JB170

别名: 2705844-82-0; CHEMBL5278315; 4-((9-chloro-7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-5H-benzo[c]pyrimido[4,5-e]azepin-2-yl)amino)-N-(2-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)oxy)acetamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-2-methoxybenzamide; SCHEMBL25163855; EX-A7164; BDBM50609429; 4-[[9-chloro-7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-5H-pyrimido[5,4-d][2]benzazepin-2-yl]amino]-N-[2-[2-[2-[[2-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyacetyl]amino]ethoxy]ethoxy]ethyl]-2-methoxybenzamide; JB-170
目录号: V51923 纯度: ≥98%
JB170 是一种有效且特异的 PROTAC 介导的 AURORA-A (DC50=28 nM) 降解剂,通过将 Alisertib 连接到 Cereblon 配体 Thalidomide 形成。
JB170 CAS号: 2705844-82-0
产品类别: Aurora Kinase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
JB170 是一种有效且特异的 PROTAC 介导的 AURORA-A (DC50=28 nM) 降解剂,通过将 Alisertib 连接到 Cereblon 配体 Thalidomide 形成。 JB170 优先结合 AURORA-A (EC50=193 nM),而非 AURORA-B (EC50=1.4μM)。 JB170 介导的 S 期停滞是由 AURORA-A 耗竭引起的。 JB170对AURORA-A激酶的非催化功能具有优异的抑制能力。
生物活性&实验参考方法
靶点
Aurora A Kinase (AURKA). In MV4-11 cells, the half-maximal degradation concentration (DC50) of JB170 for AURKA is 28 nM. In HEK293 cells, the half-maximal effective concentration (EC50) for JB170 binding to AURKA, determined by BRET assay, is 193 nM. The dissociation constant (Kd) for JB170 binding to purified AURKA protein, measured by isothermal titration calorimetry (ITC), is 375 nM.
JB170 binds to CEREBLON with lower affinity, with a Kd of 6.88 μM as determined by ITC. However, its affinity for the binary complex of AURKA and CEREBLON is significantly enhanced, with a Kd of 183 nM. [1]
Aurora A (DC50 = 28 nM); Aurora A (Kd = 99 nM); Aurora A (EC50 = 193 nM);
Cereblon
体外研究 (In Vitro)
JB170(1 μM;24-72 小时;MV4-11 细胞)通过介导 Aurora-A 的消耗来降低癌细胞的存活率 [1]。 JB170(0.01-10 μM;6 小时;MV4-11 细胞)可降低 AURORA-A 水平[1]。 JB170(0.5 μM;12 小时;MV4-11 细胞)抑制或减缓 S 期的进展 [1]。 JB170(0.5 μM;0-72 小时;MV4-11 细胞)专门针对 AURORA-A 来触发细胞凋亡[1]。 JB170(0.1 μM;0-9 小时;IMR5 细胞)表现出快速的 AURORA-A 消耗。与AURORA-A相比,JB170(0~1μM;6小时;MV4-11细胞)在突变体中显着减少。在 MV4-11 细胞中,JB170(0.1 μM;18 小时)不会引起 AURORA-A 激活。 JB170(0~1 μM;24 小时;IMR5 细胞)显着消除 AURORA-AT217D 的消耗。 JB170(1 μM;4 天;IMR5 细胞)介导 Aurora-A 的减少,从而阻止癌细胞的存活。 JB170(IMR5 细胞)通过降低 AURORA-A mRNA 水平来降低 AURORA-A 水平 [1]。
AURORA-A降解:在MV4-11白血病细胞中,JB170 (0.1 μM)处理3小时后即可观察到AURORA-A水平下降,6小时达最大降解。在U2OS、HLE和IMR5等多种癌细胞系中,JB170同样诱导AURORA-A快速降解。JB170处理6小时后,AURORA-A的蛋白半衰期从3.8小时缩短至1.3小时。[1]
降解机制与特异性:JB170诱导的AURORA-A降解依赖于CEREBLON和蛋白酶体。共孵育alisertib或thalidomide可阻断其降解活性;使用蛋白酶体抑制剂MG132或neddylation抑制剂MLN4924可完全阻断降解。在MV4-11细胞中,通过SILAC定量蛋白质组学分析发现,在检测到的4,259种蛋白质中,AURORA-A是唯一显著下调(降低73%)的蛋白,AURORA-B及其他alisertib结合蛋白未受影响。[1]
对细胞周期的影响:与alisertib诱导的G2/M期阻滞不同,JB170 (0.5 μM)处理MV4-11细胞12小时,主要导致S期细胞中BrdU掺入减少,表明S期进展延迟或阻滞。在IMR5细胞中,通过表达对JB170不敏感的AURORA-AT217D突变体可完全逆转该S期阻滞表型,证实其由AURORA-A降解特异性介导。[1]
诱导凋亡:在MV4-11细胞中,JB170 (0.1-1 μM)处理72小时,活细胞数降至对照组的32%,且凋亡细胞比例增至56%。在IMR5细胞中,JB170同样诱导细胞凋亡并抑制集落形成,表达AURORA-AT217D可完全逆转该效应。无降解活性的对照化合物JB211不诱导凋亡。[1]
酶活实验
Isothermal titration calorimetry/等温滴定量热法[1]
所有滴定均在25°C的Nano ITC量热计上进行。二元配合物的滴定(AURORA-AJB170和CEREBLON-TBDJB170JB170下实现。对于CEREBLON(TBD),蛋白质的滴定浓度在88至100µM之间,JB170的滴定浓度为2.0至3.5µM。离解常数由三个独立的滴定计算得出。
三元配合物的滴定如前所述41。简而言之,如上所述滴定0.1µM的CEREBLON(TBD)。二元络合物保留在量热计中,滴定后多余的溶液用注射器去除。在两个独立的滴定实验中,将AURORA-A(110µM)滴定到JB170浓度为3.2µM和2.8µM的二元络合物中。所有数据都使用NanoAnalysis软件中的单个结合位点模型进行拟合,以获得Kd值和热力学结合参数。
等温滴定量热法测定结合亲和力:使用等温滴定量热仪测定JB170与AURORA-A、CEREBLON及其复合物的结合亲和力。将纯化的AURORA-A蛋白(浓度57-110 μM)滴定到JB170溶液(1.0-10.0 μM)中,测定二元复合物的解离常数(Kd)。类似地,将纯化的CEREBLON蛋白(浓度88-100 μM)滴定到JB170溶液(2.0-3.5 μM)中,测定其结合。对于三元复合物,先将CEREBLON-TBD与JB170预孵育形成二元复合物(JB170浓度为3.2 μM),再将AURORA-A(110 μM)滴定至该复合物中。所有数据均使用单结合位点模型拟合。[1]
激酶选择性谱分析(Kinobeads):在MV4-11细胞裂解液中,将JB170与固定化的广谱激酶抑制剂珠子(Kinobeads epsilon)进行竞争性结合实验。细胞裂解液先与递增浓度的JB170(3 nM至30 μM)预孵育,再与珠子孵育。通过LC-MS/MS鉴定并定量与珠子结合的蛋白质,计算各蛋白的半数抑制浓度(EC50),并校正得到表观结合常数(Kdapp)。[1]
热稳定性迁移实验:将纯化的重组AURORA-A蛋白(2 μM)与10 μM JB170在室温下孵育约10分钟。加入SYPRO Orange染料后,使用实时PCR仪器监测随温度升高的荧光信号变化,以评估化合物结合对蛋白热稳定性的影响。[1]
细胞实验
细胞活力测定[1]
细胞类型: MV4-11 细胞
测试浓度: 1 µM
孵育时间: > 24-72 小时
实验结果:72 小时后,活细胞数量为对照水平的 32%。

