| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
FKBP12 (FK506-binding protein 12) and other FKBP family members; VHL (von Hippel-Lindau) E3 ubiquitin ligase.
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| 体外研究 (In Vitro) |
PROTAC 处理时间进程显示，在用 250 nM PROTAC FKBP 降解剂-3（化合物 10）处理 VHL 后，EGFP-FKBP 多聚泛素化在第一个小时内显著增加。PROTAC FKBP 降解剂-3（化合物 10）募集内源性 VHL 后，仅发现一个 EGFP 背景赖氨酸（Lys158）被泛素化 [1]。
PROTAC FKBP Degrader-3 是一种高效的 FKBP 降解剂，由 FKBP 配体结合基团、连接基团和 von Hippel-Lindau (VHL) 结合基团组成。该 PROTAC 利用细胞内泛素-蛋白酶体系统选择性地降解靶蛋白。通过将靶蛋白 (FKBP) 和 E3 泛素连接酶 (VHL) 紧密结合，PROTAC FKBP Degrader-3 促进 FKBP 的泛素化及其后续的蛋白酶体降解，从而调节其在细胞内的水平。这种机制不同于传统的抑制剂，后者仅阻断靶蛋白的功能。PROTAC 能够消除靶蛋白，从而抑制其催化和非催化（支架）功能。该PROTAC对FKBP12的半数最大降解浓度（DC50）在低纳摩尔范围内（具体数值可能因细胞系而异，但通常<100 nM）。降解呈时间和剂量依赖性，在处理后4-24小时内即可观察到最大降解。降解依赖于FKBP、PROTAC和VHL之间三元复合物的形成；结合界面关键残基的突变或添加过量的游离FKBP配体（竞争剂）均可阻断降解。该PROTAC已被用于研究FKBP12降解对细胞过程的影响，例如铁稳态（通过上调铁调素）、BMP信号通路和癌细胞增殖。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
PROTAC FKBP Degrader-3 已在体内用于验证 FKBP 降解的治疗潜力。在小鼠模型中，给予 PROTAC 可导致组织中 FKBP12 的降解，从而上调铁调素的表达，这为治疗铁过载疾病提供了一种新方法。该方法避免了其他疗法通常伴随的免疫抑制作用。通过降解 FKBP12，PROTAC 还可以增强 BMP（骨形态发生蛋白）信号通路，这可能对特发性肺动脉高压和癌症转移等疾病具有治疗意义。PROTAC 在靶向多种癌症类型的致癌蛋白方面显示出良好的前景。研究表明，它能够降解与肿瘤生长和存活通路相关的蛋白质。通过选择性降解这些蛋白质，研究人员旨在抑制癌细胞增殖并诱导细胞凋亡。在小鼠模型中，PROTAC 通常通过腹腔注射 (ip) 或静脉注射 (iv) 给药，剂量为 10-50 mg/kg，每日一次 (QD) 或隔日一次 (QOD)，持续 7-14 天。疗效通过蛋白质印迹法定量组织中靶蛋白的降解以及评估功能性结果（例如，异种移植模型中的肿瘤生长抑制）来衡量。
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| 酶活实验 |
PROTAC FKBP Degrader-3 诱导 FKBP 和 VHL 形成三元复合物的能力可通过生化 α 检测（放大发光邻近均相检测）进行评估。将重组 His 标签 FKBP12、生物素标记的 VHL 和不同浓度的 PROTAC（0.001-10 uM）混合于检测缓冲液（50 mM HEPES，pH 7.5，150 mM NaCl，0.1% BSA，0.05% Tween-20）中。加入 AlphaScreen 镍螯合物受体磁珠（用于捕获 His 标签 FKBP12）和链霉亲和素供体磁珠（用于捕获生物素标记的 VHL）。如果 PROTAC 使 FKBP12 和 VHL 彼此靠近（200 nm 以内），则用 680 nm 的光激发供体微珠会产生单线态氧，从而触发受体微珠在 520-620 nm 处发射光。使用酶标仪测量信号。计算三元复合物形成的 EC50 值。使用基于细胞的降解实验评估体外 FKBP 降解的效力。将细胞（例如 HeLa、HEK-293）用 PROTAC 处理 4-24 小时，裂解细胞，并通过蛋白质印迹法检测 FKBP12 的水平。计算 DC50 值。进行过量 FKBP 配体（例如 FK506 或 AP1867）的拯救实验，以确认降解是通过 FKBP 结合位点介导的。使用阴性对照 PROTAC（带有失活的 E3 连接酶配体或乱序连接子）来验证特异性。
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| 细胞实验 |
PROTAC FKBP Degrader-3 在基于细胞的降解实验中进行了测试，所用细胞系包括多种细胞系（例如 HeLa、HEK-293T 或高表达 FKBP12 的癌细胞系）。将细胞以每孔 2-5×10⁵ 个细胞的密度接种于 6 孔或 12 孔板中，培养基为含 10% FBS 的 DMEM 或 RPMI-1640。过夜贴壁后，更换新鲜培养基，并加入不同浓度的 PROTAC FKBP Degrader-3（通常为 0.0001-10 μM，3 倍系列稀释，用 DMSO 配制，最终 DMSO 浓度 ≤0.1%）。对照孔仅加入 DMSO。将培养板置于 37℃ 孵育 4-24 小时。处理后，收集细胞，用冰冷的 PBS 洗涤，并在含有蛋白酶抑制剂混合物的 RIPA 裂解缓冲液中裂解细胞。采用 BCA 法定量蛋白质浓度。取等量蛋白质（20-30 μg）进行 SDS-PAGE 电泳分离，转移至 PVDF 膜，并用抗 FKBP12 抗体（以及内参，例如 β-肌动蛋白或 GAPDH）进行免疫印迹分析。使用图像分析软件定量 FKBP12 条带的强度，并以内参进行标准化，结果以 DMSO 对照组的百分比表示。通过拟合剂量反应曲线计算 DC50 值。为评估降解动力学，进行时间进程实验（用固定浓度的 PROTAC，例如 100 nM 处理细胞，分别在 0、1、2、4、8 和 24 小时收集细胞）。为验证蛋白酶体依赖性，将细胞与蛋白酶体抑制剂（例如 MG-132，10 μM）共同处理，该抑制剂应能阻断降解。为了确认 VHL 依赖性，使用 CRISPR 介导的 VHL 敲除细胞；降解应该消失。
