PROTAC BRD4-binding moiety 1

别名: PROTAC BRD4binding moiety 1; PROTAC BRD4 binding moiety 1
目录号: V39032 纯度: ≥98%
PROTAC BRD4 结合部分 1 是 BRD4 的配体。
PROTAC BRD4-binding moiety 1 CAS号: 2101200-10-4
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
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产品描述
PROTAC BRD4结合单元1是BRD4的配体。PROTAC BRD4结合单元1通过连接基团与cereblon配体结合,生成PROTAC,进而降解BRD4。PROTAC BRD4结合单元1是一种点击化学试剂。它含有炔基,可以与含有叠氮基团的化合物发生CuAAc(铜催化叠氮-炔环加成反应)。
PROTAC BRD4结合单元1(CAS号:2101200-10-4)是一种化学片段,可特异性结合溴结构域和末端外结构域(BET)蛋白BRD4(含溴结构域蛋白4)。该化合物被设计为PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)分子合成的靶向结合弹头。它通常包含一个BRD4抑制剂骨架(例如JQ1、I-BET762或类似物),并带有用于通过连接子连接E3泛素连接酶配体的基团(例如羧酸、羟基或氨基)。本产品仅供靶向蛋白降解研究之用。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target is BRD4, specifically the bromodomains (BD1 and BD2) of BRD4. BRD4 is an epigenetic reader that recognizes acetylated lysines on histones and transcription factors, regulating gene expression including oncogenes such as MYC and BCL2. By binding to BRD4, this moiety occupies the acetyl-lysine binding pocket, blocking BRD4's interaction with chromatin and transcriptional activation. In the context of PROTACs, this moiety serves as the warhead to recruit BRD4 to an E3 ligase for ubiquitination and degradation.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC BRD4 Degrader-2 是一种针对 BRD4 BD1 的强效 PROTAC BRD4 降解剂,IC50 为 14.2 nM[1]。
体外实验表明,PROTAC BRD4结合基团1(单独使用)能以高亲和力抑制BRD4溴结构域的结合(IC₅0值通常在低纳摩尔范围内,例如1-100 nM,具体数值取决于骨架结构)。它可能对依赖于BRD4的癌细胞系(例如急性髓系白血病(AML)、多发性骨髓瘤和MYC驱动的癌症)具有抗增殖活性。然而,作为单一药物,它是一种BRD4抑制剂,而非降解剂。该基团可用作构建模块来合成PROTAC,后者通过降解作用实现更持久的靶点抑制。其溶解度和渗透性取决于具体结构;通常溶于DMSO(>10 mM)。
体内研究 (In Vivo)
在体内,PROTAC 的 BRD4 结合部分 1 本身(作为抑制剂)可能在异种移植模型中具有活性,但更常见的是作为 PROTAC 的一部分使用。包含该部分 1 的 PROTAC 在小鼠癌症模型中已显示出强大的 BRD4 降解和肿瘤生长抑制作用,且通常比单独使用抑制剂所需的剂量更低,作用持续时间更长。该部分 1 的特定药代动力学特性取决于完整的 PROTAC 结构。分离的部分 1 通常不单独用于体内给药;它是一种合成中间体。
酶活实验
对于 BRD4 溴结构域结合实验,可使用时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 或 AlphaScreen 技术。对于 TR-FRET,将重组 BRD4(BD1 或 BD2)(5-20 nM)与生物素标记的乙酰化组蛋白肽(例如 H4K5acK8acK12acK16ac)(10-50 nM)、铕标记的抗 GST 抗体(用于 GST 标签的 BRD4)和链霉亲和素标记的受体(XL665)孵育。加入不同浓度的待测分子(0.01-10000 nM)。室温孵育 1-2 小时。测量 TR-FRET 信号(激发波长 340 nm,发射波长 665/620 nm)。计算 IC₅0 值。对于荧光偏振 (FP) 检测,使用荧光标记的小分子竞争剂(例如 FAM-JQ1)和 BRD4 蛋白。对于表面等离子共振 (SPR) 检测,将 BRD4 固定在传感器芯片上,注入浓度为 0.1-1000 nM 的化合物,并测定其 KD 值。对于选择性分析,可与其他溴结构域(BRD2、BRD3、BRDT、CREBBP、EP300 等)进行对比测试。
细胞实验
对于细胞实验,将 BRD4 依赖性癌细胞系(例如 MV-4-11 (AML)、MM.1S (多发性骨髓瘤) 或 NCI-H929)培养于含 10% FBS 的 RPMI 培养基中,置于 37℃、5% CO₂ 的培养箱中。为检测细胞活力,用浓度为 0.1 nM 至 10 μM 的 PROTAC(或作为对照的相应部分)处理细胞 72 小时,然后使用 CellTiter-Glo 试剂盒进行检测。对于 BRD4 降解研究(在将该部分与 PROTAC 偶联后),处理细胞 4-24 小时,收集细胞裂解液,并进行 BRD4(以及其他 BET 蛋白)的 Western blot 分析。单独使用 MOI(无连接子/E3 配体)时,不应诱导降解,而只会促进 BRD4 的结合;可将其用作阴性对照。为了检测细胞内 BRD4 靶点结合情况,进行 BRD4 CETSA(细胞热迁移分析):用化合物(1-10 μM)处理细胞 1-2 小时,将裂解液加热至温度梯度,并通过 Western blot 检测 BRD4。为了检测 MYC 下调情况,在处理 6-24 小时后,通过 qPCR 检测 c-MYC mRNA 或通过 Western blot 检测 c-MYC 蛋白。为了检测克隆形成情况,处理细胞 7-14 天,固定并用结晶紫染色。为了进行细胞周期分析,用碘化丙啶 (PI) 染色并通过流式细胞术进行分析。为了检测细胞凋亡情况,检测 Annexin V/PI 或 caspase-3/7 活性。
动物实验
使用完整PROTAC进行体内研究:使用携带MV-4-11或其他BRD4依赖性细胞皮下异种移植瘤的雌性BALB/c裸鼠(6-8周龄,18-22 g)。当肿瘤体积达到150-250 mm³时,腹腔注射(ip)或静脉注射(iv)PROTAC(通常剂量为10-100 mg/kg),每日一次或隔日一次。PROTAC的配制方法为:10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween-80 + 45%生理盐水,或20% SBE-β-CD生理盐水。每2-3天监测肿瘤体积和体重。在实验终点,收集肿瘤组织,并通过Western blot和IHC检测BRD4蛋白水平。为进行药效学研究,分别在给药后2、6、12、24和48小时收集肿瘤组织。对于药代动力学研究,需在多个时间点采集血浆,并通过液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)定量PROTAC。分离得到的BRD4结合部分可作为抑制剂进行测试:在异种移植模型中,典型剂量为30-100 mg/kg,腹腔注射或口服。
药代性质 (ADME/PK)
PROTAC BRD4结合基团1的具体分子式和分子量取决于其精确结构。常见的BRD4结合基团包括JQ1(C22H1₉ClN4O2S,分子量439.0)、I-BET762(C1₈H22N4O2,分子量326.4)或具有额外连接基团的类似衍生物。根据CAS号2101200-10-4,该化合物很可能是一种类似JQ1的衍生物,带有用于偶联的羧酸根或氨基。溶解性:溶于DMSO(通常浓度≥20 mM)。储存:粉末需在-20℃下干燥避光保存。DMSO溶液可在-80℃下保存6个月。该化合物粉末至少可稳定保存2年。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
操作时请遵循标准实验室防护措施:使用个人防护装备(手套、实验服、护目镜),避免吸入和皮肤接触。该化合物仅供研究使用,不得用于人体治疗。基于其作用机制(BRD4抑制),该化合物可能具有毒性,包括血小板减少症、胃肠道反应和潜在的致畸性。目前尚无针对该特定成分的具体安全性数据。如有安全数据表,请查阅。废弃物应按照当地化学危险废物处理法规进行处置。
参考文献

