VY-3-135

别名: VY3-135VY3135 VY-3135VY 3135 VY-3-135 VY 3-135 1-乙基-2-(羟基二苯甲基)-N-[(2R)-2-羟基丙基]-1H-苯并咪唑-6-甲酰胺
目录号: V3929 纯度: ≥98%
VY3-135 (VY-3135; VY3135) 是一种新型有效的 ACSS2(乙酰辅酶A 合成酶 2)抑制剂 (IC50 = 44 nM),具有抗肿瘤作用。
VY-3-135 CAS号: 1824637-41-3
产品类别: ACSS2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
VY3-135 (VY-3135; VY3135) 是一种新型有效的 ACSS2(乙酰辅酶A 合成酶 2)抑制剂 (IC50 = 44 nM),具有抗肿瘤作用。乙酰辅酶A是一种极其重要且用途广泛的代谢物,用于许多细胞过程,包括脂肪酸合成、ATP产生和蛋白质乙酰化。最近的研究表明,癌细胞会上调乙酰辅酶A合成酶2(ACSS2),这是一种将乙酸盐转化为乙酰辅酶A的酶,以应对营养利用率低和缺氧等压力。应激的癌细胞利用 ACSS2 作为利用醋酸盐作为替代营养源的手段。肿瘤中 ACSS2 的基因缺失可抑制多种癌症的生长。然而,目前还没有关于使用 ACSS2 抑制剂来阻止肿瘤生长的研究。
生物活性&实验参考方法
靶点
In ACSS2high Brpkp110 and ACSS2low A7C11 cells, VY-3-135 (0.1, 1 μM; for 24 hours) facilitates the relay labeling of qatar by 13C2-linkers [1].
体外研究 (In Vitro)
在 ACSS2high Brpkp110 和 ACSS2low A7C11 细胞中,VY-3-135(0.1、1 μM;持续 24 小时)促进 13C2 连接子对 qatar 的中继标记 [1]。
VY-3-135 在生化实验中能有效抑制ACSS2活性,IC50为44 ± 3.85 nM。它对重组人源ACSS1或ACSS3无抑制活性。
在乳腺癌细胞系(SKBr3、BT474、MDA-MB-468)中,VY-3-135 能完全阻断由13C2-乙酸依赖的脂肪酸合成(通过棕榈酸标记测定),尤其是在缺氧和低血清(H1)应激条件下。
它还能阻断13C2-乙酸掺入胞质代谢物UDP-N-乙酰葡糖胺(UDP-GlcNAc)。
VY-3-135(10 µM)处理在H1条件下培养的BT474和SKBr3细胞72小时,可引起适度的生长抑制。
它不降低柠檬酸盐的13C2-乙酸标记,表明对线粒体ACSS1无脱靶效应。
分子对接模拟预测VY-3-135 作为过渡态类似物发挥作用,占据乙酰辅酶A合成酶的乙酰-AMP和部分CoA结合位点。
蛋白质印迹显示VY-3-135 不影响ACSS1蛋白水平。[1]
体内研究 (In Vivo)
MDA-MB-468 (ACSS2high) 肿瘤生长被 VY-3-135(100 mg/kg/天;侧壁 30 天)抑制,而 WHIM12 (ACSS2low) 泡沫中的肿瘤生长基本上不受影响 [1]。
在小鼠三阴性乳腺癌(TNBC)模型中,VY-3-135(100 mg/kg,每日腹腔注射)能显著抑制ACSS2高表达的Brpkp110肿瘤的生长,但对ACSS2低表达的A7C11肿瘤效果甚微。
在人类肿瘤异种移植模型中,VY-3-135(100 mg/kg,每日口服或腹腔注射)能抑制ACSS2高表达肿瘤(MDA-MB-468和BT474)的生长,但对ACSS2低表达的WHIM12肿瘤无效。值得注意的是,VY-3-135 治疗在两周内完全阻止了BT474肿瘤的生长,其中一例肿瘤完全消退。
