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ML216 (CID-49852229)

别名: CID-4985229; CID 4985229; CID4985229; ML216; ML-216; ML 216 ML216 ;N-[4-氟-3-(三氟甲基)苯基]-N'-[5-(4-吡啶基)-1,3,4-噻二唑-2-基]脲; ML-216
目录号: V4019 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
ML216（以前称为 CID-49852229）是一种新型有效的 Blooms 综合征蛋白 (BLM) 解旋酶抑制剂，该酶负责 DNA 解旋活性。
ML216 (CID-49852229) CAS号: 1430213-30-1
产品类别: DNA(RNA) Synthesis
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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产品说明书
产品描述
ML216（以前称为 CID-49852229）是一种新型有效的布卢姆氏综合征蛋白 (BLM) 解旋酶抑制剂，该酶负责 DNA 解旋活性。全长 BLM 和 BLM636-1298 的 IC50 值相似，分别为 3.0 和 0.97 μM。布卢姆综合征蛋白 BLM 是保守的 RecQ 解旋酶家族的成员。尽管存在缺乏 BLM 的细胞系，但这些细胞系表现出渐进的基因组不稳定性，这使得区分 BLM 损失的主要影响和次要影响变得困难。 ML216 显示出基于细胞的活性，可以诱导姐妹染色单体交换、增强 aphidicolin 的毒性，并在表达 BLM 的细胞中发挥抗增殖活性，但在缺乏 BLM 的细胞中则不然。这些数据表明 ML216 在培养细胞中对 BLM 显示出很强的选择性。因此，ML216 具有将 BLM 作为抗癌剂的潜在用途。
生物活性&实验参考方法
靶点
BLMfull-length ( IC50 = 2.98 μM ); BLM636-1298 ( IC50 = 0.97 μM )
ML216 (12.5-50 μM; 24-72 hours; PSNG5 and PSNG13cells) treatmentsuppresses PSNF5 cell proliferation, but not PSNG13 cell proliferation in a concentration-dependent manner[1].
ML216 treatment increases the frequency of sister chromatid exchanges (SCEs) in a statistically significant way in PSNF5 cells, but not in PSNG13 cells[1].
ML216 enhances the aphidicolin sensitivity of PSNF5 cells, but has no sensitizing effect on isogenic PSNG13 cells lacking BLM[1].
ML216 inhibits WRN500-946 (IC50 of 12.6 μM), which is 2.5 times more sensitive to inhibition than the full length WRN (IC50 of 5 μM). Based on IC50 values, BLM is slightly more sensitive than WRN to ML216's inhibition (1.7-fold). Even though ML216 clearly inhibits WRN, this substance seems to be specific to BLM in human cells. Both WRN+ and WRN? cell proliferation is equally inhibited by ML216, and both cell types are similarly sensitized to aphidicolin[1].
体外研究 (In Vitro)
ML216（12.5-50 μM；24-72 小时；PSNG5 和 PSNG13 细胞）治疗可抑制 PSNF5 细胞增殖，但不会以浓度依赖性方式抑制 PSNG13 细胞增殖[1]。
ML216 治疗会增加姐妹染色单体交换 (SCE) 的频率) 在 PSNF5 细胞中具有统计学显着性，但在 PSNG13 细胞中则不然[1]。
