Lavendustin B

目录号: V7150 纯度: ≥98%
Lavendustin B 是 HIV-1 整合酶和 LEDGF/p75 之间相互作用的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50 为 94.07 μM。
Lavendustin B CAS号: 125697-91-8
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
Lavendustin B 是一种 HIV-1 整合酶与 LEDGF/p75 相互作用的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50 为 94.07 μM。Lavendustin B 是一种 ATP 竞争性 GLUT1 抑制剂(拮抗剂),Ki 为 15 µM。Lavendustin B 也是一种弱酪氨酸激酶抑制剂。
生物活性&实验参考方法
靶点
HIV-1 Integrase (IN) - allosteric inhibitor targeting the LEDGF/p75 binding pocket [1]
体外研究 (In Vitro)
Lavendustin B (0-1000 µM) 可剂量依赖性地降低 HL-60 细胞中人红细胞对甲基葡萄糖、脱氧葡萄糖和脱氢抗坏血酸的吸收;在 10-30 µM 左右可观察到 50% 的抑制。此外,细胞松弛素B与人红细胞膜的剂量依赖性结合会因薰衣草素B浓度升高而受到抑制[1]。
薰衣草素B通过基于结构的虚拟筛选和后续活性测定,被鉴定为HIV-1整合酶与其细胞辅助因子LEDGF/p75结合的抑制剂[1]。
在AlphaScreen测定中,薰衣草素B抑制了IN-LEDGF/p75的相互作用,IC₅₀值为94.07 μM(参考先前研究)[1]。
分子对接研究表明,薰衣草素B的羧基与IN的Glu170和His171残基的骨架氮原子形成氢键相互作用,模拟了其与LEDGF/p75热点残基Asp366的相互作用。此外,Thr174 的羟基侧链可能形成氢键 [1]。
薰衣草素 B 的芳香部分占据了 IN 二聚体界面内的疏水腔,该疏水腔由来自两个 IN 亚基的残基组成(亚基 A 的 Thr174、Gln168、Ala169、Met178;亚基 B 的 Ala128、Ala129、Trp131、Trp132)[1]。
酶活实验
本研究未采用传统的纯化酶活性测定方法,而是利用竞争性结合和转运实验来证明Lavendustin B与GLUT1转运蛋白的直接相互作用。关键实验是测定D-葡萄糖可置换的[4-³H]细胞松弛素B与未封闭的红细胞膜的结合情况。将膜(0.38 mg蛋白/mL)与10 μM细胞松弛素E、500 mM D-或L-葡萄糖、0.07 μCi [4-³H]细胞松弛素B以及未标记的细胞松弛素B(终浓度为0.01 μM)以及不同浓度的Lavendustin B一起孵育。室温孵育10分钟后,离心收集膜。根据沉淀物的放射性计算结合的细胞松弛素B的量。 D-葡萄糖与L-葡萄糖存在下结合力的差异反映了与功能性葡萄糖转运蛋白的结合情况。[1]
细胞实验
本研究采用细胞摄取试验来测定在薰衣草素B存在下GLUT1的功能活性。

1. 细胞系和培养:HL-60细胞培养于含10%胎牛血清和抗生素的Iscove改良Dulbecco培养基(IMDM)中。CHO细胞(包括对照组和GLUT1过表达组)培养于含10%胎牛血清和抗生素的IMDM中,转染细胞还需添加0.25 mg/mL G418。人红细胞从过期血液样本中纯化。 [1]

2. 摄取测定方案:在摄取测定中,将细胞在室温下于含有放射性标记底物的孵育缓冲液中孵育,这些底物包括:L-[14C]抗坏血酸(用于脱氢抗坏血酸的摄取,需经抗坏血酸氧化酶氧化)、2-[1,2-³H(N)]-脱氧-D-葡萄糖、[³H]-甲基葡萄糖或L-[3,4,5-³H(N)]-亮氨酸,以及浓度为0.2至20 mM的相应未标记化合物。摄取时间为10秒至1分钟,其中30秒的测定用于确定初始转运速率。在测定开始时,将薰衣草素B与转运底物同时加入浓缩储备液(50 μM,溶于二甲基亚砜)。摄取后,用冷磷酸盐缓冲液洗涤细胞,裂解细胞,并通过液体闪烁计数法测量掺入的放射性。[1]

3. 特异性对照:测量亮氨酸转运(由与葡萄糖转运蛋白无关的系统介导)作为对照,以确保抑制作用特异性针对 GLUT1。[1]
参考文献

[1]. Direct inhibition of the hexose transporter GLUT1 by tyrosine kinase inhibitors. Biochemistry. 2001 Jan 23;40(3):777-90.

