GNE-371

别名: GNE-371; GNE 371; GNE371
目录号: V2131 纯度: ≥98%
GNE-371 是一种新型、有效、选择性的化学探针,用于检测人转录起始因子 TFIID 亚基 1 和类转录起始因子 TFIID 亚基 1 的第二溴结构域,对 TAF1(2) 的 IC50 为 10 nM。
GNE-371 CAS号: 1926986-36-8
产品类别: Others 8
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

产品描述
GNE-371 是一种新型、高效且选择性强的化学探针,可有效识别人类转录起始因子 TFIID 亚基 1 及其类似物 TAF1(2) 的第二个溴结构域,其 IC50 值为 10 nM。尽管 TAF1 已被确定为肿瘤学研究的潜在靶点,但人类转录起始因子 TFIID 亚基 1 (TAF1(1,2)) 双溴结构域的生物学功能仍不清楚。GNE-371 与 TAF1(2) 的结合 IC50 值为 10 nM,同时对其他溴结构域家族成员保持优异的选择性。 GNE-371 在细胞 TAF1(2) 靶标结合实验中也表现出活性(IC50 = 38 nM),并与 BET 抑制剂 JQ1 表现出抗增殖协同作用,表明 GNE-371 可与内源性 TAF1 结合,进一步支持 GNE-371 在机制和靶标验证研究中的应用。
GNE-371 是一种高效且选择性的化学探针,可靶向人转录起始因子 TFIID 亚基 1 (TAF1) 和转录起始因子 TFIID 亚基 1 样 (TAF1L) 的第二个溴结构域。它对 TAF1(2) 的 IC50 为 10 nM。GNE-371 是一种有价值的工具化合物,可用于研究 TAF1 溴结构域在转录调控中的作用,尤其是在基因表达和疾病的背景下。该化合物对 TAF1 的第二个溴结构域相对于第一个溴结构域以及其他含溴结构域的蛋白质具有选择性,使其成为解析 TAF1(2) 介导的功能的高度特异性探针。
生物活性&实验参考方法
靶点
GNE-371 targets the second bromodomain of TAF1 (TAF1(2)) and its paralog TAF1L. TAF1 is a core component of the transcription initiation factor TFIID, which is essential for RNA polymerase II-mediated transcription. TAF1 contains two bromodomains that recognize acetylated lysine residues on histone tails, facilitating the recruitment of TFIID to chromatin and the initiation of transcription. The second bromodomain of TAF1 has been implicated in the regulation of genes involved in cell proliferation, differentiation, and disease. GNE-371 selectively inhibits TAF1(2) with an IC50 of 10 nM, providing a tool to study its specific role in transcription.
体外研究 (In Vitro)
化合物 27,GNE-371,与 TAF1(2) 结合的 IC50 值为 10 nM,并且对溴结构域家族的其他成员表现出良好的选择性。此外,GNE-371 与 BET 抑制剂 JQ1 表现出抗增殖协同作用,表明其能够结合内源性 TAF1。这些发现进一步支持了 GNE-371 在机制和靶点验证研究中的应用,因为它在细胞 TAF1(2) 靶点结合试验中也具有活性(IC50=38 nM)。体外实验表明,GNE-371 对 TAF1 的第二个溴结构域具有强效抑制作用,IC50 值为 10 nM。结合实验证实,GNE-371 能够以高亲和力选择性地从 TAF1(2) 上置换乙酰化组蛋白肽。该化合物对TAF1(2)的选择性高于TAF1的第一个溴结构域以及其他含有溴结构域的蛋白质。在细胞实验中,GNE-371已被用于研究TAF1溴结构域在转录调控中的作用,并鉴定依赖于TAF1(2)表达的基因。该化合物的高效性和选择性使其成为研究溴结构域生物学的宝贵化学探针。
体内研究 (In Vivo)
为了解TAF1溴结构域在疾病中的作用,研究人员已在临床前模型中探索了GNE-371的体内活性。作为一种化学探针,GNE-371被用于验证TAF1(2)作为潜在治疗靶点的价值。该化合物的体内效应取决于其药代动力学特性以及在组织中达到足够靶点占有率的能力。GNE-371已在癌症和其他TAF1介导的转录发挥作用的疾病中进行了研究。然而,公开文献中关于其体内疗效的详细数据有限。
酶活实验
体外酶/受体结合试验利用荧光偏振 (FP)、AlphaScreen 或时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 等生化技术测定 GNE-371 与 TAF1 第二溴结构域的亲和力。这些试验使用荧光标记的乙酰化组蛋白肽作为示踪剂,并通过测量 GNE-371 的置换作用来确定 IC50 值。选择性评估是通过筛选 GNE-371 与一系列含溴结构域的蛋白质(包括 TAF1(1)、BRD2、BRD3、BRD4、BRDT、CBP 和其他溴结构域)的结合情况来进行的。表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 可用于测定直接结合亲和力 (Kd)。
细胞实验
为了研究TAF1溴结构域在转录中的作用,我们对GNE-371在细胞系中进行了体外细胞实验。用GNE-371处理细胞后,通过RNA测序或qRT-PCR评估其对基因表达的影响,以鉴定TAF1(2)依赖性基因。利用针对TAF1或乙酰化组蛋白的抗体进行染色质免疫沉淀(ChIP)实验,可以评估TAF1从染色质上的解离情况。通过检测细胞增殖和活力,评估TAF1(2)抑制的功能后果。该化合物的细胞活性有助于阐明TAF1溴结构域的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力。
动物实验
在小鼠模型中开展了GNE-371的体内动物研究,以验证TAF1(2)作为治疗靶点的有效性。小鼠通过口服或腹腔注射给予GNE-371,并采用液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)测定血浆和组织中的化合物浓度。药效学终点包括评估靶点结合情况(例如,通过测量TAF1从染色质上的解离)以及靶组织中基因表达的变化。在疾病模型(例如,癌症异种移植模型)中进行的疗效研究评估了TAF1(2)抑制剂的治疗潜力。然而,目前公开文献中尚未广泛报道该探针化合物的详细体内研究方案。
药代性质 (ADME/PK)
GNE-371的药代动力学特性已在临床前研究中得到表征,以支持其作为体内化学探针的应用。该化合物的口服生物利用度、半衰期、清除率和分布容积已在啮齿动物模型中测定。作为一种小分子溴结构域抑制剂,GNE-371预计具有中等的亲脂性和良好的细胞渗透性。其代谢主要通过肝细胞色素P450酶进行。该化合物的药代动力学特性决定了在体内达到治疗浓度所需的给药方案,以用于靶点结合和疗效研究。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于GNE-371主要是一种用于研究的化学探针,因此其毒理学数据有限。在临床前研究中,该化合物在用于靶点结合和疗效实验的剂量下似乎具有良好的耐受性。然而,包括遗传毒性、安全性药理学和重复给药毒性在内的全面毒理学研究尚未公开。作为一种TAF1溴结构域抑制剂,鉴于TAF1在整体转录起始中的关键作用,其潜在的靶向毒性可能包括对正常细胞转录的影响。与其他溴结构域相比,对TAF1(2)的选择性可能降低脱靶风险。
参考文献

