| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
5-Azidomethyl-uridine does not target a specific biological receptor or enzyme; rather, it is a metabolic label that is incorporated into newly synthesized RNA. The compound is cell-permeable and is converted to the triphosphate form (5-Azidomethyl-UTP) by cellular uridine kinase and nucleotide kinases. The triphosphate is then utilized by RNA polymerases as a substrate, resulting in the incorporation of 5-azidomethyl-uridine into nascent RNA transcripts. Once incorporated, the azide group serves as a bioorthogonal handle for subsequent conjugation with alkyne-functionalized probes via copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC, “click chemistry“). This allows visualization, capture, or sequencing of newly synthesized RNA. The mechanism does not involve inhibition of a biological pathway but rather the hijacking of the natural RNA synthesis machinery for labeling purposes.
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| 体外研究 (In Vitro) |
5-叠氮甲基尿苷并非具有内在生物活性的活性药物成分，而是一种用于研究RNA动力学的化学工具。在体外，该化合物用于无细胞转录实验以生成标记RNA。在一个典型的实验中，将T7 RNA聚合酶与DNA模板、NTP（ATP、CTP、GTP和UTP）以及5-叠氮甲基尿苷（用于替代部分UTP）一起孵育。转录的RNA会掺入修饰的尿苷。然后，可以通过点击化学反应，利用炔烃-生物素或炔烃-荧光团来检测或捕获该RNA。该化合物在浓度高达100 uM时不会抑制RNA聚合酶的活性。在细胞系统中，5-叠氮甲基尿苷在标记浓度（通常为0.1-1 mM）下无毒。点击反应后，标记的RNA可通过荧光显微镜进行可视化，从而能够研究RNA的合成动力学、定位和周转。该化合物还可用于新生RNA测序（例如，“延时测序”）。
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| 体内研究 (In Vivo) |
一种利用5-叠氮甲基尿苷的非细胞方案是将其掺入无细胞转录系统中的RNA中。典型的20 uL反应体系包含40 mM Tris-HCl（pH 8.0）、25 mM MgCl2、10 mM DTT、2 mM亚精胺、1单位/uL RNasin、2 mM ATP、CTP、GTP各2 mM、1-2 mM UTP以及0.5-1 mM 5-叠氮甲基尿苷。加入DNA模板（1 ug线性化质粒或含有T7启动子的PCR产物）和20单位T7 RNA聚合酶。混合物在37℃孵育2-4小时。然后使用苯酚-氯仿抽提和乙醇沉淀纯化RNA。 5-叠氮甲基尿苷标记的RNA可通过点击化学检测：将1 ug RNA与100 uM生物素-炔烃或荧光炔烃染料（例如Cy5-炔烃）、1 mM CuSO4、2 mM TCEP和100 uM THPTA配体在PBS缓冲液中于37℃孵育1小时。纯化标记的RNA，并通过凝胶电泳、Northern印迹或质谱分析。
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| 酶活实验 |
典型的体外细胞实验方案是利用5-叠氮甲基尿苷标记新生RNA，该方案涉及将该化合物掺入活细胞中新合成的RNA中。将HeLa或其他贴壁细胞接种于6孔板（1×10⁵个细胞/孔），培养基为含10%胎牛血清的DMEM，并在37℃、5% CO2条件下培养24小时。之后更换新鲜培养基，加入0.5-1 mM 5-叠氮甲基尿苷。细胞孵育30-120分钟，以使修饰的尿苷掺入RNA中。对于脉冲追踪实验，用PBS洗涤细胞，并在正常培养基中继续孵育不同时间点（例如1、2、4、8小时）。为了便于观察，细胞用PBS洗涤，用4%多聚甲醛PBS溶液固定15分钟，然后用0.1% Triton X-100透化10分钟。点击化学反应在室温下进行30分钟，反应体系包含5 uM炔基荧光染料（例如Alexa Fluor 488-炔基）、1 mM CuSO4、2 mM TCEP和100 uM THPTA（溶于PBS）。细胞核用DAPI复染。细胞通过荧光显微镜成像。为了测定总RNA标记，收集细胞，并使用TRIzol试剂提取RNA。将纯化的RNA（1-5 ug）与生物素-炔基进行点击化学反应，然后用链霉亲和素-HRP进行斑点印迹分析。
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| 细胞实验 |
由于潜在的毒性和稳定性问题，使用5-叠氮甲基尿苷进行体内动物实验的方案在研究中并不常见，但它可用于标记完整生物体内的RNA。例如，在小鼠模型中，可通过腹腔注射（IP）给予5-叠氮甲基尿苷（50-200 mg/kg）。标记1-4小时后，处死动物并收集组织（例如肝脏、脑、脾脏）。使用TRIzol试剂从组织中提取RNA。纯化的RNA随后与生物素-炔烃或荧光染料-炔烃进行点击化学反应，用于后续的检测或测序。对于成像，可先用固定液灌注小鼠，然后在点击标记后对组织切片（例如脑切片）进行荧光显微镜处理。这种方法可以实现活性转录的空间定位。然而，由于5-叠氮甲基尿苷有可能掺入DNA（转化为脱氧核苷酸后），因此需要严格的对照。该化合物不适用于人类，仅供研究用途。
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| 动物实验 |
