PROTAC BRD4 Degrader-1

目录号: V40456 纯度: ≥98%
PROTAC BRD4 Degrader-1 是一种由 Cereblon 配体和 BRD4 配体连接的 PROTAC 蛋白降解剂。
PROTAC BRD4 Degrader-1 CAS号: 2133360-00-4
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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1mg
5mg
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产品描述
PROTAC BRD4 Degrader-1 是一种 PROTAC 蛋白降解剂,由 Cereblon 配体和 BRD4 配体连接而成。其抑制 BRD4 BD1 的 IC50 值为 41.8 nM。PROTAC BRD4 Degrader-1 能有效降解 BRD4 蛋白并抑制 c-Myc 的表达。
PROTAC BRD4 降解剂-1(CAS# 2133360-00-4)是一种高效且选择性的蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC),可诱导溴结构域蛋白 4 (BRD4) 的降解。它由 BRD4 配体(溴结构域抑制剂)与 cereblon (CRBN) E3 泛素连接酶配体(泊马度胺)连接而成。该 PROTAC 可有效降解 BRD4 蛋白并抑制癌细胞中 c-Myc 的表达。
生物活性&实验参考方法
靶点
Bromodomain-containing protein 4 (BRD4), specifically the first bromodomain (BD1). The compound binds BRD4 BD1 with an IC50 of 41.8 nM. It also binds to cereblon (CRBN) via the pomalidomide moiety, recruiting the CRL4CRBN E3 ubiquitin ligase complex. This ternary complex formation leads to ubiquitination of BRD4 and its subsequent proteasomal degradation. It is selective for BRD4 over other bromodomain-containing proteins (e.g., BRD2, BRD3) at its degradation concentration.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC BRD4 降解剂-1(化合物 21)(2.5 μM;24 小时)对 Raji 和 HL-60 细胞系表现出较弱的活性,但对人单核细胞淋巴瘤细胞系 THP-1 的发展具有很强的抑制活性,IC50 值为 0.81 μM[1]。泊马度胺在低浓度下不能降解 BRD4,而 PROTAC BRD4 降解剂-1(1 μM;24 小时)可以有效地促进 BRD4 蛋白降解并抑制 c-Myc[1]。
体外实验表明,PROTAC BRD4 降解剂-1 对人单核细胞淋巴瘤细胞系 THP-1 的生长具有高度抑制活性,IC50 值为 0.81 uM,对 Raji 和 HL-60 细胞系则具有中等活性。在 1 uM 浓度下作用 24 小时,该降解剂可有效促进 BRD4 蛋白降解并抑制 c-Myc 的表达(c-Myc 是 BRD4 的下游转录靶点)。低浓度的泊马度胺无法单独降解 BRD4,这证实了 PROTAC 的作用机制。该降解剂还表现出抗增殖作用,并能诱导 BRD4 依赖性癌细胞系的凋亡。
体内研究 (In Vivo)
目前尚无针对该特定PROTAC分子的已发表体内研究。基于其他靶向BRD4的PROTAC(例如ARV-825、dBET1),PROTAC BRD4降解剂-1预计在静脉或腹腔注射后诱导肿瘤中BRD4降解,从而下调c-Myc并抑制肿瘤生长。典型的体内研究将采用异种移植小鼠模型(例如THP-1、Raji、HL-60皮下异种移植瘤),给药剂量为10-50 mg/kg。然而,目前尚未有关于该特定化合物的此类数据报道。
酶活实验
采用纯化的BRD4溴结构域1 (BD1) 蛋白(氨基酸残基1-200),通过荧光偏振 (FP) 或时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 技术进行非细胞结合亲和力测定。对于FP测定,将BRD4-BD1 (5-20 nM) 与荧光标记的四乙酰化组蛋白H4肽段 (FAM-H4K5acK8acK12acK16ac, 5 nM) 以及不同浓度的PROTAC BRD4降解剂-1 (0.1-1000 nM) 在测定缓冲液(50 mM HEPES pH 7.5、150 mM NaCl、0.01% Triton X-100、0.1% BSA、1 mM DTT)中于室温孵育60-120分钟。使用微孔板读数仪测量荧光偏振(激发波长 485 nm,发射波长 535 nm)。IC50 值由竞争曲线计算得出。或者,也可以使用铽标记的抗组氨酸抗体和生物素化的组蛋白肽进行时间分辨荧光共振能量转移(TR-FRET)检测。
细胞实验
细胞增殖实验[1]
细胞类型: HL-60、Raji 和 THP-1 细胞
测试浓度: 2.5 μM
孵育时间: 24 小时
实验结果: 抑制 HL-60、Raji 和 THP-1 细胞的生长。

