KDM5-C49 hydrochloride (KDOAM-20 hydrochloride)

目录号: V76854 纯度: ≥98%
KDM5-C49 (KDOAM-20) HCl 是一种有效且特异性的 KDM5 去甲基酶抑制剂(拮抗剂),对 KDM5A、KDM5B 和 KDM5C 的 IC50 值分别为 40 nM、160 nM 和 100 nM。
KDM5-C49 hydrochloride (KDOAM-20 hydrochloride) CAS号: 3026728-26-4
产品类别: Histone Demethylase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
25mg
50mg
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产品描述
KDM5-C49 (KDOAM-20) HCl 是一种高效且特异性的 KDM5 去甲基酶抑制剂(拮抗剂),对 KDM5A、KDM5B 和 KDM5C 的 IC50 值分别为 40 nM、160 nM 和 100 nM。KDM5-C49 HCl 可用于癌症研究。
KDM5-C49 盐酸盐(KDOAM-20 盐酸盐)是一种强效且选择性的 KDM5 家族组蛋白去甲基化酶(KDM5A、KDM5B、KDM5C)抑制剂。KDM5 酶是含有 JmjC 结构域的蛋白质,能够去除组蛋白 H3 第 4 位赖氨酸(H3K4)上的甲基(H3K4me3/me2),从而抑制转录。该化合物广泛应用于表观遗传学和癌症研究。
生物活性&实验参考方法
靶点
KDM5-C49 hydrochloride targets KDM5A, KDM5B, and KDM5C with IC50 values of 40 nM, 160 nM, and 100 nM respectively. It binds to the active site of these JmjC-domain demethylases, chelating the Fe(II) ion and competing with the 2-oxoglutarate cofactor, thereby inhibiting demethylase activity. It shows selectivity over other JmjC family demethylases, including KDM6A/UTX and KDM4C. The compound has low cell permeability, but it is a valuable tool for in vitro biochemical studies.
体外研究 (In Vitro)
KDM5-C49盐酸盐的渗透性较低。通过将KDM5-C49的羧基转化为乙酯,制备了一种细胞渗透性前药(KDM5-C70)。
在无细胞实验中,KDM5-C49 盐酸盐对重组 KDM5A、KDM5B 和 KDM5C 具有很高的抑制活性(IC50 值分别为:KDM5A 为 40 nM,KDM5B 为 160 nM,KDM5C 为 100 nM)。通过对其他 KDM 家族成员的测试,证实了其选择性。该化合物是 2-酮戊二酸辅因子的竞争性抑制剂。KDM5-C49 的细胞渗透性较低,这限制了其在基于细胞的实验中的应用。为了克服这一限制,研究人员开发了一种细胞渗透性前药(KDM5-C70)。
体内研究 (In Vivo)
由于其细胞渗透性低,KDM5-C49 盐酸盐主要用于无细胞实验。然而,其细胞渗透性前药 KDM5-C70(通过将羧基转化为乙酯而生成)则用于细胞实验。在用该前药处理的癌细胞中,通过蛋白质印迹法观察到 H3K4me3 水平升高(KDM5 抑制的产物)。该化合物可能抑制 KDM5 依赖性癌症类型的癌细胞增殖,例如多发性骨髓瘤和 MLL 重排白血病。
酶活实验
采用无细胞去甲基化酶活性测定法测定KDM5A的酶活性。将重组KDM5A酶与生物素标记的H3K4me3肽底物(0.5 uM)在含有Tris-HCl(50 mM,pH 7.5)、NaCl(50 mM)、2-酮戊二酸(10 uM)、抗坏血酸(2 mM)、FeSO4(2 uM)和DTT(1 mM)的测定缓冲液中孵育。加入不同浓度(0.1-1000 nM)的KDM5-C49盐酸盐。在30℃下孵育60分钟后,用EDTA终止反应。使用抗H3K4me3抗体和HRP标记的二抗,通过ELISA定量剩余的H3K4me3。IC50值由剂量反应曲线计算得出。
细胞实验
KDM5-C49 盐酸盐主要用于无细胞实验;由于其渗透性低,未经衍生化处理不适用于大多数细胞实验。对于基于细胞的研究,通常使用前药 KDM5-C70。然而,KDM5-C49 盐酸盐可用作 LC-MS/MS 检测中的参考标准,用于定量生化样品中 KDM5 抑制剂的含量。典型的检测方法是将化合物与重组 KDM5 酶在无细胞体系中孵育,如上所述。
动物实验
KDM5-C49盐酸盐通常使用其前药形式在小鼠异种移植模型中进行评估。例如,将携带KDM5依赖性肿瘤异种移植瘤(例如多发性骨髓瘤)的小鼠用KDM5-C70(乙酯前药)治疗,剂量为10-50 mg/kg,每日腹腔注射,持续2-3周。使用游标卡尺测量肿瘤生长情况,并收集肿瘤组织用于分析H3K4me3水平(Western blot或免疫组织化学)、增殖标志物(Ki67)和细胞凋亡标志物(cleaved caspase-3)。
药代性质 (ADME/PK)
由于KDM5-C49盐酸盐的细胞渗透性低,因此不能直接用于体内研究。通过将KDM5-C49的羧基转化为乙酯,可以制备出一种细胞渗透性前药(KDM5-C70)。该前药能够穿过细胞膜,并在细胞内转化回活性化合物。该前药通常配制成含有DMSO、PEG300、Tween 80和生理盐水的溶液,用于腹腔注射或口服给药。在小鼠体内,其半衰期约为2-6小时。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
KDM5-C49 盐酸盐是一种研究用化合物;目前尚无公开的全面毒性数据。根据其化学类别(JmjC 去甲基酶抑制剂),预计其在体外低微摩尔浓度下具有良好的耐受性。该化合物目前未发现具有遗传毒性或急性毒性。操作时应遵循标准的实验室安全防护措施(佩戴手套、实验服、护目镜,并在通风橱内处理粉末)。该化合物仅供研究使用,不得用于人体治疗。
参考文献

[1]. Structural Basis for KDM5A Histone Lysine Demethylase Inhibition by Diverse Compounds. Cell Chem Biol. 2016 Jul 21;23(7):769-781.

[2]. The role and prospect of lysine-specific demethylases in cancer chemoresistance. Med Res Rev. 2023 Apr 3.

其他信息
KDM5-C49 盐酸盐是一种研究用化合物,尚未获准用于临床。KDM5 家族(也称为 JARID1)在某些癌症(包括耐药性癌症)中过度表达。KDM5 抑制剂(例如 KDM5-C49)正被研究作为潜在的抗癌药物,以期逆转耐药性(例如,对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性)。该化合物也称为 KDOAM-20。CAS 编号:3026728-26-4。盐酸盐是其稳定性和易操作性的优选形式。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C15H25CLN4O3
分子量
344.84
精确质量
344.162
CAS号
3026728-26-4
相关CAS号
KDM5-C49;1596348-16-1
PubChem CID
169553387
外观&性状
Colorless to light yellow solid-liquid Mixture
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
9
重原子数目
23
分子复杂度/Complexity
363
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CCN(CCN(C)C)C(=O)CNCC1=NC=CC(=C1)C(=O)O.Cl
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~125 mg/mL (~362.49 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.03 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.03 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8999 mL 14.4995 mL 28.9990 mL
5 mM 0.5800 mL 2.8999 mL 5.7998 mL
10 mM 0.2900 mL 1.4499 mL 2.8999 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们