PROTAC-O4I2

别名: PROTAC-O4I-2
目录号: V40084 纯度: ≥98%
PROTAC-O4I2 是一种靶向剪接因子 3B1 (SF3B1) 的 PROTAC。
PROTAC-O4I2 CAS号: 2785323-62-6
产品类别: Apoptosis
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
PROTAC-O4I2 是一种靶向剪接因子 3B1 (SF3B1) 的 PROTAC 抑制剂。PROTAC-O4I2 可诱导 K562 细胞中 FLAG-SF3B1 降解,IC50 值为 0.244 μM。PROTAC-O4I2 还可诱导 K562 野生型细胞凋亡。
PROTAC-O4I2 (CAS 2785323-62-6) 是一种异双功能 PROTAC 降解剂,靶向剪接因子 3B1 (SF3B1) 进行泛素-蛋白酶体降解。该分子包含一个沙利度胺基团,可募集 E3 泛素连接酶 cereblon (CRBN),从而实现对 SF3B1 的选择性降解。与仅阻断酶活性的传统抑制剂不同,PROTAC-O4I2 可诱导蛋白质完全降解,从而消除 SF3B1 的催化和支架功能。该化合物为黄色固体,分子量为 609.1 g/mol,分子式为 C₂₉H₂₉ClN₆O₅S。其在 DMSO 中的溶解度为 150-200 mg/mL,仅供靶向蛋白质降解和细胞凋亡研究之用。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
PROTAC-O4I2 targets splicing factor 3B1 (SF3B1), a core component of the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complex essential for pre-mRNA splicing. The compound simultaneously binds SF3B1 and the E3 ubiquitin ligase cereblon (CRBN) via its thalidomide moiety, forming a ternary complex that induces ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of SF3B1. This targeted degradation mechanism is cereblon-dependent, and the compound shows preferential degradation of SF3B1 over other cellular proteins. The parental compound O4I2 functions as an SF3B1 activator, but PROTAC-O4I2 represses splicing activity by degrading the target protein.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC-O4I2 优先降解 SF3B1,并通过将沙利度胺导入泛素 E3 连接酶 cereblon (CRBN) 来阻止细胞中肿瘤的形成 [1]。STAT-O4I2 抑制并降解 K562 细胞中的 SF3B1。PROTAC-O4I2 对 SF3B1 WT、SF3B1 OE 和 SF3B1 K700E 细胞的增殖没有影响,其 IC50 值分别为 228、63 和 90 nM [1]。 PROTAC-O4I2 在 K562 细胞中 IC50 值为 0.244 μM,并以浓度依赖的方式导致 FLAG-SF3B1 降解 [1]。
体外实验表明,PROTAC-O4I2 可诱导 K562 细胞中 FLAG-SF3B1 降解,IC₅₀ 值为 0.244 μM (244 nM)。该化合物对 SF3B1 野生型、SF3B1 过表达型和 SF3B1 K700E 突变型细胞均表现出抗增殖作用,IC₅₀ 值分别为 228 nM、63 nM 和 90 nM。PROTAC-O4I2 可诱导 K562 野生型细胞凋亡,且该降解过程呈浓度依赖性。与普拉地诺内酯B(IC₅₀ 76 nM)相比,PROTAC-O4I2 在某些检测中显示出约 3 倍的效力,IC₅₀ 为 228 nM。该化合物通过 SF3B1 降解有效抑制肿瘤细胞生长。
体内研究 (In Vivo)
PROTAC-O4I2 (10 μM) 可抑制肿瘤的维持和发展,从而显著提高果蝇肠道肿瘤模型的存活率 [1]。
在体内,PROTAC-O4I2 通过干扰肿瘤的维持和增殖,显著提高了果蝇肠道肿瘤模型的存活率。将含有 10 μM PROTAC-O4I2 的 5% 蔗糖溶液置于圆形滤纸上,在 18°C 下饲养,每 2 天更换一次新鲜样品瓶。该化合物有效抑制了肿瘤生长,并延长了该模型系统中果蝇的存活时间。这些结果表明,PROTAC-O4I2 介导的 SF3B1 降解可以抑制体内肿瘤的维持,这支持了通过蛋白质降解靶向 SF3B1 的治疗潜力,可用于癌症模型研究。
酶活实验
PROTAC-O4I2 的体外酶/受体结合(非细胞)检测通常包括生化结合研究,以确认 SF3B1、CRBN 和 PROTAC 分子之间三元复合物的形成。表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 可用于分别测定 PROTAC-O4I2 与 SF3B1 和 CRBN 的结合亲和力。在无细胞体系中使用重组 E1/E2/E3 酶进行的泛素化检测,用于评估该化合物诱导的 SF3B1 泛素化的效率。这些检测在含有 ATP 和泛素的缓冲体系中进行,反应产物通过免疫印迹法使用抗泛素和抗 SF3B1 抗体进行分析,以确认蛋白酶体降解之前靶标的泛素化。
细胞实验
细胞增殖测定[1]
细胞类型: K562 对照细胞 (WT)、过表达 SF3B1 的细胞 (OE) 和表达 SF3B1K700E 的细胞 (K700E)
测试浓度: 1 pM、0.1 nM、10 nM、1 μM、100 μM
孵育时间: 72 小时
实验结果: 在 K562 WT 细胞中,母体化合物 O4I2 表现出轻微的抗增殖作用 (IC50 >10 μM)。相比之下,PROTAC-O4I2 表现出显著更高的毒性,其 IC50 为 228 nM,效力比 pladienolide B(IC50 为 76 nM)低近 3 倍。过表达 SF3B1 WT 的细胞对 pladienolide B 略有耐药性(IC50 为 134 nM),但对 PROTAC-O4I2 更为敏感(IC50 值为 63 nM)。
细胞凋亡分析[1]
细胞类型: K562 细胞
测试浓度: 1 μM
孵育时间: 48 小时
实验结果: 在表达 SF3B1WT 或 SF3B1K700E 的细胞中诱导细胞凋亡。
使用 PROTAC-O4I2 在 K562 人慢性粒细胞白血病细胞中进行体外细胞实验。细胞用不同浓度的化合物(通常为 0.01-10 μM)处理 24-72 小时。使用抗 FLAG 或抗 SF3B1 抗体通过 Western blot 分析评估 FLAG-SF3B1 的降解情况,并根据浓度-反应曲线确定 IC₅₀。处理72小时后,采用MTT或CellTiter-Glo法检测细胞活力。采用Annexin V-FITC/PI染色和流式细胞术评估细胞凋亡。细胞在添加10%胎牛血清和1%青霉素/链霉素的RPMI 1640培养基中,于37℃、5% CO₂条件下培养。
动物实验
动物/疾病模型:黑腹果蝇[1]
剂量:10 μM
给药途径:将果蝇喂食于浸有 PROTAC-O4I2 的圆形滤纸上(该滤纸溶于 5% 蔗糖溶液中),置于 18℃ 的培养箱中,每 2 天更换一次新鲜配制的样品瓶。
实验结果:PROTAC-O4I2 可降低干细胞活性,抑制肿瘤的发生和生长,并提高果蝇肠道干细胞肿瘤模型的存活率。
已在黑腹果蝇肠道肿瘤模型中进行了 PROTAC-O4I2 的体内动物实验。将果蝇喂食于浸有 10 μM PROTAC-O4I2 的圆形滤纸上(该滤纸溶于 5% 蔗糖溶液中)。果蝇置于 18℃ 的培养箱中,每 2 天更换一次新鲜配制的样品瓶。通过长期监测生存率来评估化合物对肿瘤进展和机体存活率的影响。利用显微镜检查肠道组织来评估肿瘤的维持和增殖情况。该模型能够通过靶向蛋白降解快速进行体内抗肿瘤疗效评估。
药代性质 (ADME/PK)
目前文献中关于PROTAC-O4I2的全面药代动力学数据报道较少。作为一种分子量为609.1 g/mol的PROTAC分子,预计其口服生物利用度和细胞渗透性与此类双功能降解剂类似。该化合物可溶于DMSO,并可使用合适的载体配制成体内给药制剂。由于其模块化设计,PROTAC通常具有良好的组织分布,但该特定化合物的半衰期、清除率和分布容积等详细参数仍需参考原始研究文献进行进一步研究。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
PROTAC-O4I2 的毒理学信息主要来源于细胞实验,该化合物可通过 SF3B1 降解诱导 K562 细胞凋亡。该化合物表现出浓度依赖性细胞毒性,在多种表达 SF3B1 的细胞系中,其 IC₅₀ 值均在纳摩尔范围内。作为一种含有沙利度胺类似物的、可募集 cereblon 的 PROTAC,应考虑其潜在的脱靶效应和发育毒性,但现有文献中并未详细描述具体的毒理学研究。处理强效研究化合物时,应采取标准的安全预防措施,包括使用个人防护装备和妥善处理化学废弃物。
参考文献