蛋白质印迹分析[1]
细胞类型: THP-1 细胞
测试浓度: 1 μM
孵育时间: 3 小时
实验结果: BRD4 蛋白降解并抑制 c-Myc 的表达。
将THP-1(人单核细胞白血病)细胞接种于96孔板(1×10⁴个细胞/孔),培养基为含10% FBS的RPMI-1640培养基。24小时后,用PROTAC BRD4 Degrader-1系列稀释液(0.01-10 uM,DMSO终浓度0.1%)处理细胞48-72小时。采用MTT或CellTiter-Glo法检测细胞活力。IC50值根据剂量反应曲线计算。在降解研究中,用0.1-5 uM的化合物处理THP-1细胞6-24小时。制备全细胞裂解液,并使用特异性抗体通过Western blot分析BRD4和c-Myc蛋白水平。进行密度分析以确定半数最大降解浓度(DC50)。使用Annexin V/PI染色进行流式细胞术分析可评估细胞凋亡的诱导情况。
动物实验
目前尚无动物实验报道。一项典型的研究方案是:将PROTAC BRD4降解剂-1通过腹腔或静脉注射(10-50 mg/kg)的方式,每日一次或隔日一次,持续2-4周,注射对象为携带THP-1异种移植瘤的免疫缺陷小鼠。研究结束时,使用游标卡尺测量肿瘤体积,并收集肿瘤组织,通过Western blot和免疫组化分析BRD4蛋白水平。采用LC-MS/MS法测定血浆药物浓度,以建立药代动力学/药效学关系。然而,目前文献中尚无此类数据。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无PROTAC BRD4降解剂-1的药代动力学数据报道。基于其PROTAC结构(分子量约800-850 Da,LogP值约4-5),预计其口服生物利用度极低(<5%)。小鼠静脉给药后,由于清除率高和分布容积大,其半衰期(t½)可能较短(1-3小时)。该化合物与蛋白质高度结合(>90%),很可能是P-糖蛋白(P-gp)的底物。目前缺乏详细的ADME研究。对于体内研究,典型的制剂可能包含10% DMSO、10% Tween-80、80%生理盐水或脂质体包裹。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚未有毒性数据报告。在细胞培养中,PROTAC BRD4 Degrader-1 仅在 BRD4 依赖性细胞系中显示出细胞毒性,IC50 值在低微摩尔范围内(例如,在 THP-1 细胞中为 0.81 μM)。在正常细胞中,浓度高达 5 μM 时,未观察到明显的毒性(如在非敏感细胞系中未观察到效应所示)。尚未进行动物急性或慢性毒性研究。由于泊马度胺部分的存在,可能会发生对其他 cereblon 新底物(例如,IKZF1、IKZF3)的脱靶降解,从而可能导致免疫调节毒性。尚未评估心脏毒性(hERG)。
参考文献

[1]. Discovery of a new class of PROTAC BRD4 degraders based on a dihydroquinazolinone derivative and lenalidomide/pomalidomide.Bioorg Med Chem. 2020 Jan 1;28(1):115228.

其他信息
PROTAC BRD4 Degrader-1 是一种研究级 PROTAC 工具,用于研究癌症生物学中 BRD4 的降解。它尚未获准用于临床,也未进入人体试验,并非药物。它用于研究 BRD4 降解在血液系统恶性肿瘤(例如,急性髓系白血病、多发性骨髓瘤)和实体瘤(例如,三阴性乳腺癌、NUT 中线癌)中的治疗潜力。通过有效降解 BRD4 并抑制 c-Myc 的表达,它成为理解癌细胞中 BRD4 依赖性的重要工具。该产品仅供研究使用,可从化学品供应商处购买。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C40H37N9O8
分子量
771.7773
精确质量
771.276
CAS号
2133360-00-4
PubChem CID
141488039
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
2.2
tPSA
202
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
11
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
57
分子复杂度/Complexity
1560
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C1N(C([H])([H])[H])C2C([H])=C([H])C(C3C(C([H])([H])[H])=NOC=3C([H])([H])[H])=C([H])C=2C([H])(C2C([H])=C([H])C([H])=C([H])C=2[H])N1C([H])([H])C1=C([H])N(C([H])([H])C([H])([H])OC([H])([H])C(N([H])C2=C([H])C([H])=C([H])C3C(N(C(C=32)=O)C2([H])C(N([H])C(C([H])([H])C2([H])[H])=O)=O)=O)=O)N=N1
InChi Key
FXNACIMQXOPNJG-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C40H37N9O8/c1-22-34(23(2)57-44-22)25-12-13-30-28(18-25)36(24-8-5-4-6-9-24)48(40(55)46(30)3)20-26-19-47(45-43-26)16-17-56-21-33(51)41-29-11-7-10-27-35(29)39(54)49(38(27)53)31-14-15-32(50)42-37(31)52/h4-13,18-19,31,36H,14-17,20-21H2,1-3H3,(H,41,51)(H,42,50,52)
化学名
2-[2-[4-[[6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-methyl-2-oxo-4-phenyl-4H-quinazolin-3-yl]methyl]triazol-1-yl]ethoxy]-N-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]acetamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~129.57 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (6.48 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 50.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.2957 mL 6.4785 mL 12.9571 mL
5 mM 0.2591 mL 1.2957 mL 2.5914 mL
10 mM 0.1296 mL 0.6479 mL 1.2957 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们