Thiazole Orange

目录号: V33999 纯度: ≥98%
噻唑橙是一种不对称花青素染料,可以与寡核苷酸 (ON) 偶联以制备荧光杂交探针。
Thiazole Orange CAS号: 107091-89-4
产品类别: New2
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产品描述
噻唑橙是一种不对称花青素染料,可与寡核苷酸 (ON) 偶联制备荧光杂交探针。噻唑橙可用于网织红细胞分析。
噻唑橙是一种不对称花青素染料,因其可在 488 nm 处激发,而开发用于荧光激活细胞计数法 (FACS) 的网织红细胞分析。它是一种荧光染料,由于其次甲基桥的旋转受限,使其保持平面构象,因此与核酸(RNA 或 DNA)结合后会发出强烈的荧光。它的设计基于硫黄素 T 的结构,并添加了额外的发色团以将其吸收最大值移至 488 nm。除了流式细胞术外,它还被用作琼脂糖凝胶中 DNA 的染色剂,被认为是一种比溴化乙锭更安全、对 DNA 损伤更小的替代品。 [1]噻唑橙可与寡核苷酸偶联,用于构建核酸检测的荧光杂交探针。这些探针的性质取决于连接基团的长度、在核苷酸上的连接位置(大沟或小沟)以及与噻唑橙部分的连接方式(通过苯并噻唑或喹啉)。[2]
生物活性&实验参考方法
靶点
RNA (binds to residual RNA in reticulocytes)
DNA (binds to DNA, also used as a probe) [1]
DNA and RNA targets (when conjugated to oligonucleotide probes) [2]
DNA (when used as a gel staining agent) [3]
体外研究 (In Vitro)
噻唑橙(化合物 6)与 RNA 结合后,荧光强度增强数千倍。其与 RNA 的消光系数 (ε) 为 3.8 × 10⁴ M⁻¹cm⁻¹,量子产率 (Φ) 为 0.2,由此得出“亮度”(Φ•ε) 约为 8000。加入 RNA 后,荧光强度增强了 3000 倍。[1]噻唑橙表现出核酸结合位点的饱和特性,这是强结合嵌入染料的典型特征。RNA 的饱和度为 1:10 碱基对,DNA 的饱和度为 1:2 碱基对。 [1]
当与寡核苷酸探针(2'-OMe-(ORN3)AE-TO_Q6)偶联时,噻唑橙对DNA靶标的荧光强度增强高达44倍(F_ds/F_ss)。例如,2'-OMe-(ORN3)AE-TO_Q6的F_ds/F_ss值分别为33.9(积分波长510-650 nm)或43.9(积分波长510-555 nm)。AE-TO_Q6在2'-OMe-(ORN3)中对DNA靶标的荧光量子产率为0.318,在2'-OMe-(ORN1)中为0.580。单链2'-OMe RNA TO-寡核苷酸的背景荧光较低(Φ = 0.013-0.022)。 [2]噻唑橙可用于检测琼脂糖凝胶中的DNA,检测限约为1-2 ng/泳道,与溴化乙锭和一种常见的蓝光可检测商业染料相当。[3]
酶活实验
采用噻唑橙对RNA和DNA进行荧光滴定。RNA浓度为1.86 × 10⁻⁵ M碱基对,DNA浓度为3.25 × 10⁻⁶ M碱基对。激发波长和发射波长分别为510 nm和530 nm。荧光单位为任意值。RNA的饱和染料与碱基对的比例为1:10时达到饱和,DNA的饱和染料与碱基对的比例为1:2时达到饱和。[1] 进行紫外熔解实验,测定噻唑橙标记的寡核苷酸(ODN和2'-OMe ORN)与互补DNA或RNA靶标的双链稳定性(Tm)。样品在pH 7.0的含10 mM磷酸盐和200 mM NaCl的缓冲液中进行测量。用于Tm研究的DNA浓度为探针3.0 μM,靶链3.3 μM。Tm值为4的平均值。
细胞实验
采用流式细胞术分析噻唑橙染色的全血。将5 μL全血加入1 mL稀释的噻唑橙染料溶液(3 × 10⁻⁷ M,溶于含0.002 M EDTA和0.02%叠氮化钠的磷酸盐缓冲液中),室温孵育1小时。使用未染色对照(不含染料的缓冲液中的血液)。以每秒500至1000个细胞的流速收集至少10,000个细胞。使用氩离子激光器(488 nm,200 mW)激发后,采用530/30 nm带通干涉滤光片测量荧光强度。利用未染色对照直方图,将标记集右侧的事件识别为网织红细胞。通过前向散射光与荧光强度的设门排除白细胞。 [1] 在pH 7.0、含有10 mM磷酸盐和200 mM NaCl的缓冲液中,于20°C下对噻唑橙修饰的寡核苷酸(ODN)(0.25 μM探针,0.28 μM靶标)进行荧光发射光谱分析。激发波长为484 nm,发射波长为510 nm(狭缝宽度7 nm)。F_ds/F_ss比值基于积分荧光强度(510-650 nm)计算。[2] 为进行细胞膜通透性测试,将人外周血单核细胞悬液(10 μL,2×10⁷个细胞/mL)与染料的磷酸盐缓冲液溶液(10 μL,10⁻⁵ M)混合。在光学显微镜下观察湿片,并检测荧光。噻唑橙被证实具有膜渗透性,因为所有细胞都发出荧光。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
噻唑橙的致突变性低于溴化乙锭(在 Ames 试验中致突变性低 3-4 倍),通常可以与普通化学废料一起处理。它被认为具有良好的安全性。[3]
参考文献

