Xylotetraose

别名: 木四糖;木四糖 标准品;木四糖[木戊糖]
目录号: V31471 纯度: ≥98%
木四糖是木聚糖(Xylan)的水解产物。
Xylotetraose CAS号: 22416-58-6
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
木四糖是木聚糖(Xylan)的水解产物。木聚糖是由木糖单元组成的多糖,主要是由纤维素连接的β-D-木糖单元。木四糖可用于酶生化分析。
生物活性&实验参考方法
靶点
Xylotetraose targets xylanase (endo-1,4-β-xylanase, e.g., family 11 xylanase, XynII) (binding free energy = -35.2 kJ/mol for XynII-xylotetraose complex via MM-PBSA analysis; acts as a specific substrate for xylanase) [3]
Xylotetraose binds to Penicillium griseofulvum family 11 xylanase (substrate specificity constant kcat/Km = 2.8 × 10⁴ M⁻¹s⁻¹) [4]
体外研究 (In Vitro)
- 木聚糖酶催化水解的底物:木四糖(Xylotetraose)是多种来源(芽孢杆菌属、灰黄青霉、里氏木霉)endo-1,4-β-木聚糖酶的特异性底物。它被木聚糖酶水解生成木二糖、木三糖和木糖,水解效率与酶亲和力呈正相关[1][4]
- 与木聚糖酶的结合模式:该化合物通过氢键和疏水作用结合到木聚糖酶(XynII)的活性位点。反应性糖残基在结合口袋中呈现扭曲船式(skew boat)和椅式(chair)两种构象,其中椅式构象更利于催化反应[3]
- 调控木聚糖酶-底物相互作用:木四糖(Xylotetraose)含有的规则β-1,4-木糖基基序增强了分子柔性,促进其与纤维素表面及木聚糖酶活性位点的相互作用。它对11家族木聚糖酶的结合亲和力高于 shorter 木寡糖(木二糖、木三糖)[2][4]
- 木聚糖酶家族特异性:木四糖(Xylotetraose)可被11家族木聚糖酶特异性识别,不与其他糖苷水解酶(如纤维素酶、β-木糖苷酶)结合,证实其木聚糖酶特异性底物活性[4]
酶活实验
- 木聚糖酶催化活性实验:重组木聚糖酶(11家族,如XynII或灰黄青霉木聚糖酶)与木四糖(Xylotetraose)(1-10 mM)在反应缓冲液(pH 5.0-6.0,50°C)中混合,孵育0-120分钟后,采用碳水化合物色谱柱通过高效液相色谱(HPLC)定量水解产物(木糖、木二糖),计算动力学参数(kcat、Km、kcat/Km)[4]
- MM-PBSA自由能分析:在水溶液中对木聚糖酶-木四糖(Xylotetraose)复合物进行10 ns分子动力学(MD)模拟,采用MM-PBSA方法计算结合自由能,分析范德华力、静电相互作用和溶剂化能对结合稳定性的贡献[3]
- 木聚糖酶-底物结合实验:木四糖(Xylotetraose)用荧光探针标记后,与梯度浓度(0.1-10 μM)的纯化木聚糖酶在结合缓冲液(pH 5.5)中混合,通过检测荧光偏振强度确定结合亲和力,从结合等温线推导解离常数(KD)[4]
参考文献

[1]. Isolation, purification, and characterization of xylanase produced by a new species of bacillus in solid state fermentation. Int J Microbiol. 2012;2012:683193.

[2]. Regular Motifs in Xylan Modulate Molecular Flexibility and Interactions with Cellulose Surfaces. Plant Physiol. 2017 Oct 25. pii: pp.01184.2017.

[3]. MM-PBSA free energy analysis of endo-1,4-xylanase II (XynII)-substrate complexes: binding of the reactive sugar in a skew boat and chair conformation. Org Biomol Chem. 2003 Oct 21;1(20):3535-40.

[4]. Molecular determinants of substrate and inhibitor specificities of the Penicillium griseofulvum family 11 xylanases. Biochim Biophys Acta. 2009 Mar;1794(3):438-45.

其他信息
化学分类:木四糖是一种线性木寡糖,由四个D-木糖残基通过β-1,4-糖苷键连接而成[1][2][3][4]
- 作用机制:作为内切-1,4-β-木聚糖酶的天然底物,木四糖与酶的活性位点结合,诱导构象变化,从而促进β-1,4-糖苷键的水解。其规则的木糖基序增强了分子的柔性,促进了与木聚糖酶和纤维素表面的特异性相互作用[2][3][4]
- 生物学背景:木四糖是木聚糖酶水解木聚糖(植物细胞壁的关键成分)的主要产物。木聚糖酶在生物质降解中发挥着关键作用,因为木聚糖酶介导的木聚糖水解为木寡糖(包括木四糖)是植物生物质转化为可发酵糖所必需的[1][2]。
- 应用:木四糖可用作木聚糖酶活性测定、酶表征和木聚糖酶-底物相互作用研究的特异性底物。它还可用作研究木聚糖酶结构-功能关系和植物细胞壁降解机制的模型化合物[1][3][4]。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H34O17
分子量
546.4738
精确质量
546.18
CAS号
22416-58-6
PubChem CID
101601989
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
-7.4
tPSA
274.75
氢键供体(HBD)数目
10
氢键受体(HBA)数目
17
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
37
分子复杂度/Complexity
714
定义原子立体中心数目
15
SMILES
C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H](O1)O[C@@H]2CO[C@H]([C@@H]([C@H]2O)O)O[C@@H]3CO[C@H]([C@@H]([C@H]3O)O)O[C@H](CO)[C@@H]([C@H](C=O)O)O)O)O)O
InChi Key
JVZHSOSUTPAVII-MESLASACSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H34O17/c21-1-6(23)11(25)8(2-22)35-19-16(30)13(27)10(4-33-19)37-20-17(31)14(28)9(5-34-20)36-18-15(29)12(26)7(24)3-32-18/h1,6-20,22-31H,2-5H2/t6-,7+,8+,9+,10+,11+,12-,13-,14-,15+,16+,17+,18-,19-,20-/m0/s1
化学名
(2R,3R,4R)-4-[(2S,3R,4R,5R)-5-[(2S,3R,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-[(2S,3R,4S,5R)-3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]oxy-3,4-dihydroxyoxan-2-yl]oxy-2,3,5-trihydroxypentanal
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O : ~125 mg/mL (~228.74 mM)
DMSO : ~100 mg/mL (~182.99 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8299 mL 9.1496 mL 18.2993 mL
5 mM 0.3660 mL 1.8299 mL 3.6599 mL
10 mM 0.1830 mL 0.9150 mL 1.8299 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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