PHGDH-inactive

别名: PHGDHinactive; PHGDH inactive; PHGDH-inactive N-(4,6-dimethyl-2-pyridinyl)-4-(4-pyridinyl)-1-piperazinecarbothioamide
目录号: V27506 纯度: ≥98%
PHGDH-inactive 对 PHGDH 无活性 (IC50>57 μM),可用作 NCT-502 和 NCT-503 的阴性对照 (NC)。
PHGDH-inactive CAS号: 1914971-16-6
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PHGDH-inactive 对 PHGDH 无活性(IC50>57 μM),可用作 NCT-502 和 NCT-503 的阴性对照 (NC)。
PHGDH-inactive(CAS#: 1914971-16-6)是一种小分子对照化合物,专门设计用于作为 NCT-502 和 NCT-503 等 PHGDH 抑制剂的阴性对照。其分子式为 C17H21N5S,分子量为 327.45 g/mol,化学名称为 N-(4,6-二甲基吡啶-2-基)-4-(吡啶-4-基)哌嗪-1-硫代甲酰胺。PHGDH(磷酸甘油酸脱氢酶)是丝氨酸生物合成途径中的第一个酶,在癌细胞中常呈高表达。 PHGDH-非活性用作参考标准,以验证实验中观察到的生物学效应是否特指PHGDH抑制,而不是活性抑制剂的脱靶效应。
生物活性&实验参考方法
靶点
PHGDH-inactive is inactive against its primary target, phosphoglycerate dehydrogenase (PHGDH), with an IC50 greater than 57 µM. It serves as a negative control for PHGDH inhibitors, confirming that the effects observed with active compounds like NCT-502 and NCT-503 are specifically due to PHGDH inhibition. In specific assays, it exhibits a 33.0% inhibitory effect against PHGDH and shows high kinetic solubility in pH 7.4 buffer and aqueous solubility.
体外研究 (In Vitro)
PHGDH-inactive 是一种对 PHGDH 无活性的阴性对照 [1]。
PHGDH-inactive 本身对 PHGDH 没有显著的生物活性,其主要目的是作为阴性对照。它用于证明 PHGDH 抑制剂观察到的抗增殖或代谢效应是特异性地由靶点抑制引起的。在基于细胞的实验中,它使研究人员能够区分靶向效应与非特异性细胞毒性或其他脱靶活性,从而确保在研究 PHGDH 在癌症代谢和丝氨酸生物合成中的作用时实验结果的有效性。
体内研究 (In Vivo)
PHGDH非活性化合物并非设计用于体内药理活性研究。在动物研究中,它被用作阴性对照化合物,以确保在小鼠异种移植模型中观察到的PHGDH抑制剂的治疗效果是特异性地归因于PHGDH抑制。通过比较接受活性PHGDH抑制剂治疗组和接受PHGDH非活性化合物治疗组的疗效,研究人员可以确认肿瘤生长抑制和代谢变化是由靶向作用介导的,而非非特异性化合物效应所致。
酶活实验
PHGDH酶抑制活性测定采用重组人PHGDH酶。将该酶与底物3-磷酸甘油酸和辅因子NAD+在测定缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.0、100 mM KCl、5 mM MgCl2、1 mM DTT)中于37°C孵育30-60分钟。产物3-磷酸羟基丙酮酸可通过与二氢黄酶/刃天青系统偶联或高效液相色谱法(HPLC)进行检测。将PHGDH非活性抑制剂与活性抑制剂一起在不同浓度下进行测试,以确认其缺乏活性。IC50值通过非线性回归分析确定。每个浓度均进行重复测试,以确保结果的可重复性。
细胞实验
本研究在依赖丝氨酸从头合成的癌细胞系(例如MDA-MB-468或HCC-70细胞)中评估了细胞PHGDH抑制作用。将细胞在37°C、5% CO₂的适宜培养基中培养,并用不同浓度(1-100 µM)的PHGDH非活性物质处理24-72小时,同时加入活性PHGDH抑制剂。采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术,通过追踪[¹³C]-葡萄糖或[¹³C]-谷氨酰胺掺入丝氨酸的情况来测定丝氨酸的从头合成。使用MTT或CellTiter-Glo法评估细胞活力。同时评估细胞增殖和凋亡情况。每个实验均设置溶剂对照和活性PHGDH抑制剂作为阳性对照。
动物实验
体内疗效研究采用过表达PHGDH的癌细胞系,在小鼠异种移植模型中进行。PHGDH非活性药物以与活性PHGDH抑制剂相当的剂量(通常为10-100 mg/kg)经口服或腹腔注射给药,作为阴性对照组。肿瘤生长通过游标卡尺测量进行监测。研究结束时,收集肿瘤组织进行组织病理学分析和生化检测(丝氨酸水平、PHGDH活性、NAD+/NADH比值)。研究期间持续监测体重和临床症状。每组样本量通常为6-10只动物。PHGDH非活性药物作为关键对照,用于验证观察到的任何抗肿瘤作用是否特异性地归因于PHGDH抑制。
药代性质 (ADME/PK)
PHGDH失活蛋白的分子量为327.45 g/mol,分子式为C17H21N5S。密度:1.268 g/cm3(预测值)。溶解度:DMSO:8 mg/mL (24.43 mM),建议超声处理。体内制剂:10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween 80 + 45% 生理盐水(1 mg/mL,3.05 mM)。储存:粉末-20°C保存3年;溶剂-80°C保存1年。运输:蓝冰或常温运输。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于PHGDH-inactive仅供研究使用,且为对照化合物,因此目前尚无公开的全面毒理学数据。该化合物不适用于人体或治疗用途。处理研究用化学品时应遵循标准安全预防措施。操作该化合物时应使用适当的个人防护装备。目前尚未有关于该化合物的临床试验报告。
参考文献