[1]. Discovery of a new class of PROTAC BRD4 degraders based on a dihydroquinazolinone derivative and lenalidomide/pomalidomide. Bioorg Med Chem. 2020 Jan 1;28(1):115228.

其他信息
PROTAC BRD4结合部分1是一种专为PROTAC开发而设计的BRD4抑制剂片段。BRD4是一种表观遗传调控因子,也是急性髓系白血病、多发性骨髓瘤、NUT中线癌和其他癌症中已验证的肿瘤靶点。传统的BRD4抑制剂(例如JQ1、OTX015、I-BET762)具有抗肿瘤活性,但需要持续的靶点占据。能够降解BRD4的PROTAC具有诸多优势,包括延长药效持续时间、减少脱靶效应以及靶向BRD4支架功能的能力。该部分通过连接子与E3连接酶配体(VHL或CRBN)偶联,从而构建高效的BRD4降解剂(例如dBET1、ARV-825、MZ1)。本产品仅供研究使用,尚未获准用于临床。它作为化学生物学的合成中间体提供。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C23H21N3O2
分子量
371.431745290756
精确质量
371.163
CAS号
2101200-10-4
PubChem CID
141488040
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
LogP
3.5
tPSA
49.6
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
28
分子复杂度/Complexity
623
定义原子立体中心数目
0
SMILES
N1(C)C2=C(C=C(C3=C(C)ON=C3C)C=C2)C(C2=CC=CC=C2)N(CC#C)C1=O
InChi Key
ZKJVDZJHVLJOKO-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C23H21N3O2/c1-5-13-26-22(17-9-7-6-8-10-17)19-14-18(21-15(2)24-28-16(21)3)11-12-20(19)25(4)23(26)27/h1,6-12,14,22H,13H2,2-4H3
化学名
6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-methyl-4-phenyl-3-prop-2-ynyl-4H-quinazolin-2-one
别名
PROTAC BRD4binding moiety 1; PROTAC BRD4 binding moiety 1
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~120 mg/mL (~323.08 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 3 mg/mL (8.08 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 30.0 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;再向上述溶液中加入50 μL Tween-80 +,混匀;然后加入450 μL 生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.6923 mL 13.4615 mL 26.9230 mL
5 mM 0.5385 mL 2.6923 mL 5.3846 mL
10 mM 0.2692 mL 1.3461 mL 2.6923 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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