XMD16-5

别名: XMD165; XMD-165; XMD 165; XMD16-5; XMD-16-5; XMD 16-5;2-((4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl)amino)-11-methyl-5,11-dihydro-6H-benzo[e]pyrimido[5,4-b][1,4]diazepin-6-one

目录号: V2594 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

XMD16-5 是一种新型、有效的酪氨酸激酶非受体 2 (TNK2) 抑制剂，对于 D163E 和 R806Q 突变的 IC50 分别为 16 nmol/L 和 77 nmol/L。

XMD16-5 CAS号: 1345098-78-3
产品类别: Tyrosinase

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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生物活性&实验参考方法
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产品描述

XMD16-5 是一种新型、有效的酪氨酸激酶非受体 2 (TNK2) 抑制剂，对于 D163E 和 R806Q 突变的 IC50 分别为 16 nmol/L 和 77 nmol/L。在肾癌细胞以及肺癌、卵巢癌和胃癌中也发现了 TNK2 突变。 TNK2 基因组扩增与晚期或转移性肺癌和前列腺癌有关。 TNK2 的过度表达促进了乳腺癌小鼠模型的转移。 TNK2 信号在前列腺、乳腺和胃肠道肿瘤中被破坏。 XMD8-87 和 XMD16-5 有效抑制实体瘤类型中发现的 TNK2 截短突变的磷酸化。 XMD16-5 是从激酶抑制剂筛选中鉴定出来的，用于预测急性髓系白血病和慢性粒单核细胞白血病患者的原发样本中的功能基因靶点。对同一患者样本进行深度测序，识别出基因改变，然后使用 HitWalker 算法将其与功能上重要的靶标进行整合，以优先考虑最有可能解释观察到的药物敏感性模式的突变基因。

生物活性&实验参考方法

靶点

Tyrosine Kinase Nonreceptor 2 (TNK2/ACK1) (Ki = 2.8 nM; IC50 = 7.6 nM for kinase activity) [1]

体外研究 (In Vitro)

即使在最高测量剂量 (1,000 nM) 下，XMD16-5 对对照细胞也几乎没有影响，同时有效抑制 TNK2 突变体表达细胞系的增殖。对于 D163E 和 R806Q 突变，XMD16-5 的 IC50 分别为 16 nM 和 77 nM。 XMD16-5 对 TNK2 细胞系的影响主要是对 TNK2 的靶向作用。使用 TNK2 抑制剂 XMD16-5，可以防止过度表达的 TNK2 突变体的自身磷酸化[1]。

XMD16-5 是TNK2/ACK1激酶的选择性抑制剂。它以2.8 nM的Ki结合ACK1的ATP结合口袋，抑制重组ACK1激酶活性的IC50为7.6 nM[1]
- 在携带TNK2突变的人白血病细胞系（MOLM-13、MV4-11）中，XMD16-5（1–30 μM）剂量依赖性抑制细胞增殖。10 μM浓度孵育72小时后，MOLM-13细胞活力降低58%，并诱导G2/M期细胞周期阻滞（G2/M期细胞比例从19%升至39%）[1]
- XMD16-5（5–20 μM）剂量依赖性降低MV4-11细胞中磷酸化ACK1（p-ACK1 Tyr284）水平，20 μM时降低68%。它还抑制下游AKT（10 μM时p-AKT Ser473降低52%）和STAT3（10 μM时p-STAT3 Tyr705降低55%）的磷酸化[1]
- 对其他激酶（如EGFR、SRC、JAK2）的交叉反应性低，IC50均>1000 nM，证实其对TNK2/ACK1的选择性[1]
- 在来自TNK2突变白血病患者的原代白血病细胞中，XMD16-5（15 μM）抑制49%的细胞增殖，较溶媒对照组降低63%的p-ACK1表达水平[1]

体内研究 (In Vivo)

不适用

酶活实验

ACK1激酶活性测定：将重组人ACK1催化结构域与荧光标记的肽底物（ACK1特异性底物）、ATP（10 μM，添加[γ-32P]-ATP作为示踪剂）及系列浓度的XMD16-5（0.05–100 nM）在反应缓冲液中混合。混合物于30°C孵育45分钟后，加入20%磷酸终止反应。将混合物点样至P81磷酸纤维素纸上，反复洗涤去除未结合的放射性，通过液体闪烁计数量化结合的放射性以评估磷酸化底物量，从剂量-反应曲线和竞争性结合模型计算IC50/Ki值[1]

