AT6

别名: AT6; AT-6; AT 6

目录号: V3582 纯度: ≥98%

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AT6 是一种新型、有效且高选择性的基于 PROTAC 的 BRD 降解剂，它是 AT1 的类似物。

AT6 CAS号: 2098836-50-9
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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纯度: ≥98%

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产品描述

AT6 是一种新型、有效、高选择性的基于 PROTAC 的 BRD 降解剂，它是 AT1 的类似物。诱导大分子与小分子相互作用以激活细胞信号传导是一个具有挑战性的目标。 PROTAC（蛋白水解靶向嵌合体）是双功能分子，可在 E3 泛素连接酶附近募集目标蛋白以触发蛋白降解。关键三元连接酶 PROTAC 目标物种的结构阐明及其对目标降解选择性的影响仍然难以捉摸。

生物活性&实验参考方法

靶点	AT6 targets bromodomain and extra-terminal (BET) family protein BRD4 (bromodomain-containing protein 4, BD2 domain) and von Hippel-Lindau (VHL) E3 ubiquitin ligase. [1]
体外研究 (In Vitro)	为了引起蛋白质降解，称为 PROTAC（蛋白水解靶向嵌合体）的双功能实体会招募接近 E3 泛素连接酶的目标蛋白质。目前尚不清楚目标物种的结构组成如何影响重要的三元连接酶 PROTAC 降解目标的选择性。在三元复合物中，配体向内折叠以允许某些分子间相互作用的发展。使用等温滴定量热法的研究与与 Brd4BD2 的三元复合物的明显合作生产相一致，这已通过表面诱变和邻近实验得到证实。根据结构创建的化合物 AT1 在细胞中表现出极高选择性的 Brd4 消耗[1]。 1. AT6介导BRD4 BD2与VHL的选择性协同识别，形成稳定的三元复合物。生化实验证实，AT6优先结合BRD4 BD2，对BRD4 BD1及非BET家族溴结构域无显著结合活性，无明显交叉反应。[1] 2. AT6诱导BRD4 BD2和VHL发生构象变化以促进相互作用：AT6的BRD4结合部分通过疏水作用和氢键网络与BRD4 BD2结合，同时其VHL结合配体触发VHL发生结构偏移，形成一个与BRD4 BD2互补的疏水口袋；这种协同结合增强了BRD4-AT6-VHL三元复合物的稳定性。[1] 3. 生化和结构分析证实，AT6具有高效的三元复合物形成能力，支持其通过VHL依赖的泛素-蛋白酶体途径诱导BRD4降解的潜在功能。[1]
酶活实验	1. 三元复合物形成实验（AlphaScreen）：将重组BRD4 BD2结构域与VHL-HIF1α融合蛋白与系列稀释的AT6共同孵育。该实验通过检测荧光标记的BRD4与VHL之间的距离实现信号放大，信号强度反映三元复合物的形成效率；实验设三重重复，数据以阳性对照（MZ1）为基准进行归一化，评估相对结合效能。[1] 2. 表面等离子体共振（SPR）实验：将重组BRD4 BD2或BD1结构域固定于传感器芯片，AT6用运行缓冲液系列稀释后流经芯片，监测结合动力学（结合速率和解离速率）及亲和力；同时以重组VHL-HIF1α复合物进行平行实验，证实AT6与VHL的直接结合。[1] 3. 等温滴定量热法（ITC）实验：在25°C条件下，将AT6滴定至含重组BRD4 BD2或VHL-HIF1α复合物的溶液中，记录结合过程中的热量变化，以确定热力学参数（ΔH、ΔS及结合化学计量比），这些参数可反映AT6与两个靶点相互作用的协同特性；实验设两次重复以保证可重复性。[1]
参考文献	[1]. Structural basis of PROTAC cooperative recognition for selective protein degradation. Nat Chem Biol. 2017 May;13(5):514-521.
其他信息	1. AT6 is a protein hydrolysis-targeting chimera (PROTAC) designed as a tool compound for studying the structural basis of PROTAC-mediated co-recognition. Its structure comprises a BRD4 BD2 selective binding moiety, a rigid linker, and a VHL binding ligand (derived from VH032). [1] 2. AT6 differs from other BET PROTACs (such as MZ1) in its linker design and BRD4 binding specificity, providing a comparative model for studying how structural modifications affect co-binding and target selectivity. [1] 3. Structural analysis of the BRD4-AT6-VHL ternary complex revealed key molecular interactions driving co-recognition, providing insights for the rational design of next-generation BET degraders with higher potency and tissue selectivity. [1]

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C48H58CLN9O7S3
分子量	1004.67822599411
精确质量	1003.33
CAS号	2098836-50-9
PubChem CID	124201839
外观&性状	White to off-white solid powder
LogP	4.6
tPSA	284
氢键供体(HBD)数目	4
氢键受体(HBA)数目	14
可旋转键数目(RBC)	20
重原子数目	68
分子复杂度/Complexity	1740
定义原子立体中心数目	4
SMILES	CC1=C(SC2N3C(=NN=C3[C@H](CC(=O)NCCOCCOCCSC(C)(C)[C@H](NC(=O)C)C(N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)NCC3C=CC(C4SC=NC=4C)=CC=3)=O)N=C(C3C=CC(Cl)=CC=3)C1=2)C)C
InChi Key	ZCEIHPCVOJGWHG-TZPPCSJFSA-N
InChi Code	InChI=1S/C48H58ClN9O7S3/c1-27-29(3)68-47-40(27)41(33-12-14-35(49)15-13-33)54-37(44-56-55-30(4)58(44)47)23-39(61)50-16-17-64-18-19-65-20-21-67-48(6,7)43(53-31(5)59)46(63)57-25-36(60)22-38(57)45(62)51-24-32-8-10-34(11-9-32)42-28(2)52-26-66-42/h8-15,26,36-38,43,60H,16-25H2,1-7H3,(H,50,61)(H,51,62)(H,53,59)/t36-,37+,38+,43-/m1/s1
化学名	(2S,4R)-1-[(2R)-2-acetamido-3-[2-[2-[2-[[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.02,6]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]acetyl]amino]ethoxy]ethoxy]ethylsulfanyl]-3-methylbutanoyl]-4-hydroxy-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide
别名	AT6; AT-6; AT 6
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。 (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~100 mg/mL (~99.53 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 50.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 50.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More* 配方 3 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 50.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~100 mg/mL (~99.53 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 50.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 50.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 5 mg/mL (4.98 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 50.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	0.9953 mL	4.9767 mL	9.9534 mL
	5 mM	0.1991 mL	0.9953 mL	1.9907 mL
	10 mM	0.0995 mL	0.4977 mL	0.9953 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

The crystal structure of the Brd4BD2:MZ1:VHL-ElonginC-ElonginB complex.Nat Chem Biol.2017 May;13(5):514-521.
Brd4BD2and VHL form a stable, cooperative complex in the presence of MZ1.
Schematic model of selective PROTAC-induced target degradation.Nat Chem Biol.2017 May;13(5):514-521.
The molecular basis of MZ1-induced compact complex formation between Brd4BD2and VHL.
Structure-guided design and characterization of Brd4-selective degrader AT1.Nat Chem Biol.2017 May;13(5):514-521.