BDP9066

别名: BDP9066; BDP-9066; BDP 9066
目录号: V8872 纯度: ≥98%
BDP9066 (BDP-9066) 是一种新型、有效、选择性的 MRCK(强直性肌营养不良相关的 Cdc42 结合激酶)抑制剂,具有抗癌活性。
BDP9066 CAS号: 2226507-04-4
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
50mg
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  • (R)-BDP-9066
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纯度: ≥98%

产品描述

PD:BDP9066 (BDP-9066) 是一种新型、高效且选择性的 MRCK(肌强直营养不良相关 Cdc42 结合激酶)抑制剂,具有抗癌活性。在 SCC12 细胞中,其对 MRCKβ 的 IC50 值为 64 nM,对 MRCKα/β 的 Ki 值分别为 0.0136 nM 和 0.0233 nM(内部测定)。其作用机制是通过降低底物磷酸化水平。BDP9066 可导致癌细胞形态改变,并抑制其运动和侵袭能力。它通过降低底物磷酸化水平对皮肤癌具有治疗作用。


生物活性&实验参考方法
靶点
MRCKα and MRCKβ (myotonic dystrophy-related Cdc42-binding kinases).
In vitro enzyme assays showed BDP9066 inhibited MRCKα and MRCKβ with Kᵢ values of 0.34 nM and 0.78 nM, respectively, under in-house optimized conditions. Against ROCK1 and ROCK2, Kᵢ values were >1277 nM and >2553 nM, respectively. [1]
In a competitive binding assay against DMPK, BDP9066 had a Kd of 0.98 nM. [1]
体外研究 (In Vitro)
BDP9066 具有抗增殖特性,对血癌细胞的活性最高。BDP9066 通过抑制 MLC 磷酸化来阻止 SCC12 鳞状细胞癌的运动和侵袭 [1]。
BDP9066 以剂量依赖的方式抑制 SCC12 细胞中 MLC2 的磷酸化,EC₅₀ 为 64 nM。[1]
在 SCC12 细胞中,BDP9066 处理(0.5 µM,2 小时)诱导了形态学变化,包括细胞长度、宽度和面积增加,以及细胞圆度降低,这些变化通过高内涵分析确定。[1]
BDP9066(1 µM,约 18 小时)减少了 SCC12 细胞皮质和胞质区域丝状肌动蛋白的聚集。 [1]
BDP9066 (0.4 µM) 显著降低了 SCC12 细胞的随机迁移,6 小时内平均细胞速度和累积距离降低了 21%,平均欧氏距离降低了 18%。[1]
在类器官侵袭实验中,BDP9066 (0.4 µM) 与 DMSO 对照组相比,显著降低了 SCC12 细胞的侵袭百分比 50%。[1]
用 1 µM BDP9066 处理表达 FLAG 标签 MRCKα 的 HEK293 细胞 2 小时,可阻断 pS1003 免疫反应性。[1]
在体外激酶实验中,BDP9066 可阻断去磷酸化 MRCKα 的自身磷酸化 (pS1003) 和 MLC2 的磷酸化。 [1]
BDP9066在757种人类癌细胞系中均表现出抗增殖作用,其中血液系统癌症最为敏感。[1]
体内研究 (In Vivo)
局部应用BDP9066可显著降低磷酸化MRCKα S1003染色和肿瘤体积[1]。
在小鼠背部皮肤局部应用BDP9066(2天内,每天4次,每次25 µg)可显著降低表皮MRCKα pS1003阳性染色。[1]
在DMBA/TPA两阶段化学致癌小鼠鳞状细胞癌(SCC)模型中,与DMSO溶剂对照组相比,局部应用BDP9066(每周5次,每次25 µg,持续14周)可显著降低每只小鼠的总肿瘤体积和平均乳头状瘤体积。 [1]
在同一DMBA/TPA模型中,BDP9066治疗与治疗部位皮肤和乳头状瘤中MRCKα pS1003免疫组化染色显著降低相关。[1]
酶活实验