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| 动物实验 |
PROTAC FKBP Degrader-3 的体内疗效在小鼠模型中进行了评估。典型的实验中，将 5-10×10⁶ 个表达 FKBP 的癌细胞（例如 HeLa 或其他 FKBP 依赖性细胞系）悬浮于 100 μL PBS 与 Matrigel 1:1 混合液中，皮下注射到 6-8 周龄的雌性 BALB/c 裸鼠体内。当肿瘤体积达到约 100-200 mm³ 时，将小鼠随机分为治疗组（每组 n=8-10）。PROTAC FKBP Degrader-3 配制成合适的溶剂（例如 10% DMSO、40% PEG300、5% Tween 80、45% 生理盐水；或 0.5% 甲基纤维素），并以 10-50 mg/kg 的剂量进行腹腔注射 (ip) 或静脉注射 (iv)。对照组仅注射溶剂。阳性对照组可接受FKBP小分子抑制剂或非降解配体。PROTAC每日一次（QD）或隔日一次（QOD）给药，持续14-21天。每2-3天用游标卡尺测量肿瘤体积，并记录体重。采集血样进行药代动力学分析（采用LC-MS/MS法测定PROTAC的血浆浓度）。研究结束时，处死小鼠，切除肿瘤，称重并进行后续处理。通过Western blot分析肿瘤裂解液，以确认FKBP12在体外的降解。肿瘤切片进行H&E染色，并检测Ki-67（增殖）和cleaved caspase-3（凋亡）。在铁过载研究中，向小鼠给药PROTAC，并测量血清铁调素水平和组织铁水平。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
PROTAC FKBP Degrader-3 的药代动力学 (PK) 特性已在啮齿动物中进行评估。该化合物分子量较大 (1295.54)，通常导致口服生物利用度较低 (可能 <10-20%)。静脉注射 (iv) 后，半衰期中等 (通常为 2-6 小时)。腹腔注射 (ip) 后，该化合物被吸收，并在 0.5-2 小时内达到血药浓度峰值 (Cmax)。分布容积 (Vd) 中等，提示存在一定的组织分布。清除率 (CL) 中等，主要通过肝脏代谢。PROTAC 可能通过 CYP450 酶代谢。其药代动力学可能受连接基团组成和两个配体基团的理化性质的影响。详细的药代动力学参数（t1/2、Cmax、AUC、CL、Vd）可参见文献。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
PROTAC FKBP Degrader-3 的临床前毒性数据有限。在小鼠异种移植研究中，该化合物在 50 mg/kg（腹腔注射）剂量下持续 14 天的耐受性良好，未观察到明显的体重减轻或明显的毒性症状。然而，高浓度的 PROTAC 可能表现出“钩状效应”，即由于三元复合物的饱和，高浓度下降解速率降低，这可能会影响治疗窗口。鉴于 FKBP12 在多种细胞过程中发挥作用，包括钙调磷酸酶抑制（免疫抑制），FKBP12 的降解可能导致靶向毒性。然而，研究表明 PROTAC 介导的降解可以上调铁调素，而不会产生免疫抑制作用。临床开发需要进行长期毒性研究。连接子和 E3 连接酶配体 (VHL) 无毒。实验室操作时，应采取标准预防措施。仅供研究使用。请以固体形式储存于-20℃干燥避光处。避免反复冻融。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
PROTAC FKBP Degrader-3 是一种研究级 PROTAC 分子，可特异性降解 FK506 结合蛋白 (FKBP)。它尚未获准用于临床。FKBP12 是一种肽基脯氨酰顺反异构酶，可与免疫抑制剂 FK506（他克莫司）和雷帕霉素（西罗莫司）结合，并参与蛋白质折叠、钙调磷酸酶信号传导和 mTOR 信号传导。该 PROTAC 用于研究 FKBP12 降解对多种生物过程的影响，包括铁代谢、BMP 信号传导和癌症。该化合物是靶点验证和探索 FKBP 降解治疗潜力的重要工具。PROTAC 技术已成为一种新型的致病蛋白清除疗法。该 PROTAC 由 FKBP 配体（源自 FK506 或 AP1867）、PEG 基连接子和 VHL 配体组成。连接基团的确切结构属于专有信息，但其设计目的是为了促进三元复合物的形成。该化合物可从化学品供应商处购买，仅供研究用途。
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| 分子式 |
C68H90N6O17S
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|---|---|
| 分子量 |
1295.53721857071
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| 精确质量 |
1294.608
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| CAS号 |
2079056-43-0
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| PubChem CID |
154805961
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| 外观&性状 |
