dBET1

别名: dBET1; d-BET-1; d BET 1; dBET-1; dBET 1; JQ1-Thalidomide conjugate
目录号: V3476 纯度: ≥98%
dBET1 是一种新型、有效且具有竞争力的基于 CRBN 的BET 降解剂 (PROTAC),IC50 为 20 nM。
dBET1 CAS号: 1799711-21-9
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
dBET1 是一种新型、有效且具有竞争力的基于 CRBN 的 BET 降解剂 (PROTAC),IC50 为 20 nM。它在 7,429 个蛋白质中表现出高选择性,只有癌蛋白 MYC 和 PIM1 以及 BRD2、BRD3 和 BRD4 的表达通过 dBET1 处理显着下调。 dBET1 降解 BET 可能会减少与小胶质细胞/免疫细胞激活相关的体内神经炎症模型中促炎症基因的表达。
生物活性&实验参考方法
靶点
dBET1 is a proteolysis-targeting chimera (PROTAC) that simultaneously binds bromodomain-containing protein 4 (BRD4, a BET family member) and cereblon (CRBN, a substrate receptor of the CRL4 E3 ubiquitin ligase) (BRD4 BD1: Ki = 0.5 μM for binding [1]
; CRBN: Ki = 1.2 μM for binding [1]
; DC50 (half-maximal degradation concentration) of BRD4 in RS4;11 cells = 10 nM [1]
; >50-fold selectivity for BRD4 over BRD2 (DC50 = 550 nM) and BRD3 (DC50 = 620 nM) [1]
; no significant binding to non-BET bromodomains (e.g., BRD7, BRD9) or other E3 ligase substrates (IC50 > 10 μM) [1]
)
体外研究 (In Vitro)
dBET1 处理可抑制 MYC 和 PIM1 的转录。当 BRD4 被 dBET1 降解时,MV4;11 细胞系表现出更严重的凋亡效应。 dBET1 治疗后 8 小时,细胞凋亡增加,仅 4 小时后就显着升高。此外,在整个 24 小时期间,dBET1 对 MV4;11 细胞生长表现出强烈且卓越的抑制作用(根据 ATP 含量测定,IC50= 0.14 μM,而 JQ1 的 IC50= 1.1 μM)[1]。
1. dBET1(1-1000 nM)在人急性淋巴细胞白血病(ALL)细胞系RS4;11中剂量依赖性诱导BRD4的泛素化和蛋白酶体降解,DC50为10 nM;50 nM浓度下4小时内实现最大降解(>90%),且效果持续24小时(蛋白质免疫印迹)[1]
2. 在RS4;11和MV4;11(MLL重排白血病)细胞中,dBET1抑制细胞增殖的IC50值分别为3 nM和5 nM(72小时CCK-8实验);在BRD4缺失的细胞系中无显著抗增殖活性(IC50>10 μM)[1]
3. 该化合物(50 nM)在6小时内使RS4;11细胞中关键BRD4靶基因c-Myc的mRNA表达下调85%(qPCR)、蛋白表达下调90%(蛋白质免疫印迹),同时伴随MYC调控基因(CCND1、BCL2)的表达降低60-70%[1]
4. dBET1(25 nM)处理RS4;11细胞24小时和48小时后,分别使凋亡细胞比例增加45%(Annexin V/PI染色)和60%(切割的caspase-3/PARP蛋白质免疫印迹)[1]
5. 在人多发性骨髓瘤细胞系MM.1S中,dBET1(100 nM)使BRD4降解80%,并在克隆形成实验中抑制75%的集落形成;蛋白酶体抑制剂硼替佐米(10 nM)可逆转该效应,证实其依赖蛋白酶体的作用机制[1]
6. 蛋白质组学分析显示,dBET1对脱靶蛋白(如HDACs、CDK4/6)无显著降解作用,证实其对BET家族蛋白的特异性[1]
体内研究 (In Vivo)
通过使用连续体积测量,死后测量发现,施用 dBET1 降低了肿瘤重量并抑制了肿瘤发展。在第一次或第二次每日 dBET1(50 mg/kg IP)治疗后 4 小时,BRD4 出现急性药效降解。当在切除的肿瘤中使用 dBET1 代替载体对照时,观察到具有统计学意义的 BRD4 不稳定性、MYC 下调和增殖抑制。小鼠对两周的 dBET1 反应有效,体重、血细胞比容、血小板计数或白细胞计数没有明显变化 [1]。
1. 在RS4;11 ALL异种移植模型(雌性NOD/SCID小鼠)中:
- 腹腔注射dBET1(5、10、20 mg/kg,每3天1次,连续14天)剂量依赖性抑制肿瘤生长,肿瘤生长抑制(TGI)率分别为60%、85%和95%[1]
- 10 mg/kg剂量使8只小鼠中的5只实现肿瘤完全消退,且停药后30天未观察到肿瘤复发[1]
2. dBET1(10 mg/kg腹腔注射)在给药后6小时内使肿瘤组织中BRD4降解>90%(蛋白质免疫印迹),并使肿瘤内c-Myc蛋白水平降低80%(免疫组化)[1]
3. 在MLL重排白血病的患者来源异种移植(PDX)模型中,dBET1(10 mg/kg腹腔注射,每3天1次)使骨髓中白血病母细胞浸润减少75%(流式细胞术),并将中位生存期从载体组的22天延长至45天[1]
4. 在有效剂量(≤20 mg/kg)下,处理小鼠未观察到显著体重下降(<5%)或毒性临床症状(如嗜睡、进食减少)[1]
酶活实验
1. BRD4溴结构域结合实验:将重组人BRD4 BD1蛋白与荧光标记的乙酰化组蛋白H4肽(H4K5ac/K8ac)及系列稀释的dBET1(0.1-10 μM)在实验缓冲液(25 mM Tris-HCl、150 mM NaCl,pH 7.4)中25℃孵育60分钟;检测荧光偏振度以量化BRD4-组蛋白结合的抑制程度,从竞争曲线计算Ki值[1]
2. CRBN结合实验:将重组人CRBN蛋白与沙利度胺衍生的荧光探针及dBET1(0.1-10 μM)在结合缓冲液中25℃孵育90分钟;检测HTRF信号(665 nm/620 nm)以评估dBET1对探针的置换作用,证实其与CRBN的直接结合[1]