ML216 增强 PSNF5 细胞对 aphidicolin 的敏感性，但对缺乏 BLM 的同基因 PSNG13 细胞没有致敏作用[1]。
ML216抑制 WRN500-946（IC50 为 12.6 μM），其抑制敏感性比全长 WRN（IC50 为 5 μM）高 2.5 倍。根据 IC50 值，BLM 对 ML216 的抑制作用比 WRN 稍微更敏感（1.7 倍）。尽管 ML216 明显抑制 WRN，但该物质似乎对人类细胞中的 BLM 具有特异性。 WRN+ 和 WRN 吗？ ML216 同样会抑制细胞增殖，并且两种细胞类型对 aphidicolin 的敏感性相似[1]。
ML216 是BLM ATP依赖性DNA解旋活性的强效选择性抑制剂。它对截短变体（BLM636–1298）和全长重组BLM均有抑制，IC50值在低微摩尔范围。
ML216 表现出DNA底物结构依赖性的抑制特征。它能强效抑制BLM对叉状双链DNA底物的解旋。抑制BLM对D环和霍利迪连接体的分支迁移活性及其对G-四链体的解旋活性则需要大约高10倍的浓度（50 μM）。
ML216 对相关的WRN解旋酶有中等程度的抑制，但在浓度高达50 μM时，对人类的RECQ1、RECQ5或远缘的大肠杆菌UvrD解旋酶无明显抑制。
在作用机制上，ML216 作为DNA结合的竞争性抑制剂。电泳迁移率变动分析和荧光偏振分析表明，ML216能将BLM从单链和叉状双链DNA底物上置换下来。
与抑制DNA结合相一致，ML216 以非竞争性方式抑制BLM的ssDNA依赖性ATP酶活性，Ki值为1.76 ± 0.26 μM。 [1]
体内研究 (In Vivo)
尽管 ML216 在体外以与 WRN 解旋酶类似的方式抑制序列相关的 BLM 和 WRN 解旋酶的解旋，但该药物的体内作用机制似乎对 BLM 具有特异性，因为 ML216 在人体中的生物效应明显依赖于 BLM细胞。信息是 BLM 与抑制剂复合的共晶结构。 WRN 的某种构象使其对 ML216 具有抗性，这可能是由体内细胞信号诱导的[2]。
酶活实验
高通量荧光淬灭解旋酶检测法： 使用一种在相对链上分别带有荧光基团和淬灭基团的叉状双链DNA底物。BLM的ATP依赖性解旋使链分离，解除淬灭并增加荧光。该检测被微型化至1536孔板格式用于抑制剂筛选。抑制活性通过荧光信号相对于DMSO对照的降低来测量。
基于凝胶的放射性标记DNA解旋酶检测法： 通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离反应产物来测量解旋酶活性。底物是5'端放射性标记的叉状双链。解旋释放出标记的单链DNA产物，并进行定量。使用非线性回归分析确定抑制作用的IC50值。
DNA结合实验（电泳迁移率变动分析 - EMSA）： 通过天然PAGE评估BLM与单链或叉状双链DNA的结合能力。结合形成迁移率降低的蛋白质-DNA复合物。测试了递增浓度的ML216破坏复合物形成的能力。
DNA结合实验（荧光偏振 - FP）： 通过荧光偏振监测BLM与荧光标记寡核苷酸（对应叉状双链的一条链）的平衡结合。偏振度的增加表明蛋白质结合。测试了ML216降低偏振信号的能力，表明其对DNA结合的抑制。实验在存在或不存在核苷酸（ADP, ATP）的情况下进行。
ATP酶活性检测： 测量了BLM的ssDNA依赖性ATP水解活性。测试了ML216的抑制作用，并使用米氏动力学确定了其作用机制（相对于ATP是竞争性还是非竞争性）。 [1]
细胞实验
细胞系：PSNG5 和 PSNG13 细胞
浓度：12.5 μM 或 50 µM
孵育时间：24 小时、48 小时、72 小时
结果：抑制 PSNF5 细胞增殖，但不抑制 PSNG13 细胞增殖，并且所以以浓度依赖的方式。
细胞增殖实验（WST-1）： 使用同源的人类成纤维细胞系PSNF5（BLM功能正常）和PSNG13（BLM缺陷）进行处理。用指定浓度的ML216处理细胞长达72小时。使用WST-1试剂（一种线粒体脱氢酶将其转化为甲臜的四唑盐）评估细胞增殖。在450 nm波长下测量吸光度，参考波长为690 nm。
姐妹染色单体交换分析： 细胞在溴脱氧尿苷存在下培养两个细胞周期，ML216在全程或中期收获前最后8小时加入。制备染色体涂片，进行差别染色，并统计每条染色体的SCE频率。
克隆形成存活/阿非迪霉素增敏实验： 细胞用DMSO或ML216（50 μM）预处理24小时，随后与递增浓度的阿非迪霉素（一种DNA聚合酶抑制剂）共同处理另外24小时。然后洗涤细胞，以低密度铺板，并在无药物培养基中生长长达12天以形成集落。计算存活分数。
γ-H2AX焦点免疫荧光实验： 细胞用DMSO或ML216处理48小时，然后暴露于丝裂霉素C另外12小时。固定、透化细胞，并用抗磷酸化组蛋白H2AX（γ-H2AX）的抗体和DAPI染色。使用荧光显微镜定量γ-H2AX核焦点的数量和积分密度，以指示DNA双链断裂。 [1]
参考文献