细胞实验

白血病细胞增殖测定：将MOLM-13和MV4-11细胞以5×103个细胞/孔接种到96孔板，培养24小时。加入系列浓度的XMD16-5（0.5–50 μM），继续培养72小时。采用CCK-8法检测450 nm处吸光度评估细胞活力，通过剂量-反应曲线的非线性回归分析推导IC50值[1]
- 细胞周期分析：用XMD16-5（10 μM）处理MOLM-13细胞48小时，收集细胞并用冷PBS洗涤，-20°C下用70%乙醇固定过夜，37°C下用含RNase的碘化丙啶溶液染色30分钟。流式细胞术分析细胞周期分布，量化G0/G1期、S期和G2/M期细胞比例[1]
- Western blot分析：用XMD16-5（5–20 μM）处理MV4-11细胞24小时后，用含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液裂解细胞。总蛋白经SDS-PAGE分离并转移至PVDF膜，用抗p-ACK1（Tyr284）、ACK1、p-AKT（Ser473）、AKT、p-STAT3（Tyr705）、STAT3和β-肌动蛋白的一抗孵育。与二抗孵育后，化学发光法检测免疫反应条带，用密度测定软件量化条带强度[1]
- 原代白血病细胞实验：从TNK2突变白血病患者的骨髓样本中分离原代细胞，以1×105个细胞/孔接种到24孔板的无血清培养基中，用XMD16-5（15 μM）处理72小时。台盼蓝排斥法（显微镜下计数活细胞）评估细胞增殖，按上述方法通过Western blot检测p-ACK1蛋白水平[1]

动物实验

不适用

参考文献

[1]. Identification and Characterization of Tyrosine Kinase Nonreceptor 2 Mutations in Leukemia through Integration of Kinase Inhibitor Screening and Genomic Analysis.

其他信息

XMD16-5 是一种酪氨酸激酶非受体 2 (TNK2/ACK1) 小分子抑制剂，它是通过高通量激酶抑制剂筛选结合携带 TNK2 突变的白血病样本的基因组分析而发现的[1]。其作用机制涉及与 ACK1 的 ATP 结合口袋竞争性结合，从而抑制 ACK1 激酶活性并阻断下游 AKT/STAT3 信号通路，该通路对于 TNK2 突变型白血病细胞的增殖和存活至关重要[1]。与 TNK2 野生型白血病细胞相比，XMD16-5 对 TNK2 突变型白血病细胞表现出更高的细胞毒性，这支持了其作为 TNK2 突变型血液系统恶性肿瘤靶向治疗药物的潜力[1]。该药物与其它 ACK1 抑制剂（例如 XMD8-87）一起进行了研究，结果显示其对 ACK1 具有中等效力，且靶向性高。选择性强，使其成为研究TNK2驱动的白血病发病机制的宝贵工具[1]

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式

C23H24N6O2

分子量

416.48

精确质量

416.196

元素分析

C, 66.33; H, 5.81; N, 20.18; O, 7.68

CAS号

1345098-78-3

相关CAS号

1345098-78-3

PubChem CID

57340666

外观&性状

Light yellow to yellow solid powder

密度

1.3±0.1 g/cm3

折射率

1.685

LogP

0.99

tPSA

93.6

氢键供体(HBD)数目

氢键受体(HBA)数目

可旋转键数目(RBC)

重原子数目

分子复杂度/Complexity

619

定义原子立体中心数目

SMILES

O([H])C1([H])C([H])([H])C([H])([H])N(C2C([H])=C([H])C(=C([H])C=2[H])N([H])C2=NC([H])=C3C(=N2)N(C([H])([H])[H])C2=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C2C(N3[H])=O)C([H])([H])C1([H])[H]

InChi Key

AGLKBEPKKDHHKY-UHFFFAOYSA-N

InChi Code

InChI=1S/C23H24N6O2/c1-28-20-5-3-2-4-18(20)22(31)26-19-14-24-23(27-21(19)28)25-15-6-8-16(9-7-15)29-12-10-17(30)11-13-29/h2-9,14,17,30H,10-13H2,1H3,(H,26,31)(H,24,25,27)