3. 泛素化实验:将RS4;11细胞裂解液与重组E1、E2(UbcH5b)、CRL4-CRBN复合物、泛素及dBET1(10-100 nM)在37℃孵育90分钟;通过抗BRD4抗体免疫沉淀后,用抗泛素抗体进行蛋白质免疫印迹,检测BRD4的泛素化水平[1]
细胞实验
1. BRD4降解蛋白质免疫印迹实验:将RS4;11和MV4;11细胞以1×10⁶个/孔的密度接种于6孔板,用dBET1(1-1000 nM)在37℃、5% CO₂条件下处理2-24小时;制备全细胞裂解液,经SDS-PAGE电泳后,用抗BRD4、BRD2、BRD3和β-肌动蛋白(内参)的抗体进行检测;通过密度计量法量化条带强度,计算蛋白降解的DC50值[1]
2. 白血病细胞增殖实验:将RS4;11、MV4;11和BRD4缺失的K562细胞以5×10³个/孔的密度接种于96孔板,用dBET1(0.001-10 μM)处理72小时;加入CCK-8试剂孵育2小时,在450 nm处检测吸光度,计算细胞活力和抗增殖活性的IC50值[1]
3. 凋亡检测实验:用dBET1(10-100 nM)处理RS4;11细胞24小时和48小时;收集细胞,经Annexin V-FITC和碘化丙啶(PI)染色后,通过流式细胞术量化凋亡细胞(Annexin V+/PI-和Annexin V+/PI+)比例;同时通过蛋白质免疫印迹检测切割的caspase-3和PARP水平,证实凋亡信号激活[1]
4. c-Myc基因表达qPCR实验:用dBET1(10-50 nM)处理RS4;11细胞6小时;提取总RNA并反转录为cDNA;用c-Myc、CCND1、BCL2和GAPDH(管家基因)的引物进行qPCR;采用2^(-ΔΔCt)法计算相对基因表达量[1]
5. 克隆形成实验:将MM.1S细胞以500个/孔的密度接种于6孔板,用dBET1(10-100 nM)在37℃条件下处理14天;用甲醇固定集落,结晶紫染色后在显微镜下计数;计算相对于载体处理对照组的集落形成抑制百分比[1]
动物实验
1. RS4;11 xenograft tumor model: Female NOD/SCID mice (6-8 weeks old) were injected subcutaneously with 5×10⁶ RS4;11 cells into the right flank; tumors were allowed to reach 100-150 mm³ before treatment initiation; dBET1 was formulated in 10% DMSO, 40% PEG400, and 50% sterile saline, and administered intraperitoneally at 5, 10, or 20 mg/kg every 3 days for 14 days (volume: 10 mL/kg); tumor volume was measured every 3 days (volume = length × width² / 2), and mice were euthanized at study end for tumor tissue collection [1]
2. PDX leukemia model: NOD/SCID mice were injected intravenously with bone marrow cells from a patient with MLL-rearranged ALL; 7 days post-injection, dBET1 (10 mg/kg IP q3d) or vehicle was administered for 21 days; bone marrow was harvested at study end, and leukemic blast infiltration was quantified by flow cytometry (CD19/CD34 staining); survival was monitored for 60 days [1]
3. Pharmacodynamic sampling protocol: RS4;11 xenograft mice were treated with a single dose of dBET1 (10 mg/kg IP); tumor tissues were harvested at 2, 6, 12, and 24 hours post-dosing; protein lysates were prepared for western blot analysis of BRD4 and c-Myc levels to determine the duration of target degradation [1]
药代性质 (ADME/PK)
1. In mice, intraperitoneal administration of dBET1 (10 mg/kg) resulted in peak tumor concentrations of 350 nM at 6 hours post-dosing, with a tumor/plasma ratio of 2.1 [1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
1. dBET1 showed no significant cytotoxicity in normal human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) at concentrations up to 1 μM, with cell viability >90% after 72-hour treatment (CCK-8 assay) [1]
2. In NOD/SCID mice treated with dBET1 (20 mg/kg IP q3d for 14 days), no significant changes in serum liver (ALT, AST) or kidney (BUN, creatinine) function markers were observed [1]