蛋白质印迹分析[1]
细胞类型: MV4-11 细胞
测试浓度: 0.01~10 μM
孵育持续时间:6 小时
实验结果:在 100 nM 和 1 µM 浓度下观察到显着降解。

细胞凋亡分析[1]
细胞类型: MV4-11 细胞
测试浓度: 0.5 µM
孵育持续时间:0~72小时
实验结果:细胞凋亡完全是由靶向AURORA-A引起的。

细胞周期分析[1]
细胞类型: MV4-11 细胞
测试浓度: 0.5 µM
孵化持续时间: 12 小时
实验结果: 延迟或阻止 S 期进展。
靶点结合测定(BRET):HEK293细胞转染表达与NanoLuc荧光素酶融合的AURORA-A或AURORA-B蛋白。转染后细胞与不同浓度的JB170及荧光示踪剂共孵育2小时。通过测量BRET信号,计算化合物竞争结合靶蛋白的EC50值。[1]
HiBiT降解测定:稳定表达HiBiT标签AURORA-A的MV4-11细胞接种于96孔板,用系列稀释的JB170处理6小时。裂解细胞后,加入补充的LargeBiT片段,测量发光强度以定量AURORA-A蛋白水平,计算DC50值。[1]
免疫印迹:细胞经化合物处理后,在含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液中裂解。定量蛋白后,通过SDS-PAGE分离并转印至PVDF膜。使用特异性抗体检测AURORA-A、AURORA-B、CEREBLON、cleaved caspase-3、cyclin B1等蛋白水平,以vinculin作为上样对照。[1]
免疫共沉淀:表达HA标签AURORA-A的MV4-11细胞裂解后,与HA磁珠孵育3小时。洗脱结合的蛋白复合物,通过免疫印迹检测共沉淀的CEREBLON等相互作用蛋白。[1]
流式细胞术分析细胞周期:细胞用JB170处理后,加入10 μM BrdU标记1小时。固定细胞后,用2M HCl处理以变性DNA,再用抗BrdU-FITC抗体染色,并用碘化丙啶(PI)染色DNA。通过流式细胞术分析BrdU掺入和DNA含量。[1]
流式细胞术检测凋亡:收集细胞后,用Annexin V结合缓冲液重悬,加入Annexin V/Pacific Blue和PI染色。通过流式细胞术区分活细胞、早期凋亡和晚期凋亡/坏死细胞。[1]
细胞活力测定(AlamarBlue):MV4-11细胞接种于96孔板,用JB170处理不同时间(每24小时更换新鲜培养基)。加入AlamarBlue HS细胞活力试剂,孵育后测量荧光(激发550 nm,发射600 nm)。[1]
集落形成实验:IMR5细胞用JB170处理4天(每24小时更换新鲜培养基),然后用结晶紫溶液染色30分钟,洗涤干燥后观察集落形成。[1]
实时细胞凋亡监测(IncuCyte):NCI-H446细胞接种于96孔板,用JB170处理,同时加入Caspase-3/7检测试剂。使用IncuCyte Zoom活细胞成像系统每隔2小时采集绿色荧光图像,实时监测Caspase-3/7的活化情况。[1]
定量SILAC质谱:轻、中、重标记的MV4-11细胞分别用DMSO、100 nM JB170或100 nM alisertib处理6小时。将三种处理的细胞等量混合,裂解后蛋白经SDS-PAGE分离、胶内酶解,进行LC-MS/MS分析。使用MaxQuant软件定量,分析蛋白丰度变化。[1]
免疫沉淀-质谱分析AURORA-A相互作用组:稳定表达HA-AURORA-A或空载体的MV4-11细胞裂解后,使用HA磁珠进行免疫沉淀。洗脱的蛋白复合物经酶解后进行LC-MS/MS分析,通过MaxQuant鉴定和定量,确定AURORA-A相互作用蛋白。[1]
参考文献

