CLK-IN-T3

别名: T3; CLK Inhibitor T3; T3-CLK; MDK 5561; MDK-5561; MDK5561; MDK-5561 hydrochloride; MDK-5561 HCl

目录号: V4769 纯度: ≥98%

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CLK-IN-T3 是一种新型、有效、高选择性的 CLK（CDC 样激酶）抑制剂，对 CLK1-3 蛋白异构体具有高度特异性，对 CLK1、CLK2 和 CLK3 的 IC50 分别为 0.67 nM、15 nM 和 110 nM分别是蛋白激酶。

CLK-IN-T3 CAS号: 2109805-56-1
产品类别: CDK

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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产品描述

CLK-IN-T3 是一种新型、有效、高选择性的 CLK（CDC 样激酶）抑制剂，对 CLK1-3 蛋白异构体具有高度特异性，对 CLK1、CLK2 的 IC50 分别为 0.67 nM、15 nM 和 110 nM。和 CLK3 蛋白激酶，分别。 CLK-IN-T3 具有抗癌活性。

生物活性&实验参考方法

靶点	CLK1 (IC50 = 0.67 nM); CLK2 (IC50 = 15 nM); CLK3 (IC50 = 110 nM); DYRK1A (IC50 = 260 nM); DYRK1B (IC50 = 230 nM) CDC-like kinase 1 (CLK1, IC50 = 0.67 nM), CDC-like kinase 2 (CLK2, IC50 = 15 nM), CDC-like kinase 3 (CLK3, IC50 = 110 nM) DYRK1A and DYRK1B (inhibition approximately 200–300 times weaker than CLK isoforms)[1]
体外研究 (In Vitro)	CLK-IN-T3 抑制 DYRK1A (IC50=260 nM) 和 DYRK1B (IC50=230 nM) 的活性。[1] CLK-IN-T3（0.1-10.0 µM；24 小时）会导致长时间在 G2/M 边界持续（24 小时）轻度细胞周期停滞[1]。 CLK-IN-T3（0.5-1.0 µM；6 小时）可减少 CLK 靶向的 SR 蛋白的磷酸化，而 CLK蛋白质略有增加[1]。 CLK-IN-T3 在酶活实验中抑制CLK1、CLK2和CLK3的IC50值分别为0.67 nM、15 nM和110 nM。在细胞实验中，短期暴露（6小时）于CLK-IN-T3即使在高浓度下也不会引起细胞毒性或凋亡。长期暴露（>24小时）会导致轻度的G2/M期细胞周期阻滞。 CLK-IN-T3 降低SRSF1、SRSF4和SRSF6的磷酸化水平，这些是CLK在外显子识别中的经典靶标。 RNA-Seq分析显示，CLK-IN-T3 在HCT116和184hTERT细胞中诱导剂量依赖的可变剪接事件，主要是外显子跳过（SE）和内含子保留（RI）。 CLK-IN-T3 还通过同一链上相邻基因之间的剪接促进剂量依赖的融合基因（CG）转录本形成。 CLK2相关基因（如SRRM1/2、SRSF蛋白）的siRNA敲低会增加CG形成，支持CLK在抑制CG转录中的作用。[1]
酶活实验	使用基于发光的激酶检测系统对CLK1-3、DYRK1A和DYRK1B进行激酶实验。激酶缓冲液包含HEPES（pH 7.5）、醋酸镁、DTT、BSA和Tween-20。反应混合物包含特定浓度的每种激酶和带有荧光供体标记的肽底物。将酶、肽和化合物孵育10分钟后，加入ATP启动反应，继续孵育45分钟。反应通过加入EDTA终止，使用铕标记的磷酸化肽抗体检测磷酸化底物。测量荧光信号，并使用曲线拟合软件计算IC50值。[1]
细胞实验	细胞系：HCT-116 细胞浓度：0.1、0.5、1.0、5.0、10.0 µM 孵育时间：24 小时结果：导致 G2/M 边界处的细胞周期轻度停滞，并具有长-持续时间（24 小时）。在无支原体条件下培养HCT116（结直肠癌）和184hTERT（永生化乳腺上皮）细胞。为进行剪接分析，细胞用不同浓度的CLK-IN-T3处理6小时，以避免细胞毒性或细胞周期影响。提取总RNA用于链特异性或非链特异性RNA-Seq文库构建。文库在Illumina平台上测序，读数比对到人类参考基因组。使用MISO和VAST-tools定量可变剪接事件。为验证融合基因，进行了靶向PCR测序和PacBio长读长测序。对于siRNA实验，使用脂质体转染试剂将靶向CLK家族成员或基序富集因子的siRNA转染至HCT116细胞。通过qPCR评估敲低效率，并通过靶向RNA-Seq检测一组CG事件来评估对CG形成的影响。[1]
