| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
Thrombin; ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2)
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| 体外研究 (In Vitro) |
1.NQO2抑制效力:Dabigatran ethyl ester/达比加群乙酯(2)是核糖二氢烟酰胺脱氢酶(NQO2)的强效抑制剂。它的抑制活性明显高于母体化合物达比加群(1),在使用重组NQO2的NADH依赖性丝裂霉素C代谢功能测定中,计算出的抑制常数(K_i)为0.9µM,半最大抑制浓度(IC_50)为0.8µM。与达比加群(K_i~70µM,IC_50~60µM)相比,这表示效力增加了约75倍。[1]
2.凝血酶抑制效力:与达比加群相比,化合物2对其主要靶标凝血酶的抑制效力也有所增加(1)。化合物2对凝血酶抑制的IC_50值被确定为1.2 nM,比达比加群的13.8 nM IC_50低约11.5倍(更有效)。[1] 3.与NQO2的结合亲和力:与捕获化合物5(CC 5,衍生自达比加群)结合重组NQO2的竞争实验表明,化合物2以比达比加群组本身高得多的亲和力取代CC 5。化合物2引起NQO2结合半最大竞争的浓度为1.5µM,而达比加群为11µM。[1] 4.结合模式分析(分子建模):分子对接预测化合物2的乙酯基与NQO2结合袋中的残基Ile128和Met154形成有利的疏水范德华相互作用,解释了其与达比加群羧酸相比具有更高的亲和力(1)。这种增加的亲脂性相互作用表面也与化合物1和2之间观察到的亲和力比密切相关。凝血酶和NQO2结合的配体效率(LE)和拟合质量(FQ)计算对于这两种化合物来说是相似的(凝血酶的FQ约为0.6,NQO2约为0.4)[1]。 对于 NQO2,达比加群(盐酸乙酯)的 IC50 为 0.8 μM,Ki 为 0.9 μM。达比加群的(盐酸乙酯)乙酯基团大大增加了相互作用表面,特别是与 Met 154 和 Ile 128 等疏水性氨基酸。与达比加群相比,达比加群乙酯对凝血酶和 NQO2 表现出更大的亲和力 [1]。作为前药达比加群酯,达比加群是一种口服凝血酶抑制剂,具有高选择性、可逆性和强效性[2]。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
人凝血酶可以选择性地、可逆地与达比加群 (Ki=4.5 nM) 结合,达比加群具有有效且持久的抗凝作用 [3]。
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| 酶活实验 |
1.NQO2功能抑制试验:使用丝裂霉素C的NADH依赖性代谢作为酶反应,测定化合物2/Dabigatran ethyl ester对NQO2的功能抑制。在室温下,将重组人NQO2(0.5µM)与丝裂霉素C(50µM)和不同浓度的化合物2在100mM磷酸钾缓冲液(pH 5.8)中孵育5分钟。通过增加NADH(共底物)的浓度来引发反应。通过在室温下测量30分钟内在340nm处的吸光度降低,用光度法监测酶活性(NADH的消耗)。对不同抑制剂浓度下获得的数据进行Michaelis-Menten动力学分析(使用Sigma图10),以确定化合物2对NQO2的竞争性抑制的K_i和IC_50值。[1]
2.凝血酶功能抑制试验:使用荧光底物试验评估化合物2对人α-凝血酶的抑制效力。在测定缓冲液(50 mM Tris,pH 7.5,150 mM NaCl,0.05%吐温20)中的Boc-Val-Pro-Arg-AMC底物(15µM)中补充了不同浓度的化合物2(在DMSO中从2.5 mM到75 nM的连续稀释液)。加入凝血酶至终浓度为5.5ng/mL,并在室温下孵育反应2小时。在平板读数器上测量底物的酶切割,释放荧光AMC部分(激发355nm,发射460nm)。生成剂量反应曲线以计算IC_50值[1]。 |
| 细胞实验 |
1.与内源性NQO2的特异性结合:Western Blot分析证实,化合物2/Dabigatran ethyl ester与捕获化合物5(CC 5)有效竞争,以结合全细胞裂解物(HepG2细胞)和来源于人肝微粒体的裂解物中的内源性NQO2蛋白。这表明特定的相互作用发生在复杂的细胞环境中,而不仅仅是纯化的蛋白质。[1]
2.NQO2结合袋的交叉竞争:使用重组NQO2进行捕获实验,并通过银染SDS-PAGE进行可视化,结果表明化合物2与达比加群(1)和已知的NQO2抑制剂伊马替尼(4)有效竞争NQO2上的相同结合位点。与化合物2预孵育显著降低了CC 5对NQO2的捕获[1]。 |
| 参考文献 |
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| 其他信息 |
近期研究表明,一些被认为具有高选择性的化合物通常会作用于多个靶蛋白。我们研究了广泛使用的凝血酶抑制剂达比加群酯 (1) 的蛋白质相互作用谱,从而鉴定并表征了其另一个靶酶。我们的研究结果基于一种称为捕获化合物质谱 (CCMS) 的无偏倚功能蛋白质组学方法,并经独立的生物学实验验证。结果表明,化合物 1 能特异性结合核糖二氢烟酰胺脱氢酶 (NQO2),一种解毒氧化还原酶。分子对接预测和生物学实验证实,达比加群酯乙酯 (2) 对 NQO2 的抑制作用甚至比其母体化合物 1 更强。我们的数据表明,化合物 1 和 2 是 NQO2 的抑制剂,从而揭示了化合物 1 作用方式的一个可能的新方面。我们提出了一种利用化学蛋白质组学、分子建模和功能分析的工作流程,通过该流程可以确定化合物的蛋白质相互作用谱,并用于调节结合亲和力。[1]
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| 分子式 |
C27H29N7O3.HCL
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|---|---|
| 分子量 |
536.0252
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| 精确质量 |
