| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 50mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
FOXM1 (Forkhead box protein M1) DNA binding domain: inhibition of FOXM1-DNA binding with IC50 = 22.5 ± 12.3 μM (determined by EMSA displacement assay). [1]
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| 体外研究 (In Vitro) |
经过广泛分析，证实FDI-6可直接与MCF-7乳腺癌细胞中的FOXM1蛋白结合，将其从基因位点置换出来并导致水解。FDI-6处理3小时后，MDA-MB-231 ER乳腺癌和PEO-1乳腺癌的CDC25B表达均显著改变。两种类型的乳腺癌细胞对FDI-6均表现出细胞活力敏感性（GI50分别为21.8 μM和18.1 μM）。这些基因相互关联，对G2/M期转换、染色体分离和有丝分裂纺锤体整合至关重要；它们的缺失会触发细胞死亡周期。值得注意的是，已有研究表明FOXM1的异常过表达在癌症的发生发展过程中起着重要作用，并被认为是致癌的初始原因[1]。
FDI-6与FOXM1蛋白以1:1的化学计量比直接结合，这已通过天然质谱分析得到证实（图3A）。在EMSA实验中，FDI-6抑制FOXM1与DNA结合域（DBD）的相互作用，IC50值为22.5 ± 12.3 μM（图2C）。在MCF-7细胞中，用20 μM FDI-6处理6小时后，染色质结合的FOXM1蛋白减少了近50%，而总FOXM1蛋白水平保持不变（Western blot，图3B-C）。 ChIP-qPCR结果显示，CCNB1和CDC25B启动子区域的FOXM1结合率分别降低了0.68和0.64个log2倍（图3D）。RNA-seq结果显示，FDI-6处理3小时后，1552个基因表达下调，1951个基因表达上调（FDR<0.01，|logFC|>0.3）。下调基因的FOXM1启动子结合率显著富集（富集19倍，P<1×10⁻¹⁶），而FOXA1、FOXA2、FOXP2和GATA1的富集程度未见明显变化（图6A）。时间聚类分析鉴定出208个基因（簇5），这些基因在FDI-6处理后立即下调（FOXM1峰富集17倍，P=5×10⁻⁸²）。 FDI-6在处理6小时后，还能下调已知的FOXM1靶基因，包括CDKN3 (-0.739)、CENPA (-0.61)、KIF20A (-1.22)和NEK2 (-0.86)。在MDA-MB-231和PEO-1细胞中，FDI-6表现出剂量依赖性的生长抑制作用，并在处理3小时后下调CDC25B的表达（图5）。与硫链丝菌素不同，FDI-6不抑制20S蛋白酶体（补充图7）。该化合物在MCF-7细胞中处理72小时后，其GI50值为18.0 ± 3.0 μM（图2B插图）。[1] |
| 酶活实验 |
荧光偏振 (FP) 检测：使用含有 FOXM1 识别基序 (T/CAAACA) 的 16 bp 双链 DNA 探针，该探针带有 5'-6-FAM 标记。重组 FOXM1 DBD（氨基酸 222-360）与该探针进行滴定（Kd = 224±30 nM）。筛选时，将 400 nM FOXM1 DBD 与化合物（0.46–115 μM，23 nL 转移）预孵育 15 分钟，然后加入 50 nM DNA 探针，孵育 30 分钟后，在 1536 孔板中进行 FP 检测（488/520 nm）。检测缓冲液中含有 0.01% Tween-20 和 0.1 mg/mL BSA。Z' 因子平均值为 0.71。 [1] 电泳迁移率变动分析 (EMSA)：将 15 nM FAM 标记的双链 DNA 共识探针与 750 nM FOXM1 DBD 和浓度递增的 FDI-6（最高达 200 μM）在室温下于结合缓冲液（20 mM Tris pH 7.5、100 mM KCl、1 mM EDTA、0.1 mM DTT、10% 甘油、0.01 mg/mL BSA）中孵育 1.5 小时。将样品在 6% DNA 阻滞凝胶上以 40 V 电压电泳 10 分钟，然后以 120 V 电压电泳 20 分钟，并对荧光条带进行定量。IC50 值由剂量反应曲线计算得出。 [1] 天然质谱分析：将 4 μM FOXM1 蛋白与 50 μM FDI-6 孵育，在 Synapt HDMS 质谱仪上以正离子模式记录质谱图（毛细管电压 1.7-1.8 kV，锥孔电压 40-80 V，离子源温度 20°C）。结合化学计量比通过质量偏移确定为 1:1。[1] 20S 蛋白酶体抑制实验：将重组 20S 蛋白酶体与 10 μM FDI-6 或 DMSO 对照以及 AMC 肽底物在 37°C 下孵育 90 分钟；测量荧光强度（380/460 nm）。与 MG-132 阳性对照相比，FDI-6 未显示出抑制作用。[1]
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| 细胞实验 |
细胞增殖实验（GI50）：将MCF-7、MDA-MB-231和PEO-1细胞用不同浓度的FDI-6处理72小时，并测定细胞生长抑制率。GI50值由剂量反应曲线确定；MCF-7细胞的GI50值为18.0 ± 3.0 μM。[1]
蛋白质印迹：将MCF-7细胞用40 μM FDI-6或DMSO处理6小时。分离总细胞裂解物和染色质结合组分。染色质分离步骤包括：用缓冲液A裂解细胞，沉淀细胞核，用缓冲液B裂解细胞，最后对染色质沉淀进行超声处理。蛋白质经 8-16% Tris-甘氨酸凝胶电泳分离后，转移至膜上，分别用抗 FOXM1 (1:1000)、抗肌动蛋白 (1:5000) 或抗 H3 (1:2000) 抗体进行探针检测，并用 IR 二抗进行显色。定量分析以肌动蛋白（总蛋白）或 H3（染色质）为内参进行标准化。[1]染色质免疫沉淀 (ChIP)：MCF-7 细胞用 FDI-6 (20 μM) 或 DMSO 处理 6 小时，用 1% 甲醛交联，裂解，超声破碎（Bioruptor，高功率 15 分钟），然后用 3 μg 抗 FOXM1 抗体 (Sc-502) 偶联至 Protein-A 磁珠进行免疫沉淀。洗涤后，洗脱并纯化 DNA。使用针对 CCNB1 和 CDC25B 启动子的引物进行 qPCR，并以基因间对照进行标准化。计算富集值。[1] RNA 测序：MCF-7 细胞用 FDI-6 (20 μM) 处理 0、3、6 和 9 小时（重复三次）。提取 RNA，构建 TruSeq 文库，进行 100 bp 单端测序。使用 TopHat2 将 reads 比对至 hg19 参考基因组，使用 HTSeq 进行计数，并使用 edgeR 进行差异表达分析（FDR<0.01）。使用 MFuzz（模糊 c-means）进行时间聚类，得到 9 个簇。使用 ENCODE ChIP-seq 峰评估 FOXM1、FOXA1、FOXA2、FOXP2 和 GATA1 的启动子结合富集情况。[1] |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
