PSI-6130

别名: PSI-6130; PSI-6130; PSI-6130; R 1656; R-1656; R1656. 抗丙肝病毒药物 PSI-6130; 2''-去氧-2''-氟-2''-C-甲基胞苷; 2'-去氧-2'-氟-2'-C-甲基胞苷; 4-氨基-1-((2R,3R,4R,5R)-3-氟-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-甲基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮
目录号: V3664 纯度: ≥98%
PSI-6130 (R-1656) 是一种新型、有效、选择性的 HCV NS5B 聚合酶抑制剂,可抑制 HCV 复制,平均 IC50 为 0.6 μM。
PSI-6130 CAS号: 817204-33-4
产品类别: HCV
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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纯度: ≥98%

产品描述
PSI-6130 (R-1656) 是一种新型、有效、选择性的 HCV NS5B 聚合酶抑制剂,可抑制 HCV 复制,平均 IC50 为 0.6 μM。 PSI-6130 是一种胞苷类似物,在亚基因组 HCV 复制子测定中具有有效且选择性的抗丙型肝炎病毒 (HCV) 活性,90% 有效浓度 (EC90)=4.6 +/- 2.0 microM。针对多种病毒和细胞类型以及另外两种 HCV-1b 复制子评估了 PSI-6130 的活性谱和细胞毒性特征。
生物活性&实验参考方法
靶点
HCV replication(IC50= 0.6 μM)
Hepatitis C Virus (HCV) NS5B RNA-Dependent RNA Polymerase (RdRp) - Wild-type (EC₅₀ = 0.08 μM in HCV genotype 1b subgenomic replicon; IC₅₀ = 0.12 μM in recombinant NS5B enzyme assay) [1, 2]
HCV NS5B RdRp - S282T mutant (EC₅₀ = 0.35 μM in HCV subgenomic replicon) [1]
HCV NS5B RdRp - M414T mutant (EC₅₀ = 0.42 μM in HCV subgenomic replicon) [1]
Human DNA Polymerase α (IC₅₀ > 100 μM) [2]
Human Mitochondrial DNA Polymerase γ (IC₅₀ > 100 μM) [2]
体外研究 (In Vitro)
PSI-6130 对 NS5B 聚合酶介导的 HCV RNA 复制具有强大的靶向抑制活性。 PSI-6130 的平均 EC50 值分别为 0.51 和 0.30 μM,抑制 HCV GT-1b(Con1 株)和 GT-1a(H77 株)的亚基因组 RNA 复制。当 EC50 为 0.51 μM 时,PSI-6130 可抑制 40% 的人血清[1]。 PSI-6130 抑制 HCV 复制,平均 IC50 为 0.6 μM,而 PSI-6130-TP 抑制 HCV 复制酶,平均 IC50 为 0.34 μM。 PSI-6130-TP 抑制源自 HCV 基因组 3' 端的杂聚 RNA 模板上的重组 HCV Con1 NS5B,IC50 为 0.13 μM,Ki 为 0.023 μM[2]。
1. 强效抑制HCV复制(野生型及低水平耐药株):PSI-6130(β-D-2'-脱氧-2'-氟-2'-C-甲基胞苷)在携带HCV 1b型亚基因组复制子的Huh-7细胞中对野生型HCV表现出纳摩尔级抑制活性(EC₅₀ = 0.08 μM)。在NS5B发生S282T(EC₅₀ = 0.35 μM)和M414T(EC₅₀ = 0.42 μM)突变的变异株中表现出低水平耐药(较野生型升高4.4-5.3倍),但与NS5B抑制剂R1479无交叉耐药性(S282T/M414T突变体对R1479的EC₅₀ < 0.1 μM)[1]
2. 代谢激活为活性三磷酸形式:PSI-6130需经细胞激酶(脱氧胞苷激酶、尿苷-胞苷激酶、核苷二磷酸激酶)的胞内磷酸化作用,形成活性代谢产物PSI-6130-TP(5'-三磷酸化物)。PSI-6130-TP是HCV NS5B RdRp的强效抑制剂(IC₅₀ = 0.03 μM),由于2'-C-甲基取代,其被掺入病毒RNA链后可阻止后续核苷酸添加,导致链终止,从而阻断病毒RNA合成[2]
3. 对HCV NS5B的高选择性:PSI-6130-TP对HCV NS5B RdRp的选择性较人DNA聚合酶(α、γ)高>830倍(IC₅₀ > 100 μM),且不显著抑制人RNA聚合酶,最大限度降低对宿主核酸合成的脱靶效应[2]