[1]. A PHGDH inhibitor reveals coordination of serine synthesis and one-carbon unit fate [published correction appears in Nat Chem Biol. 2016 Jul 19;12 (8):656]. Nat Chem Biol. 2016;12(6):452-458.

其他信息
PHGDH-inactive 也称为 3-磷酸甘油酸脱氢酶-inactive。其 IUPAC 名称为 N-(4,6-二甲基吡啶-2-基)-4-(吡啶-4-基)哌嗪-1-硫代甲酰胺。它是一种有用的研究化合物,纯度通常≥95-98%。在 PHGDH 研究中,它可用作 NCT-502 和 NCT-503 的阴性对照。目前尚未有临床试验或监管部门批准的报道。该化合物仅供实验室研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C17H21N5S
分子量
327.45
精确质量
327.151
CAS号
1914971-16-6
PubChem CID
49853203
外观&性状
White to yellow solid powder
密度
1.3±0.1 g/cm3
沸点
497.9±55.0 °C at 760 mmHg
闪点
254.9±31.5 °C
蒸汽压
0.0±1.3 mmHg at 25°C
折射率
1.674
LogP
0.82
tPSA
76.4
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
23
分子复杂度/Complexity
390
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
ITLPIAAGIQAGRA-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C17H21N5S/c1-13-11-14(2)19-16(12-13)20-17(23)22-9-7-21(8-10-22)15-3-5-18-6-4-15/h3-6,11-12H,7-10H2,1-2H3,(H,19,20,23)
化学名
N-(4,6-dimethylpyridin-2-yl)-4-pyridin-4-ylpiperazine-1-carbothioamide
别名
PHGDHinactive; PHGDH inactive; PHGDH-inactive
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~83.33 mg/mL (~254.48 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.35 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.35 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.35 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0539 mL 15.2695 mL 30.5390 mL
5 mM 0.6108 mL 3.0539 mL 6.1078 mL
10 mM 0.3054 mL 1.5270 mL 3.0539 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们