CM11 (Homo-PROTAC)

别名: CM-11; 2244684-49-7; CM 11; Homo-PROTAC pVHL30 degrader 1; N1,N20-bis((S)-1-((2S,4R)-4-Hydroxy-2-((4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)carbamoyl)pyrrolidin-1-yl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)-3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosanediamide; CHEMBL4740486; (2S,4R)-4-hydroxy-1-[(2S)-2-[[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-2-oxoethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide; N,N'-bis[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-({[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}carbamoyl)pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]-3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosanediamide; CM 11; Homo-PROTACCM11
目录号: V17301 纯度: ≥98%
Homo-PROTAC pVHL30 降解剂 1 是一种有效的基于 PROTAC 的 pVHL30 降解剂。
CM11 (Homo-PROTAC) CAS号: 2244684-49-7
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

产品描述
Homo-PROTAC pVHL30 降解剂 1 是一种有效的基于 PROTAC 的 pVHL30 降解剂。
生物活性&实验参考方法
体外研究 (In Vitro)
在体外,同型 PROTAC pVHL30 降解剂 1 以高亲和力使 von Hippel-Lindau (VHL) 二聚化,并以高度同种型选择性的方式促进多种细胞系中 VHL 的强、快速和蛋白酶体依赖性自动调节。且不会引起缺氧反应[1]。
最活跃的Homo PROTAC CM11在10nM下4小时后诱导pVHL30完全耗竭。pVHL30的强效和选择性降解是持久的,半降解浓度(DC50)<100 nM,与亲本抑制剂VH032相比,细胞活性显著增加了1000倍以上。从机制上讲,我们表明CM11活性严格依赖于蛋白酶体活性、Cul2-nedylation和VHL结合,特别是与VHL形成2:1的avid复合物。因此,我们的数据支持了一个模型,其中高度合作的三元络合物(VHL)2:CM11是导致VHL本身诱导降解的关键物种(图8)。未来有必要对这种三元物种进行结构研究。有趣的是,CM11还导致Cullin2的细胞水平降低,我们假设这是作为CRL2VHL复合物一部分的Cullin2直接泛素化和降解的结果。据我们所知,PROTAC可以诱导与直接靶向的蛋白质形成同一复合物的蛋白质降解,这是前所未有的[1]。
酶活实验
等温滴定量热法(ITC)。[1]
在ITC200微量量热计上进行滴定。在含有20mM双三丙烷的缓冲液中,将Homo PROTACs(CM11、CMP98或CMP99)从100mM DMSO储备溶液稀释至150µM,150mM氯化钠,1mM三(2-羧乙基)膦(TCEP),pH 7.4。DMSO的最终浓度为0.15%v/v。VCB蛋白实验在含有20mM双三丙烷的缓冲液中进行,150mM氯化钠,1 mM TCEP,0.15%v/v DMSO,pH 7.4。滴定包括以0.5µL s-1的速率以120秒的时间间隔19次注射2µL化合物溶液(注射器中150µM)到VCB蛋白溶液(细胞中20µM)中。首次注射化合物溶液(0.4µL),并在数据分析过程中丢弃。所有实验均在25°C下进行,同时以600 rpm搅拌注射器。使用制造商提供的Microcal LLC ITC200 Origin软件将数据拟合到单个结合位点模型中,以获得化学计量比n、离解常数Kd和结合焓ΔH。
尺寸排阻色谱法(SEC)。[1]
SEC实验在室温下在ÄKTA纯系统中进行。在含有20mM Bis-Tris(pH 7)的缓冲液中通过凝胶过滤分析溶液中VCB复合物的低聚状态,150 mM NaCl和1 mM 1,4-二硫苏糖醇(DTT),使用Superdex 200 Increase 10/300 GL柱,用已知分子量的球状蛋白校准。在注射前,将VCB蛋白(50µM)与CM11(30µM)、CMP98(30µM)、CMP99(30μM)、VH032(30μM)或DMSO(0.5%)在室温下孵育20分钟。每次注射的样品体积为200µl,流速为0.5 ml min−1。使用280nm处的紫外吸光度监测峰洗脱。
VCB的生物素化。[1]
将VCB复合物与EZ-link NHS-PEG4-生物素以1:1的摩尔比混合,并在室温下孵育1小时 h.使用pH 7.5的1M Tris-HCl淬灭反应,并用用pH 7.5的20mM HEPES平衡的PD-10 MiniTrap脱盐柱 去除未反应的NHS生物素,150mM NaCl和1mM DTT。
AlphaLISA分析。[1]
所有测定均在室温下在384孔板中进行,最终测定体积为每孔25µL;在添加试剂之间用透明膜密封板。所有试剂均制备为5×原液,在pH 7.5的50 mM HEPES中稀释,100 mM NaCl、0.1%(w/v)牛血清白蛋白和0.02%(w/v”)3-[(胆酰胺丙基)二甲基铵]-1-丙磺酸酯(CHAPS)。将生物素化的VCB(终浓度为20 nM)和His6 VCB(最终浓度为20 nM)与一系列Homo PROTAC浓度(0.5-200 nM;五分之三连续稀释)一起孵育1小时。加入抗His受体珠(PerkinElmer,终浓度为10µg ml-1),并将平板再孵育一小时。加入涂有链霉抗生物素蛋白的供体珠(最终10µg ml-1),并将平板孵育至最终1μg ml-1 h.使用激发波长为680nm、发射波长为615nm的光学模块在PHERAstar FS 上读取板。强度值与PROTAC浓度以log10标度绘制。
细胞实验
细胞培养。[1]
购自ATCC的人细胞系HeLa、U2OS和HEK 293在添加了10%胎牛血清(FBS)、L-谷氨酰胺、L-半乳糖胺和L-半乳糖酰胺的DMEM中繁殖,在37°C和5%CO2条件下,加入100μg ml-1青霉素/链霉素。细胞维持不超过30代。使用龙沙的MycoAlert试剂盒对所有细胞系进行支原体污染常规检测。对于复合处理实验,将细胞转移到六孔板中,每孔在2ml培养基中有3×105或5×105个细胞。在80%融合时,用所需浓度的化合物处理细胞,使DMSO的最终浓度达到0.1%v/v。细胞在收获前在37°C和5%CO2下孵育所需时间。
ML4924和MG132联合治疗。[1]
将细胞转移到6孔板中,每孔5×105个细胞,在2ml培养基中,以便在第二天达到80%的融合。在t=0时,将MLN4924以3μM的终浓度和0.1%v/v的DMSO加入到所需的孔中。将DMSO(0.1%v/v最终浓度)加入剩余的孔中,以匹配相同的浓度。所有井中的车辆。在t=3小时时,将MG 132以50μM的最终浓度加入到所需的孔中。以及0.1%v/v的DMSO。将DMSO(0.1%v/v最终浓度)加入剩余的孔中,以达到相同的浓度。所有井中的车辆。在t=3.5小时时,用终浓度为0.1%v/v DMSO的1μMCM11处理所需孔。将DMSO(0.1%v/v最终浓度)加入剩余的孔中以获得相同的浓度。所有井中的车辆。因此,DMSO的总终浓度为0.3%v/v。在收获之前,将培养板在37°C和5%CO2下孵育4小时。对于VH032的竞争实验,细胞用终浓度为150μM的VH032(或50μM的IOX4)处理30分钟,然后用终浓度1μM的CM11处理4小时。在收获前,将培养板在37°C和5%CO2下孵育所需时间。
参考文献