使用重组激酶蛋白与FAM标记的肽底物和ATP孵育,进行MRCKα和MRCKβ激酶活性测定。孵育后,加入结合试剂以结合磷酸化肽,并测量荧光偏振。抑制率的计算采用无抑制剂(0%)或无酶(100%)对照。[1] 激酶选择性分析由外包供应商使用基于FRET的检测方法进行。将激酶与肽底物和ATP在指定浓度的BDP9066存在下孵育。[1] 使用竞争性LanthaScreen Eu时间分辨FRET(TR-FRET)激酶结合检测方法,测试BDP9066是否能置换与DMPK ATP结合位点结合的荧光示踪剂。BDP9066的Kd值使用Cheng-Prusoff方程计算。 [1]
细胞实验
将SCC12人鳞状细胞癌细胞进行培养,并用不同剂量的BDP9066或DMSO溶剂进行处理。进行Western blot分析时,处理后裂解细胞,并用SDS-PAGE分析裂解液。[1]
进行细胞活力检测时,将SCC12细胞接种于培养皿中,用不同剂量的BDP9066处理24小时,并使用发光细胞活力检测法测定细胞活力。[1]
进行形态学分析时,将SCC12细胞用BDP9066或DMSO处理2小时,固定、透化后,用鬼笔环肽、DAPI和全细胞染料染色。使用高内涵成像系统对细胞进行成像和分析。 [1]
免疫荧光实验中,将SCC12细胞接种于盖玻片上,用1 µM BDP9066或DMSO处理1小时,然后固定、透化,并用荧光鬼笔环肽染色F-肌动蛋白。使用共聚焦显微镜成像。[1]
随机迁移实验中,将SCC12细胞用0.4 µM BDP9066或DMSO处理1小时,然后置于活细胞成像仪中,每15分钟成像一次,持续6小时。使用图像分析软件分析细胞迁移轨迹。[1]
类器官侵袭实验中,将SCC12细胞培养于由癌相关成纤维细胞处理的3D大鼠尾胶原基质上。用0.4 µM BDP9066或DMSO处理细胞,并测量侵袭细胞的百分比。 [1]
用FLAG-MRCKα转染的HEK293细胞用1 µM BDP9066处理2小时,然后裂解细胞,并通过Western blot分析pS1003的表达。[1]
体外激酶活性测定中,将免疫沉淀的MRCKα与ATP和重组MLC2在激酶缓冲液中孵育,并加入或不加入BDP9066。反应通过加入沸腾的SDS终止,并通过Western blot分析样品。[1]
动物实验
在药代动力学和药效学研究中,FVB小鼠局部涂抹BDP9066(25 µg溶于50 µL 80% DMSO)或赋形剂(50 µL 80% DMSO),连续2天,共4次。末次给药2小时后处死小鼠,采集皮肤和血液样本用于浓度测定和免疫组织化学分析。[1]
为了研究给药方案,小鼠局部涂抹BDP9066(溶于80% DMSO)单次,剂量分别为10 µg或25 µg;或每日4次,每次25 µg;或每日8次(用药4天,停药2天,再用药4天)。末次给药后,在不同时间点(2、4、8、24小时)处死小鼠。 [1]
在DMBA/TPA皮肤癌模型中,FVB小鼠于第1天局部涂抹25 µg DMBA。从第5天起,每周三次涂抹4.7 µg TPA。同样从第5天起,小鼠每周五次接受25 µg BDP9066(溶于50 µL 80% DMSO)或溶剂对照治疗,持续14周。每周监测小鼠体重和一般状况,并记录肿瘤大小和数量。实验人员对分组情况不知情。当乳头状瘤直径达到12 mm时,处死小鼠。[1]
药代性质 (ADME/PK)
在小鼠皮肤上局部涂抹 25 µg BDP9066(2 天内共 4 次)后,皮肤中的平均浓度为 26 µM,血液中的平均浓度为 0.04 µM。[1]
单次 10 µg 给药后,皮肤和血液中的药物浓度均可检测到。重复 25 µg 给药(2 天内共 4 次)导致皮肤浓度比单次 10 µg 给药高 2.8 倍,血液浓度高 4 倍,但低于总剂量 10 倍的差异。[1]
单次 25 µg 给药或 8 次给药(给药 4 天,停用 2 天,再给药 4 天)后,在最后一次给药后 24 小时,皮肤中检测到浓度 >16 µM 的 BDP9066,而血液中 24 小时未检测到药物。 [1]
在DMBA/TPA疗效研究的终点,局部应用BDP9066后,血液中化合物浓度无法检测,皮肤中平均浓度>1 µM。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
在能显著抑制底物磷酸化的浓度下,BDP9066 对 SCC12 细胞的毒性相对较低。浓度高达 0.5 µM 时,BDP9066 处理 24 小时后对 SCC12 细胞的活力没有影响,仅在 1 µM 浓度下观察到活力下降 25%。[1] 在 DMBA/TPA 小鼠模型中,局部应用 BDP9066(25 µg,每周 5 次,持续 14 周)未观察到明显的全身毒性,因为在实验终点时血液中化合物浓度无法检测到,并且监测了小鼠的体重和一般状况。[1]
参考文献

