| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
|---|---|---|---|
| 1mg |
|
||
| 5mg |
|
||
| 10mg |
|
||
| 100mg |
|
||
| Other Sizes |
|
| 靶点 |
IC50: 0.2 μM (eIF4A3)
Kd: 0.043 μM (eIF4A3) The primary target of eIF4A3-IN-1 is eukaryotic initiation factor 4A3 (eIF4A3), an ATP-dependent RNA helicase that is a core component of the exon junction complex (EJC). eIF4A3 plays critical roles in RNA splicing, translation, and nonsense-mediated mRNA decay (NMD). eIF4A3-IN-1 acts as a selective inhibitor that binds to a non-ATP binding site of eIF4A3 with an IC₅0 of 0.26 microM and a Kd of 0.043 microM. By binding to this allosteric site, the compound inhibits eIF4A3 function without competing with ATP, providing specificity. eIF4A3 is a validated target for cancer research and other diseases driven by aberrant RNA metabolism. |
|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
真核起始因子4A3 (eIF4A3) 是DEAD-box RNA解旋酶家族的成员，也是外显子连接复合物 (EJC) 的核心组分之一。已知EJC参与多种RNA代谢过程，其中以无义介导的RNA衰变 (NMD) 最为典型。为了寻找可用于研究eIF4A3功能及其治疗意义的分子探针，我们开展了选择性eIF4A3抑制剂的筛选工作。通过对高通量筛选 (HTS) 鉴定的1,4-二酰基哌嗪衍生物进行化学优化，我们发现了首个报道的具有细胞NMD抑制活性的选择性eIF4A3抑制剂53a。表面等离子共振 (SPR) 生物传感实验证实了53a及其类似物52a与eIF4A3的直接结合，并揭示该结合发生在非ATP结合位点。化合物 52a 和 53a 代表了用于进一步研究 eIF4A3、EJC 和 NMD 的新型分子探针 [1]。
体外研究表明，eIF4A3-IN-1 是一种选择性 eIF4A3 抑制剂，其 IC₅0 为 0.26 uM，Kd 为 0.043 uM。该化合物与 eIF4A3 的非 ATP 结合位点结合，并在 10 uM 和 3 uM 浓度下显著抑制细胞内无义介导的 RNA 降解 (NMD)。这些特性使得 eIF4A3-IN-1 成为研究 eIF4A3、外显子连接复合物 (EJC) 和 NMD 的宝贵探针。此外，该化合物也是探索 RNA 结合蛋白功能和转录后调控机制的重要研究工具。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
由于 eIF4A3-IN-1 主要用作细胞实验中的研究工具，因此对其体内研究有限。然而，鉴于其对 eIF4A3 具有高效且选择性的抑制作用（IC₅0 为 0.26 uM，Kd 为 0.043 uM），该化合物可能具有在 eIF4A3 参与的疾病（例如癌症）动物模型中进行体内疗效研究的潜力。eIF4A3 参与 RNA 剪接和翻译，而这些过程在癌症中常常发生异常。需要进一步研究以评估其药代动力学特性、生物利用度和体内疗效。
|
| 酶活实验 |
RNA依赖性ATP酶活性测定
RNA依赖性ATP酶活性测定采用ADP-Glo检测系统（Promega公司）。单链RNA poly(U)购自MP Biomedicals公司。测定缓冲液包含20 mM Tris-HCl（pH 7.5）、2.5 mM MgCl₂、100 mM KCl、1 mM二硫苏糖醇（DTT）和0.01% (v/v) Tween20。为增强eIF4A的ATP酶活性，分别加入等摩尔浓度的MLN51，浓度分别为150 nM eIF4A3或eIF4B以及100 nM eIF4A1或eIF4A2。DHX29和BRR2的ATP酶活性测定的最佳浓度分别为6.4 nM和6.25 nM。 ATP或RNA的浓度根据每种酶的底物Km值设定如下：eIF4A1和eIF4A3使用35 μM ATP和1.5 μg/mL poly(U)；eIF4A2使用20 μM ATP和3.0 μg/mL poly(U)；DHX29使用30 μM ATP和1.8 μg/mL poly(U)；BRR2使用20 μM ATP和2.5 μg/mL poly(U)。加入底物和测试化合物后，加入酶启动ATPase反应。eIF4A3、DHX29和BRR2在室温下孵育30分钟，eIF4A1和eIF4A2在室温下孵育40分钟。酶促反应用ADP-Glo试剂终止，然后加入ADP-Glo检测试剂检测ADP。使用 EnVision 2102 多功能酶标仪（PerkinElmer）测量发光信号。我们将不含酶的反应的发光信号定义为 100% 抑制活性，将完全反应混合物的发光信号定义为 0% 抑制活性。使用 XLfit 5 版程序（ID Business Solutions）进行曲线拟合和 IC50 值计算，并将曲线的最大值和最小值分别约束为 100 和 0。 在体外酶/受体结合实验中，eIF4A3-IN-1 的评估采用解旋酶活性测定法，该方法通过测量 eIF4A3 介导的 ATP 依赖性 RNA 解旋来测定化合物活性。将该化合物与重组 eIF4A3 蛋白、RNA 底物和不同浓度的 ATP 孵育。使用基于荧光或凝胶电泳的方法定量 eIF4A3 介导的 RNA 解旋。IC₅0 值和 Kd 值由剂量反应曲线和结合实验确定。可使用表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 评估其与非 ATP 结合位点的结合亲和力。可进行针对其他解旋酶的选择性分析以确认其特异性。 |
| 细胞实验 |
使用Lipofectamine LTX（Thermo Fisher Scientific）将pGL4.12 SV40-Luc2CP-BGG载体和pRL-TK载体（作为内参）转染至HEK293T细胞。转染两种载体24小时后，用化合物处理6小时。使用双荧光素酶报告基因检测试剂盒（Promega）测定萤火虫荧光素酶与海肾荧光素酶的相对活性。使用EnVision 2102多功能酶标仪检测发光信号。[1]
