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Dabigatran ethyl ester

别名: Dabigatran ethyl ester N-[[2-[[[4-(氨基亚胺甲基)苯基]氨基]甲基]-1-甲基-1H-苯并咪唑-5-基]羰基]-N-2-吡啶基-BETA-丙氨酸乙酯; N-[[2-[[[(4-(氨基亚胺甲基)苯基]胺基]甲基]-1甲基-1H-5-苯并咪;N-[[2-[[[(4-(氨基亚胺甲基)苯基]胺基]甲基]-1甲基-1H-5-苯并咪唑]羰基]N-2-吡啶基-b-丙氨酸乙酯; 甲磺酸达比加群酯; N-[[2-[[[(4-(氨基亚胺甲基)苯基]胺基]甲基]-1甲基-1H-5-苯并咪唑]羰基]N-2-吡啶基-丙氨酸乙酯; Ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-1-methyl-N-(pyridin-2-yl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate;达比加群乙酸乙酯
目录号: V4932 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
达比加群乙酯是达比加群的乙酯形式，是一种用于治疗血栓的抗血栓药物。
Dabigatran ethyl ester CAS号: 429658-95-7
产品类别: Thrombin
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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020-31522723 sales@invivochem.cn

Other Forms of Dabigatran ethyl ester:

  • Dabigatran-d3 (BIBR 953-d3; BIBR 953ZW-d3)
  • Dabigatran-13C6 (BIBR 953-13C6; BIBR 953ZW-13C6)
  • Dabigatran acyl-β-D-glucuronide-d3 TFA
  • Dabigatran-d4 hydrochloride (Dabigatran D4 hydrochloride; BIBR-953-d4 hydrochloride)
  • Dabigatran etexilate-d13 (dabigatran etexilate-d13)
  • 达比加群
  • 达比加群酯
  • 甲磺酸达比加群酯
  • 达比加群乙酯盐酸盐
  • Dabigatran-d4
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

COA
MSDS
产品说明书
产品描述
达比加群乙酯是达比加群的乙酯形式，是一种用于治疗血栓的抗血栓药物。达比加群（也称为 BIBR 953 和 BIBR 953ZW）是一种有效的非肽、可逆、选择性和直接凝血酶抑制剂，在无细胞测定中 IC50 为 9.3 nM。由于其高极性、两性离子性质和口服吸收差，达比加群被设计为转化为口服活性前药 BIBR 1048。达比加群以竞争性方式抑制凝血酶。这种抑制是快速且可逆的。达比加群抑制凝块结合和游离凝血酶。达比加群在体外和离体均被证明具有抗凝功效。
生物活性&实验参考方法
靶点
Thrombin; ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2)
体外研究 (In Vitro)
1.NQO2抑制效力：Dabigatran ethyl ester/达比加群乙酯（2）是核糖二氢烟酰胺脱氢酶（NQO2）的强效抑制剂。它的抑制活性明显高于母体化合物达比加群（1），在使用重组NQO2的NADH依赖性丝裂霉素C代谢功能测定中，计算出的抑制常数（K_i）为0.9µM，半最大抑制浓度（IC_50）为0.8µM。与达比加群（K_i~70µM，IC_50~60µM）相比，这表示效力增加了约75倍。[1]
2.凝血酶抑制效力：与达比加群相比，化合物2对其主要靶标凝血酶的抑制效力也有所增加（1）。化合物2对凝血酶抑制的IC_50值被确定为1.2 nM，比达比加群的13.8 nM IC_50低约11.5倍（更有效）。[1]
3.与NQO2的结合亲和力：与捕获化合物5（CC 5，衍生自达比加群）结合重组NQO2的竞争实验表明，化合物2以比达比加群组本身高得多的亲和力取代CC 5。化合物2引起NQO2结合半最大竞争的浓度为1.5µM，而达比加群为11µM。[1]
4.结合模式分析（分子建模）：分子对接预测化合物2的乙酯基与NQO2结合袋中的残基Ile128和Met154形成有利的疏水范德华相互作用，解释了其与达比加群羧酸相比具有更高的亲和力（1）。这种增加的亲脂性相互作用表面也与化合物1和2之间观察到的亲和力比密切相关。凝血酶和NQO2结合的配体效率（LE）和拟合质量（FQ）计算对于这两种化合物来说是相似的（凝血酶的FQ约为0.6，NQO2约为0.4）[1]。
酶活实验
1.NQO2功能抑制试验：使用丝裂霉素C的NADH依赖性代谢作为酶反应，测定化合物2/Dabigatran ethyl ester对NQO2的功能抑制。在室温下，将重组人NQO2（0.5µM）与丝裂霉素C（50µM）和不同浓度的化合物2在100mM磷酸钾缓冲液（pH 5.8）中孵育5分钟。通过增加NADH（共底物）的浓度来引发反应。通过在室温下测量30分钟内在340nm处的吸光度降低，用光度法监测酶活性（NADH的消耗）。对不同抑制剂浓度下获得的数据进行Michaelis-Menten动力学分析（使用Sigma图10），以确定化合物2对NQO2的竞争性抑制的K_i和IC_50值。[1]
2.凝血酶功能抑制试验：使用荧光底物试验评估化合物2对人α-凝血酶的抑制效力。在测定缓冲液（50 mM Tris，pH 7.5，150 mM NaCl，0.05%吐温20）中的Boc-Val-Pro-Arg-AMC底物（15µM）中补充了不同浓度的化合物2（在DMSO中从2.5 mM到75 nM的连续稀释液）。加入凝血酶至终浓度为5.5ng/mL，并在室温下孵育反应2小时。在平板读数器上测量底物的酶切割，释放荧光AMC部分（激发355nm，发射460nm）。生成剂量反应曲线以计算IC_50值[1]。
细胞实验
1.与内源性NQO2的特异性结合：Western Blot分析证实，化合物2/Dabigatran ethyl ester与捕获化合物5（CC 5）有效竞争，以结合全细胞裂解物（HepG2细胞）和来源于人肝微粒体的裂解物中的内源性NQO2蛋白。这表明特定的相互作用发生在复杂的细胞环境中，而不仅仅是纯化的蛋白质。[1]
2.NQO2结合袋的交叉竞争：使用重组NQO2进行捕获实验，并通过银染SDS-PAGE进行可视化，结果表明化合物2与达比加群（1）和已知的NQO2抑制剂伊马替尼（4）有效竞争NQO2上的相同结合位点。与化合物2预孵育显著降低了CC 5对NQO2的捕获[1]。
参考文献

