MRK-740

目录号: V41598 纯度: ≥98%
MRK-740 是一种有效的、选择性的、底物竞争性的 PRDM9 组蛋白甲基转移酶抑制剂,IC50 为 80 nM。
MRK-740 CAS号: 2387510-80-5
产品类别: New3
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
MRK-740 是一种高效、选择性的 PRDM9 组蛋白甲基转移酶底物竞争性抑制剂,IC50 为 80 nM。MRK-740 对 PRDM9 的选择性高于其他组蛋白甲基转移酶和其他非表观遗传靶点。MRK-740 可降低 PRDM9 依赖的 H3K4 三甲基化(IC50 为 0.8 µM)。MRK-740 是一种高效、选择性的 PRDM9(PR 结构域锌指蛋白 9)组蛋白甲基转移酶底物竞争性抑制剂。其分子量为 464.56 g/mol,分子式为 C25H32N6O3,CAS 编号为 2387510-80-5。MRK-740 作为化学探针与结构基因组学联盟 (SGC) 联合提供,仅供实验室研究使用。该化合物可溶于DMSO,应储存于-20°C。
生物活性&实验参考方法
靶点
MRK-740 targets PRDM9, a histone methyltransferase that catalyzes the trimethylation of histone H3 at lysine 4 (H3K4). PRDM9 plays a critical role in meiotic recombination by determining the locations of recombination hotspots. MRK-740 acts as a substrate-competitive inhibitor, binding to the enzyme's substrate-binding site. The compound is more selective for PRDM9 than other histone methyltransferases and other non-epigenetic targets.
体外研究 (In Vitro)
MRK-740 (3 μM) 在 IC90 浓度下处理 24 小时后对 HEK293T 细胞的生长没有影响;然而,在 10 μM 浓度下,观察到一定的毒性。MRK-740 是 MCF7 细胞中 H3K4 甲基化的匹配试剂。在细胞中,MRK-740 缓冲液可直接抑制 PRDM9 靶点的 H3K4 甲基化 [1]。
体外实验表明,在无细胞酶活性测定中,MRK-740 以 80-85 nM 的 IC50 值抑制 PRDM9 介导的 H3K4 甲基化。它对其他组蛋白甲基转移酶的选择性超过 100 倍。在细胞实验中,MRK-740 以 0.8 µM 的 IC50 值降低 PRDM9 依赖的 H3K4 三甲基化。在 3 µM 浓度下,该化合物在 24 小时后对 HEK293T 细胞的生长没有影响(IC90),但在 10 µM 浓度下,则观察到一些毒性。
体内研究 (In Vivo)
现有资料中关于MRK-740体内活性的数据并不详尽。作为一种由结构基因组学联盟提供的化学探针,它主要用于研究PRDM9在减数分裂和重组中的功能。该化合物具有高选择性和高活性,使其成为研究PRDM9在基因组稳定性和疾病中作用的宝贵工具,但目前尚未有具体的体内疗效数据报道。
酶活实验
MRK-740 的体外酶活性测定包括测量 PRDM9 介导的 H3K4 甲基化抑制情况。将重组 PRDM9 酶与组蛋白 H3 肽底物和 SAM 在不同浓度的化合物存在下孵育。采用闪烁邻近法或荧光法定量甲基化。通过将剂量-反应曲线拟合到抑制数据来确定 IC50 值(80-85 nM)。
细胞实验
使用不同浓度的 MRK-740 处理细胞进行细胞实验。采用 H3K4 三甲基化特异性抗体,通过蛋白质印迹法检测 H3K4 三甲基化水平。根据剂量反应曲线计算化合物的细胞效力(IC50 = 0.8 µM)。当化合物浓度高于 3 µM 时,可进行细胞活力检测以评估其毒性。
动物实验
现有资料中未详细描述MRK-740的体内动物研究。该化合物由结构基因组学联盟(Structural Genomics Consortium)提供,作为化学探针用于研究。一篇描述其发现的参考文献已发表(Allali-Hassani et al, 2019, Nat. Commun. 10 5759; PMID: 31848333)。但尚未描述具体的动物模型和给药方案。
药代性质 (ADME/PK)
所提供的资料来源中未包含 MRK-740 的药代动力学数据。该化合物的分子量为 464.56 g/mol,分子式为 C25H32N6O3,计算得到的 logP 值为 3.5。通常储存于 -20°C。现有文献或供应商文件中均未报道具体的药代动力学参数,例如半衰期、生物利用度、分布容积和清除率。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
MRK-740 的毒性数据有限。在 3 µM 浓度下,该化合物对 HEK293T 细胞生长无影响,但在 10 µM 浓度下,观察到一定的毒性。作为一种用作化学探针的研究化合物,它不适用于治疗用途。其具体的毒理学特征,包括遗传毒性、心脏毒性或器官特异性毒性,尚未得到充分表征。
参考文献

[1]. Discovery of a Chemical Probe for PRDM9. Nat Commun. 2019 Dec 17;10(1):5759.

其他信息
MRK-740 是一种由结构基因组学联盟 (SGC) 提供的化学探针,仅供研究用途。其发现过程已发表于相关文献(Allali-Hassani 等,2019,《自然通讯》10 5759;PMID:31848333)。该化合物仅供研究使用,尚未获准用于人类治疗。它是研究 PRDM9 在减数分裂、重组和基因组稳定性中功能的重要工具。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H32N6O3
分子量
464.5600
精确质量
464.253
CAS号
2387510-80-5
相关CAS号
2387510-80-5;MRK-740 HCl;
PubChem CID
137331596
外观&性状
White to yellow solid powder
LogP
3.5
tPSA
80
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
34
分子复杂度/Complexity
651
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O1C(=NC(C2C([H])=C(C([H])=C(C=2[H])OC([H])([H])[H])OC([H])([H])[H])=N1)N1C([H])([H])C([H])([H])N(C([H])([H])[H])C2(C1([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])N(C1C([H])=C([H])N=C(C([H])([H])[H])C=1[H])C([H])([H])C2([H])[H]
InChi Key
NZYTZRHHBAJPKN-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C25H32N6O3/c1-18-13-20(5-8-26-18)30-9-6-25(7-10-30)17-31(12-11-29(25)2)24-27-23(28-34-24)19-14-21(32-3)16-22(15-19)33-4/h5,8,13-16H,6-7,9-12,17H2,1-4H3
化学名
3-(3,5-dimethoxyphenyl)-5-[1-methyl-9-(2-methylpyridin-4-yl)-1,4,9-triazaspiro[5.5]undecan-4-yl]-1,2,4-oxadiazole
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~40 mg/mL (~86.10 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.38 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.38 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.38 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1526 mL 10.7629 mL 21.5257 mL
5 mM 0.4305 mL 2.1526 mL 4.3051 mL
10 mM 0.2153 mL 1.0763 mL 2.1526 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们