Pomalidomide-PEG3-azide

目录号: V82929 纯度: ≥98%
Pomalidomide-PEG3-azide 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,含有基于 Pomalidomide 的 cereblon 配体和 3 单元 PEG 连接子。
Pomalidomide-PEG3-azide CAS号: 2267306-15-8
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
50mg
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产品描述
泊马度胺-PEG3-叠氮化物是一种合成的E3连接酶(例如CRBN)配体-连接子缀合物,包含一个基于泊马度胺的cereblon配体和一个3单元的PEG连接子。泊马度胺-PEG3-叠氮化物是一种点击化学试剂。它含有叠氮(N3)基团,可以与带有炔基的化合物发生CuAAc(铜催化叠氮-炔环加成反应)。对于带有BCN或DBCO基团的化合物,也可以发生SPAAC(应变促进的炔-叠氮环加成反应)。
泊马度胺-PEG3-叠氮化物是一种合成的E3泛素连接酶配体-连接子偶联物,它包含一个基于泊马度胺的cereblon (CRBN)配体和一个末端带有叠氮(N3)基团的3单元PEG连接子(PEG3)。该偶联物用于PROTAC技术,以募集cereblon E3泛素连接酶复合物,从而靶向降解蛋白质。叠氮基团是一个点击化学基团,可以与含有炔基的分子发生铜催化的叠氮-炔环加成反应(CuAAc),形成稳定的三唑键,从而实现与靶蛋白配体的偶联。PEG3连接子提供了一个短的、亲水的、柔性的间隔基,可以减少空间位阻并提高水溶性。其分子式为C21H24N6O8,分子量为488.45。该产品纯度≥98%,呈固体状。为保证长期稳定性,应密封保存于-20℃,并避免受潮。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
CRBN (cereblon), an E3 ubiquitin ligase.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[1]。
作为一种与cereblon结合的配体-连接子偶联物,泊马度胺-PEG3-叠氮化物本身不具有内在生物活性;其功能是募集E3泛素连接酶复合物。叠氮基团是一种生物正交基团,可通过CuAAc与含炔基的靶蛋白配体反应,形成稳定的三唑键。由此产生的PROTAC可同时结合靶蛋白和cereblon,导致靶蛋白泛素化并随后被蛋白酶体降解。PEG3连接子提供了一个短的、亲水的、柔性的连接,增强了偶联物和最终PROTAC的水溶性。叠氮点击化学基团能够在温和、选择性的条件下进行偶联,并且与多种功能基团兼容。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该缀合物本身具有特定的体内活性;其体内降解活性仅在与靶蛋白配体缀合形成完整的PROTAC分子时才能观察到。此类PROTAC的体内疗效通常在靶向疾病的动物模型中进行评估。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离的酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通过高效液相色谱 (HPLC) 和核磁共振 (NMR) 等分析方法进行确认,标准纯度≥98%。其与cereblon的结合亲和力已通过表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 等生物物理方法,作为完整PROTAC构建体的一部分进行验证。叠氮基团的特征红外吸收峰位于约2100 cm-¹处。其IUPAC名称为2-(2-(2-(2-叠氮乙氧基)乙氧基)乙氧基)-N-(2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧异吲哚啉-4-基)乙酰胺。
细胞实验
不适用;该缀合物未单独进行细胞实验测试,而是用作构建PROTAC的结构单元。典型的缀合步骤是在THF/水混合物中,以CuSO4和抗坏血酸钠为催化剂,通过CuAAc与含炔基的靶蛋白配体反应。然后,通过Western blotting检测所得PROTAC在表达靶蛋白的癌细胞中的降解活性,以确定DC50(半数最大降解浓度)。PEG3连接子提高了反应物的水溶性,从而促进了在水性缓冲液中的点击化学反应。
动物实验
不适用;未对单独的配体-连接子偶联物进行动物研究。对于完整的PROTAC的体内研究,将该分子配制在合适的载体中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45%生理盐水),并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药于动物模型。监测组织中的靶点降解和肿瘤生长抑制情况。PEG3间隔基可通过提高水溶性和减少聚集来改善偶联物的药代动力学性质。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物的分子量为488.45,分子式为C21H24N6O8,标准纯度≥98%。其IUPAC名称为2-(2-(2-(2-叠氮乙氧基)乙氧基)乙氧基)-N-(2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧异吲哚啉-4-基)乙酰胺。储存时,应密封保存于-20℃,干燥,保存时间最长可达3年。该化合物可溶于DMSO。产品应储存于密封容器中,避光保存。叠氮基团具有潜在爆炸性,尤其是在浓缩状态下或受热、受冲击时,应小心处理。CAS号:2267306-15-8。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不得用于人类或兽医用途。操作过程中应遵循标准化学品安全预防措施。应小心处理叠氮基团,以避免过早反应和潜在的爆炸危险。本产品在推荐的储存条件下稳定。它并非已获批准的治疗药物,也未获准用于临床。泊马度胺是一种免疫调节药物 (IMiD),临床上用于治疗多发性骨髓瘤;本衍生物仅供研究用途。PROTAC 是 Arvinas Operations, Inc. 的注册商标,经许可使用。
参考文献

[1]. Discovery of a new class of PROTAC BRD4 degraders based on a dihydroquinazolinone derivative and lenalidomide/pomalidomide. Bioorg Med Chem. 2020 Jan 1;28(1):115228.

其他信息
PEG3连接子提供了一个短的亲水性间隔基,兼顾了溶解性和柔性,使其成为PROTAC设计中广泛使用的连接子长度。叠氮点击化学基团能够将CuAAc偶联到炔基功能化的靶配体上,从而提供了一种通用且高效的偶联策略。该偶联物是构建具有针对特定靶蛋白优化连接子长度的cereblon募集PROTAC的重要结构单元。此外,叠氮基团还能够与DBCO功能化的配体进行应变促进的叠氮-炔环加成反应(SPAAC),实现无铜点击化学反应。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C21H24N6O8
分子量
488.450664520264
精确质量
488.165
CAS号
2267306-15-8
PubChem CID
155292128
外观&性状
White to yellow solid powder
LogP
0.3
tPSA
155
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
10
可旋转键数目(RBC)
13
重原子数目
35
分子复杂度/Complexity
876
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C(=CC=C3)NC(=O)COCCOCCOCCN=[N+]=[N-]
InChi Key
DUTLUBRCOXPZLI-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C21H24N6O8/c22-26-23-6-7-33-8-9-34-10-11-35-12-17(29)24-14-3-1-2-13-18(14)21(32)27(20(13)31)15-4-5-16(28)25-19(15)30/h1-3,15H,4-12H2,(H,24,29)(H,25,28,30)
化学名
2-[2-[2-(2-azidoethoxy)ethoxy]ethoxy]-N-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]acetamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~200 mg/mL (~409.46 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (10.24 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 50.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0473 mL 10.2365 mL 20.4729 mL
5 mM 0.4095 mL 2.0473 mL 4.0946 mL
10 mM 0.2047 mL 1.0236 mL 2.0473 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们