[1]. A PROTAC targets splicing factor 3B1. Cell Chem Biol. 2021 Nov 18;28(11):1616-1627.e8.

其他信息
Protac-O4I2 是一种有机分子实体。
PROTAC-O4I2(CAS 2785323-62-6)是一种研究级 PROTAC 降解剂,专为靶向蛋白降解研究而开发。该化合物的分子式为 C₂₉H₂₉ClN₆O₅S,分子量为 609.1 g/mol。它为黄色固体,可溶于 DMSO。该化合物应以粉末形式在 -20°C 下保存长达 3 年,或在溶剂中于 -80°C 下保存 1 年。纯度通常 ≥99%。PROTAC-O4I2 仅供研究用途,尚未获准用于人体临床。其作用机制涉及 cereblon 依赖的 SF3B1 泛素化和蛋白酶体降解,代表了一种在癌症研究中调控 RNA 剪接的新方法。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C29H29CLN6O5S
分子量
609.10
精确质量
608.16
CAS号
2785323-62-6
PubChem CID
162641046
外观&性状
White to yellow solid powder
密度
1.453±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)
LogP
4.9
tPSA
178
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
42
分子复杂度/Complexity
1030
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ClC1C=CC(=CC=1)NC1=NC(=CS1)C(NCCCCCCNC1=CC=CC2C(N(C(C=21)=O)C1C(NC(CC1)=O)=O)=O)=O
InChi Key
UWYLVQJEOCYCEW-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C29H29ClN6O5S/c30-17-8-10-18(11-9-17)33-29-34-21(16-42-29)25(38)32-15-4-2-1-3-14-31-20-7-5-6-19-24(20)28(41)36(27(19)40)22-12-13-23(37)35-26(22)39/h5-11,16,22,31H,1-4,12-15H2,(H,32,38)(H,33,34)(H,35,37,39)
化学名
2-(4-chloroanilino)-N-[6-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]hexyl]-1,3-thiazole-4-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : 250 mg/mL (410.44 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (3.41 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80+,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.6418 mL 8.2088 mL 16.4177 mL
5 mM 0.3284 mL 1.6418 mL 3.2835 mL
10 mM 0.1642 mL 0.8209 mL 1.6418 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们