在体外细胞实验中，eIF4A3-IN-1 在细胞系中进行测试，以评估其对 eIF4A3 功能和下游 RNA 加工的影响。将细胞培养于合适的培养基中，并用不同浓度的化合物（通常为纳摩尔至微摩尔浓度）处理。通过使用报告基因检测或通过 qPCR 检测 NMD 靶转录本的水平来评估其对无义介导的 mRNA 降解 (NMD) 的影响，从而评估 eIF4A3 的抑制作用。通过 RNA 测序分析基因表达变化。使用标准检测方法监测细胞活力和增殖情况。可以使用 RNA 免疫沉淀法评估该化合物对 EJC 形成的影响。 |
| 动物实验 |
在体内动物实验中，eIF4A3-IN-1 可通过多种途径给药，包括灌胃、静脉注射或腹腔注射，具体取决于其溶解度和药代动力学特性。该化合物的疗效可在肿瘤模型或其他 eIF4A3 发挥作用的疾病模型中进行评估。典型的给药方案为每日或间歇性给药，剂量范围为 1 至 50 mg/kg。在组织中检测药效学标志物，例如 NMD 抑制或 RNA 剪接变化。同时监测肿瘤体积、体重和整体健康状况。
|
| 药代性质 (ADME/PK) |
公开文献中对eIF4A3-IN-1的药代动力学性质描述尚不详尽。作为一种分子量约为602.7 g/mol的小分子，它可能具有良好的口服生物利用度和组织分布。溴和氯原子的存在可能会影响其代谢稳定性和清除率。需要通过全面的药代动力学研究来确定Cₘₐₓ、Tₘₐₓ、AUC、半衰期和清除率等详细参数。该化合物的蛋白结合、代谢和排泄途径仍有待充分阐明。可能需要进行制剂开发以实现最佳的体内给药效果。
|
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
由于 eIF4A3-IN-1 主要用作研究工具，因此其毒理学数据有限。作为一种 eIF4A3 抑制剂，其毒性取决于 eIF4A3 对正常细胞功能的重要性。eIF4A3 是外显子连接复合物的核心组成部分，在 RNA 剪接和翻译中发挥关键作用。抑制 eIF4A3 可能对基因表达和细胞功能产生显著影响。需要进行全面的毒理学研究以支持其进一步开发。处理该化合物时应采取适当的安全预防措施，包括使用个人防护装备并遵守机构安全指南。
|
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
eIF4A3-IN-1 是一种用于研究 eIF4A3 生物学和 RNA 加工的研究化合物。目前尚未有关于该化合物作为治疗药物的临床试验或监管批准的报道。该化合物仅供研究用途，可从多家化学品供应商处获得。该化合物是一种选择性 eIF4A3 抑制剂，IC₅₀ 为 0.26 μM，Kd 为 0.043 μM，其结合位点为非 ATP 结合位点。在 10 μM 和 3 μM 浓度下，该化合物对细胞内 NMD 具有显著的抑制作用，可作为研究 eIF4A3、EJC 和 NMD 的探针。
|
| 分子式 |
C29H23BRCLN5O2
|
|---|---|
| 分子量 |
588.882224321365
|
| 精确质量 |
587.072
|
| CAS号 |
2095486-67-0
|
| PubChem CID |
137640621
|
| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
|
| LogP |
5.2
|
| tPSA |
82.2Ų
|
| 氢键供体(HBD)数目 |
0
|
| 氢键受体(HBA)数目 |
4
|
| 可旋转键数目(RBC) |
4
|
| 重原子数目 |
38
|
| 分子复杂度/Complexity |
897
|
| 定义原子立体中心数目 |
1
|
| SMILES |
CC1=C(C=NN1C2=CC=CC(=C2)C#N)C(=O)N3CCN([C@H](C3)C4=CC=C(C=C4)Cl)C(=O)C5=CC=C(C=C5)Br
|
| InChi Key |
BDGKKHWJYBQRIE-HHHXNRCGSA-N
|
| InChi Code |
InChI=1S/C29H23BrClN5O2/c1-19-26(17-33-36(19)25-4-2-3-20(15-25)16-32)29(38)34-13-14-35(28(37)22-5-9-23(30)10-6-22)27(18-34)21-7-11-24(31)12-8-21/h2-12,15,17,27H,13-14,18H2,1H3/t27-/m1/s1
|
| 化学名 |
3-[4-[(3S)-4-(4-bromobenzoyl)-3-(4-chlorophenyl)piperazine-1-carbonyl]-5-methylpyrazol-1-yl]benzonitrile
|
| HS Tariff Code |
2934.99.9001
|
| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
|
| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~200 mg/mL (~339.63 mM)
|
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (8.49 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 50.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 配方 2 中的溶解度: 配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (8.5 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，你可以取100 μL 50 mg/mL DMSO 储备液加入到900 μL 玉米油中，混匀。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.6981 mL | 8.4907 mL | 16.9814 mL | |
| 5 mM | 0.3396 mL | 1.6981 mL | 3.3963 mL | |
| 10 mM | 0.1698 mL | 0.8491 mL | 1.6981 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
InvivoChem的所有产品仅用于作科学研究，不面向患者销售
Copyright 2020 InvivoChem LLC | All Rights Reserved 粤ICP备20063088号-1
粤公网安备 44011102003439号
463611831
