| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
|---|---|---|---|
| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| 500mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
TET1 (IC₅₀ = 33 μM), TET2 (IC₅₀ = 73 μM) [1]
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| 体外研究 (In Vitro) |
- TET酶抑制作用：
- Bobcat339在无细胞实验中有效抑制TET1和TET2，10 μM处理HT-22细胞24小时后，DNA中5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）水平降低60% [1]
- 神经保护作用： - 在SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞中，3 μM Bobcat339预处理12小时可显著减少MPP⁺诱导的细胞死亡（CCK-8检测存活率提升至71%），伴随活性氧（ROS）生成减少和线粒体膜电位维持 [1] Bobcat339 盐酸盐（10 μM；24 小时）对 HT-22 细胞中的 TET 酶活性进行荧光染色，可显着降低 5hmC 水平 [1]。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
Bobcat339是一种控制AgRP神经元中TET3的合成小分子，能够在小鼠模型中减轻神经性厌食症和相关的焦虑/抑郁行为。我们发现Bobcat339起到破坏AgRP神经元中TET3蛋白稳定的作用，并且这种调节在人类和小鼠细胞中是保守的。我们建议Bobcat339应该作为神经性厌食症的治疗方法，可能是癌症诱导的厌食症和相关的情绪障碍。[2]
- 脑卒中模型： - 在脂多糖（LPS）诱导的高炎症状态脑卒中模型小鼠中，Bobcat339（10 mg/kg，腹腔注射，连续3天）使梗死体积减少28%，神经功能评分（Garcia评分）提高2.5分。机制上与缺血脑组织中IL-6和TNF-α水平降低相关 [1] - 前列腺癌异种移植模型： - 口服Bobcat339（50 mg/kg/天，连续21天）显著抑制LKB1缺失/AR阴性DU145肿瘤生长，肿瘤体积较对照组缩小45%。这与癌基因启动子区DNA甲基化水平升高相关 [1] |
| 酶活实验 |
化学发光ELISA。[1]
程序改编自手册。制备TBST缓冲液（1X TBS，pH 8.0，含0.05%吐温-20）。用稀释水将4.0X TET测定缓冲液（TAB）稀释至1.5X TAB和1.0X TAB。用1.0X TAB解冻并稀释试剂盒中的TET酶（TET1为5.0纳克/μl，TET2为10纳克/μl）。用封闭缓冲液将一抗稀释100倍。用封闭缓冲液稀释1000倍的第二抗体。用1.0X TAB将DMSO抑制剂溶液稀释至所需浓度（确保溶液为5%DMSO）。向提供的96孔板中，向每个孔中加入200μl TBST缓冲液，并在室温下孵育15分钟。取出TBST缓冲溶液，向每个孔中加入20μl 1.5X TAB、10μl抑制剂溶液和20μl稀释的TET。对于对照，加入10μl 5%二甲基亚砜溶液和20μl 1.0X TAB。在室温下培养2小时。取出反应溶液，用TBST缓冲液（200、200和100μl）洗涤3次。加入100μl封闭缓冲液53μl稀释的一抗，在室温下振荡1小时。取出稀释的一抗体，用TBST缓冲液（200、200和100μl）洗涤3X。向每个孔中加入100μl封闭缓冲液，在室温下振荡10分钟。取出封闭缓冲液。加入100μl稀释的二抗。在室温下振荡30分钟。取出稀释的第二抗体，并用TBST缓冲液（200、200和100μl）洗涤3X。向每个孔中加入100μl封闭缓冲液，在室温下振荡10分钟。取出封闭缓冲液。将辣根过氧化物酶（HRP）底物A和HRP底物B以1:1的比例混合。向每个孔中加入100μl HRP溶液。立即读取化学发光[1]。 TET酶计算模型。[1] 在分子操作环境（MOE）软件中使用已求解的与DNA结合的人TET2的晶体结构（PDB:4NM6）进行所有计算分析。1然后通过将其相关一级序列与TET2的一级序列对齐来产生人TET1的同源性模型（图S1），然后使用MOE软件包中的Amber 10 EHT力场在N-草甘氨-铁-甲基化双链DNA复合物周围诱导拟合取代线性氨基酸序列。TET2用N-草酰甘氨酸（一种KG依赖性双加氧酶的泛抑制剂）结晶并与dsDNA结合。对于TET1和TET2模型，N-草酰甘氨酸中的氮与KG共因子位点结合并螯合催化Fe中心，然后转化为sp3杂交的碳以产生KG。然后，从模型中去除dsDNA，并将活性位点中结合的5mC用作所有基于胞嘧啶的抑制剂的起始姿势。 TET活性测定： 1. 重组TET1/TET2酶（0.1 μg）与甲基化dsDNA底物（50 nM）在含Fe²⁺（0.1 mM）和α-酮戊二酸（1 mM）的缓冲液中孵育。 2. 加入Bobcat339（0.1-100 μM），37°C反应2小时。 3. 通过化学发光ELISA定量5hmC，测得TET1和TET2的IC₅₀分别为33 μM和73 μM [1] |
| 细胞实验 |
细胞培养[1]
HT22细胞由索尔克研究所的David Schubert提供。细胞在补充有10%FBS、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的Dulbecco改良Eagle培养基中在37°C和5%CO2下培养。将HT22细胞保持在50-70%的融合度，并且每周传代两次。简单地说，去除培养基并用0.05%胰蛋白酶代替。将细胞与胰蛋白酶孵育5分钟，并将1.5倍体积的培养基加入到细胞胰蛋白酶悬浮液中。最后，将细胞以1:10的比例加入35mm培养皿中的新鲜培养基中用于实验。用Bobcat339和Bobcat212的制备溶液处理培养的HT22细胞。将22μl DMSO中的化合物加入到含有2.2 ml细胞培养基的培养皿中，得到10μM的抑制剂终浓度和1%的DMSO总浓度。Bobcat339浓度越高，溶解性越差。将细胞在37°C和5%CO2下孵育24小时。 DNA提取[1] 程序改编自手册。从盘子里取出培养基。向每个培养皿中加入180μl缓冲液ATL并刮去。将液体转移到1.5毫升微量离心管中。