Merbarone

别名: Merbarone RLBN-1001 NSC-336628 阻断拓扑异构酶 II 介导的 DNA 切割。
目录号: V8014 纯度: ≥98%
Merbarone (NSC 336628) 是一种口服生物活性拓扑异构酶 II 抑制剂。
Merbarone CAS号: 97534-21-9
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
美巴隆(NSC 336628)是一种口服生物活性拓扑异构酶II抑制剂。美巴隆的主要作用是阻断拓扑异构酶II介导的DNA断裂,而不稳定拓扑异构酶II-DNA共价复合物。美巴隆具有抗肿瘤特性。
美巴隆(CAS号:97534-21-9),也称为NSC 336628,是一种拓扑异构酶II催化抑制剂,IC50值为120 μM。其分子量为263.27。美巴隆对人类癌细胞具有抗增殖活性。它是一种硫代巴比妥酸衍生物,化学名称为5-(N-苯基甲酰胺基)-2-硫代巴比妥酸。该化合物的主要作用机制是阻断拓扑异构酶II介导的DNA断裂,而不稳定拓扑异构酶II-DNA共价复合物。它通过 caspase-3 依赖性机制诱导 CEM 细胞凋亡。
生物活性&实验参考方法
靶点
Merbarone targets DNA topoisomerase II, an enzyme involved in DNA replication and repair. Topoisomerase II catalyzes the transient cleavage and rejoining of DNA strands, allowing the passage of another DNA helix through the break. This activity is essential for chromosome condensation, segregation, and DNA replication. Merbarone is a catalytic inhibitor of topoisomerase II, meaning it inhibits the catalytic activity of the enzyme without stabilizing the DNA-topo II cleavable complex. This distinguishes it from classic topoisomerase II poisons like etoposide.
体外研究 (In Vitro)
美巴隆(1-100 μM)的IC50为10 μM,并以浓度依赖的方式抑制L1210细胞的生长[3]。美巴隆(10-200 μM;10分钟)抑制人拓扑异构酶IIα催化的DNA松弛,IC50约为40 μM[1]。美巴隆(25-200 μM;6分钟)以约50 μM的IC50抑制酪氨酸异构酶II介导的DNA断裂[1]。美巴隆(100 μM;6分钟)可实现拓扑异构酶II介导的DNA断裂的全局抑制[1]。美巴隆(100 μM;6分钟)不影响拓扑异构酶II与DNA的结合[1]。拓扑异构酶II催化的ATP水解不受merbarone(200 μM;4–16分钟)的抑制[1]。体外实验表明,merbarone是拓扑异构酶II的催化抑制剂,IC50值为120 μM。它对人类癌细胞具有抗增殖活性。Merbarone阻断拓扑异构酶II介导的DNA切割,但并不稳定DNA-拓扑异构酶II可切割复合物。它通过caspase-3依赖性机制诱导CEM细胞凋亡。该化合物独特的作用机制使其成为研究拓扑异构酶II在DNA复制和细胞周期调控中作用的宝贵工具。
体内研究 (In Vivo)
在P388小鼠白血病模型中,美巴隆(50 mg/kg;每日腹腔注射,连续5天)可使小鼠的生存期(ILS)延长101% [2]。口服美巴隆(124 mg/kg)9天的小鼠也显示出抗肿瘤活性 [2]。体内实验表明,美巴隆具有轻微的抗肿瘤作用,但同时也具有肾毒性。它具有口服生物活性。美巴隆通过抑制拓扑异构酶II,干扰DNA复制并诱导DNA损伤,从而导致快速分裂的癌细胞死亡。然而,其肾毒性限制了其治疗应用。该化合物已在临床前模型中进行了抗肿瘤活性研究,但现有文献中关于其体内疗效的具体数据有限。
酶活实验
非细胞体外检测方法测定美巴隆对拓扑异构酶II活性的抑制作用。典型的实验方案使用纯化的重组人拓扑异构酶II和DNA底物(例如动质体DNA或质粒DNA)。将该酶与ATP、DNA底物以及不同浓度的美巴隆在反应缓冲液中孵育。通过琼脂糖凝胶电泳分离反应产物,将解链或松弛的DNA与超螺旋的底物分离。根据浓度-效应曲线确定抑制拓扑异构酶II活性的IC50值。
细胞实验
使用癌细胞系(例如 CEM(人 T 细胞白血病)细胞)进行美巴隆的细胞活性测定。将细胞用不同浓度的美巴隆处理 24-72 小时。采用 MTT 法检测细胞活力。通过使用荧光底物检测 caspase-3 活性或使用 Annexin V 染色进行流式细胞术检测来评估细胞凋亡。可通过检测 γ-H2AX 灶的形成来评估 DNA 损伤。测定抗增殖活性的 IC50 值。
动物实验
美巴隆的体内动物研究是在癌症小鼠模型(例如异种移植模型)中进行的。荷瘤小鼠经口服或腹腔注射美巴隆,剂量为10-50 mg/kg。通过测量肿瘤体积随时间的变化来评估抗肿瘤疗效。同时监测体重和临床症状以评估毒性。研究结束时,可收集肿瘤组织用于分析拓扑异构酶II活性和细胞凋亡标志物。然而,目前已发表的关于美巴隆的具体研究方案在文献中较为有限。
药代性质 (ADME/PK)
美巴隆的分子量为263.27。它在二甲基亚砜(DMSO)中的溶解度为53 mg/mL(201.31 mM),但不溶于水和乙醇。用于体内口服给药时,可将其配制成浓度≥5 mg/mL的均质CMC-Na混悬液。用于注射时,可将其配制成5% DMSO、40% PEG300、5% Tween 80和50% ddH2O的混合溶液(0.850 mg/mL),或5% DMSO和95%玉米油的混合溶液(0.300 mg/mL)。详细的药代动力学参数尚未完全报道。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
美巴隆具有显著的毒性,已被证实具有肾毒性。作为一种研究用化学品,它不适用于人体,仅用于临床前研究。处理美巴隆时应遵循标准安全预防措施,包括使用个人防护装备。现有文献中未提供具体的LD50值。
参考文献

