DiZPK hydrochloride

目录号: V68792 纯度: ≥98%
DiZPK HCl 是吡咯赖氨酸 (Pyl) 的结构类似物,是一种光交联剂,用于直接识别原核和真核细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用。
DiZPK hydrochloride CAS号: 2349295-23-2
产品类别: Biochemical Assay Reagents
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
DiZPK HCl 是吡咯赖氨酸 (Pyl) 的结构类似物,是一种光交联剂,用于直接识别原核细胞和真核细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用。
DiZPK盐酸盐(CAS 2349295-23-2)是一种光反应性赖氨酸类似物,含有光活化的重氮丙烯官能团。它被设计为吡咯赖氨酸(Pyl,第22种基因编码氨基酸)的结构类似物,可作为光交联剂用于鉴定活体原核和真核细胞中的直接蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)。通过遗传密码扩展技术将其掺入靶蛋白后,在紫外光(通常为365 nm)照射下,重氮丙烯基团会生成活性卡宾中间体,该中间体与邻近的相互作用蛋白形成共价交联。这使得研究人员能够捕获和表征瞬时或弱的PPI,而这些PPI通常会在传统的生化纯化方法中丢失。盐酸盐制剂提高了其在水性缓冲液中的溶解度。该工具对于绘制蛋白质相互作用网络和理解信号通路具有不可估量的价值。
生物活性&实验参考方法
靶点
DiZPK hydrochloride targets protein-protein interaction interfaces in living cells. Upon photoactivation, it covalently crosslinks interacting proteins, enabling the capture of direct binding partners. The primary molecular target is the engineered site within the bait protein where DiZPK has been genetically incorporated. Unlike small molecule inhibitors that block active sites, DiZPK functions as an environmental sensor that labels any protein within close proximity (within ~3-5 Angstrom) to the diazirine upon UV exposure.
体外研究 (In Vitro)
DiZPK盐酸盐是一种用于检测活体原核细胞和真核细胞中直接蛋白质-蛋白质相互作用的光交联剂,它是吡咯赖氨酸(Pyl)的结构类似物[1]。
DiZPK盐酸盐的体外实验包括利用正交氨酰tRNA合成酶/tRNA对,将其掺入大肠杆菌或哺乳动物细胞表达的蛋白质中。蛋白质印迹分析显示,存在紫外线依赖性交联产物,这些产物迁移至较高分子量处。该化合物已被证明能够选择性地交联相互作用的蛋白质对,例如诱饵蛋白与其已知结合伴侣之间的交联。在工作浓度(通常为1-100 uM)下,未报道有细胞毒性。
体内研究 (In Vivo)
目前尚无关于使用盐酸二异丙基吡咯烷酮(DiZPK)作为给药化合物进行体内动物研究的报道。其应用仅限于可进行基因导入的细胞培养或细菌系统。由于该化合物必须通过工程改造的tRNA/tRNA合成酶对进行位点特异性导入,因此在整体动物模型中的应用面临挑战。然而,概念上类似的交联剂已在秀丽隐杆线虫或果蝇中使用,但DiZPK尚未被应用于此类研究。
酶活实验
在标准的光交联实验中,将目标蛋白在添加了1 mM DiZPK盐酸盐的培养基中培养的细胞中表达。表达12-24小时后,裂解细胞,并将裂解液置于冰上,用紫外灯(强度约为1.2 J/cm2)在365 nm波长下照射10-20分钟。然后通过SDS-PAGE和Western blotting分析交联产物。未照射的对照对于确认紫外光依赖性至关重要。为了验证交联反应,可以用过量的游离氨基酸竞争交联,或者通过突变破坏交联。
细胞实验
DiZPK盐酸盐的典型实验方案:将编码正交吡咯赖氨酰tRNA合成酶(PylRS)和含UAG终止密码子的靶基因的质粒转染至HEK293T或HeLa细胞。细胞在含10%胎牛血清和青霉素/链霉素的DMEM培养基中培养,转染后12-24小时向培养基中加入1 mM DiZPK。24-48小时后,用PBS洗涤细胞,收集细胞,用含蛋白酶抑制剂的RIPA裂解缓冲液裂解细胞,并在365 nm波长下进行照射或不照射。样品经4-12%梯度SDS-PAGE电泳分离,并通过免疫印迹法进行分析。
动物实验
目前尚未开展直接使用DiZPK盐酸盐进行动物实验。其特殊的基因整合机制限制了其在细胞系统中的应用。然而,在果蝇中,概念类似的交联剂已被用于绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图谱,这需要组织特异性表达正交的tRNA/tRNA合成酶对。此类研究通常涉及转基因果蝇品系的杂交,然后对解剖的组织或整个幼虫进行紫外线照射。目前尚无关于DiZPK的此类数据。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无DiZPK盐酸盐的药代动力学数据。作为一种体外研究工具化合物,它不适用于全身给药。根据其结构(分子量321.8 g/mol,由于极性基团的存在,logP值估计约为0-1),如果口服给药,其生物利用度可能较低,且清除迅速。目前尚未有关于其吸收、分布、代谢、排泄或半衰期的研究报道。该化合物易溶于水(≥10 mg/mL),通常以粉末形式避光储存于-20℃。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
氨基糖苷类化合物已知具有肾毒性,但作为研究用化学品的二氮杂环丙烷磷酸酯盐酸盐尚未经过正式的毒理学评估。基于其与赖氨酸的结构相似性,预计其急性毒性较低。它未被列为致癌物或致突变物。然而,光活化的重氮丙烯类物质具有反应活性,理论上,如果在细胞存在的情况下进行紫外线照射,可能会造成DNA损伤。应采取标准的实验室安全防护措施(手套、实验服、护目镜)。避免吸入或皮肤接触。
参考文献
[1]. Zhang M, et al. A genetically incorporated crosslinker reveals chaperone cooperation in acid resistance. Nat Chem Biol. 2011 Sep 4;7(10):671-7.
其他信息
DiZPK盐酸盐并非药物,而是一种仅供研究使用的化学生物学工具。它没有临床试验历史、监管批准或治疗适应症。与其他光交联剂(例如二苯甲酮或叠氮化物)不同,DiZPK分子更小,交联半径更短,因此在绘制相互作用界面时具有更高的空间分辨率。重氮丙烯基团在365 nm波长下发生光化学活化,与254 nm紫外光相比,该波长对细胞的损伤更小。该化合物通常与正交PylRS/tRNA载体一起提供,以便直接导入。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
精确质量
321.157
CAS号
2349295-23-2
相关CAS号
DiZPK;1337883-32-5
PubChem CID
134694958
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
129
氢键供体(HBD)数目
5
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
21
分子复杂度/Complexity
366
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CC1(N=N1)CCCNC(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)O)N.Cl
InChi Key
SMAFSXMDCAPICY-FVGYRXGTSA-N
InChi Code
InChI=1S/C12H23N5O3.ClH/c1-12(16-17-12)6-4-8-15-11(20)14-7-3-2-5-9(13)10(18)19;/h9H,2-8,13H2,1H3,(H,18,19)(H2,14,15,20);1H/t9-;/m0./s1
化学名
(2S)-2-amino-6-[3-(3-methyldiazirin-3-yl)propylcarbamoylamino]hexanoic acid;hydrochloride
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O: 8.33 mg/mL (25.89 mM)
DMSO: < 1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2 mg/mL (6.22 mM) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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