5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (2'-deoxy-5-(hydroxymethyl)cytidine; 5hmdC) 中文名称: 2'-脱氧-5-(羟甲基)胞啶

别名: 2'-脱氧-5-(羟甲基)胞啶; 2 -脱氧-5-(羟甲基)胞啶; 2'-Deoxy-5-(hydroxymethyl)cytidine; 2'-脱氧-5-(羟甲基)胞啶; 5-(羟基甲基)-2-脱氧胞苷;-羟甲基脱氧胞苷

目录号: V64340 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (5hmdC) 是 DNA 中 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-mdC) 的氧化类似物。

5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (2'-deoxy-5-(hydroxymethyl)cytidine; 5hmdC) CAS号: 7226-77-9
产品类别: Others 12

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

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Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (5hmdC) 是 DNA 中 5-甲基-2'-脱氧胞苷 (5-mdC) 的氧化类似物。5-羟甲基-2'-脱氧胞苷可作为不可逆细胞损伤的标志物。
5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (5hmdC；CAS 7226-77-9) 是一种重要的表观遗传 DNA 修饰，来源于 5-甲基-2'-脱氧胞苷的氧化。其分子式为 C₁₀H₁₅N₃O₅，分子量为 257.24 g/mol。5hmdC 是一种修饰的嘧啶，能够产生双链 DNA 的链间交联。它被认为是一种重要的表观遗传标记。

生物活性&实验参考方法

靶点	5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine is a nucleoside that is incorporated into DNA during replication. It is a product of the oxidation of 5-methylcytosine (5mC) by the ten-eleven translocation (TET) enzymes. As an epigenetic modification, it plays a role in gene regulation, DNA demethylation, and chromatin structure regulation. It does not have a defined pharmacological target.
体外研究 (In Vitro)	在体外，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷被用作表观遗传学研究的标准品和工具。它可用于定量生物样本中的DNA羟甲基化水平。该化合物能够产生双链DNA的链间交联。它还用于合成含有表观遗传核苷的DNA启动子片段。
体内研究 (In Vivo)	在体内，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷（5hmdC）是一种存在于多种组织中的内源性DNA修饰，尤其在大脑中含量丰富。5hmdC的水平会因细胞类型和发育阶段而异。它被用作癌症、神经发育和神经退行性疾病研究中的生物标志物。
酶活实验	5-羟甲基-2'-脱氧胞苷的非细胞检测方法包括对其在DNA样品中的检测和定量。这可以通过高效液相色谱（HPLC）、质谱或使用特异性抗体的斑点印迹法等技术来实现。该化合物也可作为这些检测方法中的标准品，用于定量基因组DNA中的羟甲基化水平。
细胞实验	基于细胞的5-羟甲基-2'-脱氧胞苷检测方法主要研究其对DNA甲基化和基因表达的影响。通过用该化合物处理细胞，可以评估DNA羟甲基化水平、基因表达和染色质结构的变化。该化合物也可用于研究TET酶的功能。
动物实验	由于5-羟甲基-2'-脱氧胞苷（5hmdC）是一种内源性代谢物，因此通常不进行体内动物实验。然而，动物模型可用于研究DNA羟甲基化在发育和疾病中的作用。通过检测这些模型组织中的5hmdC水平，可以评估表观遗传学变化。
药代性质 (ADME/PK)	由于5-羟甲基-2'-脱氧胞苷是一种DNA修饰物而非药物，因此其药代动力学数据不适用。它在DNA复制过程中被掺入DNA中，并会随着DNA修复和复制而发生代谢。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	5-羟甲基-2'-脱氧胞苷是一种内源性DNA修饰物，不具有毒性。它是细胞中存在的正常代谢产物。
参考文献	[1]. Oxidation Products of 5-Methylcytosine are Decreased in Senescent Cells and Tissues of Progeroid Mice. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 2018 Jul 9;73(8):1003-1009. [2]. Quantitative assessment of Tet-induced oxidation products of 5-methylcytosine in cellular and tissue DNA. Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(13):6421-9.
其他信息	5-羟甲基-2'-脱氧胞苷是一种研究化合物，也是一种重要的表观遗传标记物。它被用作表观遗传学研究的工具，用于研究DNA甲基化动态、染色质结构调控和基因表达。它还可用作癌症、神经发育和神经退行性疾病研究中的生物标志物。该化合物并非获批药物，也不用于人类治疗用途。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C11H16N2O5
分子量	256.26
精确质量	337.068
CAS号	7226-77-9
PubChem CID	169016
外观&性状	White to off-white solid powder
熔点	205 °C
LogP	-2.1
tPSA	187.17
氢键供体(HBD)数目	4
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	3
重原子数目	18
分子复杂度/Complexity	408
定义原子立体中心数目	3
SMILES	C1[C@@H]([C@H](O[C@H]1N2C=C(C(=NC2=O)N)CO)CO)O
InChi Key	HMUOMFLFUUHUPE-XLPZGREQSA-N
InChi Code	InChI=1S/C10H15N3O5/c11-9-5(3-14)2-13(10(17)12-9)8-1-6(16)7(4-15)18-8/h2,6-8,14-16H,1,3-4H2,(H2,11,12,17)/t6-,7+,8+/m0/s1
化学名	4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(hydroxymethyl)pyrimidin-2-one
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO: 50 mg/mL (195.11 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO: 50 mg/mL (195.11 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.76 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	3.9023 mL	19.5114 mL	39.0229 mL
	5 mM	0.7805 mL	3.9023 mL	7.8046 mL
	10 mM	0.3902 mL	1.9511 mL	3.9023 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。