[2]. Computational and synthetic approaches for developing Lavendustin B derivatives as allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. Eur J Med Chem. 2016 Nov 10;123:673-683.

其他信息
薰衣草素B是一种芳香胺。它是一种弱酪氨酸激酶抑制剂,之前曾被用作 Lavendustin A 的阴性对照类似物。(NCI)
Lavendustin B [5-[双(2-羟基苄基)氨基]-2-羟基苯甲酸] 是一种天然产物,通过基于结构的虚拟筛选,被鉴定为靶向 HIV-1 IN-LEDGF/p75 蛋白-蛋白相互作用的先导化合物 [1]。
该化合物是开发一系列具有更高效力的新型变构 HIV-1 整合酶抑制剂 (ALLINI) 的母体分子 [1]。
Lavendustin B 骨架进行了结构修饰,包括去除 2-羟基,并添加卤素原子(氯和氟)或甲基取代基,以探索结合口袋内的疏水相互作用 [1]。
Lavendustin B 的结合模式与已知的结合模式进行了比较。通过叠加研究发现,ALLINI化合物KF115与HIV-1整合酶LEDGF/p75结合口袋中的关键残基具有相似的相互作用[1]。
研究发现,Lavendustin B的羧酸基团对于与Glu170和His171的骨架氮原子相互作用至关重要,模拟了LEDGF/p75热点残基Asp366[1]。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C21H19NO5
分子量
365.37926
精确质量
365.126
CAS号
125697-91-8
PubChem CID
3895
外观&性状
White to yellow solid powder
密度
1.423 g/cm3
沸点
671.1ºC at 760 mmHg
熔点
140-144ºC
闪点
359.7ºC
蒸汽压
6.31E-19mmHg at 25°C
折射率
1.726
LogP
3.708
tPSA
101.23
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
6
重原子数目
27
分子复杂度/Complexity
463
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
RTYOLBQXFXYMKY-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C21H19NO5/c23-18-7-3-1-5-14(18)12-22(13-15-6-2-4-8-19(15)24)16-9-10-20(25)17(11-16)21(26)27/h1-11,23-25H,12-13H2,(H,26,27)
化学名
5-[bis[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino]-2-hydroxybenzoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~136.84 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.84 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.84 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.7369 mL 13.6844 mL 27.3688 mL
5 mM 0.5474 mL 2.7369 mL 5.4738 mL
10 mM 0.2737 mL 1.3684 mL 2.7369 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • A) Chemical structures of 5-[bis(2-hydroxybenzy l)amino]-2-hydroxybenzoic acid (Lavendustin B) B) Superimposition of Lavendustin B (green) and compound KF115 (cyan) in complex with IN CCD (PDB code 2B4J). Key residues of the pocket are presented. The figure was created using PyMOL [56]. C) Chemical structures of KF115. D) Substitutions on the parent molecule. (For interpretation of the references to colour in this figure legend, the reader is referred to the web version of this article.).[2]. Fatima E Agharbaoui, et al. Computational and synthetic approaches for developing Lavendustin B derivatives as allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. Eur J Med Chem. 2016 Nov 10;123:673-683.
  • Superimposition of IN CCD with A) Lavendustin B (violet) and compound 1 (cyan); B) compounds 2 (green), 3 (cyan) and 4 (magenta); C) compounds 5 (green), 6 (cyan) and 7 (magenta); D) compounds 8 (green), 9 (cyan) and 10 (magenta). Key residues of the pocket are presented. The figure was created using PyMOL [56]. (For interpretation of the references to colour in this figure legend, the reader is referred to the web version of this article.).[2]. Fatima E Agharbaoui, et al. Computational and synthetic approaches for developing Lavendustin B derivatives as allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. Eur J Med Chem. 2016 Nov 10;123:673-683.
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