在荷瘤小鼠中进行的稳定同位素示踪研究表明,VY-3-135 治疗能显著降低肿瘤中棕榈酸和UDP-GlcNAc的乙酸依赖性标记,证实了其在体内对ACSS2活性的靶向抑制。
未观察到肿瘤中柠檬酸盐的乙酸标记受到影响,证实了其对ACSS2而非ACSS1的特异性。
VY-3-135 治疗小鼠肿瘤的QuantSeq 3' mRNA测序显示,对基因转录的影响极小,在FDR<5%水平上没有通路发生显著改变。
肿瘤的免疫组织化学染色显示,VY-3-135 治疗组的Ki67染色减少,表明增殖降低。[1]
酶活实验
使用TranScreener TRF AMP/GMP检测法测量ACSS2酶活性。将重组ACSS2在测定缓冲液(含有HEPES、NaCl、MgCl2、乙酸钠、DTT和去污剂)中与ATP和CoA一起孵育。反应进行120分钟。通过添加铽标记的AMP抗体和AMP示踪剂,然后测量HTRF信号来检测AMP的生成。测试化合物在DMSO中连续稀释后加入反应体系。数据相对于不含酶的对照和含DMSO的对照的抑制百分比进行归一化。
使用乙酸或丙酸作为底物,对ACSS1和ACSS3进行了类似测定,以评估抑制剂的特异性。[1]
细胞实验
对于稳定同位素示踪,细胞在常氧或缺氧(1% O2)条件下,在添加了均匀标记的13C2-乙酸的血清样改良Eagle培养基(SMEM)中培养24小时。对于脂肪酸分析,清洗细胞,用甲醇提取脂质。用甲醇中的氢氧化钾皂化脂肪酸,用己烷萃取,并通过LC-MS分析以确定13C富集度。
对于极性代谢物分析(如UDP-GlcNAc),用甲醇/乙腈/水混合物提取细胞,提取物通过LC-MS分析。
细胞生长实验通过在应激条件(缺氧、低血清)下,在有或无VY-3-135 的情况下接种细胞进行。在72小时内评估细胞数量。
使用蛋白质印迹法分析蛋白表达。裂解细胞,通过SDS-PAGE分离蛋白,转膜,并用特异性抗体进行检测。
进行核分级分离以评估ACSS2的定位。裂解细胞,分离细胞核并进一步分级为可溶性和染色质结合部分,然后通过蛋白质印迹法进行分析。[1]
动物实验
在肿瘤异种移植研究中,将癌细胞悬浮于PBS:Matrigel混合物中,并皮下注射到免疫缺陷(NSG)小鼠体内。肿瘤形成后,将小鼠随机分为治疗组。
VY-3-135溶解于含有10% DMSO、20% Solutol和70%水(含0.5% Tween20)的溶剂中。每日通过腹腔注射(IP)或灌胃(PO)给药,剂量均为100 mg/kg。对照组小鼠仅接受溶剂。
定期使用游标卡尺测量肿瘤大小并计算体积。在实验终点,收集肿瘤组织进行进一步分析(例如代谢组学、免疫组织化学)。
对于体内稳定同位素示踪,荷瘤小鼠在饮用水中添加2%的重标记乙酸盐(D3-或13C2-乙酸盐)两天,并在处死前90分钟腹腔注射重标记乙酸盐。随后收集肿瘤组织并进行液相色谱-质谱(LC-MS)分析。[1]
药代性质 (ADME/PK)
VY-3-135 在 PBS 缓冲液中的水溶性测定结果为 21.7 µM。微粒体稳定性试验表明,与相关化合物 VY-3-249 相比,VY-3-135 在小鼠和人肝微粒体中均具有更优异的稳定性。CD-1 小鼠的药代动力学分析显示,VY-3-135 经灌胃(30 mg/kg)、腹腔注射(10 mg/kg)或静脉注射(2 mg/kg)后均被完全吸收,表明其具有良好的暴露量和药代动力学特征。具体的药代动力学参数(Cmax、Tmax、AUC、t1/2)已计算得出,但未在正文中列出。[1]
参考文献

[1]. Targeting ACSS2 with a Transition-State Mimetic Inhibits Triple-Negative Breast Cancer Growth. Cancer Res. 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.

