Thalidomide-Piperazine-PEG1-COOH

目录号: V82931 纯度: ≥98%
Thalidomide-Piperazine-PEG1-COOH 是一种配体(E3 连接酶)-连接体缀合物,由 Thalidomide(E3 连接酶 cereblon/CRBN 的配体)和连接体组成。
Thalidomide-Piperazine-PEG1-COOH CAS号: 2731007-11-5
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
50mg
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产品描述
沙利度胺-哌嗪-PEG1-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,由沙利度胺(E3 连接酶 cereblon/CRBN 的配体)和连接子组成。
沙利度胺-哌嗪-PEG1-COOH 是一种合成的 E3 泛素连接酶配体-连接子偶联物,它包含一个基于沙利度胺的 cereblon (CRBN) 配体、一个哌嗪环和一个末端带有羧酸 (COOH) 基团的单单元 PEG (PEG1) 连接子。该偶联物用于 PROTAC 技术,以募集 cereblon E3 泛素连接酶复合物进行靶向蛋白降解。哌嗪环提供了一个碱性亲水基团,可以提高偶联物的水溶性,并作为柔性间隔基。PEG1 连接子(一个乙二醇单元)提供了一个短的亲水间隔基。末端羧酸基团可以通过酰胺键的形成,使用标准偶联试剂(例如 EDC/NHS)与靶蛋白配体偶联。其分子式为 C22H26N4O7,分子量为 458.46。该产品标准纯度>98%,呈白色至黄色固体。为保证长期稳定性,应密封保存于-20℃,并置于氮气保护下,避免受潮。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
CRBN (cereblon), an E3 ubiquitin ligase.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[2]。
作为一种与cereblon结合的配体-连接子偶联物,沙利度胺-哌嗪-PEG1-COOH本身不具有内在的生物活性;其功能是募集E3泛素连接酶复合物。末端羧酸通过酰胺键的形成与靶蛋白配体偶联,所用偶联剂为标准偶联剂(例如EDC、HATU)。由此产生的PROTAC可同时结合靶蛋白和cereblon,导致靶蛋白泛素化并随后被蛋白酶体降解。哌嗪环引入了一个碱性氮原子,该氮原子在生理pH条件下可被质子化,这可能增强偶联物和最终PROTAC的水溶性和细胞摄取。PEG1连接子提供了一个最小的亲水性间隔基团。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该缀合物本身具有特定的体内活性;其体内降解活性仅在与靶蛋白配体缀合形成完整的PROTAC分子时才能观察到。此类PROTAC的体内疗效通常在靶向疾病的动物模型中进行评估。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离的酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通过高效液相色谱 (HPLC) 和核磁共振 (NMR) 等分析方法进行确认,标准纯度 >98%。其与 cereblon 的结合亲和力已通过生物物理方法(例如表面等离子体共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC))在完整的 PROTAC 构建体中得到验证。哌嗪环可通过其在 NMR 光谱中的特征化学位移进行表征。其 IUPAC 名称为 3-(2-(4-(2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧异吲哚啉-4-基)哌嗪-1-基)乙氧基)丙酸。
细胞实验
不适用;该缀合物未单独进行细胞实验测试,而是用作构建PROTAC的基元。典型的缀合步骤中,末端羧酸用EDC和NHS活化,并与含伯胺的靶蛋白配体反应。所得PROTAC随后在表达靶蛋白的癌细胞中进行Western blotting检测,以确定其降解活性,从而测定DC50(半数最大降解浓度)。哌嗪环可能提高最终PROTAC的溶解度和细胞渗透性。
动物实验
不适用;未对单独的配体-连接子偶联物进行动物研究。对于完整的PROTAC的体内研究,将该分子配制在合适的载体中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45% 生理盐水),并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药于动物模型。监测组织中的靶点降解和肿瘤生长抑制情况。哌嗪-PEG1组合可能通过提高水溶性来改善偶联物的药代动力学性质。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物的分子量为458.46,分子式为C22H26N4O7,标准纯度>98%。其IUPAC名称为3-(2-(4-(2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧异吲哚啉-4-基)哌嗪-1-基)乙氧基)丙酸。储存时,应在-20℃下密封保存,并置于氮气保护下,避免受潮,保存期限最长可达3年。该化合物可溶于DMSO。产品应储存于密封容器中,并避光保存。CAS号:2731007-11-5。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不得用于人类或兽医用途。操作时应遵循标准化学品安全预防措施。本产品在推荐的储存条件下稳定。它并非获批的治疗药物,也未获准用于临床。沙利度胺是一种具有已知致畸作用的免疫调节药物;该衍生物仅供研究用途。
参考文献

[1]. Cereblon-Based Small-Molecule Compounds to Control Neural Stem Cell Proliferation in Regenerative Medicine. Front Cell Dev Biol. 2021;9:629326. Published 2021 Mar 11.

[2]. PROTACs: An Emerging Therapeutic Modality in Precision Medicine. Cell Chem Biol. 2020;27(8):998-993.

其他信息
哌嗪环提供了一个碱性亲水基团,可以提高缀合物和最终PROTAC的水溶性和细胞渗透性。哌嗪间隔基和短PEG1连接基的组合,在沙利度胺核心和末端羧酸之间形成了一种独特的、亲水的、柔性的连接。该缀合物是开发具有更高溶解性和渗透性的cereblon募集PROTAC的重要构建模块。末端羧酸可通过标准的酰胺偶联反应直接与靶蛋白配体偶联。该化合物也称为沙利度胺-哌嗪-PEG1-COOH,是靶向蛋白降解研究的有效工具。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H26N4O7
分子量
458.464445590973
精确质量
458.18
CAS号
2731007-11-5
PubChem CID
162642713
外观&性状
White to yellow solid powder
LogP
-2.7
tPSA
137
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
811
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C=C(C=C3)N4CCN(CC4)CCOCCC(=O)O
InChi Key
QEXXXOMKDFNBIX-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H26N4O7/c27-18-4-3-17(20(30)23-18)26-21(31)15-2-1-14(13-16(15)22(26)32)25-8-6-24(7-9-25)10-12-33-11-5-19(28)29/h1-2,13,17H,3-12H2,(H,28,29)(H,23,27,30)
化学名
3-[2-[4-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-5-yl]piperazin-1-yl]ethoxy]propanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~250 mg/mL (~545.30 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2.08 mg/mL (4.54 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: 2.08 mg/mL (4.54 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶.
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1812 mL 10.9061 mL 21.8122 mL
5 mM 0.4362 mL 2.1812 mL 4.3624 mL
10 mM 0.2181 mL 1.0906 mL 2.1812 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们