VY-3-135

别名: VY3-135VY3135 VY-3135VY 3135 VY-3-135 VY 3-135 1-乙基-2-(羟基二苯甲基)-N-[(2R)-2-羟基丙基]-1H-苯并咪唑-6-甲酰胺
目录号: V3929 纯度: ≥98%
VY3-135 (VY-3135; VY3135) 是一种新型有效的 ACSS2(乙酰辅酶A 合成酶 2)抑制剂 (IC50 = 44 nM),具有抗肿瘤作用。
VY-3-135 CAS号: 1824637-41-3
产品类别: ACSS2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
VY3-135 (VY-3135; VY3135) 是一种新型有效的 ACSS2(乙酰辅酶A 合成酶 2)抑制剂 (IC50 = 44 nM),具有抗肿瘤作用。乙酰辅酶A是一种极其重要且用途广泛的代谢物,用于许多细胞过程,包括脂肪酸合成、ATP产生和蛋白质乙酰化。最近的研究表明,癌细胞会上调乙酰辅酶A合成酶2(ACSS2),这是一种将乙酸盐转化为乙酰辅酶A的酶,以应对营养利用率低和缺氧等压力。应激的癌细胞利用 ACSS2 作为利用醋酸盐作为替代营养源的手段。肿瘤中 ACSS2 的基因缺失可抑制多种癌症的生长。然而,目前还没有关于使用 ACSS2 抑制剂来阻止肿瘤生长的研究。
生物活性&实验参考方法
靶点
In ACSS2high Brpkp110 and ACSS2low A7C11 cells, VY-3-135 (0.1, 1 μM; for 24 hours) facilitates the relay labeling of qatar by 13C2-linkers [1].
体外研究 (In Vitro)
在 ACSS2high Brpkp110 和 ACSS2low A7C11 细胞中,VY-3-135(0.1、1 μM;持续 24 小时)促进 13C2 连接子对 qatar 的中继标记 [1]。
VY-3-135 在生化实验中能有效抑制ACSS2活性,IC50为44 ± 3.85 nM。它对重组人源ACSS1或ACSS3无抑制活性。
在乳腺癌细胞系(SKBr3、BT474、MDA-MB-468)中,VY-3-135 能完全阻断由13C2-乙酸依赖的脂肪酸合成(通过棕榈酸标记测定),尤其是在缺氧和低血清(H1)应激条件下。
它还能阻断13C2-乙酸掺入胞质代谢物UDP-N-乙酰葡糖胺(UDP-GlcNAc)。
VY-3-135(10 µM)处理在H1条件下培养的BT474和SKBr3细胞72小时,可引起适度的生长抑制。
它不降低柠檬酸盐的13C2-乙酸标记,表明对线粒体ACSS1无脱靶效应。
分子对接模拟预测VY-3-135 作为过渡态类似物发挥作用,占据乙酰辅酶A合成酶的乙酰-AMP和部分CoA结合位点。
蛋白质印迹显示VY-3-135 不影响ACSS1蛋白水平。[1]
体内研究 (In Vivo)
MDA-MB-468 (ACSS2high) 肿瘤生长被 VY-3-135(100 mg/kg/天;侧壁 30 天)抑制,而 WHIM12 (ACSS2low) 泡沫中的肿瘤生长基本上不受影响 [1]。
在小鼠三阴性乳腺癌(TNBC)模型中,VY-3-135(100 mg/kg,每日腹腔注射)能显著抑制ACSS2高表达的Brpkp110肿瘤的生长,但对ACSS2低表达的A7C11肿瘤效果甚微。
在人类肿瘤异种移植模型中,VY-3-135(100 mg/kg,每日口服或腹腔注射)能抑制ACSS2高表达肿瘤(MDA-MB-468和BT474)的生长,但对ACSS2低表达的WHIM12肿瘤无效。值得注意的是,VY-3-135 治疗在两周内完全阻止了BT474肿瘤的生长,其中一例肿瘤完全消退。
在荷瘤小鼠中进行的稳定同位素示踪研究表明,VY-3-135 治疗能显著降低肿瘤中棕榈酸和UDP-GlcNAc的乙酸依赖性标记,证实了其在体内对ACSS2活性的靶向抑制。
未观察到肿瘤中柠檬酸盐的乙酸标记受到影响,证实了其对ACSS2而非ACSS1的特异性。
VY-3-135 治疗小鼠肿瘤的QuantSeq 3' mRNA测序显示,对基因转录的影响极小,在FDR<5%水平上没有通路发生显著改变。
肿瘤的免疫组织化学染色显示,VY-3-135 治疗组的Ki67染色减少,表明增殖降低。[1]
酶活实验
使用TranScreener TRF AMP/GMP检测法测量ACSS2酶活性。将重组ACSS2在测定缓冲液(含有HEPES、NaCl、MgCl2、乙酸钠、DTT和去污剂)中与ATP和CoA一起孵育。反应进行120分钟。通过添加铽标记的AMP抗体和AMP示踪剂,然后测量HTRF信号来检测AMP的生成。测试化合物在DMSO中连续稀释后加入反应体系。数据相对于不含酶的对照和含DMSO的对照的抑制百分比进行归一化。
使用乙酸或丙酸作为底物,对ACSS1和ACSS3进行了类似测定,以评估抑制剂的特异性。[1]
细胞实验
对于稳定同位素示踪,细胞在常氧或缺氧(1% O2)条件下,在添加了均匀标记的13C2-乙酸的血清样改良Eagle培养基(SMEM)中培养24小时。对于脂肪酸分析,清洗细胞,用甲醇提取脂质。用甲醇中的氢氧化钾皂化脂肪酸,用己烷萃取,并通过LC-MS分析以确定13C富集度。
对于极性代谢物分析(如UDP-GlcNAc),用甲醇/乙腈/水混合物提取细胞,提取物通过LC-MS分析。
细胞生长实验通过在应激条件(缺氧、低血清)下,在有或无VY-3-135 的情况下接种细胞进行。在72小时内评估细胞数量。