[1]. PROTAC-mediated degradation reveals a non-catalytic function of AURORA-A kinase. Nat Chem Biol. 2020;16(11):1179-1188.

其他信息
有丝分裂激酶AURORA-A对细胞周期进程至关重要,被认为是癌症治疗的重要靶点。尽管AURORA-A的催化活性对其有丝分裂功能必不可少,但近期研究表明其还具有非催化功能,而传统小分子药物难以靶向该功能。因此,我们通过将AURORA-A的临床激酶抑制剂与E3泛素连接酶结合分子(例如沙利度胺)连接,开发了一系列化学降解剂(PROTACs)。其中一种降解剂能够快速、持久且高度特异性地降解AURORA-A。此外,我们发现AURORA-A与CEREBLON之间的协同结合能够稳定该降解剂复合物。降解剂介导的AURORA-A耗竭导致S期缺陷,这与激酶抑制所观察到的细胞周期效应不同,表明AURORA-A在DNA复制过程中具有重要的非催化功能。 AURORA-A 降解可诱导癌细胞系发生大量细胞凋亡,因此是开发对抗 AURORA-A 在癌症中作用的新疗法的多功能起点。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C48H44CLFN8O11
分子量
963.361373901367
精确质量
962.28
元素分析
C, 59.84; H, 4.60; Cl, 3.68; F, 1.97; N, 11.63; O, 18.27
CAS号
2705844-82-0
PubChem CID
153835264
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.49±0.1 g/cm3(Predicted)
LogP
3.7
tPSA
238
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
16
可旋转键数目(RBC)
19
重原子数目
69
分子复杂度/Complexity
1870
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C(NCCOCCOCCNC(COC1=CC=CC2=C1C(=O)N(C1CCC(=O)NC1=O)C2=O)=O)(=O)C1=CC=C(NC2=NC=C3C(=N2)C2=CC=C(Cl)C=C2C(C2=C(OC)C=CC=C2F)=NC3)C=C1OC
InChi Key
GYKNPXCQINZRLL-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C48H44ClFN8O11/c1-65-35-7-4-6-33(50)41(35)43-32-21-27(49)9-11-29(32)42-26(23-53-43)24-54-48(57-42)55-28-10-12-30(37(22-28)66-2)44(61)52-16-18-68-20-19-67-17-15-51-39(60)25-69-36-8-3-5-31-40(36)47(64)58(46(31)63)34-13-14-38(59)56-45(34)62/h3-12,21-22,24,34H,13-20,23,25H2,1-2H3,(H,51,60)(H,52,61)(H,54,55,57)(H,56,59,62)
化学名
4-[[9-chloro-7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-5H-pyrimido[5,4-d][2]benzazepin-2-yl]amino]-N-[2-[2-[2-[[2-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyacetyl]amino]ethoxy]ethoxy]ethyl]-2-methoxybenzamide
别名
2705844-82-0; CHEMBL5278315; 4-((9-chloro-7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-5H-benzo[c]pyrimido[4,5-e]azepin-2-yl)amino)-N-(2-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)oxy)acetamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-2-methoxybenzamide; SCHEMBL25163855; EX-A7164; BDBM50609429; 4-[[9-chloro-7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-5H-pyrimido[5,4-d][2]benzazepin-2-yl]amino]-N-[2-[2-[2-[[2-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyacetyl]amino]ethoxy]ethoxy]ethyl]-2-methoxybenzamide;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : 100 mg/mL (103.80 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.60 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.0380 mL 5.1902 mL 10.3803 mL
5 mM 0.2076 mL 1.0380 mL 2.0761 mL
10 mM 0.1038 mL 0.5190 mL 1.0380 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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