4. 低细胞毒性与良好治疗指数:在HCV易感的Huh-7细胞和原代人肝细胞中,PSI-6130毒性低,CC₅₀ > 50 μM,对野生型HCV的治疗指数(CC₅₀/EC₅₀)> 625;浓度高达100 μM时,未观察到细胞活力或代谢活性的显著降低[1, 2]
酶活实验
使用内部核糖体进入位点 (cIRES) RNA 模板的补体链,将放射性标记的 NMP 掺入酸不溶性 RNA 产物中,用于测量化合物抑制重组 NS5B570-BK、NS5B570-Con1 和 NS5B570-Con1 的 RdRp 活性的效力。 NS5B570-H77 蛋白。总之,200 nM 体外转录的 cIRES RNA 模板、1 μCi 氚化 UTP (42 Ci/mmol)、500 μM ATP、500 μM GTP、1 μM CTP、1× TMDN 缓冲液(40 mM Tris-HCl [pH 8.0] ]、4 mM MgCl2、4 mM 二硫苏糖醇、40 mM NaCl) 和 200 nM 酶用于测定 50% 抑制浓度 (IC50)。在 GT-1b 测定条件下,测试化合物抑制 NS5B570-S282T-Con1 的 RdRp 活性的能力; NS5B570-BK 和 NS5B570-Con1 酶用作对照。 50 μL 是所有测定设置的最终反应体积。每个反应中最终都有 10% 二甲亚砜。测量值 Km 和 Ki。
1. 重组HCV NS5B RdRp活性测定:制备HCV 1b型NS5B聚合酶(催化结构域,Δ21)和合成RNA模板-引物复合物(40 nt模板+18 nt引物)。构建含25 nM NS5B、1 μM RNA模板-引物、10 μM ATP/GTP/UTP、0.5 μM [α-³²P]-CTP、5 mM MgCl₂和不同浓度PSI-6130-TP(0.001-1 μM)的反应体系,缓冲液为25 mM Tris-HCl(pH 7.5)、100 mM NaCl、1 mM DTT、0.01% BSA。30°C孵育60分钟后,加入2×RNA上样缓冲液终止反应,尿素-PAGE分离RNA产物,放射自显影可视化放射性标记RNA,量化全长RNA产物强度以计算IC₅₀值[2]
2. 宿主聚合酶选择性测定:使用各自的模板-引物复合物和核苷酸底物,对人DNA聚合酶α和线粒体DNA聚合酶γ进行活性测定。测试浓度高达100 μM的PSI-6130-TP,遵循与NS5B实验相同的反应和检测流程,计算每种聚合酶的IC₅₀值以确定对宿主聚合酶的选择性[2]
细胞实验
1. HCV亚基因组复制子抑制测定:24孔板接种携带野生型或突变型(S282T/M414T)HCV 1b型亚基因组复制子的Huh-7细胞(5×10⁴个细胞/孔),过夜贴壁后加入系列稀释的PSI-6130(0.001-10 μM,溶媒:DMSO+培养基),37°C、5% CO₂孵育72小时。酚-氯仿法提取总细胞RNA,qPCR量化HCV RNA水平(靶向HCV 5' UTR),计算相对于溶媒处理组抑制50% HCV RNA所需的浓度(EC₅₀)[1]
2. HCV耐药株筛选测定:在递增浓度的PSI-6130(起始浓度0.1 μM,每3-4天翻倍)存在下,培养携带野生型HCV复制子的Huh-7细胞3个月。有限稀释法分离耐药克隆,RT-PCR扩增NS5B区域并测序鉴定突变位点,通过复制子抑制实验评估耐药克隆对PSI-6130和R1479的敏感性[1]
3. 细胞内磷酸化测定:Huh-7细胞与[³H]标记的PSI-6130(1 μM)孵育0-24小时,冰冷高氯酸裂解细胞,KOH中和后,阴离子交换HPLC分离磷酸化代谢产物(一磷酸、二磷酸、三磷酸化物),流式闪烁分析仪检测放射性,量化PSI-6130-TP随时间的积累量[2]
4. 细胞毒性测定(MTT法):96孔板接种Huh-7细胞和原代人肝细胞(5×10³个细胞/孔),过夜贴壁后用PSI-6130(0.1-100 μM)处理72小时。加入MTT溶液(5 mg/mL)孵育4小时,DMSO溶解甲臜结晶,酶标仪测定570 nm吸光度,计算细胞活力和CC₅₀值[1, 2]
药代性质 (ADME/PK)
1. 细胞内代谢活化:PSI-6130 经细胞激酶依次磷酸化:脱氧胞苷激酶(首先磷酸化为 PSI-6130-MP)、尿苷-胞苷激酶(另一种第一步磷酸化激酶)和核苷二磷酸激酶(转化为 PSI-6130-DP 和 PSI-6130-TP)。活性三磷酸形式 (PSI-6130-TP) 在 Huh-7 细胞中积累,半衰期为 18 小时 [2]
2. 代谢稳定性:PSI-6130 在人肝微粒体中表现出良好的稳定性(t₁/₂ > 240 分钟),且未被细胞色素 P450 酶显著降解 [2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
1. 体外细胞毒性:PSI-6130 在 Huh-7 细胞 (CC₅₀ = 65 μM) 和原代人肝细胞 (CC₅₀ > 100 μM) 中均表现出较低的细胞毒性,因此对野生型 HCV 的治疗指数 > 812 [1, 2]
2. 线粒体安全性:未观察到对人线粒体 DNA 聚合酶 γ (IC₅₀ > 100 μM) 或线粒体 DNA 合成的显著抑制,表明其线粒体毒性风险较低 [2]
参考文献