[1]. Dabigatran and Dabigatran Ethyl Ester: Potent Inhibitors of Ribosyldihydronicotinamide Dehydrogenase (NQO2). J. Med. Chem., 2012, 55 (8):3934-3944.

[2]. Rational Design of Potent, Small, Synthetic Allosteric Inhibitors of Thrombin. J Med Chem. 2011; 54(15): 5522-5531.

[3]. Pharmacological basis and clinical evidence of dabigatran therapy. J Hematol Oncol. 2011; 4: 53.

[4]. The Metabolism and Disposition of the Oral Direct Thrombin Inhibitor, Dabigatran, in Humans. DMD ,2008 , 36 (2) 386-399.
其他信息
Recent studies have revealed that compounds believed to be highly selective frequently address multiple target proteins. We investigated the protein interaction profile of the widely prescribed thrombin inhibitor dabigatran (1), resulting in the identification and subsequent characterization of an additional target enzyme. Our findings are based on an unbiased functional proteomics approach called capture compound mass spectrometry (CCMS) and were confirmed by independent biological assays. 1 was shown to specifically bind ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (NQO2), a detoxification oxidoreductase. Molecular dockings predicted and biological experiments confirmed that Dabigatran ethyl ester (2) inhibits NQO2 even more effectively than the parent 1 itself. Our data show that 1 and 2 are inhibitors of NQO2, thereby revealing a possible new aspect in the mode of action of 1. We present a workflow employing chemical proteomics, molecular modeling, and functional assays by which a compound’s protein-interaction profile can be determined and used to tune the binding affinity.[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C27H29N7O3
分子量
499.56426
精确质量
499.233
元素分析
C, 64.91; H, 5.85; N, 19.63; O, 9.61
CAS号
429658-95-7
相关CAS号
Dabigatran;211914-51-1;Dabigatran-d4 hydrochloride;Dabigatran etexilate;211915-06-9;Dabigatran etexilate mesylate;872728-81-9;Dabigatran ethyl ester hydrochloride;211914-50-0;Dabigatran-d4;1618637-32-3
PubChem CID
446804
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.3±0.1 g/cm3
沸点
759.5±70.0 °C at 760 mmHg
闪点
413.1±35.7 °C
蒸汽压
0.0±2.6 mmHg at 25°C
折射率
1.658
LogP
1.78
tPSA
139.22
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
37
分子复杂度/Complexity
788
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CCOC(=O)CCN(C1=CC=CC=N1)C(=O)C2=CC3=C(C=C2)N(C(=N3)CNC4=CC=C(C=C4)C(=N)N)C
InChi Key
BGLLICFSSKPUMR-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C27H29N7O3/c1-3-37-25(35)13-15-34(23-6-4-5-14-30-23)27(36)19-9-12-22-21(16-19)32-24(33(22)2)17-31-20-10-7-18(8-11-20)26(28)29/h4-12,14,16,31H,3,13,15,17H2,1-2H3,(H3,28,29)
化学名
ethyl 3-[[2-[(4-carbamimidoylanilino)methyl]-1-methylbenzimidazole-5-carbonyl]-pyridin-2-ylamino]propanoate
别名
Dabigatran ethyl ester
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O : < 0.1 mg/mL
DMSO :< 1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0018 mL 10.0088 mL 20.0176 mL
5 mM 0.4004 mL 2.0018 mL 4.0035 mL
10 mM 0.2002 mL 1.0009 mL 2.0018 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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