Pomalidomide-amido-C5-PEG2-C6-chlorine

别名: 泊马度胺-酰胺-C5-PEG2-C6-氯
目录号: V62400 纯度: ≥98%
泊马度胺-酰胺-C5-PEG2-C6-氯是泊马度胺的类似物。
Pomalidomide-amido-C5-PEG2-C6-chlorine CAS号: 1835705-69-5
产品类别: Others 12
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产品描述
泊马度胺-氨基-C5-PEG2-C6-氯是泊马度胺的类似物。
泊马度胺-酰胺-C5-PEG2-C6-氯是一种用途广泛的E3连接酶配体-连接子缀合物,用于PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)的设计。它包含一个用于募集cereblon(CRBN)的泊马度胺部分、一个用于提供最佳空间灵活性的PEG基连接子(C5-PEG2-C6)以及一个用于偶联的活性氯基团,从而能够高效组装靶向疾病相关蛋白的双功能降解剂。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target is the E3 ubiquitin ligase complex protein Cereblon (CRBN). The pomalidomide moiety binds to CRBN, which is a substrate receptor of the CUL4-RBX1-DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase complex. This complex is responsible for recruiting target proteins for ubiquitination and subsequent proteasomal degradation. The linker and terminal chlorine facilitate conjugation to a target protein ligand.
体外研究 (In Vitro)
在体外,这种E3连接酶配体-连接子缀合物可作为合成PROTAC的构建模块。最终的PROTAC分子通过泛素-蛋白酶体途径诱导目标蛋白的泛素化和降解。泊马度胺部分保留了与CRBN的结合亲和力,这对其发挥功能至关重要。虽然未提供该特定连接子缀合物的详细定量数据(例如,CRBN的Kd值),但其母体化合物泊马度胺与CRBN具有高亲和力结合。
体内研究 (In Vivo)
作为PROTAC的结构单元,该化合物本身并非完全活性剂;它必须与靶蛋白结合剂偶联才能发挥功能。体内疗效研究将使用完整的PROTAC分子进行。连接基团和氯基团的设计旨在提供空间灵活性和偶联位点,使最终的PROTAC能够同时有效地结合靶蛋白和CRBN,从而导致细胞内泛素化和蛋白酶体降解。
酶活实验
CRBN结合的标准非细胞检测方法是荧光偏振(FP)竞争性结合试验。将重组CRBN-DDB1复合物与荧光标记的泊马度胺探针(或已知的CRBN结合示踪剂)孵育。将待测化合物(泊马度胺-酰胺-C5-PEG2-C6-氯)进行系列稀释后加入混合物中。测量偏振度,并通过比较示踪剂的位移来计算抑制常数(Ki)或半数抑制浓度(IC50)。
细胞实验
这种缀合物通常仅在与靶蛋白配体偶联形成完整的PROTAC后才用于基于细胞的检测。为了评估所得PROTAC的功能活性,将表达靶蛋白的细胞用不同浓度的PROTAC处理4-24小时。通过Western blot检测靶蛋白的降解情况。通过预先用蛋白酶体抑制剂(例如MG132)处理细胞或使用CRBN敲除细胞系来验证cereblon依赖性降解机制。增殖实验(例如MTT、CellTiter-Glo)用于评估表型变化。
动物实验
体内研究使用的是最终的PROTAC分子,而非单独的连接子缀合物。典型的PROTAC体内疗效研究采用依赖于靶蛋白的小鼠异种移植瘤模型。小鼠接受PROTAC治疗(例如,腹腔注射或口服)。监测肿瘤体积和体重。研究结束时,通过Western blot分析肿瘤和组织裂解液中的靶蛋白水平,并检测泛素-蛋白酶体系统的激活情况。引入基于PEG的连接子旨在提高溶解度、细胞渗透性和精确的蛋白连接酶结合。
药代性质 (ADME/PK)
泊马度胺-酰胺-C5-PEG2-C6-氯是一种合成结构单元,分子量为594.1,分子式为C29H40ClN3O8。它可溶于DMSO(100 mg/mL)。该连接基为PEG基(C5-PEG2-C6),与纯烷基连接基相比,旨在提高水溶性和柔韧性。建议粉末在氮气保护下于4℃保存,溶液在-80℃保存可达6个月,在-20℃保存可达1个月。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
作为一种研究用原料而非最终活性成分,其毒性数据未直接报告。泊马度胺成分基于免疫调节药物(IMiD)泊马度胺,该药物具有已知的临床安全性,但与致畸性、血栓形成和骨髓抑制相关。因此,建议采取适当的预防措施进行操作。由于其含有活性氯,因此应将其视为潜在的烷基化剂,并应遵循有机合成中间体的标准安全预防措施。
参考文献
[1]. Lai AC, et al. Modular PROTAC Design for the Degradation of Oncogenic BCR-ABL. Angew Chem Int Ed Engl. 2016 Jan 11;55(2):807-10.
其他信息
泊马度胺-氨基-C5-PEG2-C6-氯是泊马度胺的衍生物,泊马度胺是一种获批用于治疗多发性骨髓瘤的第三代免疫调节剂(IMiD)。该化合物本身并非药物,而是用于PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术开发的研究工具。PROTAC是能够诱导靶向蛋白降解的异双功能分子,代表了一种新的治疗模式。使用基于PEG的连接基团通常可以改善药代动力学性质。本产品仅供研究用途,尤其适用于靶向蛋白降解和药物发现,不可用于治疗。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
精确质量
593.25
CAS号
1835705-69-5
PubChem CID
129072761
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
tPSA
140
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
20
重原子数目
41
分子复杂度/Complexity
888
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C(=CC=C3)NC(=O)CCCCCOCCOCCOCCCCCCCl
InChi Key
CEGOWZXGBJKMOC-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C29H40ClN3O8/c30-14-5-1-2-6-15-39-17-19-41-20-18-40-16-7-3-4-11-24(34)31-22-10-8-9-21-26(22)29(38)33(28(21)37)23-12-13-25(35)32-27(23)36/h8-10,23H,1-7,11-20H2,(H,31,34)(H,32,35,36)
化学名
6-[2-[2-(6-chlorohexoxy)ethoxy]ethoxy]-N-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]hexanamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 100 mg/mL (168.32 mM )
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.22 mg/mL (3.74 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 22.2 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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