5-叠氮甲基尿苷的药代动力学(PK)特性尚未得到充分表征，因为它是一种研究试剂而非候选药物。该化合物可透过细胞膜，预计可通过核苷转运蛋白（例如ENT1、ENT2）被细胞摄取。进入细胞后，它会被尿苷-胞苷激酶(UCK2)磷酸化为单磷酸，然后进一步磷酸化为二磷酸和三磷酸。三磷酸可通过RNA聚合酶掺入RNA中。该化合物可能代谢迅速，清除也很快，但目前尚无正式的药代动力学研究数据。该化合物的分子量为299.24，可溶于DMSO（125 mg/mL）和水（约5 mg/mL）。在体内研究中，该化合物通常配制于PBS或生理盐水中。预计其在血浆和组织中的半衰期较短（数分钟至数小时）。详细的ADME数据尚未发表。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
5-叠氮甲基尿苷的毒性数据有限。该化合物是一种修饰核苷，在通常用于RNA标记的浓度下（细胞培养中为0.1-1 mM，动物中为50-200 mg/kg）毒性不高。在细胞培养中，用浓度高达1 mM的化合物处理2-4小时后，细胞活力仍保持在90%以上。在动物研究中，曾使用高达200 mg/kg的剂量，未见急性毒性报告，但尚未发表正式的LD50和慢性毒性研究。处理5-叠氮甲基尿苷时应遵循标准的实验室安全预防措施，包括佩戴手套、实验服和护目镜。该化合物含有叠氮基团，纯品或高浓度下可能具有爆炸性；应小心操作，远离还原剂，并以溶液或固体形式储存在阴凉干燥处。避免加热、冲击或摩擦。本产品仅供研究使用，不可用于人类治疗或诊断。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
5-叠氮甲基尿苷是一种用于RNA标记和新生RNA合成研究的点击化学试剂。它含有一个叠氮基团，可与炔烃偶联探针发生铜催化的叠氮-炔环加成反应（CuAAC）。该化合物可透过细胞膜，并掺入新转录的RNA中，从而实现新生转录本的可视化、捕获和测序。它可替代5-乙炔基尿苷（5-EU）和5-溴尿苷（BrU）用于增殖细胞中RNA合成的测定。其分子式为C10H13N5O6，分子量为299.24。该化合物可溶于DMSO（125 mg/mL）和水。5-叠氮甲基尿苷在合成生物学、核酸治疗以及用于探索RNA结构、动力学和相互作用的分子探针开发中具有重要价值。本产品仅供研究使用，未经批准用于临床应用。
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| 参考文献 |
| 分子式 |
C10H13N5O6
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|---|---|
| 分子量 |
299.24
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| 精确质量 |
299.086
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| CAS号 |
24751-67-5
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| PubChem CID |
121487445
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| LogP |
-1.07
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| tPSA |
134
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| 氢键供体(HBD)数目 |
4
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| 氢键受体(HBA)数目 |
8
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| 可旋转键数目(RBC) |
4
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| 重原子数目 |
21
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| 分子复杂度/Complexity |
530
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| 定义原子立体中心数目 |
4
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| SMILES |
C1=C(C(=O)NC(=O)N1[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)CN=[N+]=[N-]
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| InChi Key |
ZAFBFGDCEFQDFD-JXOAFFINSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C10H13N5O6/c11-14-12-1-4-2-15(10(20)13-8(4)19)9-7(18)6(17)5(3-16)21-9/h2,5-7,9,16-18H,1,3H2,(H,13,19,20)/t5-,6-,7-,9-/m1/s1
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| 化学名 |
5-(azidomethyl)-1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO: 125 mg/mL (417.72 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.95 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.95 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.95 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 3.3418 mL | 16.7090 mL | 33.4180 mL | |
| 5 mM | 0.6684 mL | 3.3418 mL | 6.6836 mL | |
| 10 mM | 0.3342 mL | 1.6709 mL | 3.3418 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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