使用蛋白质印迹法分析蛋白表达。裂解细胞,通过SDS-PAGE分离蛋白,转膜,并用特异性抗体进行检测。
进行核分级分离以评估ACSS2的定位。裂解细胞,分离细胞核并进一步分级为可溶性和染色质结合部分,然后通过蛋白质印迹法进行分析。[1]
动物实验
For tumor xenograft studies, cancer cells were suspended in a PBS:Matrigel mixture and injected subcutaneously into immunodeficient (NSG) mice. After tumor establishment, mice were randomized into treatment groups.
VY-3-135 was dissolved in a vehicle containing 10% DMSO, 20% solutol, and 70% water with 0.5% Tween20. It was administered daily via intraperitoneal (IP) injection at 100 mg/kg or by oral gavage (PO) at 100 mg/kg. Control mice received vehicle alone.
Tumor dimensions were measured regularly with calipers, and volume was calculated. At the endpoint, tumors were harvested for further analysis (e.g., metabolomics, immunohistochemistry).
For stable isotope tracing in vivo, tumor-bearing mice were provided with 2% heavy-labeled acetate (D3- or 13C2-acetate) in drinking water for two days and received an IP bolus of heavy acetate 90 minutes before sacrifice. Tumors were then harvested and processed for LC-MS analysis.[1]
药代性质 (ADME/PK)
The aqueous solubility of VY-3-135 was determined to be 21.7 µM in PBS buffer.
Microsomal stability assays showed that VY-3-135 had superior stability in both mouse and human liver microsomes compared to a related compound VY-3-249.
Pharmacokinetic analysis in CD-1 mice showed that VY-3-135 was completely absorbed following oral gavage (30 mg/kg), intraperitoneal (10 mg/kg), or intravenous (2 mg/kg) administration, demonstrating good exposure and well-behaved pharmacokinetics. Specific PK parameters (Cmax, Tmax, AUC, t1/2) were calculated but not provided in the main text.[1]
参考文献

[1]. Targeting ACSS2 with a Transition-State Mimetic Inhibits Triple-Negative Breast Cancer Growth. Cancer Res. 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.

其他信息
VY-3-135 is a small molecule inhibitor of ACSS2, an enzyme that converts acetate to acetyl-CoA. Cancer cells, especially under metabolic stress like hypoxia and low nutrients, upregulate ACSS2 to exploit acetate as an alternative nutrient source.
The inhibitor is proposed to act as a transition state mimetic, blocking the acetyl-AMP and CoA binding sites of ACSS2.
High ACSS2 expression in tumors (ACSS2-high) correlates with sensitivity to VY-3-135, suggesting it could be a biomarker for patient selection.