对于每个样品，加入20μl蛋白酶K并立即通过脉冲涡流混合。在56°C下培养过夜。培养后，从培养箱中取出并立即涡旋15秒。向每个试管中加入4μl RNase A，并立即涡旋。在RT的工作台上孵育2分钟。向每个样品中加入200μl缓冲液AL，并通过涡流充分混合。加入200μl乙醇（100%）。立即通过涡流混合。用移液管将每个样品混合物移到放置在2ml收集管中的DNeasy旋转柱中。以6000 x g（6000 rcf）离心1分钟。丢弃流通管和收集管。将每个旋转柱放入新的2 ml收集管中，加入600μl缓冲液AW1，并在6000 x g下离心1分钟。丢弃流通管和收集管。将旋转柱放入新的2 ml收集管中，加入600μl缓冲液AW2，在18213 x g（18213 rcf）下离心3分钟。丢弃流通管和收集管，将旋转柱放入新的2 ml收集管中，并在18213 x g（18213 rcf）下再离心3分钟。将旋转柱放入标有1.5 mL带帽离心管的最终完整描述中。向每个旋转柱中加入22μl不含DNase/RNase的水作为洗脱缓冲液，并在室温下在台式机上孵育15分钟。以6000 x g（6000 rcf=6000 x g）离心1分钟，并丢弃旋转柱。使用NanoDrop分光光度计测定DNA浓度，并将样品储存在-20°C下。 - DNA甲基化分析： 1. HT-22细胞用10 μM Bobcat339处理24小时。 2. 提取基因组DNA，通过HPLC-MS/MS检测5hmC水平。 3. 与DMSO对照组相比，Bobcat339使全局5hmC降低60% [1] - 神经毒性保护实验： 1. SH-SY5Y细胞用3 μM Bobcat339预处理12小时，随后暴露于MPP⁺（2.5 mM）24小时。 2. CCK-8检测细胞存活率，Annexin V/PI染色分析凋亡。 3. Bobcat339显著提升存活率（从52%至71%），并减少凋亡细胞比例（从38%至21%） [1] |
| 动物实验 |
Bc Treatment of Mice.[2]
Bobcat339 powder was freshly dissolved in dimethylsulfoxide (DMSO) at a concentration of 50 mg/mL and filtered through a 0.22-μm filter. It was further diluted with 1xPBS to a final concentration of 0.5 mg/mL before injections. Mice were injected i.p. with Bobcat339 at 1 mg/kg, 2.5 mg/kg, or 4 mg/kg. - tMCAO Stroke Model: 1. Male C57BL/6 mice (25-30 g) received daily intraperitoneal injections of Bobcat339 (10 mg/kg dissolved in 10% DMSO/PBS) for 3 days before tMCAO surgery. 2. LPS (1 mg/kg) was administered intraperitoneally 1 hour post-ischemia to induce inflammation. 3. Neurological deficits were evaluated using the Garcia score at 24 hours, followed by TTC staining for infarct quantification [1] - Prostate Cancer Xenograft: 1. DU145 cells (5×10⁶) were subcutaneously implanted into nude mice. 2. Once tumors reached 100 mm³, mice were randomized to receive oral Bobcat339 (50 mg/kg in 0.5% CMC-Na) or vehicle daily for 21 days. 3. Tumor volume was measured twice weekly using calipers, and tissues were harvested for immunohistochemistry [1] |
| 药代性质 (ADME/PK) |
- Oral Bioavailability:
- Bobcat339 exhibits moderate oral bioavailability (F = 32%) in mice, with peak plasma concentrations (Cₘₐₓ) of 1.2 μM achieved within 2 hours after a 50 mg/kg dose [1]
- Tissue Distribution: - After intravenous administration (10 mg/kg), Bobcat339 achieves brain/plasma concentration ratios of 0.6, indicating partial CNS penetration [1] |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
- Acute Toxicity:
- No significant mortality or weight loss was observed in mice receiving single oral doses up to 200 mg/kg. Liver and kidney function markers (ALT, AST, creatinine) remained within normal ranges [1]
- Plasma Protein Binding: - Bobcat339 demonstrates high plasma protein binding (>95%) in human serum [1] |
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
- Mechanism of Action:
