75; O, 19.70
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| CAS号 |
65836-72-8
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| 相关CAS号 |
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| PubChem CID |
2392259
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| 外观&性状 |
White to light yellow solid powder
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| 密度 |
1.194g/cm3
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| 沸点 |
425.7ºC at 760 mmHg
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| 闪点 |
211.3ºC
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| 折射率 |
1.522
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| LogP |
1.949
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| tPSA |
47.56
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| 氢键供体(HBD)数目 |
1
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| 氢键受体(HBA)数目 |
3
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| 可旋转键数目(RBC) |
5
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| 重原子数目 |
16
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| 分子复杂度/Complexity |
225
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
ClC([H])([H])C(N([H])C([H])([H])C1C([H])=C([H])C(=C(C=1[H])OC([H])([H])[H])OC([H])([H])[H])=O
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| InChi Key |
CETPWRGZGWGPSV-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C11H14ClNO3/c1-15-9-4-3-8(5-10(9)16-2)7-13-11(14)6-12/h3-5H,6-7H2,1-2H3,(H,13,14)
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| 化学名 |
2-Chloro-N-(3,4-dimethoxy-benzyl)-acetamide
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| 别名 |
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
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| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : 49~125 mg/mL ( 201.07~512.95 mM )
Ethanol : ~14 mg/mL |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (8.54 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (8.54 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (8.54 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 配方 4 中的溶解度: 5% DMSO + Corn oil: 5mg/ml 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 4.1140 mL | 20.5702 mL | 41.1404 mL | |
| 5 mM | 0.8228 mL | 4.1140 mL | 8.2281 mL | |
| 10 mM | 0.4114 mL | 2.0570 mL | 4.1140 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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