Dabigatran ethyl ester hydrochloride

别名: Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo(d)imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; 801-940-1; 211914-50-0; Dabigatran Ethyl Ester Hydrochloride; Dabigatran (ethyl ester hydrochloride); N-[[2-[[[4-(Aminoiminomethyl)phenyl]amino]methyl]-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl]carbonyl]-N-(2-pyridinyl)-beta-alanine ethyl ester hydrochloride; DBB8W334AN; N-[[2-[[[4-(氨基亚氨甲基)苯基]氨基]甲基]-1-甲基-1H-苯并咪唑-5-基]羰基]-N-(2-吡啶基)-beta-丙氨酸乙酯盐酸盐; N-((2-(((4-(氨基亚氨甲基)苯基)氨基)甲基)-1-甲基-1H-苯并咪唑-5-基)羰基)-N-(2-吡啶基)-beta-丙氨酸乙酯盐酸盐; N-[[2-[[[4-(氨基亚氨基甲基)苯基]氨基]甲基]-1-甲基-1H-苯并咪唑-5-基]羰基]-n-(2-吡啶)-beta-丙氨酸乙酯盐酸盐; 达比加群杂质O HCl; 达比脒
目录号: V31684 纯度: ≥98%
达比加群乙酯盐酸盐是达比加群乙酯的盐酸盐,是达比加群的乙酯形式。
Dabigatran ethyl ester hydrochloride CAS号: 211914-50-0
产品类别: Thrombin
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
25mg
50mg
100mg
250mg
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  • 达比加群乙酸乙酯
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产品描述
达比加群乙酯盐酸盐是达比加群乙酯的盐酸盐,是达比加群的乙酯形式。达比加群(BIBR953;BIBR953-ZW;BIBR-953;BIBR-953ZW;Pradaxa)是一种直接凝血酶抑制剂和抗凝剂或血液稀释剂,用于治疗和预防心房颤动患者的血栓和预防中风。
生物活性&实验参考方法
靶点
Thrombin; ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2)
体外研究 (In Vitro)
1.NQO2抑制效力:Dabigatran ethyl ester/达比加群乙酯(2)是核糖二氢烟酰胺脱氢酶(NQO2)的强效抑制剂。它的抑制活性明显高于母体化合物达比加群(1),在使用重组NQO2的NADH依赖性丝裂霉素C代谢功能测定中,计算出的抑制常数(K_i)为0.9µM,半最大抑制浓度(IC_50)为0.8µM。与达比加群(K_i~70µM,IC_50~60µM)相比,这表示效力增加了约75倍。[1]
2.凝血酶抑制效力:与达比加群相比,化合物2对其主要靶标凝血酶的抑制效力也有所增加(1)。化合物2对凝血酶抑制的IC_50值被确定为1.2 nM,比达比加群的13.8 nM IC_50低约11.5倍(更有效)。[1]
3.与NQO2的结合亲和力:与捕获化合物5(CC 5,衍生自达比加群)结合重组NQO2的竞争实验表明,化合物2以比达比加群组本身高得多的亲和力取代CC 5。化合物2引起NQO2结合半最大竞争的浓度为1.5µM,而达比加群为11µM。[1]
4.结合模式分析(分子建模):分子对接预测化合物2的乙酯基与NQO2结合袋中的残基Ile128和Met154形成有利的疏水范德华相互作用,解释了其与达比加群羧酸相比具有更高的亲和力(1)。这种增加的亲脂性相互作用表面也与化合物1和2之间观察到的亲和力比密切相关。凝血酶和NQO2结合的配体效率(LE)和拟合质量(FQ)计算对于这两种化合物来说是相似的(凝血酶的FQ约为0.6,NQO2约为0.4)[1]。
对于 NQO2,达比加群(盐酸乙酯)的 IC50 为 0.8 μM,Ki 为 0.9 μM。达比加群的(盐酸乙酯)乙酯基团大大增加了相互作用表面,特别是与 Met 154 和 Ile 128 等疏水性氨基酸。与达比加群相比,达比加群乙酯对凝血酶和 NQO2 表现出更大的亲和力 [1]。作为前药达比加群酯,达比加群是一种口服凝血酶抑制剂,具有高选择性、可逆性和强效性[2]。
体内研究 (In Vivo)
人凝血酶可以选择性地、可逆地与达比加群 (Ki=4.5 nM) 结合,达比加群具有有效且持久的抗凝作用 [3]。
酶活实验
1.NQO2功能抑制试验:使用丝裂霉素C的NADH依赖性代谢作为酶反应,测定化合物2/Dabigatran ethyl ester对NQO2的功能抑制。在室温下,将重组人NQO2(0.5µM)与丝裂霉素C(50µM)和不同浓度的化合物2在100mM磷酸钾缓冲液(pH 5.8)中孵育5分钟。通过增加NADH(共底物)的浓度来引发反应。通过在室温下测量30分钟内在340nm处的吸光度降低,用光度法监测酶活性(NADH的消耗)。对不同抑制剂浓度下获得的数据进行Michaelis-Menten动力学分析(使用Sigma图10),以确定化合物2对NQO2的竞争性抑制的K_i和IC_50值。[1]
2.凝血酶功能抑制试验:使用荧光底物试验评估化合物2对人α-凝血酶的抑制效力。在测定缓冲液(50 mM Tris,pH 7.5,150 mM NaCl,0.05%吐温20)中的Boc-Val-Pro-Arg-AMC底物(15µM)中补充了不同浓度的化合物2(在DMSO中从2.5 mM到75 nM的连续稀释液)。加入凝血酶至终浓度为5.5ng/mL,并在室温下孵育反应2小时。在平板读数器上测量底物的酶切割,释放荧光AMC部分(激发355nm,发射460nm)。生成剂量反应曲线以计算IC_50值[1]。
细胞实验
1.与内源性NQO2的特异性结合:Western Blot分析证实,化合物2/Dabigatran ethyl ester与捕获化合物5(CC 5)有效竞争,以结合全细胞裂解物(HepG2细胞)和来源于人肝微粒体的裂解物中的内源性NQO2蛋白。这表明特定的相互作用发生在复杂的细胞环境中,而不仅仅是纯化的蛋白质。[1]
2.NQO2结合袋的交叉竞争:使用重组NQO2进行捕获实验,并通过银染SDS-PAGE进行可视化,结果表明化合物2与达比加群(1)和已知的NQO2抑制剂伊马替尼(4)有效竞争NQO2上的相同结合位点。与化合物2预孵育显著降低了CC 5对NQO2的捕获[1]。
参考文献