[1]. Thiazole Orange: A New Dye for Reticulocyte Analysis. cytometry 7:508-517 (1986).

[2]. Design of thiazole orange oligonucleotide probes for detection of DNA and RNA by fluorescence and duplex melting. Org Biomol Chem. 2019 Jun 28; 17(24): 5943–5950.

[3]. DNA Electrophoresis Using Thiazole Orange Instead of Ethidium Bromide or Alternative Dyes. J Vis Exp. 2019 Mar 31;(145).

其他信息
噻唑橙是一种花菁染料,由噻唑橙阳离子[1-甲基-4-[(3-甲基-1,3-苯并噻唑-2(3H)-亚基)甲基]喹啉鎓]和对甲苯磺酸根阴离子组成。它是一种荧光染料。它含有噻唑橙阳离子。
噻唑橙带正电荷;在琼脂糖凝胶电泳中,它会与DNA的迁移方向相反。对于在凝胶中游离较远的样品,染料可能会与较小的DNA片段分离,导致染色较弱;在这种情况下,建议进行电泳后染色。[3]
噻唑橙可以用紫外光(可直接替代溴化乙锭)或蓝光(例如470 nm或488 nm)激发,以防止DNA损伤。蓝光不会造成皮肤损伤或DNA损伤,但强烈的蓝光仍然可能对眼睛有害;应使用琥珀色发射滤光片(~560 nm 长通)进行可视化。[3]
噻唑橙最初被命名并评估为网织红细胞染料(表 1 中的化合物 6)。在多个血液样本中,与使用新亚甲蓝手动测定网织红细胞百分比相比,噻唑橙的相关系数为 0.97。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C19H17N2S+.C7H7O3S-
分子量
476.61036
精确质量
476.122
CAS号
107091-89-4
PubChem CID
6438345
外观&性状
Pink to red solid powder
熔点
270ºC (dec.)(lit.)
LogP
5.307
tPSA
102.63
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
1
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
628
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CC1=CC=C(C=C1)S(=O)(=O)[O-].CN\1C2=CC=CC=C2S/C1=C\C3=CC=[N+](C4=CC=CC=C34)C
InChi Key
ACOJCCLIDPZYJC-UHFFFAOYSA-M
InChi Code
InChI=1S/C19H17N2S.C7H8O3S/c1-20-12-11-14(15-7-3-4-8-16(15)20)13-19-21(2)17-9-5-6-10-18(17)22-19;1-6-2-4-7(5-3-6)11(8,9)10/h3-13H,1-2H3;2-5H,1H3,(H,8,9,10)/q+1;/p-1
化学名
4-methylbenzenesulfonate;(2Z)-3-methyl-2-[(1-methylquinolin-1-ium-4-yl)methylidene]-1,3-benzothiazole
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
MEOH : 25 mg/mL (~52.45 mM)
DMSO : ~25 mg/mL (~52.45 mM)
H2O : < 0.1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (2.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 12.5 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;再向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (2.62 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 12.5 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0982 mL 10.4908 mL 20.9815 mL
5 mM 0.4196 mL 2.0982 mL 4.1963 mL
10 mM 0.2098 mL 1.0491 mL 2.0982 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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