535.209
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| CAS号 |
211914-50-0
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| 相关CAS号 |
Dabigatran (ethyl ester);429658-95-7
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| PubChem CID |
18412337
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| LogP |
5.139
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| tPSA |
139.22
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| 氢键供体(HBD)数目 |
4
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| 氢键受体(HBA)数目 |
7
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| 可旋转键数目(RBC) |
11
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| 重原子数目 |
38
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| 分子复杂度/Complexity |
788
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
CCOC(=O)CCN(C1=CC=CC=N1)C(=O)C2=CC3=C(C=C2)N(C(=N3)CNC4=CC=C(C=C4)C(=N)N)C.Cl
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| InChi Key |
FHWBKCGBULSVFO-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C27H29N7O3.ClH/c1-3-37-25(35)13-15-34(23-6-4-5-14-30-23)27(36)19-9-12-22-21(16-19)32-24(33(22)2)17-31-20-10-7-18(8-11-20)26(28)29;/h4-12,14,16,31H,3,13,15,17H2,1-2H3,(H3,28,29);1H
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| 化学名 |
ethyl 3-[[2-[(4-carbamimidoylanilino)methyl]-1-methylbenzimidazole-5-carbonyl]-pyridin-2-ylamino]propanoate;hydrochloride
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| 别名 |
Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo(d)imidazole-5-carboxamido)propanoate hydrochloride; 801-940-1; 211914-50-0; Dabigatran Ethyl Ester Hydrochloride; Dabigatran (ethyl ester hydrochloride); N-[[2-[[[4-(Aminoiminomethyl)phenyl]amino]methyl]-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl]carbonyl]-N-(2-pyridinyl)-beta-alanine ethyl ester hydrochloride; DBB8W334AN;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ≥ 50 mg/mL (~93.28 mM)
H2O : ~5 mg/mL (~9.33 mM) |
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| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。 例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.66 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL; 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用! 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.8656 mL | 9.3278 mL | 18.6557 mL | |
| 5 mM | 0.3731 mL | 1.8656 mL | 3.7311 mL | |
| 10 mM | 0.1866 mL | 0.9328 mL | 1.8656 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);
4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度: mg/mL;
DMSO母液配制方法: mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。
体内配方配制方法:取 μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。