[1]. Merbarone inhibits the catalytic activity of human topoisomerase IIalpha by blocking DNA cleavage. J Biol Chem. 1998 Jul 10;273(28):17643-50.

[2]. 5-(N-phenylcarboxamido)-2-thiobarbituric acid (NSC 336628), a novel potential antitumor agent. Biochem Pharmacol. 1985 Jun 1;34(11):2047-50.

[3]. Initial mechanistic studies with merbarone (NSC 336628). Biochem Pharmacol. 1985 Sep 15;34(18):3395-8.

[4]. Differences in inhibition of chromosome separation and G2 arrest by DNA topoisomerase II inhibitors merbarone and VM-26. Cancer Res. 1995 Apr 1;55(7):1509-16.

其他信息
美巴隆(Mebalon)是硫代巴比妥酸的非镇静衍生物,是一种新型拓扑异构酶II催化抑制剂,具有抗肿瘤活性。美巴隆通过直接与拓扑异构酶II结合来干扰DNA复制,其结合位点可能与其他拓扑异构酶II裂解增强剂(例如依托泊苷)共享。由于美巴隆既不嵌入DNA,也不稳定存在于DNA-拓扑异构酶II可裂解复合物中,因此其作用机制似乎是全新的。
美巴隆(Merbarone,NSC 336628)是一种拓扑异构酶II催化抑制剂,IC50值为120 μM。它对人类癌细胞具有抗增殖活性。该化合物主要通过阻断拓扑异构酶II介导的DNA裂解发挥作用,而不会稳定拓扑异构酶II-DNA共价复合物。它通过caspase-3依赖性机制诱导CEM细胞凋亡。美巴隆具有轻微的抗肿瘤作用,但有肾毒性。它可口服。美巴隆尚未获得临床批准,也未进入临床试验。其主要用途是拓扑异构酶II生物学研究和抗癌药物研发。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H9N3O3S
分子量
263.271
精确质量
263.036
CAS号
97534-21-9
PubChem CID
4990817
外观&性状
Pink to purple solid powder
密度
1.51g/cm3
折射率
1.688
LogP
0.502
tPSA
119.39
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
18
分子复杂度/Complexity
384
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
JARCFMKMOFFIGZ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C11H9N3O3S/c15-8(12-6-4-2-1-3-5-6)7-9(16)13-11(18)14-10(7)17/h1-5,7H,(H,12,15)(H2,13,14,16,17,18)
化学名
4,6-dioxo-N-phenyl-2-sulfanylidene-1,3-diazinane-5-carboxamide
别名
Merbarone RLBN-1001 NSC-336628
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~12.5 mg/mL (~47.48 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2.5 mg/mL (9.50 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浮液;超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: 2.5 mg/mL (9.50 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.7984 mL 18.9919 mL 37.9838 mL
5 mM 0.7597 mL 3.7984 mL 7.5968 mL
10 mM 0.3798 mL 1.8992 mL 3.7984 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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