[1]. A small molecule inhibitor of the BLM helicase modulates chromosome stability in human cells. Chem Biol. 2013 Jan 24;20(1):55-62.

[2]. A new development in DNA repair modulation: discovery of a BLM helicase inhibitor. Cell Cycle. 2013 Mar 1;12(5):713-4.
其他信息
1-[4-氟-3-(三氟甲基)苯基]-3-(5-吡啶-4-基-1,3,4-噻二唑-2-基)脲属于脲类化合物。
ML216是通过对约35万个化合物库进行高通量筛选，并对初始先导化合物MLS000559245进行后续的药物化学优化而发现的，以改善其溶解度和细胞渗透性等理化性质。
在基于细胞的实验中，ML216表现出依赖于博来霉素（BLM）表达的靶向活性：它特异性地抑制BLM表达正常的细胞（PSNF5）的增殖，诱导姐妹染色单体交换（SCE），并增强蚜虫霉素的毒性，但在同源的BLM表达缺陷的细胞（PSNG13）中则没有这种作用。
ML216还能抑制丝裂霉素C（MMC）诱导的细胞核形成。在BLM功能正常的细胞中观察到γ-H2AX聚集灶，这与BLM在将DNA损伤中间体加工成双链断裂中的作用相一致。
尽管ML216在生化实验中抑制了WRN，但它对WRN功能正常和WRN缺陷的成纤维细胞的增殖或蚜虫霉素敏感性没有差异性影响，这表明BLM是其主要的细胞靶点。
该研究提出ML216可作为一种有价值的分子探针，用于急性抑制细胞中的BLM功能，并提示其衍生物可作为潜在的抗癌药物进行研究，尤其适用于依赖端粒替代延长（ALT）途径的肿瘤。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C15H9F4N5OS
分子量
383.32
精确质量
383.046
元素分析
C, 47.00; H, 2.37; F, 19.82; N, 18.27; O, 4.17; S, 8.36
CAS号
1430213-30-1
相关CAS号
1430213-30-1
PubChem CID
49852229
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.6±0.1 g/cm3
折射率
1.641
LogP
4.11
tPSA
114.76
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
491
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C(NC1=CC=C(F)C(C(F)(F)F)=C1)NC2=NN=C(S2)C3=CC=NC=C3
InChi Key
WMCOYUSJXXCHFH-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C15H9F4N5OS/c16-11-2-1-9(7-10(11)15(17,18)19)21-13(25)22-14-24-23-12(26-14)8-3-5-20-6-4-8/h1-7H,(H2,21,22,24,25)
化学名
1-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-pyridin-4-yl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)urea
别名
CID-4985229; CID 4985229; CID4985229; ML216; ML-216; ML 216
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: ≥ 1.5 mg/mL
Water: N/A
Ethanol: N/A
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2 mg/mL (5.22 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.0mg/mL澄清的DMSO储备液加入到900μL 20％SBE-β-CD生理盐水中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.6088 mL 13.0439 mL 26.0879 mL
5 mM 0.5218 mL 2.6088 mL 5.2176 mL
10 mM 0.2609 mL 1.3044 mL 2.6088 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

  • ML216

    (A) Structure of MLS000559245 that was identified during the high throughput screen and ML216, which was developed through subsequent medicinal chemistry optimization of this chemotype. (B) Effects on ML216 on the helicase activity of BLM636–1298and full-length BLM. In the absence of ML216, BLM unwinds the forked duplex into ssDNA (depicted diagrammatically on the right). The open triangle above the left lane in each case depicts heat-denatured DNA. The asterisk denotes fluorescent-end label. (C) Quantification of the extent of BLM inhibition by ML216.2013 Jan 24;20(1):55-62.

  • ML216

    (A) Effect of ML216 on binding BLM to ssDNA or a forked duplex using EMSA. Data were derived from 2 independent gel retardation experiments. Error bars: SE. (B) As in panel A, except effects on DNA binding measured using fluorescence polarization (FP).2013 Jan 24;20(1):55-62.

  • ML216

    ML216 has activity in human cells that depends on BLM. (A, B) Effects of different concentrations of ML216, as indicated, on the rate of cell proliferation in PSNF5 (BLM+; panel A) and PSNG13 (BLM−; panel B) cells.


    ML216

    (A) ML216 sensitizes PSNF5, but not PSNG13, cells to aphidicolin.(B) ML216 suppresses γ-H2AX focus formation in MMC-treated PSNF5 cells, but not similarly treated PSNG13 cells.2013 Jan 24;20(1):55-62.

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