Off-white to light yellow solid powder
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| LogP |
7.7
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| tPSA |
299
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| 氢键供体(HBD)数目 |
4
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| 氢键受体(HBA)数目 |
19
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| 可旋转键数目(RBC) |
36
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| 重原子数目 |
92
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| 分子复杂度/Complexity |
2250
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| 定义原子立体中心数目 |
6
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| SMILES |
S1C=NC(C)=C1C1C=CC(=CC=1)CNC([C@@H]1C[C@H](CN1C([C@H](C(C)(C)C)NC(COCCOCCOCCNC(COC1=CC=CC(=C1)C(CCC1C=CC(=C(C=1)OC)OC)OC([C@@H]1CCCCN1C([C@H](C1C=C(C(=C(C=1)OC)OC)OC)CC)=O)=O)=O)=O)=O)O)=O
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| InChi Key |
CCQROXFLIRBPGZ-UKYCKITISA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C68H90N6O17S/c1-11-51(48-35-57(84-8)61(86-10)58(36-48)85-9)65(79)73-27-13-12-17-52(73)67(81)91-54(24-20-44-21-25-55(82-6)56(33-44)83-7)47-15-14-16-50(34-47)90-41-59(76)69-26-28-87-29-30-88-31-32-89-40-60(77)72-63(68(3,4)5)66(80)74-39-49(75)37-53(74)64(78)70-38-45-18-22-46(23-19-45)62-43(2)71-42-92-62/h14-16,18-19,21-23,25,33-36,42,49,51-54,63,75H,11-13,17,20,24,26-32,37-41H2,1-10H3,(H,69,76)(H,70,78)(H,72,77)/t49-,51+,52+,53+,54-,63-/m1/s1
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| 化学名 |
[(1R)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-[3-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-2-oxoethoxy]ethoxy]ethoxy]ethylamino]-2-oxoethoxy]phenyl]propyl] (2S)-1-[(2S)-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)butanoyl]piperidine-2-carboxylate
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| 别名 |
PROTAC FKBP Degrader3; PROTAC FKBP Degrader 3
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~25 mg/mL (~19.30 mM)
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| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 5 mg/mL (3.86 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 50.0mg/mL澄清的DMSO储备液加入到900μL 20％SBE-β-CD生理盐水中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (1.93 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (1.93 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 0.7719 mL | 3.8594 mL | 7.7188 mL | |
| 5 mM | 0.1544 mL | 0.7719 mL | 1.5438 mL | |
| 10 mM | 0.0772 mL | 0.3859 mL | 0.7719 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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