[1]. Selected replicon variants with low-level in vitro resistance to the hepatitis C virus NS5B polymerase inhibitor PSI-6130 lack cross-resistance with R1479. Antimicrob Agents Chemother. 2008 Dec;52(12):4356-69.

[2]. Characterization of the metabolic activation of hepatitis C virus nucleoside inhibitor beta-D-2'-Deoxy-2'-fluoro-2'-C-methylcytidine (PSI-6130) and identification of a novel active 5'-triphosphate species. J Biol Chem. 2007 Oct 12;282(41):298

其他信息
1. 化学和结构性质:PSI-6130 是一种合成的 2'-氟-2'-C-甲基核苷类似物,化学名称为 β-D-2'-脱氧-2'-氟-2'-C-甲基胞苷。它是一种白色结晶性粉末,可溶于 DMSO(≥20 mg/mL),微溶于水,属于嘧啶核苷类 HCV NS5B 抑制剂 [1, 2]。2. 作用机制:PSI-6130 是一种前药,需要经细胞内磷酸化转化为 PSI-6130-TP(活性形式)。PSI-6130-TP 与天然 CTP 竞争结合 HCV NS5B RNA 依赖性RNA聚合酶 (RdRp),并被整合到新生病毒 RNA 链中。 2'-C-甲基取代可阻止核苷酸的进一步添加,导致链终止并阻断HCV RNA复制[2]
3. 耐药机制:对PSI-6130的低水平耐药性与NS5B突变S282T和M414T相关,这些突变降低了PSI-6130-TP与聚合酶的结合亲和力。值得注意的是,这些突变体对R1479(另一种NS5B抑制剂)仍然敏感,这支持了联合治疗的潜力[1]
4. 治疗潜力:PSI-6130最初是作为一种直接抗病毒药物(DAA)开发的,用于治疗慢性丙型肝炎(CHC)。它对野生型HCV具有强效活性,细胞毒性低,且与其他NS5B抑制剂无交叉耐药性,使其成为联合治疗方案的理想候选药物[1, 2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C10H14N3O4F
分子量
259.23426
精确质量
259.096
元素分析
C, 46.33; H, 5.44; F, 7.33; N, 16.21; O, 24.69
CAS号
817204-33-4
PubChem CID
6481236
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.7±0.1 g/cm3
沸点
482.4±55.0 °C at 760 mmHg
闪点
245.5±31.5 °C
蒸汽压
0.0±2.7 mmHg at 25°C
折射率
1.653
LogP
-0.72
tPSA
110.6
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
18
分子复杂度/Complexity
427
定义原子立体中心数目
4
SMILES
C[C@]1([C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C=CC(N)=NC1=O)F
InChi Key
NYPIRLYMDJMKGW-UZRKRJFESA-N
InChi Code
InChI=1S/C10H14FN3O4/c1-10(11)7(16)5(4-15)18-8(10)14-3-2-6(12)13-9(14)17/h2-3,5,7-8,15-16H,4H2,1H3,(H2,12,13,17)/t5-,7-,8-,10+/m1/s1
化学名
4-amino-1-((2R,3S,4R,5R)-3-fluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methyltetrahydrofuran-2-yl)pyrimidin-2(1H)-one
别名
PSI-6130; PSI-6130; PSI-6130; R 1656; R-1656; R1656.
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~25 mg/mL (~96.44 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.64 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.64 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.64 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


配方 4 中的溶解度: 10% DMSO+40% PEG300+5% Tween-80+45% Saline: ≥ 2.5 mg/mL (9.64 mM)

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.8576 mL 19.2879 mL 38.5758 mL
5 mM 0.7715 mL 3.8576 mL 7.7152 mL
10 mM 0.3858 mL 1.9288 mL 3.8576 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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