药代性质 (ADME/PK)	CLK-IN-T3在培养基中表现出良好的细胞渗透性和稳定性（补充表3）。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	短期（6 小时）暴露于 CLK-IN-T3 即使在高浓度下也不会导致细胞毒性或凋亡。长期暴露（>24 小时）会导致细胞周期轻微停滞于 G2/M 期，但在测试浓度范围内未观察到明显的细胞毒性。
参考文献	[1]. CLK-dependent exon recognition and conjoined gene formation revealed with a novel smallmolecule inhibitor. Nat Commun. 2017 Feb 23;8(1):7.
其他信息	CLK-IN-T3是一种新型、高效且选择性强的CLK1-3小分子抑制剂，其结构与之前的抑制剂（如KH-CB19）截然不同。与KH-CB19相比，CLK-IN-T3对CLK亚型的效力和选择性提高了约2个数量级。 CLK-IN-T3通过剂量依赖性地促进外显子跳跃和内含子保留来调节RNA剪接。出乎意料的是，它通过影响3'末端加工和剪接因子活性来诱导联合基因转录。基于先前对其他CLK抑制剂的研究[1]，该化合物可能对CLK活性失调的癌症（例如乳腺癌（CLK2）和肾癌（CLK1））具有治疗意义。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C28H30N6O2
分子量	482.576805591583
精确质量	482.243
元素分析	C, 64.79; H, 6.02; Cl, 6.83; N, 16.19; O, 6.16
CAS号	2109805-56-1
相关CAS号	2109805-56-1;
PubChem CID	132585205
外观&性状	Off-white to light yellow solid powder
密度	1.3±0.1 g/cm3
折射率	1.659
LogP	2.36
tPSA	82.8
氢键供体(HBD)数目	1
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	5
重原子数目	36
分子复杂度/Complexity	768
定义原子立体中心数目	0
SMILES	O=C(C(C)(C)C1C=CC(C(NC2=CN3C=C(C4C=CN=CC=4)C=CC3=N2)=O)=CC=1)N1CCN(C)CC1
InChi Key	IEFFSHLHNYVSEF-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C28H30N6O2/c1-28(2,27(36)33-16-14-32(3)15-17-33)23-7-4-21(5-8-23)26(35)31-24-19-34-18-22(6-9-25(34)30-24)20-10-12-29-13-11-20/h4-13,18-19H,14-17H2,1-3H3,(H,31,35)
化学名	4-[2-methyl-1-(4-methylpiperazin-1-yl)-1-oxopropan-2-yl]-N-(6-pyridin-4-ylimidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)benzamide
别名	T3; CLK Inhibitor T3; T3-CLK; MDK 5561; MDK-5561; MDK5561; MDK-5561 hydrochloride; MDK-5561 HCl
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO: ~4.8 mg/mL (~10.0 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.31 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* ≥ 2.08 mg/mL (4.31 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO: ~4.8 mg/mL (~10.0 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.31 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (4.31 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.0722 mL	10.3610 mL	20.7220 mL
	5 mM	0.4144 mL	2.0722 mL	4.1444 mL
	10 mM	0.2072 mL	1.0361 mL	2.0722 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。