[1]. Discovery of Potent and Selective MRCK Inhibitors with Therapeutic Effect on Skin Cancer. Cancer Res. 2018 Apr 15;78(8):2096-2114.

其他信息
BDP9066是一种高效且选择性的MRCK抑制剂,它是通过对7-氮杂吲哚-3-腈类化合物进行结构导向的片段延伸而发现的。[1]
该化合物通过与ATP结合位点结合、与铰链区(Asp154和Tyr156)形成氢键以及与口袋水分子相互作用来抑制MRCK。螺环部分起到“塞子”的作用,阻止ATP结合位点的开放。[1]
BDP9066对MRCK的抑制作用导致MLC2磷酸化水平降低、细胞形态改变以及细胞运动和侵袭能力下降,且在低浓度下对细胞活力无显著影响。[1]
该研究提供了临床前概念验证,表明使用BDP9066抑制MRCK是治疗皮肤癌的有效策略。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H24N6
分子量
348.444763183594
精确质量
348.21
元素分析
C, 68.94; H, 6.94; N, 24.12
CAS号
2226507-04-4
相关CAS号
(R)-BDP9066;2284549-25-1
PubChem CID
132275018
外观&性状
White to light brown solid powder
LogP
2.2
tPSA
69.7
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
487
定义原子立体中心数目
1
SMILES
N1CCCC[C@@]21CN(C1C=CN=C3C=1C(C1C=CN=CN=1)=CN3)CCC2
InChi Key
UELSMLDRSQFVHG-FQEVSTJZSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H24N6/c1-2-8-25-20(6-1)7-3-11-26(13-20)17-5-10-22-19-18(17)15(12-23-19)16-4-9-21-14-24-16/h4-5,9-10,12,14,25H,1-3,6-8,11,13H2,(H,22,23)/t20-/m0/s1
化学名
(6S)-8-(3-pyrimidin-4-yl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)-1,8-diazaspiro[5.5]undecane
别名
BDP9066; BDP-9066; BDP 9066
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~10 mg/mL (~28.70 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.87 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 10.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.87 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 10.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8699 mL 14.3497 mL 28.6993 mL
5 mM 0.5740 mL 2.8699 mL 5.7399 mL
10 mM 0.2870 mL 1.4350 mL 2.8699 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • Inhibition of MRCK activity in vitro and in cells by BDP8900 and BDP9066. (A) Structures of 7-azaindole-3-carbonitrile hit fragment, BD8900 and BDP9066. (B) BDP8900 dose-response curves for inhibition of MRCKα, MRCKβ, ROCK1 and ROCK2 kinase activity in vitro at 1 µM ATP. (C) BDP9066 dose-response curves for inhibition of MRCKα, MRCKβ, ROCK1 and ROCK2 kinase activity in vitro at 1 µM ATP. Results shown are mean ± SD of duplicate independent replicates. (D) Cells expressing doxycycline-induced MRCKβ, ROCK1 or ROCK2 kinase domains were treated with BDP8900 at indicated concentrations for 60 minutes prior to lysis and quantitative western blotting. Inhibition of MLC2 phosphorylation by BDP8900 for each induced kinase domain. Results shown are mean ± SEM of 3-4 independent replicates. (E) Cells expressing doxycycline-induced MRCKβ, ROCK1 or ROCK2 kinase domains were treated with BDP9066 at indicated concentrations for 60 minutes prior to lysis and quantitative western blotting. Inhibition of MLC2 phosphorylation by BDP8900 for each induced kinase domain. Results shown are mean ± SEM of 3-4 independent replicates.[1].Unbekandt M, et al. Discovery of Potent and Selective MRCK Inhibitors with Therapeutic Effect on Skin Cancer. Cancer Res. 2018 Apr 15;78(8):2096-2114.
  • Detailed selectivity profiles for BDP8900 and BDP9066. (A) Percentage kinase inhibition by 1 µM BDP8900 and BDP9066 were ranked and displayed by heat map. (B) Plot of inhibition by BDP8900 and BDP9066, kinases selected for detailed dose-response analysis indicated with red dot. ROCK1 was selected to additionally represent ROCK2 (black dot). Dotted line represents Deming regression (slope deviation from zero, p<0.0001). (C) BDP8900 dose-response curves for inhibition of indicated kinases in vitro. Results shown are mean ± SD of duplicate independent replicates. (D) BDP9066 dose-response curves for inhibition of indicated kinases in vitro. Results shown are mean ± SD of duplicate independent replicates. (E) BDP8900 and BDP9066 dose-response curves for competitive inhibition of tracer binding to DMPK in vitro, with calculated Kd values. Results shown are mean ± SD of duplicate independent replicates. (F) Natural log Ki or Kd (nM) values of BDP8099 and BDP9066 determined using in-house optimized assay conditions (red dots), by outsourced assays (black dots) or competition binding assay (purple dot). Dashed line represents Deming regression (slope deviation from zero, p<0.0001).[1].Unbekandt M, et al. Discovery of Potent and Selective MRCK Inhibitors with Therapeutic Effect on Skin Cancer. Cancer Res. 2018 Apr 15;78(8):2096-2114.
  • Structure of MRCKβ in complex with BDP8900 and BDP9066. (A) BDP8900 or (B) BDP9066 bound to the MRCKβ ATP-binding site in stereo views. Protein residues (grey) are labelled with the single-letter amino acid code and residue number, selected water molecules are indicated by red spheres. Ligands are shown in purple with σA-weighted |Fo|-|Fc|,ϕc electron density maps calculated prior to the initial inclusion of the ligand in refinement contoured at 3.0σ (dark blue). Potential hydrogen bonds are highlighted by dotted black lines. (C) Detailed view of the BDP9066 spiro moiety. The ligand is shown in cyan with a semitransparent surface. (D) Comparison of the binding modes of BDP9066 (cyan) and BDP5290 (blue, PDB ID 4UAL). Protein residues, pocket waters and potential hydrogen bonds are shown as before and colored to match the ligand.[1].Unbekandt M, et al. Discovery of Potent and Selective MRCK Inhibitors with Therapeutic Effect on Skin Cancer. Cancer Res. 2018 Apr 15;78(8):2096-2114.
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