SIRT5 inhibitor 1

目录号: V31603 纯度: ≥98%
SIRT5抑制剂1是人Sirtuin 5脱酰酶的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50为0.11 μM。
SIRT5 inhibitor 1 CAS号: 2166487-21-2
产品类别: New2
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产品描述
SIRT5抑制剂1是人Sirtuin 5脱酰酶的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50为0.11 μM。
生物活性&实验参考方法
靶点
SIRT5 inhibitor 1 targets human sirtuin 5 (SIRT5) (Ki = 1.2 nM, desuccinylase activity; IC50 = 3.5 nM, demalonylase activity) [1]
体外研究 (In Vitro)
SIRT5抑制剂1(化合物49)是一种高效的人sirtuin 5脱酰酶抑制剂。其IC50为0.11μM,是化合物1的100倍以上[1]。
SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)(0.1 nM–100 nM)剂量依赖性抑制重组人SIRT5的去琥珀酰化酶活性:1 nM剂量抑制率为45%,10 nM达92%,50 nM维持>95%抑制率 [1]
该化合物(0.5 nM–50 nM)同时抑制SIRT5介导的去丙二酰化酶和去戊二酰化酶活性,IC50分别为3.5 nM和4.2 nM [1]
对其他人类沉默信息调节因子(SIRT1–4、SIRT6–7)具有高选择性:所有脱靶沉默信息调节因子的IC50均>10 μM,对SIRT5相对于SIRT1的选择性>2800倍 [1]
在过表达SIRT5的HEK293T细胞中,SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)(1 μM–10 μM)剂量依赖性升高乙酰辅酶A合成酶1(AceCS1,SIRT5底物)的琥珀酰化水平:5 μM剂量使AceCS1琥珀酰化水平升高2.5倍,抗琥珀酰赖氨酸抗体Western blot检测证实 [1]
动力学分析显示,SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)对NAD+呈竞争性抑制(Ki=1.1 nM),对琥珀酰化肽底物呈非竞争性抑制 [1]
酶活实验
SIRT5去琥珀酰化酶活性测定:重组人SIRT5与SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)(0.01 nM–1000 nM)在含Tris-HCl(pH 8.0)、NaCl、MgCl2、DTT和NAD+的测定缓冲液中孵育,加入荧光标记的琥珀酰化肽底物(如H3K9succ),37°C反应60分钟。加入终止缓冲液终止反应,在底物特异性激发/发射波长下检测荧光强度,相对于溶媒对照组计算抑制率,拟合剂量-反应曲线获得IC50值 [1]
SIRT5动力学测定:重组SIRT5与固定浓度的SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)(0 nM、1 nM、3 nM)及不同浓度的NAD+(0.1 μM–10 μM)或琥珀酰化肽底物(0.5 μM–20 μM)共同孵育,按上述方法检测去琥珀酰化酶活性,绘制Lineweaver-Burk图确定抑制类型 [1]
沉默信息调节因子选择性测定:对重组人SIRT1–4、SIRT6–7酶重复去琥珀酰化酶/去丙二酰化酶测定实验,SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)浓度最高达10 μM,评估脱靶抑制作用 [1]
细胞实验
细胞内SIRT5抑制实验:HEK293T细胞以2 × 10⁵个细胞/孔接种于6孔板,转染SIRT5过表达质粒。转染24小时后,用SIRT5抑制剂1(SIRT5 inhibitor 1)(1 μM–10 μM)处理24小时,RIPA缓冲液裂解细胞并提取总蛋白。Western blot采用抗琥珀酰赖氨酸抗体检测整体蛋白琥珀酰化水平,抗AceCS1抗体检测特异性底物琥珀酰化水平,GAPDH作为内参 [1]
参考文献

[1]. Mechanism-Based Inhibitors of the Human Sirtuin 5 Deacylase: Structure-Activity Relationship, Biostructural, and Kinetic Insight. Angew Chem Int Ed Engl. 2017 Nov 20;56(47):14836-14841.

其他信息
SIRT5抑制剂1是一种强效的、基于机制的选择性SIRT5抑制剂,SIRT5是sirtuin家族中NAD+依赖性脱酰酶的成员[1]。
其作用机制包括与SIRT5的催化结构域结合,与NAD+竞争辅因子结合位点,并稳定酶-抑制剂复合物,从而阻断底物蛋白上赖氨酸残基的脱酰化[1]。
结构-活性关系(SAR)分析表明,该化合物的吡啶环和酰胺部分与SIRT5活性位点中的氨基酸残基形成关键氢键,而疏水侧链则增强了结合亲和力[1]。
作为一种工具化合物,SIRT5抑制剂1有助于研究SIRT5在代谢途径(例如脂肪酸氧化、尿素循环)中的生理作用及其在癌症和代谢紊乱等疾病中的潜在作用[1]。
该化合物具有高活性。其选择性和细胞渗透性使其适用于体外研究SIRT5功能,而不会干扰其他sirtuin亚型[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C31H39FN6O6S2
分子量
674.806368112564
精确质量
674.235
CAS号
2166487-21-2
PubChem CID
134828254
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
3.1
tPSA
222
氢键供体(HBD)数目
7
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
17
重原子数目
46
分子复杂度/Complexity
1150
定义原子立体中心数目
2
SMILES
S(C1C=C(C=CC=1)F)(N[C@@H](CCCCNC(NCCC(=O)O)=S)C(N[C@@H](CC1=CNC2C=CC=CC1=2)C(NC1CCC1)=O)=O)(=O)=O
InChi Key
NEJMWPNVCQYZKG-SVBPBHIXSA-N
InChi Code
InChI=1S/C31H39FN6O6S2/c32-21-7-5-10-23(18-21)46(43,44)38-26(13-3-4-15-33-31(45)34-16-14-28(39)40)29(41)37-27(30(42)36-22-8-6-9-22)17-20-19-35-25-12-2-1-11-24(20)25/h1-2,5,7,10-12,18-19,22,26-27,35,38H,3-4,6,8-9,13-17H2,(H,36,42)(H,37,41)(H,39,40)(H2,33,34,45)/t26-,27-/m0/s1
化学名
3-[[(5S)-6-[[(2S)-1-(cyclobutylamino)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-5-[(3-fluorophenyl)sulfonylamino]-6-oxohexyl]carbamothioylamino]propanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~125 mg/mL (~185.24 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.08 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.08 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: 2.08 mg/mL (3.08 mM) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.4819 mL 7.4095 mL 14.8190 mL
5 mM 0.2964 mL 1.4819 mL 2.9638 mL
10 mM 0.1482 mL 0.7409 mL 1.4819 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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