未报告明显的毒性或脱靶效应；与硫链丝菌素不同，FDI-6 不抑制 20S 蛋白酶体。该化合物的生化 IC50 (22.5 μM) 和细胞 GI50 (18.0 μM) 具有良好的一致性，表明其脱靶细胞毒性极低。[1]
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
FDI-6（3-氨基-N-(4-氟苯基)-6-(噻吩-2-基)-4-(三氟甲基)噻吩并[2,3-b]吡啶-2-甲酰胺三氟甲酰胺盐）的合成方法如下：将6-(噻吩-2-基)-2-硫代-4-(三氟甲基)-1,2-二氢吡啶-3-腈与2-氯-N-(4-氟苯基)乙酰胺在乙醇中，以碳酸钾为催化剂回流反应，然后进行制备型高效液相色谱纯化。其结构通过核磁共振氢谱(1H NMR)和高分辨质谱(HRMS)得到确认（计算值m/z 438.0352 [M+H]+，实测值438.367）。该化合物溶于水，且具有易于优化的分子骨架。启动子结合富集分析表明，FDI-6 选择性抑制 FOXM1，而不影响其他叉头因子（FOXA1、FOXA2、FOXP2）或 GATA1。FDI-6 的转录特征与 FOXM1 siRNA 敲低显著重叠（P=6×10⁻⁵），支持其靶向机制。基因本体分析显示，FDI-6 下调了有丝分裂、核分裂和细胞周期通路。FDI-6 可作为一种化学探针，用于研究 FOXM1 的结合情况及其转录后果，在 FOXM1 过表达的癌症中具有潜在的治疗应用价值。[1]
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| 分子式 |
C19H11F4N3OS2
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|---|---|
| 分子量 |
437.43
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| 精确质量 |
437.028
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| CAS号 |
313380-27-7
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| PubChem CID |
5175738
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
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| LogP |
6.671
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| tPSA |
124.49
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
9
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| 可旋转键数目(RBC) |
3
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| 重原子数目 |
29
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| 分子复杂度/Complexity |
603
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| InChi Key |
ZATJMMZPGVDUOM-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C19H11F4N3OS2/c20-9-3-5-10(6-4-9)25-17(27)16-15(24)14-11(19(21,22)23)8-12(26-18(14)29-16)13-2-1-7-28-13/h1-8H,24H2,(H,25,27)
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| 化学名 |
3-Amino-N-(4-fluorophenyl)-6-thiophen-2-yl-4-(trifluoromethyl)thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide
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| 别名 |
FDI-6 FDI6FDI 6 NCGC-00099374 NCGC 00099374NCGC00099374
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~41.67 mg/mL (~95.26 mM)
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| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 2.5 mg/mL (5.72 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.72 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.2861 mL | 11.4304 mL | 22.8608 mL | |
| 5 mM | 0.4572 mL | 2.2861 mL | 4.5722 mL | |
| 10 mM | 0.2286 mL | 1.1430 mL | 2.2861 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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