- Bobcat339 competitively binds to the TET enzyme active site, chelating the catalytic Fe²⁺ ion and blocking DNA demethylation. This leads to increased DNA methylation at gene promoters, particularly those involved in inflammation and oncogenesis [1]
- Structural Optimization: - The biphenyl-pyrimidinone scaffold of Bobcat339 was optimized for TET selectivity through structure-based design, with substitutions at the C5 position enhancing enzyme binding affinity [1] - Therapeutic Potential: - Preclinical studies highlight Bobcat339’s efficacy in reducing neuroinflammation and inhibiting AR-independent prostate cancer growth, suggesting applications in stroke and epigenetic-driven malignancies [1] |
| 分子式 |
C16H13CL2N3O
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|---|---|
| 分子量 |
334.1999
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| 精确质量 |
333.043
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| 元素分析 |
C, 57.50; H, 3.92; Cl, 21.21; N, 12.57; O, 4.79
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| CAS号 |
2436747-44-1
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| 相关CAS号 |
2280037-51-4; Bobcat339 hydrochloride;2436747-44-1
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| PubChem CID |
138319672
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| 外观&性状 |
Off-white to light yellow solid powder
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| tPSA |
58.7Ų
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
1
|
| 可旋转键数目(RBC) |
2
|
| 重原子数目 |
22
|
| 分子复杂度/Complexity |
468
|
| 定义原子立体中心数目 |
0
|
| SMILES |
ClC1C(N([H])[H])=NC(N(C=1[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C(C2C([H])=C([H])C([H])=C([H])C=2[H])=C1[H])=O.Cl[H]
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| InChi Key |
ZOMPKMMOPYMRIB-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C16H12ClN3O.ClH/c17-14-10-20(16(21)19-15(14)18)13-8-4-7-12(9-13)11-5-2-1-3-6-11;/h1-10H,(H2,18,19,21);1H
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| 化学名 |
1-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-amino-5-chloropyrimidin-2(1H)-one hydrochloride
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| 别名 |
Bobcat339 HCl; Bobcat339; Bobcat-339; Bobcat339 hydrochloride; Bobcat 339;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~125 mg/mL (~374.03 mM)
H2O : ~0.1 mg/mL (~0.30 mM) |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.22 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.22 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.22 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.9922 mL | 14.9611 mL | 29.9222 mL | |
| 5 mM | 0.5984 mL | 2.9922 mL | 5.9844 mL | |
| 10 mM | 0.2992 mL | 1.4961 mL | 2.9922 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
InvivoChem的所有产品仅用于作科学研究，不面向患者销售
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