The study proposes that ACSS2 inhibition represents a novel therapeutic strategy for treating acetate-dependent cancers and suggests that 11C-acetate PET imaging could be used to identify patients with acetate-avid tumors.[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H27N3O3
分子量
429.51
精确质量
429.205
元素分析
C, 72.71; H, 6.34; N, 9.78; O, 11.17
CAS号
1824637-41-3
PubChem CID
92131155
外观&性状
White to light yellow solid powder
LogP
3.1
tPSA
87.4
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
599
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CCN1C2=C(C=CC(=C2)C(=O)NC[C@@H](C)O)N=C1C(C3=CC=CC=C3)(C4=CC=CC=C4)O
InChi Key
KTPYOTKTDCLZHR-GOSISDBHSA-N
InChi Code
InChI=1S/C26H27N3O3/c1-3-29-23-16-19(24(31)27-17-18(2)30)14-15-22(23)28-25(29)26(32,20-10-6-4-7-11-20)21-12-8-5-9-13-21/h4-16,18,30,32H,3,17H2,1-2H3,(H,27,31)/t18-/m1/s1
化学名
3-ethyl-2-[hydroxy(diphenyl)methyl]-N-[(2R)-2-hydroxypropyl]benzimidazole-5-carboxamide
别名
VY3-135VY3135 VY-3135VY 3135 VY-3-135 VY 3-135
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~116.41 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3282 mL 11.6412 mL 23.2823 mL
5 mM 0.4656 mL 2.3282 mL 4.6565 mL
10 mM 0.2328 mL 1.1641 mL 2.3282 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • VY-3-135 is a potent, stable ACSS2 inhibitor with good bioavailability. (A) Schematic of the forward reaction catalyzed by ACSS2. (B-C) Chemical structures of VY-3-249 and VY-3-135 and IC50 determinations for inhibitors against ACSS1 (blue squares) and ACSS2 (red circles). Data points represent mean (filled shapes) and replicates (empty shapes). (D-E) Mouse and human microsomal stability assay for VY-3-135 and VY-3-249. n = 1. (F) Pharmacokinetic analysis of VY-3-135 by oral gavage, intraperitoneal, and intravenous injection. Data represent mean ± S.D., n = 3 mice/group/time point. Table describes the calculations of pharmacokinetic analysis. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
  • VY-3-135 is a potent inhibitor of ACSS2 in cells. (A) Immunoblot for ACSS2, EGFR, HER2 expression in a panel of human breast cancer cell lines. GAPDH is the loading control for ACSS2 and EGFR. ACTB is the loading control for HER2. (B) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate in the intracellular palmitate pool in SKBr3 cells treated with vehicle or VY-3-135 and cultured in normoxia and SMEM+10% serum (N10) or hypoxia and SMEM+1% serum (H1) over a 24 hr period. Data represent mean ± S.D., n = 3. (C) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate into palmitate in BT474 cells cultured in H1 conditions over a 24 hr period using a 10-fold dilution series of VY-3-135. Data represent mean ± S.D., n = 3. (D) Growth of BT474 and SKBr3 cells in 10 μM VY-3-135 for 72 hours in H1 culture conditions supplemented with 200 μM sodium acetate. Data are mean ± S.D. n = 2 performed in triplicate. p values are student t tests. (E) Enrichment of 13C2-acetate into the intracellular citrate pool. Experimental parameters were identical to panel C. For all metabolomic data adjusted p values are reported on the graphs. p values were generated by 2-way ANOVA with Tukey’s multiple comparisons testing of mole percent enrichment of carbon-13 was used. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
  • Knockout or VY-3-135 inhibition of ACSS2 inhibits tumor growth. (A) Enrichment of 100 μM 13C2-acetate into palmitate in A7C11 and Brpkp110 cells cultured in N10 and H1 conditions over a 24 hr period in the presence and absence of VY-3-135. Data represent mean ± S.D., n = 3. Adjusted p values are reported on the graph. 2-way ANOVA Tukey’s multiple comparisons testing of mole percent enrichment of carbon-13. (B) Immunoblot for ACSS2 in A7C11 and Brpkp110 pools after CRISPR-Cas9 targeting of Acss2. Lysates were prepared from cells grown in N10 or H1 over a 24 hr period. sgNTC = single guide RNA against non-targeting control. sgACSS2 = single guide RNA against Acss2. (C) CRISPR-Cas9 knockout of Acss2 in A7C11 cells has a modest effect on tumor growth. Data represent mean ± standard error of the means (S.E.M.) with ANOVA p value displayed, n = 5. (D) CRISPR-Cas9 knockout of Acss2 in Brpkp110 cells causes a significant decrease in tumor growth. Data represent mean ± S.E.M. with ANOVA p value displayed, n = 5. (E) VY-3-135 treatment (100 mpk daily IP) causes a significant decrease in Brpkp110 tumor growth. Data represent mean ± S.E.M. with ANOVA p value displayed, n = 5. Cancer Res . 2021 Mar 1;81(5):1252-1264.
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