| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
|---|---|---|---|
| 1mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
HDAC6
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| 体外研究 (In Vitro) |
通过将新型HDAC6抑制剂Nex a与CRBN配体Poma偶联，开发了一类新的HDAC6 PROTAC降解剂。在我们开发的针对PROTAC的不同HDAC6中，NP8是最有效的降解剂。NP8在不同细胞系中以100nmol/L有效诱导HDAC6的降解，在多发性骨髓瘤细胞中最显著。NP8诱导的HDAC6降解是一个快速而特异的过程，需要HDAC6和CRBN同时结合，并依赖于蛋白酶体活性。融合EGFP的HDAC6对NP8诱导的降解有反应，这表明蛋白质降解剂与荧光技术的潜在结合可以监测感兴趣蛋白质的动力学。此外，NP8和Nex A对多发性骨髓瘤细胞具有相当的抑制活性，这意味着未来应用新的HDAC6降解策略来治疗这种臭名昭著的疾病[1]。
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| 酶活实验 |
接下来，为了了解PROTAC诱导的HDAC6降解的动态细节，应用直接可视化来监测该过程。通过有效和选择性的HDAC6靶向降解剂NP8，我们能够观察到在NP8的处理下HDAC6是如何降解的。我们将增强型绿色荧光蛋白（EGFP）融合到HDAC6的N-末端，以跟踪HDAC6在细胞中的分布和动力学。EGFP-HDAC6仅显示细胞质分布，与报道的HDAC6亚细胞定位一致（Kawaguchi等人，2003）（图2A）。当转染到HeLa中时，EGFP-HDAC6的信号可以在NP8处理时减弱（图2B），并且融合蛋白确实在NP8诱导下降解（图2C）。当以延时方式监测来自几个单细胞的信号时，可以在连续的时间窗口中观察到平均荧光强度的显著降低（图2D）。需要注意的是，EGFP-HDAC6对NP8的反应在某种程度上不如内源性HDAC6快，这可能是由于转染后的表达水平高得多。尽管如此，这些数据表明EGFP-HDAC6是PROTAC诱导降解的响应性指标，进一步的可视化方法也可以通过NP8和其他方法的组合来实现[1]。
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| 细胞实验 |
为了评估我们的PROTAC对HDAC6蛋白的降解能力，我们在与四种不同的PROTACs孵育后，通过蛋白质印迹分析了HeLa细胞中HDAC6的细胞水平。研究发现，所有PROTAC均可在24小时后有效诱导HDAC6降解。其中，NP8是最有效的降解剂，在100nmol/L时可显著降低HDAC6蛋白水平（图1C）。然后，我们继续评估来自不同来源的一组细胞系中NP8的降解潜力。在我们测试的所有细胞系中，NP8始终诱导HDAC6的显著降解，而多发性骨髓瘤细胞系MM.1S对NP8表现出最佳的敏感性（图S1）。NP8诱导的降解对HDAC6是特异性的，因为其他代表性的HDAC家族成员不受NP8处理的影响（图1D和S2）。时间推移实验表明，NP8在药物治疗后仅2小时内就诱导了HDAC6的快速有效降解（图1E）。NP8在MM.1S中的半降解浓度（DC50）为3.8nmol/L（图1G）。NP8以剂量依赖的方式抑制MM.1S的增殖，其水平与亲代药物Nex a相当（图1H）。为了进一步表征NP8的工作机制，我们应用了两种阴性对照，NP8-NC1和NP8-NC2。NP8-NC1是NP8的无活性类似物，具有结合CRBN的缺陷，而NP8-NC2是Poma和不含Nex a的连接体的简单缀合物（即方案1中的3）。与NP8相比，这两种对照分子都未能诱导HDAC6降解，这意味着HDAC6和CRBN同时结合是成功降解的本质（图1F）。同时，NP8诱导的HDAC6耗竭可以通过Nex A或Poma的共同处理来阻断，这再次表明NP8需要CRBN和HDAC6的结合来实现靶向降解（图1F）。此外，蛋白酶体抑制剂Carfilzomib（CARF）可以阻断HDAC6的降解，进一步证明了PROTAC对蛋白酶体的依赖性（图1F）（Kuhn等人，2007）。此外，去除NP8后，HDAC6水平迅速恢复（图S3）。总之，这些数据表明PROTAC NP8代表了HDAC6的有效和特异性降解剂。尽管HDAC6的小分子抑制剂已经得到了广泛的研究，但仍有一些问题有待解决，包括潜在的脱靶效应和基因突变导致的疗效损失（Batchu等人，2016）。此外，HDAC6的非酶功能不会受到抑制剂的影响。与典型的抑制剂相比，HDAC6靶向降解物可能比小分子的常规抑制具有优势[1]。
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| 参考文献 |
| 分子式 |
C40H45N9O9
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|---|---|
| 分子量 |
795.840208768845
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| 精确质量 |
795.334
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| CAS号 |
2439058-23-6
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| PubChem CID |
162640960
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid
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| LogP |
1.9
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| tPSA |
226
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| 氢键供体(HBD)数目 |
5
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| 氢键受体(HBA)数目 |
12
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| 可旋转键数目(RBC) |
20
|
| 重原子数目 |
58
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| 分子复杂度/Complexity |
1410
|
| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
C(NO)(=O)C1=CC=C(CN(CCCCC2=CN(CCOCCOCCNC3=CC=CC4=C3C(=O)N(C3CCC(=O)NC3=O)C4=O)N=N2)C(NC2=CC=CC=C2)=O)C=C1
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| InChi Key |
NLVMRCQAKUCFIA-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C40H45N9O9/c50-34-17-16-33(37(52)43-34)49-38(53)31-10-6-11-32(35(31)39(49)54)41-18-21-57-23-24-58-22-20-48-26-30(44-46-48)9-4-5-19-47(40(55)42-29-7-2-1-3-8-29)25-27-12-14-28(15-13-27)36(51)45-56/h1-3,6-8,10-15,26,33,41,56H,4-5,9,16-25H2,(H,42,55)(H,45,51)(H,43,50,52)
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| 化学名 |
4-[[4-[1-[2-[2-[2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]ethoxy]ethoxy]ethyl]triazol-4-yl]butyl-(phenylcarbamoyl)amino]methyl]-N-hydroxybenzamide
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO :~100 mg/mL (~125.65 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (3.14 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80+，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.2565 mL | 6.2827 mL | 12.5653 mL | |
| 5 mM | 0.2513 mL | 1.2565 mL | 2.5131 mL | |
| 10 mM | 0.1257 mL | 0.6283 mL | 1.2565 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
D-myo-Inositol-3-phosphate sodium
(±)19(20)-DiHDPA
4-Hydroxy-2-butanone
Thromboxane B2 ethanolamide
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