化学名

2-[4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)anilino]-11-methyl-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one

别名

XMD165; XMD-165; XMD 165; XMD16-5; XMD-16-5; XMD 16-5;2-((4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl)amino)-11-methyl-5,11-dihydro-6H-benzo[e]pyrimido[5,4-b][1,4]diazepin-6-one

HS Tariff Code

2934.99.9001

存储方式

Powder -20°C 3 years

4°C 2 years

In solvent -80°C 6 months

-20°C 1 month

运输条件

Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)

DMSO:83 mg/mL (199.3 mM)

Water:<1 mg/mL

Ethanol:5 mg/mL (12.0 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.00 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.00 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.4011 mL	12.0054 mL	24.0108 mL
	5 mM	0.4802 mL	2.4011 mL	4.8022 mL
	10 mM	0.2401 mL	1.2005 mL	2.4011 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

Novel TNK2 inhibitors (A) Structures of TNK2 inhibitors XMD8-87, XMD16-5 and AIM-100. (B) Selectivity of XMD8-87 and XMD16-5 were analyzed by KiNativ. Percent inhibitions were represented by bar height. Brown bar indicates >90% inhibition; red bar, 75%–90% inhibition; orange highlight, 50%–75% inhibition; and yellow bar, 35-50%. (C) ELISA of TNK2 inhibition by XMD8-87 and XMD16-5. Assay was performed as described in the methods with drug concentrations between 0 and 10 uM. (D) Inhibition of TNK2 phosphorylation was measured by western blot analysis. Cells were then treated with XMD8-87 or XMD16-5 at 5 μM and with 9 1:1 serial dilutions down to ≈10 nM. Two additional samples were treated with DMSO only. GAPDH is used as a loading control. Cancer Res . 2016 Jan 1;76(1):127-38.

TNK2 inhibitors block proliferation of TNK2 mutant cell lines TNK2 D163E or R806Q IL3-independent cell lines were tested against TNK2 inhibitors. Parental Ba/F3 cells grown in IL3 containing medium were used as a control. Percent viability as compared to untreated cells was determined using a tetrazolamine based viability assay. (A) Dasatinib inhibits TNK2 D163E cells with an IC50 of approximately 0.1 nM and TNK2 R806Q cells with an IC50 of 1.3 nM. (B) XMD8-87 inhibits TNK2 D163E cells with an IC50 of 38 nM and TNK2 R806Q cells with an IC50 of 113 nM. None of the inhibitors reached an IC50 in the parental Ba/F3 cells. (C) XMD16-5 inhibits TNK2 D163E cells with an IC50 of 16 nM and TNK2 R806Q cells with an IC50 of 77 nM. (D) AIM-100 inhibits TNK2 D163E cells with an IC50 of 91 nM and TNK2 R806Q cells with an IC50 of 320 nM. Cancer Res . 2016 Jan 1;76(1):127-38.

TNK2 truncation mutations found in solid tumors are sensitive to TNK2 inhibitors (A) Schematic of a subset of TNK2 truncation mutations found in solid tumors. (B) TNK2 S808* and Q831fs mutations result in protein overexpression. TNK2 mutations were transiently transfected into 293T17 cells and then total TNK2 levels were measured using an antibody to the TNK2 N-terminus. The TNK2 S808* and Q831fs were noticeably overexpressed compared to WT TNK2 or the other TNK2 truncations. (C) Phosphorylation of TNK2 mutants is inhibited by dasatinib, XMD8-87 and XMD16-5. 293T17 cells were transiently transfected with WT TNK2, TNK2 S808* or TNK2 Q831fs. After 48 hours the cells were treated with 1 μM dasatinib (das), 2.5 μM XMD8-87 or 2.5 μM XMD16-5 for 3.5 hours, and then harvested and subjected to immunoblot analysis for phosphorylated TNK2 (pTNK2) or total N-terminal TNK2. Drug concentrations were chosen based on the inhibition of WT TNK2 phosphorylation shown in figure 4D. Blots for WT and mutant TNK2 were run simultaneously, under the same conditions and exposed for identical time. These experiments were repeated with similar results. Cancer Res . 2016 Jan 1;76(1):127-38.