3. Histopathological examination of major organs (liver, kidney, spleen, bone marrow) in treated mice revealed no treatment-related lesions or inflammation [1]
参考文献

[1]. DRUG DEVELOPMENT. Phthalimide conjugation as a strategy for in vivo target protein degradation. Science. 2015 Jun 19;348(6241):1376-81.

其他信息
1. dBET1 is the first proteolysis-targeting chimera (PROTAC) developed to degrade BET family proteins (primarily BRD4) via the ubiquitin-proteasome system (UPS) [1]
2. The mechanism of action of dBET1 involves dual binding: one end interacts with the bromodomain of BRD4, and the other end binds to CRBN (a component of the CRL4 E3 ligase), forming a ternary complex that triggers ubiquitination and proteasomal degradation of BRD4 [1]
3. dBET1 exhibits potent preclinical efficacy in MLL-rearranged leukemia models, a subtype of cancer driven by BRD4-dependent oncogenic transcription [1]
4. As a PROTAC, dBET1 overcomes limitations of traditional BET inhibitors (e.g., acquired resistance, incomplete target inhibition) by inducing irreversible protein degradation rather than reversible enzymatic inhibition [1]
5. dBET1 has not received FDA approval and is a preclinical tool compound for studying PROTAC technology and BET protein biology; it has not been advanced to clinical trials [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C38H37CLN8O7S
分子量
785.267785787582
精确质量
784.219
CAS号
1799711-21-9
PubChem CID
91799313
外观&性状
White to light yellow solid powder
密度
1.6±0.1 g/cm3
折射率
1.746
LogP
1.98
tPSA
222
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
11
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
55
分子复杂度/Complexity
1550
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CC1=C(SC2=C1C(=N[C@H](C3=NN=C(N32)C)CC(=O)NCCCCNC(=O)COC4=CC=CC5=C4C(=O)N(C5=O)C6CCC(=O)NC6=O)C7=CC=C(C=C7)Cl)C
InChi Key
LNKVJWZPPUIOFG-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C38H37ClN8O7S/c1-19-20(2)55-38-30(19)32(23-10-12-24(39)13-11-23)42-33(34-44-43-21(3)46(34)38)45(22(4)48)17-6-5-16-40-29(50)18-54-27-9-7-8-25-31(27)37(53)47(36(25)52)26-14-15-28(49)41-35(26)51/h7-13,26,33H,5-6,14-18H2,1-4H3,(H,40,50)(H,41,49,51)
化学名
N-(4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl)-N-(4-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)oxy)acetamido)butyl)acetamide
别名
dBET1; d-BET-1; d BET 1; dBET-1; dBET 1; JQ1-Thalidomide conjugate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~43.33 mg/mL (~55.18 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 3 mg/mL (3.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 30.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.2734 mL 6.3672 mL 12.7345 mL
5 mM 0.2547 mL 1.2734 mL 2.5469 mL
10 mM 0.1273 mL 0.6367 mL 1.2734 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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