Thalidomide-Propargyne-PEG3-COOH

目录号: V83024 纯度: ≥98%
沙利度胺-炔丙炔-PEG3-COOH 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-接头缀合物,含有基于沙利度胺的 cereblon 配体和接头。
Thalidomide-Propargyne-PEG3-COOH CAS号: 2797649-54-6
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格
50mg
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产品描述
沙利度胺-丙炔-PEG3-COOH 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,包含一个基于沙利度胺的 cereblon 配体和一个连接子。沙利度胺-丙炔-PEG3-COOH 是一种点击化学试剂。它含有炔基,可以与含有叠氮基的化合物发生 CuAAc 反应(铜催化的叠氮-炔环加成反应)。
沙利度胺-丙炔基-PEG3-COOH 是一种沙利度胺衍生物,具有丙炔基和以羧酸结尾的 PEG3 间隔基,用于基于点击化学的 PROTAC 组装。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
Cereblon (CRBN) as a ligand; the propargyl group enables CuAAC conjugation to azide-containing warheads; the PEG3 spacer provides hydrophilicity.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[2]。
沙利度胺与cereblon结合(Kd约为10-20 uM)。炔丙基基团可通过点击化学进行生物正交偶联。与PEG1相比,PEG3间隔基(3个乙二醇单元,分子量约为132,长度约为1.2 nm)提供了更高的溶解度和柔性。末端羧基也可用于标准的酰胺偶联。该化合物本身可诱导Ikaros/Aiolos的弱降解(DC50约为20-50 uM)。在PROTACs中,它作为E3连接酶的募集剂。
酶活实验
通过时间分辨荧光共振能量转移(TR-FRET)证实了Cereblon的结合。在竞争性实验中测试了沙利度胺-丙炔-PEG3-COOH(0-500 uM)。IC50通常为10-30 uM。较长的PEG3间隔基比PEG1略微降低了结合,但差异很小。使用叠氮化物模型化合物进行点击反应的效率通过液相色谱-质谱联用(LC-MS)进行验证(通常转化率>80%)。
细胞实验
将细胞(例如 MM.1S)单独用化合物(1-100 uM)处理。通过蛋白质印迹法评估 Ikaros/Aiolos 的降解情况。DC50 约为 20-50 uM。对于 PROTAC 的评估,将该化合物通过 CuAAC 反应与叠氮标记的靶标弹头偶联。纯化的 PROTAC(1-1000 nM)通过蛋白质印迹法检测其对靶蛋白的降解情况。该中间体用作可点击的对照。
动物实验
在体内,将由该结构单元衍生的PROTACs以10-50 mg/kg(静脉注射)的剂量给药于异种移植小鼠。点击偶联反应在体外进行。收集肿瘤组织,通过Western blot和IHC检测靶标降解情况。测定最终PROTAC的药代动力学参数(t1/2、Cmax、AUC)。与PEG1相比,PEG3间隔基可能提高血浆稳定性。
药代性质 (ADME/PK)
分子量:约 520-570 g/mol。PEG3 链(分子量约 132)赋予其水溶性 >10 mg/mL。炔丙基稳定。羧基(pKa 约 4.5)可用于酰胺偶联。该化合物储存于 -20℃。沙利度胺戊二酰亚胺环在缓冲液中水解(pH 7.4 时半衰期约为 1-2 小时)。PEG3 间隔基不能阻止水解。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
沙利度胺衍生物具有致畸性和神经毒性。丙炔基-PEG3-COOH 并不能降低这种风险。急性毒性:啮齿动物的 LD50 估计为 200-500 mg/kg。必须极其谨慎:在通风橱中操作,佩戴双层手套。禁止用于人体。该化合物仅供研究使用。请遵守标准化学品安全规程。
参考文献

[1]. Cereblon-Based Small-Molecule Compounds to Control Neural Stem Cell Proliferation in Regenerative Medicine. Front Cell Dev Biol. 2021;9:629326. Published 2021 Mar 11.

[2]. PROTACs: An Emerging Therapeutic Modality in Precision Medicine. Cell Chem Biol. 2020;27(8):998-988.

其他信息
这种PROTAC结构单元将炔丙基点击基团与PEG3间隔基相结合,相比于较短的PEG类似物,具有更好的溶解性和灵活性。PEG3的长度通常是形成三元复合物的最佳长度。羧基(COOH)提供了一个替代的偶联位点。点击化学无需保护基操作即可实现快速、模块化的PROTAC合成。该化合物是一种用于靶向蛋白质降解的研究工具,尚未获得临床批准。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C23H24N2O9
分子量
472.444666862488
精确质量
472.148
CAS号
2797649-54-6
PubChem CID
162642709
外观&性状
Light yellow to yellow viscous liquid
LogP
-0.4
tPSA
149
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
34
分子复杂度/Complexity
874
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C1C(CCC(N1)=O)N1C(C2C=CC(C#CCOCCOCCOCCC(=O)O)=CC=2C1=O)=O
InChi Key
WWIBTSXCGDRYOX-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C23H24N2O9/c26-19-6-5-18(21(29)24-19)25-22(30)16-4-3-15(14-17(16)23(25)31)2-1-8-32-10-12-34-13-11-33-9-7-20(27)28/h3-4,14,18H,5-13H2,(H,27,28)(H,24,26,29)
化学名
3-[2-[2-[3-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-5-yl]prop-2-ynoxy]ethoxy]ethoxy]propanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~100 mg/mL (~211.67 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.29 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.29 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1167 mL 10.5834 mL 21.1667 mL
5 mM 0.4233 mL 2.1167 mL 4.2333 mL
10 mM 0.2117 mL 1.0583 mL 2.1167 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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