[1]. Homo-PROTACs: bivalent small-molecule dimerizers of the VHL E3 ubiquitin ligase to induce self-degradation. Nat Commun. 2017 Oct 10;8(1):830.

其他信息
总之,我们介绍了一种名为CM11的化学探针,用于快速、选择性地敲低pVHL30。CM11提供了一种化学工具,可替代传统的RNAi敲低方法和基因编辑敲除技术,例如CRISPR-Cas9。有关CM11使用的信息将在新建立的“化学探针门户网站”(http://www.chemicalprobes.org/)72上发布。我们预计CM11将在对研究和解析pVHL的多效性生物学功能感兴趣的化学家和细胞生物学家之间得到广泛应用。更广泛地说,我们提供了概念验证,证明可以设计二价分子来诱导E3连接酶自我降解。这种策略为以仅使用抑制剂无法实现的方式靶向E3连接酶开辟了强有力的新途径。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C58H82N8O14S2
分子量
1179.44689321518
精确质量
1178.539
元素分析
C, 59.06; H, 7.01; N, 9.50; O, 18.99; S, 5.44
CAS号
2244684-49-7
相关CAS号
2244684-49-7
PubChem CID
134160242
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
3.6
tPSA
335
氢键供体(HBD)数目
6
氢键受体(HBA)数目
18
可旋转键数目(RBC)
33
重原子数目
82
分子复杂度/Complexity
1870
定义原子立体中心数目
6
SMILES
S1C=NC(C)=C1C1C=CC(=CC=1)CNC([C@@H]1C[C@H](CN1C([C@H](C(C)(C)C)NC(COCCOCCOCCOCCOCCOCC(N[C@H](C(N1C[C@@H](C[C@H]1C(NCC1C=CC(C2=C(C)N=CS2)=CC=1)=O)O)=O)C(C)(C)C)=O)=O)=O)O)=O
InChi Key
WGJCHHJGGFCCRS-DEYDLUNASA-N
InChi Code
InChI=1S/C58H82N8O14S2/c1-37-49(81-35-61-37)41-13-9-39(10-14-41)29-59-53(71)45-27-43(67)31-65(45)55(73)51(57(3,4)5)63-47(69)33-79-25-23-77-21-19-75-17-18-76-20-22-78-24-26-80-34-48(70)64-52(58(6,7)8)56(74)66-32-44(68)28-46(66)54(72)60-30-40-11-15-42(16-12-40)50-38(2)62-36-82-50/h9-16,35-36,43-46,51-52,67-68H,17-34H2,1-8H3,(H,59,71)(H,60,72)(H,63,69)(H,64,70)/t43-,44-,45+,46+,51-,52-/m1/s1
化学名
N1,N20-Bis((S)-1-((2S,4R)-4-hydroxy-2-((4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)carbamoyl)pyrrolidin-1-yl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)-3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosanediamide
别名
CM-11; 2244684-49-7; CM 11; Homo-PROTAC pVHL30 degrader 1; N1,N20-bis((S)-1-((2S,4R)-4-Hydroxy-2-((4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)carbamoyl)pyrrolidin-1-yl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)-3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosanediamide; CHEMBL4740486; (2S,4R)-4-hydroxy-1-[(2S)-2-[[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-2-oxoethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide; N,N'-bis[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-({[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}carbamoyl)pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]-3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosanediamide; CM 11; Homo-PROTACCM11
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ≥ 150 mg/mL (~127.18 mM)
H2O : ~25 mg/mL (~21.20 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.12 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.12 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.12 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.8479 mL 4.2393 mL 8.4785 mL
5 mM 0.1696 mL 0.8479 mL 1.6957 mL
10 mM 0.0848 mL 0.4239 mL 0.8479 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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