其他信息
VY-3-135 是一种 ACSS2 小分子抑制剂,ACSS2 是一种将乙酸盐转化为乙酰辅酶 A 的酶。癌细胞,尤其是在缺氧和营养匮乏等代谢压力下,会高表达 ACSS2 以利用乙酸盐作为替代营养来源。该抑制剂被认为可以作为过渡态模拟物发挥作用,阻断 ACSS2 与乙酰 AMP 和辅酶 A 的结合位点。肿瘤中 ACSS2 高表达(ACSS2-high)与对 VY-3-135 的敏感性相关,提示其可能成为患者筛选的生物标志物。该研究提出,抑制 ACSS2 代表了一种治疗乙酸盐依赖性癌症的新型治疗策略,并建议使用 11C-乙酸盐 PET 成像来识别具有乙酸盐亲和性肿瘤的患者。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H27N3O3
分子量
429.51
精确质量
429.205
元素分析
C, 72.71; H, 6.34; N, 9.78; O, 11.17
CAS号
1824637-41-3
PubChem CID
92131155
外观&性状
White to light yellow solid powder
LogP
3.1
tPSA
87.4
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
599
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CCN1C2=C(C=CC(=C2)C(=O)NC[C@@H](C)O)N=C1C(C3=CC=CC=C3)(C4=CC=CC=C4)O
InChi Key
KTPYOTKTDCLZHR-GOSISDBHSA-N
InChi Code
InChI=1S/C26H27N3O3/c1-3-29-23-16-19(24(31)27-17-18(2)30)14-15-22(23)28-25(29)26(32,20-10-6-4-7-11-20)21-12-8-5-9-13-21/h4-16,18,30,32H,3,17H2,1-2H3,(H,27,31)/t18-/m1/s1
化学名
3-ethyl-2-[hydroxy(diphenyl)methyl]-N-[(2R)-2-hydroxypropyl]benzimidazole-5-carboxamide
别名
VY3-135VY3135 VY-3135VY 3135 VY-3-135 VY 3-135
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~116.41 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3282 mL 11.6412 mL 23.2823 mL
5 mM 0.4656 mL 2.3282 mL 4.6565 mL
10 mM 0.2328 mL 1.1641 mL 2.3282 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • VY-3-135 is a potent, stable ACSS2 inhibitor with good bioavailability. (A) Schematic of the forward reaction catalyzed by ACSS2. (B-C) Chemical structures of VY-3-249 and VY-3-135 and IC50 determinations for inhibitors against ACSS1 (blue squares) and ACSS2 (red circles). Data points represent mean (filled shapes) and replicates (empty shapes). (D-E) Mouse and human microsomal stability assay for VY-3-135 and VY-3-249. n = 1. (F) Pharmacokinetic analysis of VY-3-135 by oral gavage, intraperitoneal, and intravenous injection. Data represent mean ± S.D., n = 3 mice/group/time point. Table describes the calculations of pharmacokinetic analysis. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
  • VY-3-135 is a potent inhibitor of ACSS2 in cells. (A) Immunoblot for ACSS2, EGFR, HER2 expression in a panel of human breast cancer cell lines. GAPDH is the loading control for ACSS2 and EGFR. ACTB is the loading control for HER2. (B) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate in the intracellular palmitate pool in SKBr3 cells treated with vehicle or VY-3-135 and cultured in normoxia and SMEM+10% serum (N10) or hypoxia and SMEM+1% serum (H1) over a 24 hr period. Data represent mean ± S.D., n = 3. (C) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate into palmitate in BT474 cells cultured in H1 conditions over a 24 hr period using a 10-fold dilution series of VY-3-135. Data represent mean ± S.D., n = 3. (D) Growth of BT474 and SKBr3 cells in 10 μM VY-3-135 for 72 hours in H1 culture conditions supplemented with 200 μM sodium acetate. Data are mean ± S.D. n = 2 performed in triplicate. p values are student t tests. (E) Enrichment of 13C2-acetate into the intracellular citrate pool. Experimental parameters were identical to panel C. For all metabolomic data adjusted p values are reported on the graphs. p values were generated by 2-way ANOVA with Tukey’s multiple comparisons testing of mole percent enrichment of carbon-13 was used. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
  • Knockout or VY-3-135 inhibition of ACSS2 inhibits tumor growth. (A) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate into palmitate in A7C11 and Brpkp110 cells cultured in N10 and H1 conditions over a 24 hr period in the presence and absence of VY-3-135. Data represent mean ± S.D., n = 3. Adjusted p values are reported on the graph. 2-way ANOVA Tukey’s multiple comparisons testing of mole percent enrichment of carbon-13. (B) Immunoblot for ACSS2 in A7C11 and Brpkp110 pools after CRISPR-Cas9 targeting of Acss2. Lysates were prepared from cells grown in N10 or H1 over a 24 hr period. sgNTC = single guide RNA against non-targeting control. sgACSS2 = single guide RNA against Acss2. (C) CRISPR-Cas9 knockout of Acss2 in A7C11 cells has a modest effect on tumor growth. Data represent mean ± standard error of the means (S.E.M.) with ANOVA p value displayed, n = 5. (D) CRISPR-Cas9 knockout of Acss2 in Brpkp110 cells causes a significant decrease in tumor growth. Data represent mean ± S.E.M. with ANOVA p value displayed, n = 5. (E) VY-3-135 treatment (100 mpk daily IP) causes a significant decrease in Brpkp110 tumor growth. Data represent mean ± S.E.M. with ANOVA p value displayed, n = 5. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
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