[1]. GNE-371, a Potent and Selective Chemical Probe for the Second Bromodomains of Human Transcription-Initiation-Factor TFIID Subunit 1 and Transcription-Initiation-Factor TFIID Subunit 1-like. J Med Chem. 2018 Oct 25;61(20):9301-9315.

其他信息
GNE-371 是一种高效且选择性的化学探针,可靶向人 TAF1 和 TAF1L 的第二个溴结构域,对 TAF1(2) 的 IC50 值为 10 nM。它用于研究 TAF1 溴结构域在转录调控中的作用,并验证 TAF1(2) 作为治疗靶点的潜力。该化合物目前仅作为研究工具而非治疗药物,尚未有临床开发或监管审批的报道。其用途仅限于实验室研究。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C24H25N5O3
分子量
431.487004995346
精确质量
431.195
CAS号
1926986-36-8
PubChem CID
121335283
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
1.5
tPSA
83.5
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
780
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O1CCN(C(C2=CC3=C(C(=C2)C2=CN(CCC=C)C(C4=C2C=CN4)=O)N=CN3C)=O)CC1
InChi Key
XJRUWGFZGQNPPD-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C24H25N5O3/c1-3-4-7-29-14-19(17-5-6-25-22(17)24(29)31)18-12-16(13-20-21(18)26-15-27(20)2)23(30)28-8-10-32-11-9-28/h3,5-6,12-15,25H,1,4,7-11H2,2H3
化学名
6-But-3-enyl-4-[1-methyl-6-(morpholine-4-carbonyl)-benzimidazol-4-yl]-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one
别名
GNE-371; GNE 371; GNE371
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~115.88 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2.5 mg/mL (5.79 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浮液;超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.79 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.79 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3176 mL 11.5878 mL 23.1755 mL
5 mM 0.4635 mL 2.3176 mL 4.6351 mL
10 mM 0.2318 mL 1.1588 mL 2.3176 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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