[1]. Dabigatran and dabigatran ethyl ester: potent inhibitors of ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2). J Med Chem. 2012 Apr 26;55(8):3934-44.

[2]. Dabigatran: an oral novel potent reversible nonpeptide inhibitor of thrombin. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2010 Oct;30(10):1885-9.

[3]. Structure-based design of novel potent nonpeptide thrombin inhibitors. J Med Chem. 2002 Apr 25;45(9):1757-66.

其他信息
Recent studies have revealed that compounds believed to be highly selective frequently address multiple target proteins. We investigated the protein interaction profile of the widely prescribed thrombin inhibitor dabigatran (1), resulting in the identification and subsequent characterization of an additional target enzyme. Our findings are based on an unbiased functional proteomics approach called capture compound mass spectrometry (CCMS) and were confirmed by independent biological assays. 1 was shown to specifically bind ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2), a detoxification oxidoreductase. Molecular dockings predicted and biological experiments confirmed that Dabigatran ethyl ester (2) inhibits NQO2 even more effectively than the parent 1 itself. Our data show that 1 and 2 are inhibitors of NQO2, thereby revealing a possible new aspect in the mode of action of 1. We present a workflow employing chemical proteomics, molecular modeling, and functional assays by which a compound’s protein-interaction profile can be determined and used to tune the binding affinity.[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C27H29N7O3.HCL
分子量
536.0252
精确质量
535.209
CAS号
211914-50-0
相关CAS号
Dabigatran (ethyl ester);429658-95-7
PubChem CID
18412337
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
5.139
tPSA
139.22
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
38
分子复杂度/Complexity
788
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CCOC(=O)CCN(C1=CC=CC=N1)C(=O)C2=CC3=C(C=C2)N(C(=N3)CNC4=CC=C(C=C4)C(=N)N)C.Cl
InChi Key
FHWBKCGBULSVFO-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C27H29N7O3.ClH/c1-3-37-25(35)13-15-34(23-6-4-5-14-30-23)27(36)19-9-12-22-21(16-19)32-24(33(22)2)17-31-20-10-7-18(8-11-20)26(28)29;/h4-12,14,16,31H,3,13,15,17H2,1-2H3,(H3,28,29);1H
化学名
ethyl 3-[[2-[(4-carbamimidoylanilino)methyl]-1-methylbenzimidazole-5-carbonyl]-pyridin-2-ylamino]propanoate;hydrochloride
别名
Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo(d)imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; 801-940-1; 211914-50-0; Dabigatran Ethyl Ester Hydrochloride; Dabigatran (ethyl ester hydrochloride); N-[[2-[[[4-(Aminoiminomethyl)phenyl]amino]methyl]-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl]carbonyl]-N-(2-pyridinyl)-beta-alanine ethyl ester hydrochloride; DBB8W334AN;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ≥ 50 mg/mL (~93.28 mM)
H2O : ~5 mg/mL (~9.33 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8656 mL 9.3278 mL 18.6557 mL
5 mM 0.3731 mL 1.8656 mL 3.7311 mL
10 mM 0.1866 mL 0.9328 mL 1.8656 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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